ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48862

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 0, 0, 4, 1, 6, 3, 7, 0, 4, 8, 8, 1, 2, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.018, 0.028, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.017, 0.032, 0.046, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.036, 0.053, 0.069, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.053 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.034, 0.052, 0.070, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.052 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.028, 0.049, 0.069, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.020, 0.043, 0.065, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.043 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.030, 0.052, 0.075, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.052 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.025, 0.050, 0.076, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.050 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.026, 0.055, 0.084, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.055 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.038, 0.072, 0.106, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.072 std_dev=0.034
C5 B 0, 0.328, 0.568, 0.807, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.568 std_dev=0.239
C4 B 0, 0.396, 0.695, 0.995, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.695 std_dev=0.300
N9 B 0, 0.534, 0.853, 1.171, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.853 std_dev=0.318
N6 B 0, 0.359, 0.724, 1.088, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.724 std_dev=0.364
C6 B 0, 0.373, 0.741, 1.109, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.741 std_dev=0.368
N7 B 0, 0.359, 0.727, 1.096, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.727 std_dev=0.369
C1' B 0, 0.675, 1.095, 1.515, 1.824 max_d=1.824 avg_d=1.095 std_dev=0.420
C8 B 0, 0.506, 0.975, 1.444, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.975 std_dev=0.469
N3 B 0, 0.471, 0.965, 1.460, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.965 std_dev=0.495
N1 B 0, 0.541, 1.151, 1.761, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.151 std_dev=0.610
O4' A 0, 0.337, 0.957, 1.577, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.957 std_dev=0.620
C2' A 0, 0.479, 1.132, 1.785, 2.123 max_d=2.123 avg_d=1.132 std_dev=0.653
C2 B 0, 0.551, 1.206, 1.861, 2.468 max_d=2.468 avg_d=1.206 std_dev=0.655
O4' B 0, 0.708, 1.425, 2.142, 3.399 max_d=3.399 avg_d=1.425 std_dev=0.717
O2' B 0, 0.973, 1.694, 2.414, 2.950 max_d=2.950 avg_d=1.694 std_dev=0.720
C2' B 0, 0.885, 1.617, 2.350, 2.826 max_d=2.826 avg_d=1.617 std_dev=0.732
C3' A 0, 0.675, 1.540, 2.406, 2.565 max_d=2.565 avg_d=1.540 std_dev=0.865
C4' A 0, 0.575, 1.453, 2.330, 2.615 max_d=2.615 avg_d=1.453 std_dev=0.877
O2' A 0, 0.764, 1.670, 2.577, 3.186 max_d=3.186 avg_d=1.670 std_dev=0.907
