ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48858

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 10, 10, 8, 9, 7, 3, 6, 11, 8, 8, 13, 10, 9, 11, 7, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.017, 0.039, 0.061, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.039 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.016, 0.041, 0.066, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.041 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.018, 0.044, 0.070, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.044 std_dev=0.026
N6 B 0, 0.185, 0.429, 0.674, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.429 std_dev=0.245
C6 B 0, 0.208, 0.464, 0.721, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.464 std_dev=0.256
N1 B 0, 0.253, 0.566, 0.879, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.566 std_dev=0.313
C5 B 0, 0.246, 0.579, 0.913, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.579 std_dev=0.334
C2 B 0, 0.336, 0.707, 1.078, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.707 std_dev=0.371
N7 B 0, 0.257, 0.656, 1.054, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.656 std_dev=0.398
N3 B 0, 0.376, 0.831, 1.287, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.831 std_dev=0.456
C4 B 0, 0.307, 0.768, 1.230, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.768 std_dev=0.462
O4' A 0, -0.030, 0.439, 0.908, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.439 std_dev=0.469
C2' A 0, -0.021, 0.465, 0.952, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.465 std_dev=0.487
C8 B 0, 0.324, 0.886, 1.449, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.886 std_dev=0.563
O2' A 0, -0.043, 0.564, 1.171, 2.847 max_d=2.847 avg_d=0.564 std_dev=0.607
N9 B 0, 0.335, 0.943, 1.552, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.943 std_dev=0.609
C4' A 0, -0.013, 0.670, 1.352, 2.550 max_d=2.550 avg_d=0.670 std_dev=0.683
C3' A 0, 0.005, 0.724, 1.443, 2.378 max_d=2.378 avg_d=0.724 std_dev=0.719
C1' B 0, 0.384, 1.165, 1.945, 2.767 max_d=2.767 avg_d=1.165 std_dev=0.781
O2' B 0, 0.553, 1.381, 2.208, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.381 std_dev=0.828
C2' B 0, 0.532, 1.365, 2.198, 3.142 max_d=3.142 avg_d=1.365 std_dev=0.833
O4' B 0, 0.449, 1.407, 2.365, 3.652 max_d=3.652 avg_d=1.407 std_dev=0.958
O3' A 0, -0.013, 1.013, 2.039, 3.504 max_d=3.504 avg_d=1.013 std_dev=1.026
C5' A 0, 0.014, 1.140, 2.266, 4.018 max_d=4.018 avg_d=1.140 std_dev=1.126
C4' B 0, 0.458, 1.617, 2.776, 4.453 max_d=4.453 avg_d=1.617 std_dev=1.159
C3' B 0, 0.471, 1.636, 2.800, 4.628 max_d=4.628 avg_d=1.636 std_dev=1.164
C5' B 0, 0.453, 1.749, 3.045, 4.782 max_d=4.782 avg_d=1.749 std_dev=1.296
O5' B 0, 0.541, 1.914, 3.287, 4.964 max_d=4.964 avg_d=1.914 std_dev=1.373
O5' A 0, -0.109, 1.421, 2.951, 5.295 max_d=5.295 avg_d=1.421 std_dev=1.530
O3' B 0, 0.349, 1.903, 3.458, 6.217 max_d=6.217 avg_d=1.903 std_dev=1.554
P B 0, 0.483, 2.106, 3.729, 6.279 max_d=6.279 avg_d=2.106 std_dev=1.623
P A 0, 0.226, 1.858, 3.490, 5.319 max_d=5.319 avg_d=1.858 std_dev=1.632
OP2 A 0, 0.688, 2.360, 4.032, 5.333 max_d=5.333 avg_d=2.360 std_dev=1.672
OP2 B 0, 0.379, 2.226, 4.073, 7.426 max_d=7.426 avg_d=2.226 std_dev=1.847
OP1 A 0, 0.583, 2.606, 4.628, 7.587 max_d=7.587 avg_d=2.606 std_dev=2.023
OP1 B 0, 0.601, 2.778, 4.956, 8.540 max_d=8.540 avg_d=2.778 std_dev=2.178

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.11 0.39 0.44 0.20
C2 0.03 0.00 0.38 0.27 0.01 0.14 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.39 0.36 0.28 0.41 0.69 0.87 0.62
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.06 0.18 0.19 0.30 0.37 0.14 0.11 0.03 0.01 0.03 0.01 0.20 0.47 0.38 0.24
