ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48849

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.012, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.008, 0.030, 0.051, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.030 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.031, 0.078, 0.125, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.078 std_dev=0.047
C4 B 0, 0.279, 0.579, 0.879, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.579 std_dev=0.300
O4' B 0, 0.386, 0.689, 0.992, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.689 std_dev=0.303
C4' B 0, 0.433, 0.738, 1.044, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.738 std_dev=0.306
C5 B 0, 0.233, 0.597, 0.961, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.597 std_dev=0.364
O4 B 0, 0.209, 0.582, 0.955, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.582 std_dev=0.373
C5' B 0, 0.621, 1.030, 1.439, 1.464 max_d=1.464 avg_d=1.030 std_dev=0.409
O4' A 0, 0.084, 0.519, 0.954, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.519 std_dev=0.435
C2' A 0, 0.100, 0.553, 1.005, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.553 std_dev=0.453
N1 B 0, 0.377, 0.865, 1.354, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.865 std_dev=0.489
C6 B 0, 0.311, 0.814, 1.317, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.814 std_dev=0.503
N3 B 0, 0.346, 0.939, 1.532, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.939 std_dev=0.593
C2 B 0, 0.398, 1.023, 1.649, 1.810 max_d=1.810 avg_d=1.023 std_dev=0.626
C1' B 0, 0.426, 1.076, 1.725, 1.943 max_d=1.943 avg_d=1.076 std_dev=0.650
C4' A 0, 0.165, 0.957, 1.748, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.957 std_dev=0.792
C5' A 0, 0.337, 1.165, 1.993, 2.362 max_d=2.362 avg_d=1.165 std_dev=0.828
C3' B 0, 0.438, 1.289, 2.140, 2.395 max_d=2.395 avg_d=1.289 std_dev=0.851
O2' A 0, 0.170, 1.048, 1.926, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.048 std_dev=0.878
C3' A 0, 0.115, 1.008, 1.902, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.008 std_dev=0.893
O2 B 0, 0.452, 1.382, 2.313, 2.553 max_d=2.553 avg_d=1.382 std_dev=0.931
C2' B 0, 0.412, 1.469, 2.526, 2.748 max_d=2.748 avg_d=1.469 std_dev=1.057
O5' B 0, 0.660, 1.727, 2.793, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.727 std_dev=1.067
O3' B 0, 0.338, 1.471, 2.604, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.471 std_dev=1.133
OP2 B 0, 0.923, 2.118, 3.314, 3.557 max_d=3.557 avg_d=2.118 std_dev=1.196
OP2 A 0, 0.544, 1.782, 3.021, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.782 std_dev=1.239
P B 0, 0.845, 2.240, 3.634, 3.936 max_d=3.936 avg_d=2.240 std_dev=1.395
P A 0, 0.536, 1.935, 3.334, 3.496 max_d=3.496 avg_d=1.935 std_dev=1.399
O3' A 0, 0.120, 1.578, 3.035, 3.487 max_d=3.487 avg_d=1.578 std_dev=1.457
O5' A 0, 0.554, 2.029, 3.504, 3.753 max_d=3.753 avg_d=2.029 std_dev=1.475
O2' B 0, 0.356, 2.050, 3.743, 3.988 max_d=3.988 avg_d=2.050 std_dev=1.694
OP1 B 0, 0.744, 2.659, 4.574, 4.934 max_d=4.934 avg_d=2.659 std_dev=1.915
OP1 A 0, 0.566, 2.672, 4.778, 5.022 max_d=5.022 avg_d=2.672 std_dev=2.106

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.39 0.01 0.00 0.07 0.09 0.42 0.22
C2 0.02 0.00 0.22 0.33 0.01 0.11 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.18 0.02 0.07 0.27 0.11 0.15 0.09
