ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48859

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 21, 15, 5, 5, 4, 4, 3, 2, 7, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.014, 0.037, 0.060, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.037 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.011, 0.034, 0.057, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.034 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.013, 0.040, 0.067, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.040 std_dev=0.027
O4' A 0, -0.068, 0.149, 0.367, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.149 std_dev=0.218
C2' A 0, -0.060, 0.173, 0.407, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.173 std_dev=0.234
C5 B 0, 0.113, 0.390, 0.666, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.390 std_dev=0.277
C4 B 0, 0.093, 0.379, 0.665, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.379 std_dev=0.286
C6 B 0, 0.113, 0.410, 0.706, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.410 std_dev=0.296
N9 B 0, 0.081, 0.392, 0.703, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.392 std_dev=0.311
N7 B 0, 0.109, 0.423, 0.737, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.423 std_dev=0.314
N1 B 0, 0.124, 0.445, 0.766, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.445 std_dev=0.321
N6 B 0, 0.130, 0.452, 0.773, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.452 std_dev=0.321
N3 B 0, 0.083, 0.406, 0.728, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.406 std_dev=0.323
O2' A 0, -0.050, 0.275, 0.600, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.275 std_dev=0.325
C8 B 0, 0.085, 0.421, 0.757, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.421 std_dev=0.336
C2 B 0, 0.103, 0.440, 0.777, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.440 std_dev=0.337
C4' A 0, -0.076, 0.261, 0.599, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.261 std_dev=0.338
C1' B 0, 0.063, 0.418, 0.773, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.418 std_dev=0.355
C3' A 0, -0.092, 0.285, 0.662, 2.395 max_d=2.395 avg_d=0.285 std_dev=0.377
C5' A 0, -0.116, 0.413, 0.942, 3.708 max_d=3.708 avg_d=0.413 std_dev=0.529
O3' A 0, -0.136, 0.432, 0.999, 3.364 max_d=3.364 avg_d=0.432 std_dev=0.568
O4' B 0, -0.103, 0.503, 1.109, 3.303 max_d=3.303 avg_d=0.503 std_dev=0.606
O5' A 0, -0.225, 0.460, 1.144, 5.482 max_d=5.482 avg_d=0.460 std_dev=0.684
C2' B 0, -0.079, 0.619, 1.316, 3.209 max_d=3.209 avg_d=0.619 std_dev=0.697
C4' B 0, -0.209, 0.635, 1.480, 4.401 max_d=4.401 avg_d=0.635 std_dev=0.845
C3' B 0, -0.165, 0.690, 1.546, 4.170 max_d=4.170 avg_d=0.690 std_dev=0.855
O2' B 0, -0.127, 0.752, 1.630, 3.670 max_d=3.670 avg_d=0.752 std_dev=0.878
P A 0, -0.291, 0.621, 1.534, 7.048 max_d=7.048 avg_d=0.621 std_dev=0.913
O3' B 0, -0.142, 0.840, 1.821, 3.827 max_d=3.827 avg_d=0.840 std_dev=0.981
OP2 A 0, -0.227, 0.816, 1.859, 6.332 max_d=6.332 avg_d=0.816 std_dev=1.043
C5' B 0, -0.513, 0.808, 2.130, 7.370 max_d=7.370 avg_d=0.808 std_dev=1.322
O5' B 0, -0.578, 0.815, 2.207, 8.160 max_d=8.160 avg_d=0.815 std_dev=1.392
OP1 A 0, -0.451, 0.978, 2.406, 8.709 max_d=8.709 avg_d=0.978 std_dev=1.428
P B 0, -0.965, 0.861, 2.687, 10.904 max_d=10.904 avg_d=0.861 std_dev=1.826
OP1 B 0, -0.843, 1.003, 2.849, 10.729 max_d=10.729 avg_d=1.003 std_dev=1.846
OP2 B 0, -1.105, 0.986, 3.076, 12.088 max_d=12.088 avg_d=0.986 std_dev=2.091

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.01 0.08 0.44 0.23 0.15
C2 0.03 0.00 0.16 0.16 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.08 0.13 0.55 0.45 0.19
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.08 0.08 0.09 0.12 0.16 0.07 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.17 0.30 0.26 0.20