C4' B 0, 0.909, 1.962, 3.015, 4.622 max_d=4.622 avg_d=1.962 std_dev=1.053
C3' B 0, 0.931, 2.001, 3.070, 4.376 max_d=4.376 avg_d=2.001 std_dev=1.070
O3' A 0, 1.004, 2.080, 3.157, 3.624 max_d=3.624 avg_d=2.080 std_dev=1.077
C5' B 0, 0.921, 2.314, 3.706, 6.272 max_d=6.272 avg_d=2.314 std_dev=1.392
O3' B 0, 1.102, 2.501, 3.900, 5.753 max_d=5.753 avg_d=2.501 std_dev=1.399
C5' A 0, 0.756, 2.242, 3.728, 4.456 max_d=4.456 avg_d=2.242 std_dev=1.486
O5' B 0, 1.124, 2.739, 4.354, 6.094 max_d=6.094 avg_d=2.739 std_dev=1.615
P B 0, 1.253, 3.158, 5.064, 7.668 max_d=7.668 avg_d=3.158 std_dev=1.905
O5' A 0, 0.870, 2.929, 4.988, 5.740 max_d=5.740 avg_d=2.929 std_dev=2.059
OP1 B 0, 1.864, 4.102, 6.339, 8.679 max_d=8.679 avg_d=4.102 std_dev=2.238
OP2 B 0, 0.881, 3.229, 5.576, 9.166 max_d=9.166 avg_d=3.229 std_dev=2.347
OP2 A 0, 1.586, 4.101, 6.616, 8.031 max_d=8.031 avg_d=4.101 std_dev=2.515
P A 0, 1.069, 3.690, 6.311, 7.201 max_d=7.201 avg_d=3.690 std_dev=2.621
OP1 A 0, 1.738, 4.747, 7.757, 9.677 max_d=9.677 avg_d=4.747 std_dev=3.010

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.29 0.01 0.32 0.61 0.47 0.32
C2 0.04 0.00 0.38 0.26 0.01 0.20 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.51 0.46 0.33 0.40 0.87 1.01 0.64
C2' 0.00 0.38 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.20 0.19 0.21 0.30 0.37 0.15 0.12 0.04 0.01 0.07 0.02 0.60 0.80 0.72 0.63
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.22 0.01 0.29 0.03 0.29 0.35 0.27 0.24 0.33 0.36 0.21 0.02 0.01 0.02 0.40 0.69 0.32 0.36
C4 0.02 0.01 0.20 0.22 0.00 0.11 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.33 0.26 0.18 0.41 0.88 0.93 0.60
C4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.14 0.24 0.16 0.19 0.15 0.21 0.10 0.29 0.06 0.01 0.03 0.44 0.32 0.16
C5 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.14 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.20 0.09 0.54 1.13 1.16 0.81
C5' 0.08 0.33 0.20 0.03 0.24 0.01 0.30 0.00 0.32 0.35 0.33 0.29 0.35 0.36 0.19 0.11 0.20 0.03 0.02 0.27 0.43 0.03
C6 0.03 0.01 0.19 0.29 0.01 0.14 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.42 0.25 0.16 0.52 1.16 1.24 0.85
C8 0.02 0.02 0.21 0.35 0.01 0.24 0.01 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.26 0.18 0.74 1.20 1.05 0.89
N1 0.04 0.01 0.30 0.27 0.01 0.16 0.01 0.33 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.47 0.36 0.27 0.45 1.03 1.16 0.76
N3 0.04 0.00 0.37 0.24 0.00 0.19 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.48 0.45 0.33 0.35 0.76 0.88 0.53
N6 0.04 0.02 0.15 0.33 0.02 0.15 0.02 0.35 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.44 0.24 0.12 0.58 1.32 1.37 0.97
N7 0.02 0.02 0.12 0.36 0.01 0.21 0.00 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.43 0.26 0.10 0.72 1.33 1.25 0.98
N9 0.01 0.02 0.04 0.21 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.23 0.16 0.02 0.47 0.85 0.79 0.57
O2' 0.02 0.51 0.01 0.02 0.33 0.29 0.37 0.11 0.42 0.42 0.47 0.48 0.44 0.43 0.23 0.00 0.11 0.23 0.49 0.79 0.73 0.57
