ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48851

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 4, 5, 3, 4, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.017, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.016, 0.025, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.013, 0.021, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.011, 0.022, 0.032, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.017, 0.030, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.024, 0.043, 0.062, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.043 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.019, 0.039, 0.059, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.039 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.015, 0.036, 0.056, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.036 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.018, 0.041, 0.065, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.041 std_dev=0.024
OP2 B 0, 0.233, 0.423, 0.613, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.423 std_dev=0.190
O5' B 0, 0.157, 0.378, 0.598, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.378 std_dev=0.221
C2' A 0, 0.308, 0.540, 0.772, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.540 std_dev=0.232
O2' A 0, 0.431, 0.670, 0.910, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.670 std_dev=0.240
N7 B 0, 0.139, 0.380, 0.621, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.380 std_dev=0.241
C8 B 0, 0.145, 0.394, 0.643, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.394 std_dev=0.249
C5 B 0, 0.254, 0.507, 0.760, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.507 std_dev=0.253
P B 0, 0.306, 0.559, 0.813, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.559 std_dev=0.254
O4' A 0, 0.331, 0.589, 0.846, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.589 std_dev=0.258
N9 B 0, 0.196, 0.458, 0.721, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.458 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.300, 0.564, 0.828, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.564 std_dev=0.264
O6 B 0, 0.392, 0.659, 0.926, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.659 std_dev=0.267
C1' B 0, 0.218, 0.485, 0.752, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.485 std_dev=0.267
C6 B 0, 0.387, 0.654, 0.922, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.654 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.232, 0.502, 0.772, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.502 std_dev=0.270
C4' B 0, 0.267, 0.539, 0.812, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.539 std_dev=0.272
C5' B 0, 0.201, 0.475, 0.748, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.475 std_dev=0.273
C3' B 0, 0.258, 0.539, 0.820, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.539 std_dev=0.281
C2' B 0, 0.220, 0.501, 0.783, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.501 std_dev=0.281
N3 B 0, 0.449, 0.734, 1.019, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.734 std_dev=0.285
OP1 A 0, 0.642, 0.938, 1.235, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.938 std_dev=0.296
N1 B 0, 0.550, 0.856, 1.161, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.856 std_dev=0.306
C2 B 0, 0.575, 0.887, 1.200, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.887 std_dev=0.313
O3' B 0, 0.330, 0.653, 0.976, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.653 std_dev=0.323
O2' B 0, 0.213, 0.546, 0.878, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.546 std_dev=0.332
P A 0, 0.748, 1.088, 1.427, 1.515 max_d=1.515 avg_d=1.088 std_dev=0.339
C4' A 0, 0.429, 0.770, 1.111, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.770 std_dev=0.341
OP2 A 0, 0.779, 1.128, 1.477, 1.651 max_d=1.651 avg_d=1.128 std_dev=0.349
C3' A 0, 0.478, 0.845, 1.212, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.845 std_dev=0.367
