ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48864

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 5, 4, 3, 4, 4, 0, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.021, 0.029, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.029 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.016, 0.026, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.032, 0.048, 0.064, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.048 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.033, 0.050, 0.067, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.050 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.043, 0.061, 0.079, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.061 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.031, 0.049, 0.068, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.049 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.042 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.049, 0.070, 0.091, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.070 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.035, 0.057, 0.079, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.057 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.043, 0.069, 0.095, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.069 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.033, 0.060, 0.087, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.060 std_dev=0.027
N9 B 0, 0.272, 0.466, 0.660, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.466 std_dev=0.194
C5 B 0, 0.228, 0.440, 0.651, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.440 std_dev=0.212
C4 B 0, 0.217, 0.466, 0.714, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.466 std_dev=0.249
N7 B 0, 0.184, 0.433, 0.682, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.433 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.299, 0.584, 0.868, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.584 std_dev=0.285
C8 B 0, 0.182, 0.473, 0.763, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.473 std_dev=0.291
C6 B 0, 0.266, 0.595, 0.925, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.595 std_dev=0.329
N6 B 0, 0.344, 0.677, 1.009, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.677 std_dev=0.333
C2' B 0, 0.409, 0.756, 1.104, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.756 std_dev=0.348
N3 B 0, 0.200, 0.627, 1.055, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.627 std_dev=0.428
O4' B 0, 0.379, 0.870, 1.361, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.870 std_dev=0.491
N1 B 0, 0.264, 0.772, 1.281, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.772 std_dev=0.509
C2 B 0, 0.220, 0.769, 1.318, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.769 std_dev=0.549
O2' B 0, 0.389, 0.942, 1.495, 2.123 max_d=2.123 avg_d=0.942 std_dev=0.553
C3' B 0, 0.323, 1.001, 1.680, 2.561 max_d=2.561 avg_d=1.001 std_dev=0.678
C4' B 0, 0.376, 1.107, 1.838, 2.630 max_d=2.630 avg_d=1.107 std_dev=0.731
O5' B 0, 0.715, 1.463, 2.210, 2.882 max_d=2.882 avg_d=1.463 std_dev=0.748
O4' A 0, 0.187, 0.940, 1.693, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.940 std_dev=0.753
C2' A 0, 0.364, 1.169, 1.974, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.169 std_dev=0.805
P B 0, 0.972, 1.795, 2.618, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.795 std_dev=0.823
C5' B 0, 0.461, 1.367, 2.274, 3.400 max_d=3.400 avg_d=1.367 std_dev=0.906
OP1 B 0, 1.510, 2.510, 3.509, 4.009 max_d=4.009 avg_d=2.510 std_dev=1.000
O2' A 0, 0.676, 1.721, 2.767, 3.135 max_d=3.135 avg_d=1.721 std_dev=1.046
O3' B 0, 0.212, 1.270, 2.328, 3.869 max_d=3.869 avg_d=1.270 std_dev=1.058
C3' A 0, 0.500, 1.582, 2.664, 3.061 max_d=3.061 avg_d=1.582 std_dev=1.082
C4' A 0, 0.382, 1.469, 2.556, 2.989 max_d=2.989 avg_d=1.469 std_dev=1.087