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.16 0.16 0.16 0.14 0.18 0.17 0.10 0.02 0.01 0.01 0.12 0.19 0.13 0.10
C4 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.09 0.04 0.12 0.56 0.40 0.16
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.11 0.07 0.05 0.10 0.11 0.05 0.12 0.02 0.00 0.01 0.13 0.17 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.11 0.03 0.17 0.63 0.49 0.17
C5' 0.04 0.10 0.08 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.16 0.13 0.08 0.18 0.18 0.09 0.06 0.09 0.01 0.01 0.10 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.13 0.05 0.18 0.63 0.54 0.19
C8 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.15 0.06 0.20 0.67 0.38 0.19
N1 0.03 0.01 0.12 0.16 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.14 0.07 0.16 0.59 0.52 0.19
N3 0.03 0.01 0.16 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.15 0.08 0.10 0.52 0.39 0.17
N6 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.10 0.02 0.18 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.16 0.16 0.05 0.21 0.66 0.61 0.21
N7 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.15 0.04 0.22 0.70 0.50 0.19
N9 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.11 0.56 0.32 0.15
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.12 0.12 0.13 0.06 0.15 0.11 0.17 0.17 0.16 0.12 0.07 0.00 0.05 0.09 0.13 0.25 0.27 0.17
O3' 0.10 0.16 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.09 0.13 0.15 0.14 0.15 0.16 0.15 0.07 0.05 0.00 0.08 0.16 0.37 0.19 0.18
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.07 0.08 0.05 0.04 0.01 0.09 0.08 0.00 0.11 0.45 0.26 0.19
O5' 0.08 0.13 0.17 0.12 0.12 0.01 0.17 0.01 0.18 0.20 0.16 0.10 0.21 0.22 0.11 0.13 0.16 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.44 0.55 0.30 0.19 0.56 0.13 0.63 0.10 0.63 0.67 0.59 0.52 0.66 0.70 0.56 0.25 0.37 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.45 0.26 0.13 0.40 0.17 0.49 0.23 0.54 0.38 0.52 0.39 0.61 0.50 0.32 0.27 0.19 0.26 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.19 0.20 0.10 0.16 0.05 0.17 0.02 0.19 0.19 0.19 0.17 0.21 0.19 0.15 0.17 0.18 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.16 0.21 0.34 0.13 0.29 0.13 0.48 0.15 0.17 0.17 0.13 0.16 0.15 0.15 0.38 0.35 0.25 0.62 1.23 1.29 0.96
C2 0.15 0.18 0.16 0.29 0.15 0.20 0.16 0.32 0.17 0.17 0.19 0.16 0.20 0.18 0.15 0.29 0.22 0.20 0.46 1.02 1.06 0.72
C2' 0.16 0.19 0.20 0.29 0.15 0.31 0.14 0.51 0.16 0.15 0.19 0.16 0.18 0.15 0.15 0.35 0.28 0.29 0.67 1.28 1.37 1.04
C3' 0.24 0.21 0.32 0.27 0.20 0.39 0.18 0.62 0.18 0.22 0.20 0.21 0.18 0.19 0.22 0.47 0.29 0.38 0.80 1.41 1.51 1.19
C4 0.15 0.15 0.20 0.33 0.13 0.28 0.13 0.45 0.14 0.17 0.16 0.13 0.17 0.15 0.15 0.36 0.32 0.24 0.60 1.19 1.25 0.92
C4' 0.18 0.18 0.27 0.33 0.15 0.34 0.15 0.57 0.17 0.18 0.19 0.16 0.19 0.16 0.17 0.44 0.37 0.30 0.72 1.34 1.43 1.11
C5 0.17 0.14 0.24 0.37 0.14 0.33 0.14 0.52 0.14 0.18 0.15 0.13 0.17 0.16 0.16 0.39 0.37 0.27 0.66 1.25 1.30 0.99
C5' 0.23 0.23 0.34 0.38 0.21 0.41 0.21 0.67 0.23 0.23 0.25 0.22 0.25 0.21 0.22 0.50 0.44 0.34 0.79 1.40 1.52 1.21
C6 0.16 0.14 0.21 0.34 0.14 0.30 0.13 0.47 0.14 0.17 0.15 0.13 0.17 0.16 0.16 0.36 0.33 0.25 0.61 1.17 1.23 0.91
C8 0.19 0.14 0.28 0.40 0.14 0.38 0.14 0.60 0.15 0.20 0.16 0.14 0.18 0.17 0.18 0.44 0.45 0.30 0.73 1.34 1.39 1.10
N1 0.15 0.15 0.17 0.30 0.14 0.22 0.14 0.35 0.15 0.17 0.16 0.14 0.17 0.18 0.15 0.30 0.24 0.21 0.50 1.04 1.09 0.76
N3 0.15 0.17 0.17 0.30 0.14 0.22 0.15 0.36 0.17 0.17 0.18 0.15 0.19 0.17 0.15 0.31 0.25 0.22 0.51 1.09 1.13 0.80
N6 0.19 0.16 0.26 0.38 0.17 0.34 0.17 0.53 0.18 0.20 0.18 0.16 0.21 0.18 0.18 0.39 0.38 0.28 0.67 1.21 1.27 0.97