N2 B 0, 0.750, 1.125, 1.500, 1.808 max_d=1.808 avg_d=1.125 std_dev=0.375
O5' A 0, 1.008, 1.453, 1.899, 2.088 max_d=2.088 avg_d=1.453 std_dev=0.445
O3' A 0, 0.587, 1.092, 1.597, 2.240 max_d=2.240 avg_d=1.092 std_dev=0.505
OP1 B 0, 0.656, 1.177, 1.697, 1.779 max_d=1.779 avg_d=1.177 std_dev=0.521
C5' A 0, 0.755, 1.336, 1.918, 2.678 max_d=2.678 avg_d=1.336 std_dev=0.581

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.20 0.10 0.10
C2 0.02 0.00 0.13 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.13 0.11 0.13 0.20 0.20 0.14
C2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.03 0.07 0.07 0.11 0.13 0.07 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.10 0.30 0.16 0.13
C3' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.09 0.05 0.11 0.09 0.10 0.07 0.05 0.04 0.01 0.02 0.17 0.32 0.19 0.19
C4 0.01 0.01 0.08 0.08 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.05 0.11 0.19 0.18 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.03 0.04 0.06 0.09 0.03 0.09 0.02 0.01 0.03 0.16 0.05 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.04 0.13 0.19 0.21 0.15
C5' 0.01 0.08 0.03 0.03 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.13 0.07 0.08 0.09 0.12 0.04 0.08 0.04 0.01 0.01 0.12 0.04 0.03
C6 0.02 0.02 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.05 0.14 0.20 0.23 0.16
C8 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.11 0.16 0.18 0.17 0.14
N1 0.02 0.01 0.11 0.11 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.07 0.14 0.20 0.22 0.15
N3 0.02 0.00 0.13 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.11 0.12 0.20 0.18 0.13
N6 0.01 0.02 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.04 0.15 0.21 0.24 0.18
N7 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.08 0.08 0.16 0.19 0.21 0.16
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.10 0.19 0.15 0.11
O2' 0.02 0.12 0.01 0.04 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07 0.11 0.11 0.10 0.07 0.04 0.00 0.06 0.07 0.05 0.28 0.10 0.11
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.09 0.02 0.10 0.04 0.12 0.06 0.14 0.11 0.13 0.08 0.04 0.06 0.00 0.01 0.22 0.39 0.25 0.26
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.11 0.07 0.11 0.04 0.08 0.03 0.07 0.01 0.00 0.16 0.20 0.14 0.17
O5' 0.08 0.13 0.10 0.17 0.11 0.03 0.13 0.01 0.14 0.16 0.14 0.12 0.15 0.16 0.10 0.05 0.22 0.16 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.20 0.20 0.30 0.32 0.19 0.16 0.19 0.12 0.20 0.18 0.20 0.20 0.21 0.19 0.19 0.28 0.39 0.20 0.03 0.00 0.04 0.01
OP2 0.10 0.20 0.16 0.19 0.18 0.05 0.21 0.04 0.23 0.17 0.22 0.18 0.24 0.21 0.15 0.10 0.25 0.14 0.03 0.04 0.00 0.01
P 0.10 0.14 0.13 0.19 0.12 0.06 0.15 0.03 0.16 0.14 0.15 0.13 0.18 0.16 0.11 0.11 0.26 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.16 0.16 0.08 0.17 0.08 0.17 0.10 0.15 0.19 0.15 0.15 0.16 0.19 0.18 0.17 0.12 0.17 0.09 0.15 0.22 0.18 0.18
C2 0.22 0.18 0.21 0.12 0.21 0.14 0.21 0.15 0.17 0.23 0.16 0.16 0.19 0.23 0.22 0.24 0.13 0.21 0.14 0.15 0.19 0.24 0.20
C2' 0.22 0.23 0.19 0.09 0.22 0.11 0.22 0.12 0.21 0.22 0.22 0.23 0.22 0.22 0.22 0.21 0.10 0.20 0.11 0.20 0.26 0.19 0.19
C3' 0.23 0.21 0.17 0.07 0.22 0.12 0.21 0.09 0.19 0.23 0.20 0.20 0.21 0.23 0.23 0.19 0.10 0.24 0.09 0.18 0.22 0.13 0.14
C4 0.19 0.14 0.17 0.08 0.17 0.10 0.17 0.11 0.14 0.20 0.13 0.13 0.16 0.20 0.19 0.18 0.11 0.18 0.11 0.13 0.20 0.20 0.18
C4' 0.18 0.15 0.15 0.07 0.17 0.09 0.17 0.09 0.15 0.20 0.15 0.15 0.16 0.19 0.18 0.15 0.14 0.19 0.09 0.15 0.21 0.14 0.15
C5 0.17 0.11 0.14 0.07 0.15 0.08 0.14 0.10 0.11 0.18 0.10 0.11 0.13 0.17 0.17 0.15 0.12 0.17 0.10 0.10 0.21 0.20 0.18
C5' 0.17 0.14 0.14 0.09 0.16 0.09 0.16 0.12 0.15 0.19 0.15 0.14 0.15 0.18 0.17 0.15 0.17 0.19 0.11 0.15 0.23 0.15 0.16
C6 0.18 0.11 0.15 0.08 0.14 0.10 0.13 0.11 0.10 0.20 0.10 0.10 0.13 0.18 0.18 0.16 0.10 0.19 0.12 0.11 0.19 0.22 0.18