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.17 0.01 0.16 0.03 0.19 0.20 0.24 0.25 0.19 0.18 0.10 0.03 0.01 0.02 0.28 0.40 0.34 0.22
C4 0.02 0.01 0.20 0.17 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.18 0.15 0.29 0.64 0.71 0.43
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.13 0.12 0.13 0.10 0.12 0.05 0.13 0.03 0.00 0.02 0.35 0.35 0.09
C5 0.01 0.01 0.11 0.16 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.08 0.32 0.81 0.79 0.46
C5' 0.04 0.30 0.06 0.03 0.19 0.01 0.20 0.00 0.25 0.19 0.29 0.27 0.25 0.20 0.11 0.09 0.07 0.02 0.01 0.40 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.19 0.01 0.09 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.21 0.14 0.35 0.87 0.90 0.55
C8 0.02 0.02 0.19 0.20 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.21 0.16 0.43 0.79 0.58 0.37
N1 0.03 0.01 0.30 0.24 0.01 0.12 0.01 0.29 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.31 0.23 0.39 0.79 0.92 0.62
N3 0.03 0.01 0.37 0.25 0.01 0.13 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.33 0.28 0.36 0.59 0.76 0.53
N6 0.02 0.01 0.14 0.19 0.01 0.10 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.20 0.10 0.37 1.00 0.94 0.57
N7 0.02 0.02 0.11 0.18 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.17 0.08 0.41 0.95 0.74 0.44
N9 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.06 0.02 0.24 0.56 0.54 0.29
O2' 0.02 0.39 0.01 0.03 0.18 0.13 0.15 0.09 0.19 0.26 0.30 0.37 0.18 0.22 0.10 0.00 0.06 0.09 0.11 0.48 0.34 0.17
O3' 0.08 0.36 0.03 0.01 0.18 0.03 0.14 0.07 0.21 0.21 0.31 0.33 0.20 0.17 0.06 0.06 0.00 0.04 0.29 0.58 0.38 0.28
O4' 0.01 0.28 0.01 0.02 0.15 0.00 0.08 0.02 0.14 0.16 0.23 0.28 0.10 0.08 0.02 0.09 0.04 0.00 0.12 0.32 0.52 0.22
O5' 0.11 0.41 0.20 0.28 0.29 0.02 0.32 0.01 0.35 0.43 0.39 0.36 0.37 0.41 0.24 0.11 0.29 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.69 0.47 0.40 0.64 0.35 0.81 0.40 0.87 0.79 0.79 0.59 1.00 0.95 0.56 0.48 0.58 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 0.87 0.38 0.34 0.71 0.35 0.79 0.36 0.90 0.58 0.92 0.76 0.94 0.74 0.54 0.34 0.38 0.52 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.62 0.24 0.22 0.43 0.09 0.46 0.02 0.55 0.37 0.62 0.53 0.57 0.44 0.29 0.17 0.28 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.18 0.30 0.48 0.18 0.30 0.17 0.41 0.17 0.23 0.19 0.18 0.18 0.20 0.21 0.61 0.56 0.26 0.91 1.20 1.77 1.16
C2 0.19 0.19 0.21 0.44 0.17 0.21 0.17 0.29 0.18 0.20 0.19 0.18 0.19 0.19 0.19 0.47 0.44 0.19 0.82 0.91 1.58 0.98
C2' 0.26 0.46 0.32 0.49 0.34 0.25 0.35 0.35 0.44 0.26 0.50 0.39 0.49 0.29 0.28 0.57 0.56 0.22 0.83 1.07 1.67 1.05
C3' 0.25 0.35 0.31 0.40 0.27 0.28 0.28 0.41 0.35 0.27 0.39 0.29 0.40 0.27 0.25 0.59 0.49 0.28 0.86 1.18 1.69 1.13
C4 0.21 0.17 0.27 0.43 0.17 0.25 0.16 0.35 0.17 0.21 0.18 0.16 0.18 0.19 0.19 0.56 0.48 0.23 0.86 1.06 1.70 1.08
C4' 0.26 0.21 0.37 0.43 0.18 0.36 0.17 0.50 0.18 0.24 0.22 0.19 0.20 0.19 0.23 0.68 0.53 0.31 0.92 1.31 1.72 1.21
C5 0.21 0.16 0.29 0.39 0.16 0.25 0.15 0.36 0.16 0.21 0.17 0.15 0.19 0.18 0.19 0.57 0.45 0.23 0.83 1.01 1.68 1.05
C5' 0.43 0.40 0.59 0.50 0.37 0.50 0.34 0.64 0.35 0.38 0.39 0.39 0.35 0.34 0.39 0.86 0.59 0.45 0.97 1.43 1.69 1.28
C6 0.19 0.16 0.26 0.37 0.15 0.21 0.15 0.32 0.16 0.20 0.17 0.15 0.20 0.17 0.17 0.52 0.41 0.21 0.79 0.89 1.60 0.98
C8 0.24 0.17 0.34 0.42 0.17 0.30 0.16 0.43 0.17 0.23 0.18 0.17 0.19 0.19 0.21 0.63 0.51 0.28 0.86 1.15 1.74 1.13
N1 0.18 0.16 0.21 0.40 0.16 0.20 0.16 0.29 0.16 0.19 0.18 0.15 0.19 0.18 0.17 0.47 0.40 0.19 0.79 0.84 1.53 0.94
N3 0.20 0.19 0.24 0.45 0.18 0.23 0.17 0.32 0.18 0.21 0.20 0.18 0.19 0.20 0.19 0.52 0.48 0.21 0.86 1.01 1.66 1.05
N6 0.19 0.17 0.30 0.34 0.15 0.22 0.16 0.35 0.18 0.19 0.19 0.15 0.22 0.17 0.17 0.52 0.39 0.21 0.74 0.82 1.53 0.93