N7 0.20 0.15 0.30 0.42 0.16 0.39 0.15 0.61 0.16 0.21 0.16 0.15 0.19 0.18 0.19 0.45 0.46 0.31 0.75 1.35 1.40 1.11
N9 0.16 0.15 0.23 0.36 0.13 0.32 0.13 0.51 0.14 0.17 0.16 0.13 0.16 0.15 0.15 0.39 0.37 0.26 0.65 1.26 1.31 1.00
O2' 0.20 0.23 0.18 0.39 0.20 0.32 0.21 0.48 0.22 0.22 0.24 0.21 0.24 0.22 0.20 0.25 0.34 0.28 0.60 1.20 1.29 0.95
O3' 0.22 0.23 0.28 0.25 0.18 0.40 0.17 0.65 0.20 0.18 0.24 0.21 0.21 0.16 0.19 0.42 0.27 0.39 0.82 1.43 1.55 1.23
O4' 0.18 0.20 0.25 0.39 0.16 0.33 0.16 0.52 0.19 0.19 0.21 0.17 0.21 0.18 0.17 0.41 0.42 0.26 0.65 1.26 1.32 1.01
O5' 0.27 0.26 0.42 0.38 0.24 0.45 0.24 0.73 0.25 0.26 0.27 0.25 0.27 0.24 0.25 0.57 0.42 0.38 0.87 1.48 1.59 1.29
OP1 0.60 0.63 0.67 0.93 0.61 0.81 0.61 1.02 0.62 0.61 0.63 0.62 0.62 0.60 0.61 0.59 1.05 0.68 1.16 1.71 1.73 1.52
OP2 0.79 0.67 0.93 0.68 0.71 0.87 0.68 1.14 0.64 0.75 0.64 0.70 0.62 0.71 0.75 1.07 0.59 0.84 1.25 1.74 1.98 1.65
P 0.28 0.27 0.44 0.51 0.25 0.53 0.25 0.82 0.27 0.27 0.29 0.26 0.29 0.24 0.26 0.52 0.59 0.41 0.97 1.56 1.66 1.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.20 0.32 0.37 0.19
C2 0.04 0.00 0.20 0.23 0.01 0.26 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.31 0.25 0.49 0.47 0.44 0.38
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.10 0.02 0.05 0.17 0.09 0.14 0.16 0.20 0.07 0.09 0.03 0.01 0.04 0.02 0.50 0.58 0.49 0.46
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.17 0.00 0.20 0.03 0.22 0.22 0.23 0.21 0.24 0.23 0.14 0.02 0.01 0.01 0.25 0.35 0.22 0.19
C4 0.02 0.01 0.10 0.17 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.19 0.21 0.13 0.25 0.42 0.43 0.17
C4' 0.01 0.26 0.02 0.00 0.12 0.00 0.07 0.01 0.11 0.18 0.19 0.26 0.09 0.14 0.05 0.21 0.04 0.01 0.02 0.23 0.23 0.06
C5 0.02 0.01 0.05 0.20 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.14 0.07 0.24 0.57 0.58 0.27
C5' 0.06 0.45 0.17 0.03 0.20 0.01 0.14 0.00 0.20 0.29 0.34 0.42 0.18 0.24 0.09 0.07 0.17 0.02 0.01 0.18 0.23 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.22 0.01 0.11 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.16 0.12 0.26 0.52 0.52 0.19
C8 0.01 0.01 0.14 0.22 0.01 0.18 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.29 0.15 0.14 0.45 0.77 0.79 0.58
N1 0.04 0.00 0.16 0.23 0.01 0.19 0.01 0.34 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.24 0.20 0.38 0.45 0.43 0.24
N3 0.04 0.00 0.20 0.21 0.00 0.26 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.33 0.26 0.45 0.44 0.42 0.35
N6 0.03 0.01 0.07 0.24 0.02 0.09 0.02 0.18 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.26 0.14 0.09 0.26 0.62 0.62 0.27
N7 0.01 0.01 0.09 0.23 0.01 0.14 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.15 0.08 0.39 0.80 0.81 0.55
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.16 0.16 0.01 0.24 0.47 0.51 0.28
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.19 0.21 0.23 0.07 0.24 0.29 0.25 0.25 0.26 0.30 0.16 0.00 0.05 0.15 0.33 0.55 0.36 0.35
O3' 0.28 0.31 0.04 0.01 0.21 0.04 0.14 0.17 0.16 0.15 0.24 0.33 0.14 0.15 0.16 0.05 0.00 0.21 0.19 0.45 0.29 0.27
O4' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.13 0.01 0.07 0.02 0.12 0.14 0.20 0.26 0.09 0.08 0.01 0.15 0.21 0.00 0.13 0.28 0.34 0.16
O5' 0.20 0.49 0.50 0.25 0.25 0.02 0.24 0.01 0.26 0.45 0.38 0.45 0.26 0.39 0.24 0.33 0.19 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.32 0.47 0.58 0.35 0.42 0.23 0.57 0.18 0.52 0.77 0.45 0.44 0.62 0.80 0.47 0.55 0.45 0.28 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.44 0.49 0.22 0.43 0.23 0.58 0.23 0.52 0.79 0.43 0.42 0.62 0.81 0.51 0.36 0.29 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.38 0.46 0.19 0.17 0.06 0.27 0.02 0.19 0.58 0.24 0.35 0.27 0.55 0.28 0.35 0.27 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00