O3' 0.29 0.46 0.07 0.01 0.26 0.06 0.20 0.20 0.25 0.26 0.36 0.45 0.24 0.26 0.16 0.11 0.00 0.21 0.29 0.83 0.40 0.38
O4' 0.01 0.33 0.02 0.02 0.18 0.01 0.09 0.03 0.16 0.18 0.27 0.33 0.12 0.10 0.02 0.23 0.21 0.00 0.24 0.58 0.39 0.29
O5' 0.32 0.40 0.60 0.40 0.41 0.03 0.54 0.02 0.52 0.74 0.45 0.35 0.58 0.72 0.47 0.49 0.29 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.61 0.87 0.80 0.69 0.88 0.44 1.13 0.27 1.16 1.20 1.03 0.76 1.32 1.33 0.85 0.79 0.83 0.58 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 1.01 0.72 0.32 0.93 0.32 1.16 0.43 1.24 1.05 1.16 0.88 1.37 1.25 0.79 0.73 0.40 0.39 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.64 0.63 0.36 0.60 0.16 0.81 0.03 0.85 0.89 0.76 0.53 0.97 0.98 0.57 0.57 0.38 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.27 0.25 0.39 0.19 0.34 0.20 0.46 0.26 0.26 0.31 0.21 0.30 0.22 0.22 0.41 0.40 0.31 0.77 1.36 1.42 1.02
C2 0.22 0.26 0.20 0.41 0.20 0.28 0.21 0.38 0.24 0.26 0.29 0.22 0.28 0.24 0.21 0.37 0.36 0.27 0.79 1.30 1.37 0.96
C2' 0.32 0.51 0.34 0.47 0.37 0.39 0.37 0.49 0.48 0.32 0.55 0.43 0.52 0.31 0.32 0.41 0.48 0.36 0.74 1.42 1.37 1.01
C3' 0.42 0.47 0.44 0.43 0.38 0.47 0.38 0.59 0.43 0.40 0.50 0.42 0.46 0.37 0.39 0.56 0.40 0.48 0.85 1.47 1.43 1.12
C4 0.23 0.25 0.23 0.39 0.19 0.32 0.19 0.44 0.25 0.26 0.29 0.20 0.30 0.22 0.21 0.39 0.37 0.30 0.77 1.35 1.41 1.00
C4' 0.31 0.34 0.38 0.38 0.27 0.40 0.28 0.56 0.33 0.33 0.38 0.28 0.38 0.29 0.29 0.56 0.39 0.37 0.85 1.42 1.49 1.13
C5 0.25 0.23 0.27 0.39 0.18 0.34 0.18 0.46 0.25 0.26 0.28 0.18 0.31 0.21 0.22 0.41 0.39 0.32 0.75 1.33 1.40 0.98
C5' 0.51 0.50 0.61 0.53 0.46 0.57 0.46 0.70 0.49 0.51 0.52 0.47 0.52 0.48 0.49 0.77 0.54 0.54 0.93 1.45 1.57 1.23
C6 0.24 0.22 0.25 0.38 0.18 0.32 0.18 0.42 0.24 0.26 0.26 0.18 0.31 0.21 0.22 0.40 0.36 0.31 0.75 1.30 1.38 0.96
C8 0.26 0.24 0.31 0.41 0.18 0.38 0.18 0.51 0.25 0.25 0.28 0.18 0.31 0.20 0.22 0.43 0.45 0.34 0.72 1.34 1.38 0.99
N1 0.22 0.24 0.20 0.39 0.19 0.28 0.19 0.38 0.24 0.26 0.27 0.20 0.29 0.23 0.21 0.37 0.34 0.28 0.77 1.27 1.35 0.93
N3 0.22 0.27 0.20 0.40 0.20 0.30 0.20 0.40 0.25 0.26 0.30 0.22 0.28 0.24 0.21 0.38 0.36 0.28 0.79 1.34 1.40 0.99
N6 0.26 0.21 0.30 0.38 0.18 0.35 0.18 0.45 0.24 0.27 0.25 0.18 0.31 0.21 0.23 0.42 0.38 0.34 0.73 1.26 1.36 0.93
N7 0.27 0.23 0.33 0.41 0.18 0.39 0.18 0.51 0.25 0.26 0.27 0.18 0.31 0.20 0.22 0.43 0.45 0.35 0.71 1.33 1.38 0.98
N9 0.24 0.26 0.26 0.39 0.18 0.35 0.19 0.47 0.25 0.26 0.30 0.20 0.30 0.21 0.21 0.41 0.40 0.32 0.76 1.36 1.41 1.01
O2' 0.62 0.69 0.58 0.73 0.61 0.68 0.60 0.73 0.65 0.60 0.71 0.64 0.66 0.59 0.60 0.58 0.73 0.67 0.89 1.49 1.43 1.10
O3' 0.41 0.62 0.41 0.44 0.45 0.46 0.44 0.57 0.56 0.38 0.66 0.52 0.60 0.37 0.40 0.52 0.44 0.46 0.83 1.49 1.40 1.11
O4' 0.34 0.42 0.36 0.44 0.34 0.41 0.35 0.54 0.41 0.35 0.45 0.36 0.45 0.33 0.33 0.54 0.45 0.38 0.85 1.40 1.50 1.10
O5' 0.72 0.58 0.75 0.67 0.60 0.81 0.59 0.95 0.57 0.71 0.59 0.59 0.58 0.64 0.67 0.93 0.64 0.81 1.25 1.80 1.72 1.52