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.05 0.01 0.12 0.31 0.16 0.02 0.16 0.36 0.01 0.03 0.06 0.02 0.27 0.21 0.78 0.43
C3' 0.02 0.33 0.00 0.00 0.48 0.00 0.44 0.04 0.35 0.28 0.43 0.25 0.02 0.01 0.52 0.02 0.32 0.41 0.18 0.17
C4 0.01 0.01 0.05 0.48 0.00 0.22 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.44 0.22 0.00 0.04 0.49 0.21 0.36 0.19
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.22 0.00 0.24 0.00 0.21 0.13 0.16 0.07 0.33 0.02 0.24 0.01 0.02 0.15 0.35 0.05
C5 0.01 0.01 0.12 0.44 0.01 0.24 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.46 0.24 0.01 0.09 0.49 0.18 0.30 0.17
C5' 0.10 0.09 0.31 0.04 0.21 0.00 0.23 0.00 0.17 0.08 0.15 0.07 0.08 0.22 0.24 0.02 0.02 0.20 0.44 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.35 0.01 0.21 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.38 0.13 0.01 0.11 0.38 0.10 0.14 0.08
N1 0.00 0.01 0.02 0.28 0.01 0.13 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.12 0.01 0.02 0.23 0.07 0.20 0.11
N3 0.01 0.00 0.16 0.43 0.01 0.16 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.15 0.02 0.05 0.39 0.17 0.24 0.12
O2 0.04 0.01 0.36 0.25 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.34 0.02 0.13 0.19 0.10 0.17 0.11
O2' 0.04 0.21 0.01 0.02 0.44 0.33 0.46 0.08 0.38 0.24 0.33 0.09 0.00 0.07 0.47 0.26 0.25 0.16 0.83 0.32
O3' 0.39 0.18 0.03 0.01 0.22 0.02 0.24 0.22 0.13 0.12 0.15 0.34 0.07 0.00 0.28 0.26 0.41 0.80 0.15 0.41
O4 0.01 0.02 0.06 0.52 0.00 0.24 0.01 0.24 0.01 0.01 0.02 0.02 0.47 0.28 0.00 0.04 0.54 0.26 0.50 0.25
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.05 0.13 0.26 0.26 0.04 0.00 0.10 0.08 0.35 0.18
O5' 0.07 0.27 0.27 0.32 0.49 0.02 0.49 0.02 0.38 0.23 0.39 0.19 0.25 0.41 0.54 0.10 0.00 0.04 0.03 0.01
OP1 0.09 0.11 0.21 0.41 0.21 0.15 0.18 0.20 0.10 0.07 0.17 0.10 0.16 0.80 0.26 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.15 0.78 0.18 0.36 0.35 0.30 0.44 0.14 0.20 0.24 0.17 0.83 0.15 0.50 0.35 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.09 0.43 0.17 0.19 0.05 0.17 0.02 0.08 0.11 0.12 0.11 0.32 0.41 0.25 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.07 0.08 0.11 0.12 0.13 0.26 0.12 0.10 0.09 0.07 0.10 0.16 0.11 0.12 0.96 1.42 0.61 1.14
C2 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.11 0.12 0.24 0.12 0.08 0.06 0.07 0.13 0.15 0.07 0.10 0.97 1.44 0.63 1.15
C2' 0.20 0.34 0.14 0.18 0.27 0.27 0.12 0.41 0.12 0.21 0.37 0.42 0.07 0.10 0.32 0.24 0.96 1.54 0.67 1.19
C3' 0.28 0.33 0.28 0.34 0.31 0.44 0.26 0.67 0.26 0.29 0.34 0.35 0.14 0.18 0.33 0.37 0.95 1.65 0.71 1.22
C4 0.22 0.13 0.27 0.19 0.09 0.10 0.20 0.29 0.23 0.19 0.08 0.11 0.48 0.36 0.09 0.10 0.95 1.39 0.60 1.12
C4' 0.15 0.16 0.11 0.10 0.13 0.15 0.12 0.38 0.13 0.15 0.15 0.17 0.24 0.27 0.13 0.13 0.93 1.49 0.61 1.14
C5 0.24 0.16 0.28 0.20 0.11 0.10 0.19 0.32 0.23 0.22 0.11 0.15 0.53 0.40 0.07 0.11 0.92 1.34 0.58 1.09
C5' 0.20 0.20 0.17 0.14 0.15 0.16 0.14 0.43 0.16 0.19 0.18 0.21 0.38 0.36 0.13 0.13 0.93 1.49 0.64 1.15
C6 0.19 0.14 0.20 0.14 0.11 0.09 0.17 0.30 0.19 0.18 0.11 0.13 0.39 0.33 0.07 0.10 0.93 1.36 0.58 1.09
N1 0.12 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.14 0.27 0.14 0.12 0.07 0.07 0.20 0.22 0.08 0.11 0.96 1.41 0.61 1.13
