ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48857

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C8 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N9 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N7 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C3' A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C5' A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O2' A 0, 0.000, 0.053, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.053 std_dev=0.053
O3' A 0, 0.000, 0.078, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.078
OP1 B 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
O5' B 0, 0.000, 0.088, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.088 std_dev=0.088
P B 0, 0.000, 0.096, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.096 std_dev=0.096
OP2 B 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C5' B 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C4' B 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
O5' A 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
P A 0, 0.000, 0.138, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.138 std_dev=0.138
O4' B 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
OP1 A 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
C3' B 0, 0.000, 0.169, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C1' B 0, 0.000, 0.176, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.176
N1 B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
OP2 A 0, 0.000, 0.184, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C6 B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
C2 B 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
O2 B 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O3' B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C5 B 0, 0.000, 0.202, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C2' B 0, 0.000, 0.203, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.203 std_dev=0.203
N3 B 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C4 B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
N4 B 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
O2' B 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.05
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.07 0.05
C8 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.04
N6 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.09 0.07 0.05
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.08 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.02
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03
O5' 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.08 0.05 0.05 0.09 0.04 0.10 0.02 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.05 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04
C2 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02
C2' 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.03 0.03 0.04
C3' 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02
C4 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03
C4' 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04
C5 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03
C5' 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.05 0.03 0.05 0.05
C6 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03
C8 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.03 0.04 0.04
N1 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02
N3 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03
N6 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02
N7 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.04 0.03 0.03 0.04
N9 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04
O2' 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.00 0.07 0.05 0.03 0.04 0.05
O3' 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02
O4' 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.05 0.03 0.05 0.05
O5' 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.03
OP1 0.08 0.10 0.08 0.09 0.11 0.07 0.10 0.06 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.08 0.10 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06
OP2 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.06 0.08 0.05 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.07 0.08 0.04 0.05 0.07 0.06 0.05
P 0.03 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
N4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
O2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01
O5' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00