C8 0.16 0.12 0.13 0.08 0.14 0.08 0.14 0.11 0.11 0.17 0.11 0.11 0.13 0.16 0.16 0.13 0.14 0.17 0.10 0.11 0.23 0.17 0.18
N1 0.21 0.13 0.20 0.11 0.18 0.14 0.18 0.14 0.12 0.23 0.11 0.12 0.16 0.22 0.21 0.21 0.12 0.21 0.14 0.10 0.18 0.24 0.19
N3 0.21 0.18 0.20 0.10 0.20 0.13 0.20 0.13 0.17 0.23 0.17 0.17 0.19 0.22 0.21 0.22 0.11 0.20 0.12 0.16 0.19 0.22 0.19
N6 0.15 0.11 0.12 0.07 0.12 0.08 0.12 0.11 0.13 0.16 0.12 0.11 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.17 0.11 0.16 0.19 0.23 0.18
N7 0.15 0.11 0.12 0.08 0.13 0.08 0.12 0.11 0.10 0.16 0.10 0.10 0.12 0.15 0.15 0.12 0.14 0.16 0.10 0.10 0.23 0.17 0.18
N9 0.18 0.14 0.15 0.07 0.17 0.08 0.16 0.10 0.14 0.19 0.14 0.14 0.16 0.19 0.18 0.16 0.12 0.18 0.09 0.13 0.22 0.18 0.18
O2' 0.21 0.21 0.20 0.12 0.21 0.14 0.20 0.17 0.20 0.21 0.21 0.22 0.21 0.21 0.21 0.22 0.14 0.19 0.15 0.20 0.30 0.24 0.25
O3' 0.27 0.25 0.20 0.09 0.25 0.15 0.24 0.10 0.22 0.26 0.23 0.25 0.25 0.25 0.26 0.22 0.09 0.27 0.11 0.21 0.23 0.13 0.13
O4' 0.16 0.15 0.14 0.09 0.16 0.09 0.16 0.10 0.16 0.19 0.16 0.15 0.15 0.19 0.17 0.15 0.16 0.18 0.09 0.16 0.19 0.15 0.15
O5' 0.17 0.16 0.17 0.11 0.17 0.13 0.17 0.17 0.16 0.19 0.16 0.16 0.16 0.18 0.17 0.17 0.18 0.17 0.16 0.16 0.28 0.19 0.21
OP1 0.18 0.19 0.20 0.20 0.19 0.18 0.19 0.23 0.19 0.20 0.19 0.19 0.19 0.20 0.19 0.20 0.28 0.17 0.22 0.20 0.35 0.22 0.27
OP2 0.18 0.21 0.22 0.26 0.19 0.24 0.19 0.27 0.21 0.17 0.22 0.22 0.20 0.18 0.18 0.22 0.35 0.18 0.27 0.21 0.33 0.24 0.28
P 0.14 0.16 0.16 0.16 0.15 0.16 0.16 0.20 0.16 0.16 0.16 0.16 0.15 0.16 0.15 0.15 0.26 0.15 0.20 0.16 0.30 0.20 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.07 0.08 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.08 0.02 0.12 0.23 0.18
C2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04 0.12 0.13 0.08
C3' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.04 0.11 0.09 0.12 0.11 0.08 0.11 0.06 0.04 0.01 0.01 0.09 0.13 0.16 0.12 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.03 0.07 0.01 0.12 0.19 0.17
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.04 0.03 0.09 0.04 0.05 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.04 0.10 0.02 0.18 0.25 0.23
C5' 0.02 0.06 0.04 0.04 0.07 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12 0.10 0.06 0.05 0.14 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.14 0.08 0.03 0.02
C6 0.01 0.02 0.04 0.11 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.04 0.12 0.01 0.19 0.29 0.25
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.06 0.09 0.02 0.17 0.17 0.19
N1 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.10 0.02 0.16 0.27 0.22
N2 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.03 0.07 0.02 0.11 0.22 0.17
N3 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.02 0.06 0.01 0.10 0.19 0.15
N7 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.06 0.12 0.02 0.21 0.25 0.25
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.11 0.14 0.13
O2' 0.01 0.10 0.01 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03 0.09 0.12 0.10 0.03 0.03 0.00 0.08 0.04 0.07 0.07 0.11 0.10 0.06
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.09 0.01 0.12 0.03 0.14 0.10 0.14 0.13 0.09 0.13 0.05 0.08 0.00 0.02 0.12 0.16 0.22 0.14 0.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.12 0.04 0.12 0.07 0.09
O5' 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.02 0.10 0.01 0.12 0.09 0.10 0.07 0.06 0.12 0.07 0.07 0.12 0.12 0.00 0.14 0.03 0.04 0.01
O6 0.01 0.02 0.04 0.13 0.01 0.08 0.02 0.14 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.16 0.04 0.14 0.00 0.22 0.32 0.28
OP1 0.07 0.12 0.12 0.16 0.12 0.07 0.18 0.08 0.19 0.17 0.16 0.11 0.10 0.21 0.11 0.11 0.22 0.12 0.03 0.22 0.00 0.04 0.01
OP2 0.08 0.23 0.13 0.12 0.19 0.04 0.25 0.03 0.29 0.17 0.27 0.22 0.19 0.25 0.14 0.10 0.14 0.07 0.04 0.32 0.04 0.00 0.00
P 0.06 0.18 0.08 0.08 0.17 0.03 0.23 0.02 0.25 0.19 0.22 0.17 0.15 0.25 0.13 0.06 0.10 0.09 0.01 0.28 0.01 0.00 0.00