N3 0.12 0.07 0.14 0.11 0.07 0.10 0.15 0.25 0.16 0.11 0.07 0.07 0.25 0.22 0.09 0.10 0.98 1.44 0.62 1.15
O2 0.06 0.10 0.08 0.08 0.07 0.11 0.09 0.22 0.07 0.06 0.11 0.14 0.12 0.06 0.08 0.10 0.97 1.45 0.64 1.15
O2' 0.18 0.09 0.24 0.24 0.14 0.27 0.33 0.33 0.32 0.17 0.11 0.17 0.21 0.24 0.11 0.27 1.27 1.67 1.12 1.47
O3' 0.26 0.26 0.24 0.24 0.25 0.27 0.25 0.41 0.25 0.26 0.25 0.25 0.32 0.36 0.25 0.27 1.12 1.76 0.79 1.34
O4 0.28 0.15 0.38 0.26 0.11 0.12 0.24 0.31 0.30 0.24 0.10 0.14 0.64 0.44 0.14 0.12 0.95 1.39 0.60 1.12
O4' 0.29 0.33 0.21 0.19 0.30 0.17 0.26 0.21 0.26 0.30 0.33 0.34 0.33 0.40 0.29 0.25 0.95 1.36 0.56 1.09
O5' 0.11 0.10 0.12 0.16 0.13 0.33 0.14 0.71 0.11 0.10 0.11 0.11 0.35 0.27 0.16 0.22 0.89 1.57 0.79 1.20
OP1 0.44 0.36 0.49 0.39 0.21 0.18 0.24 0.49 0.32 0.38 0.28 0.39 0.92 0.75 0.13 0.18 0.92 1.51 0.73 1.17
OP2 0.18 0.17 0.20 0.28 0.20 0.50 0.20 0.91 0.19 0.18 0.18 0.16 0.42 0.24 0.22 0.38 0.89 1.59 0.91 1.25
P 0.35 0.31 0.37 0.27 0.21 0.17 0.21 0.52 0.26 0.31 0.26 0.34 0.75 0.59 0.16 0.14 0.89 1.46 0.70 1.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.00 0.42 0.47 0.10 0.36
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 0.01 0.09 0.64 0.92 0.24 0.66
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.46 0.36 0.23 0.38
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.03 0.07 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.22 0.11 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.06 0.01 0.20 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.02 0.78 1.13 0.35 0.86
C4' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.12 0.03 0.07 0.16 0.02 0.02 0.07 0.01 0.02 0.22 0.26 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.11 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.02 0.05 0.74 0.97 0.30 0.79
C5' 0.05 0.12 0.04 0.01 0.20 0.01 0.27 0.00 0.26 0.13 0.15 0.18 0.04 0.03 0.22 0.02 0.00 0.39 0.42 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.12 0.01 0.26 0.00 0.00 0.02 0.01 0.14 0.08 0.02 0.08 0.66 0.77 0.22 0.65
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.02 0.01 0.60 0.74 0.18 0.57
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.02 0.07 0.73 1.10 0.32 0.79
O2 0.02 0.01 0.04 0.07 0.02 0.16 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.13 0.03 0.17 0.56 0.88 0.22 0.59
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.05 0.02 0.11 0.04 0.14 0.03 0.09 0.17 0.00 0.04 0.06 0.02 0.42 0.29 0.34 0.39
O3' 0.08 0.11 0.03 0.01 0.09 0.02 0.08 0.03 0.08 0.09 0.10 0.13 0.04 0.00 0.08 0.03 0.16 0.27 0.17 0.17
O4 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.07 0.02 0.22 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.08 0.00 0.03 0.82 1.25 0.41 0.94
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.07 0.17 0.02 0.03 0.03 0.00 0.30 0.48 0.11 0.24
O5' 0.42 0.64 0.46 0.09 0.78 0.02 0.74 0.00 0.66 0.60 0.73 0.56 0.42 0.16 0.82 0.30 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.47 0.92 0.36 0.22 1.13 0.22 0.97 0.39 0.77 0.74 1.10 0.88 0.29 0.27 1.25 0.48 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.24 0.23 0.11 0.35 0.26 0.30 0.42 0.22 0.18 0.32 0.22 0.34 0.17 0.41 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.36 0.66 0.38 0.09 0.86 0.03 0.79 0.01 0.65 0.57 0.79 0.59 0.39 0.17 0.94 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00