N7 0.23 0.16 0.35 0.39 0.17 0.28 0.16 0.41 0.17 0.22 0.18 0.16 0.20 0.18 0.20 0.62 0.48 0.27 0.83 1.08 1.71 1.09
N9 0.23 0.17 0.30 0.45 0.17 0.28 0.16 0.40 0.17 0.22 0.18 0.17 0.19 0.19 0.21 0.60 0.52 0.26 0.88 1.14 1.75 1.13
O2' 0.30 0.51 0.37 0.58 0.38 0.32 0.38 0.39 0.48 0.29 0.54 0.44 0.51 0.31 0.32 0.59 0.65 0.25 0.84 1.04 1.65 1.02
O3' 0.25 0.49 0.29 0.42 0.34 0.26 0.36 0.38 0.47 0.26 0.53 0.40 0.52 0.29 0.27 0.55 0.50 0.25 0.82 1.12 1.63 1.07
O4' 0.30 0.29 0.38 0.48 0.26 0.38 0.25 0.50 0.27 0.28 0.31 0.27 0.29 0.25 0.28 0.70 0.57 0.34 0.95 1.34 1.78 1.24
O5' 0.56 0.52 0.70 0.66 0.49 0.64 0.46 0.73 0.46 0.50 0.51 0.52 0.45 0.45 0.51 0.93 0.75 0.60 1.03 1.47 1.69 1.31
OP1 1.31 1.00 1.36 1.40 1.11 1.49 1.04 1.61 0.94 1.23 0.93 1.09 0.85 1.12 1.22 1.47 1.43 1.44 1.89 2.28 2.33 2.13
OP2 1.10 1.08 1.29 1.06 1.06 1.07 1.02 1.12 1.02 1.03 1.05 1.08 0.99 1.00 1.06 1.49 1.07 1.04 1.21 1.58 1.59 1.41
P 0.85 0.83 1.05 0.87 0.80 0.90 0.75 0.99 0.76 0.77 0.81 0.83 0.73 0.72 0.81 1.27 0.91 0.85 1.22 1.65 1.71 1.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.29 0.25 0.37 0.23
C2 0.04 0.00 0.28 0.28 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.24 0.13 0.49 0.32 0.81 0.48
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.15 0.03 0.09 0.17 0.15 0.13 0.22 0.27 0.12 0.09 0.04 0.01 0.03 0.02 0.50 0.63 0.70 0.55
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.25 0.01 0.32 0.02 0.34 0.30 0.32 0.23 0.37 0.34 0.21 0.02 0.01 0.02 0.33 0.60 0.31 0.31
C4 0.02 0.01 0.15 0.25 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.15 0.07 0.51 0.32 0.79 0.48
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.16 0.09 0.09 0.12 0.15 0.08 0.27 0.03 0.01 0.02 0.21 0.26 0.09
C5 0.01 0.01 0.09 0.32 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.21 0.04 0.63 0.47 1.04 0.64
C5' 0.08 0.14 0.17 0.02 0.14 0.01 0.19 0.00 0.19 0.24 0.16 0.13 0.22 0.25 0.14 0.12 0.18 0.02 0.01 0.32 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.34 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.24 0.07 0.64 0.50 1.12 0.68
C8 0.02 0.02 0.13 0.30 0.01 0.16 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.28 0.23 0.09 0.64 0.46 0.94 0.61
N1 0.03 0.01 0.22 0.32 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.24 0.11 0.58 0.41 1.00 0.59
N3 0.04 0.01 0.27 0.23 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.24 0.13 0.43 0.27 0.67 0.40
N6 0.02 0.01 0.12 0.37 0.02 0.12 0.02 0.22 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.29 0.30 0.06 0.71 0.61 1.29 0.79
N7 0.01 0.02 0.09 0.34 0.01 0.15 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.27 0.06 0.70 0.57 1.17 0.73
N9 0.01 0.02 0.04 0.21 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.09 0.02 0.48 0.29 0.67 0.42
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.20 0.27 0.25 0.12 0.26 0.28 0.25 0.24 0.29 0.30 0.17 0.00 0.07 0.18 0.28 0.50 0.70 0.42
O3' 0.21 0.24 0.03 0.01 0.15 0.03 0.21 0.18 0.24 0.23 0.24 0.24 0.30 0.27 0.09 0.07 0.00 0.15 0.21 0.57 0.33 0.21
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.09 0.11 0.13 0.06 0.06 0.02 0.18 0.15 0.00 0.14 0.18 0.25 0.19
O5' 0.29 0.49 0.50 0.33 0.51 0.02 0.63 0.01 0.64 0.64 0.58 0.43 0.71 0.70 0.48 0.28 0.21 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.32 0.63 0.60 0.32 0.21 0.47 0.32 0.50 0.46 0.41 0.27 0.61 0.57 0.29 0.50 0.57 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.81 0.70 0.31 0.79 0.26 1.04 0.29 1.12 0.94 1.00 0.67 1.29 1.17 0.67 0.70 0.33 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.48 0.55 0.31 0.48 0.09 0.64 0.02 0.68 0.61 0.59 0.40 0.79 0.73 0.42 0.42 0.21 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00