OP1 1.58 1.20 1.74 1.64 1.35 1.71 1.28 1.83 1.14 1.52 1.12 1.31 1.04 1.39 1.49 1.88 1.62 1.65 1.98 2.46 1.92 2.09
OP2 1.67 1.45 1.71 1.62 1.54 1.73 1.49 1.82 1.41 1.62 1.40 1.51 1.34 1.54 1.61 1.83 1.56 1.73 2.04 2.19 2.33 2.16
P 1.25 0.98 1.37 1.20 1.08 1.33 1.03 1.46 0.94 1.21 0.93 1.05 0.88 1.10 1.18 1.53 1.15 1.32 1.71 2.14 1.94 1.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.23 0.01 0.25 0.47 0.36 0.19
C2 0.05 0.00 0.27 0.34 0.02 0.14 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.26 0.32 0.08 0.50 0.72 0.67 0.43
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.14 0.02 0.08 0.17 0.13 0.11 0.22 0.27 0.10 0.06 0.02 0.00 0.03 0.02 0.57 0.60 0.59 0.48
C3' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.28 0.01 0.32 0.03 0.36 0.26 0.37 0.30 0.38 0.31 0.20 0.02 0.01 0.02 0.41 0.46 0.37 0.25
C4 0.02 0.02 0.14 0.28 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.18 0.04 0.47 0.70 0.64 0.41
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.15 0.14 0.14 0.12 0.17 0.16 0.09 0.25 0.03 0.01 0.02 0.22 0.43 0.12
C5 0.01 0.01 0.08 0.32 0.01 0.13 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.20 0.03 0.57 0.84 0.87 0.55
C5' 0.07 0.17 0.17 0.03 0.15 0.01 0.20 0.00 0.22 0.20 0.20 0.14 0.26 0.23 0.12 0.08 0.17 0.02 0.01 0.26 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.36 0.01 0.15 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.26 0.04 0.60 0.88 0.94 0.60
C8 0.02 0.02 0.11 0.26 0.01 0.14 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.23 0.16 0.06 0.49 0.79 0.77 0.48
N1 0.04 0.01 0.22 0.37 0.02 0.14 0.02 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.28 0.30 0.07 0.57 0.81 0.84 0.54
N3 0.05 0.01 0.27 0.30 0.01 0.12 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.30 0.08 0.43 0.64 0.56 0.36
N6 0.03 0.02 0.10 0.38 0.02 0.17 0.02 0.26 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.30 0.29 0.04 0.65 0.97 1.10 0.69
N7 0.01 0.02 0.06 0.31 0.01 0.16 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.27 0.21 0.05 0.58 0.90 0.97 0.61
N9 0.01 0.03 0.02 0.20 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.17 0.09 0.01 0.40 0.64 0.55 0.33
O2' 0.01 0.26 0.00 0.02 0.22 0.25 0.26 0.08 0.28 0.23 0.28 0.23 0.30 0.27 0.17 0.00 0.05 0.18 0.35 0.43 0.68 0.38
O3' 0.23 0.32 0.03 0.01 0.18 0.03 0.20 0.17 0.26 0.16 0.30 0.30 0.29 0.21 0.09 0.05 0.00 0.16 0.32 0.45 0.50 0.27
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.07 0.08 0.04 0.05 0.01 0.18 0.16 0.00 0.14 0.41 0.47 0.26
O5' 0.25 0.50 0.57 0.41 0.47 0.02 0.57 0.01 0.60 0.49 0.57 0.43 0.65 0.58 0.40 0.35 0.32 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.47 0.72 0.60 0.46 0.70 0.22 0.84 0.26 0.88 0.79 0.81 0.64 0.97 0.90 0.64 0.43 0.45 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.67 0.59 0.37 0.64 0.43 0.87 0.40 0.94 0.77 0.84 0.56 1.10 0.97 0.55 0.68 0.50 0.47 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.43 0.48 0.25 0.41 0.12 0.55 0.02 0.60 0.48 0.54 0.36 0.69 0.61 0.33 0.38 0.27 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00