O3' A 0, 0.657, 1.889, 3.122, 3.496 max_d=3.496 avg_d=1.889 std_dev=1.232
O5' A 0, 0.570, 1.885, 3.200, 3.856 max_d=3.856 avg_d=1.885 std_dev=1.315
OP1 A 0, 0.887, 2.339, 3.790, 5.286 max_d=5.286 avg_d=2.339 std_dev=1.452
OP2 B 0, 0.372, 1.990, 3.609, 5.506 max_d=5.506 avg_d=1.990 std_dev=1.619
P A 0, 0.804, 2.423, 4.043, 4.764 max_d=4.764 avg_d=2.423 std_dev=1.619
C5' A 0, 0.725, 2.472, 4.220, 5.033 max_d=5.033 avg_d=2.472 std_dev=1.747
OP2 A 0, 0.990, 2.972, 4.955, 5.756 max_d=5.756 avg_d=2.972 std_dev=1.983

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.26 0.01 0.23 0.30 0.34 0.26
C2 0.05 0.00 0.53 0.46 0.01 0.13 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.56 0.32 0.41 0.46 0.76 0.47
C2' 0.01 0.53 0.00 0.01 0.30 0.04 0.17 0.15 0.28 0.24 0.43 0.53 0.21 0.13 0.07 0.00 0.08 0.02 0.54 0.82 0.55 0.60
C3' 0.03 0.46 0.01 0.00 0.35 0.01 0.39 0.02 0.44 0.30 0.47 0.40 0.46 0.35 0.24 0.03 0.02 0.02 0.45 0.98 0.32 0.51
C4 0.02 0.01 0.30 0.35 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.19 0.36 0.17 0.37 0.42 0.75 0.45
C4' 0.02 0.13 0.04 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.09 0.24 0.09 0.13 0.13 0.22 0.10 0.29 0.06 0.01 0.02 0.37 0.27 0.06
C5 0.02 0.01 0.17 0.39 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.36 0.09 0.43 0.54 0.99 0.55
C5' 0.06 0.20 0.15 0.02 0.09 0.01 0.17 0.00 0.15 0.34 0.15 0.18 0.20 0.32 0.13 0.17 0.17 0.02 0.01 0.37 0.37 0.02
C6 0.03 0.01 0.28 0.44 0.02 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.45 0.16 0.45 0.57 1.05 0.57
C8 0.02 0.01 0.24 0.30 0.01 0.24 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.42 0.26 0.18 0.46 0.55 0.92 0.59
N1 0.05 0.00 0.43 0.47 0.02 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.53 0.26 0.44 0.52 0.93 0.53
N3 0.05 0.01 0.53 0.40 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.40 0.50 0.31 0.37 0.41 0.63 0.41
N6 0.03 0.01 0.21 0.46 0.02 0.13 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.26 0.46 0.11 0.47 0.66 1.20 0.64
N7 0.01 0.01 0.13 0.35 0.01 0.22 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.39 0.31 0.09 0.48 0.64 1.11 0.65
N9 0.01 0.02 0.07 0.24 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.22 0.02 0.35 0.39 0.66 0.42
O2' 0.03 0.40 0.00 0.03 0.19 0.29 0.24 0.17 0.23 0.42 0.30 0.40 0.26 0.39 0.18 0.00 0.12 0.20 0.31 0.67 0.40 0.37
O3' 0.26 0.56 0.08 0.02 0.36 0.06 0.36 0.17 0.45 0.26 0.53 0.50 0.46 0.31 0.22 0.12 0.00 0.18 0.35 1.23 0.34 0.52
O4' 0.01 0.32 0.02 0.02 0.17 0.01 0.09 0.02 0.16 0.18 0.26 0.31 0.11 0.09 0.02 0.20 0.18 0.00 0.15 0.18 0.25 0.15
O5' 0.23 0.41 0.54 0.45 0.37 0.02 0.43 0.01 0.45 0.46 0.44 0.37 0.47 0.48 0.35 0.31 0.35 0.15 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.30 0.46 0.82 0.98 0.42 0.37 0.54 0.37 0.57 0.55 0.52 0.41 0.66 0.64 0.39 0.67 1.23 0.18 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.34 0.76 0.55 0.32 0.75 0.27 0.99 0.37 1.05 0.92 0.93 0.63 1.20 1.11 0.66 0.40 0.34 0.25 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.26 0.47 0.60 0.51 0.45 0.06 0.55 0.02 0.57 0.59 0.53 0.41 0.64 0.65 0.42 0.37 0.52 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.18 0.24 0.43 0.19 0.44 0.18 0.66 0.15 0.34 0.20 0.16 0.17 0.28 0.27 0.43 0.34 0.40 0.56 1.09 1.23 0.74
C2 0.25 0.20 0.18 0.44 0.19 0.37 0.20 0.59 0.17 0.32 0.22 0.17 0.20 0.30 0.25 0.40 0.30 0.33 0.65 1.02 1.37 0.79
C2' 0.52 0.53 0.49 0.58 0.51 0.58 0.51 0.74 0.52 0.53 0.54 0.51 0.54 0.52 0.51 0.55 0.50 0.56 0.48 1.20 1.07 0.69
C3' 0.71 0.60 0.62 0.76 0.65 0.76 0.63 0.88 0.59 0.70 0.58 0.64 0.55 0.67 0.69 0.65 0.65 0.75 0.42 0.91 1.20 0.58
C4 0.29 0.17 0.24 0.43 0.18 0.44 0.17 0.65 0.15 0.34 0.20 0.15 0.20 0.28 0.27 0.44 0.34 0.39 0.58 1.09 1.27 0.76
C4' 0.37 0.14 0.27 0.51 0.23 0.53 0.22 0.72 0.15 0.40 0.15 0.17 0.16 0.33 0.33 0.42 0.43 0.49 0.58 1.05 1.30 0.75
C5 0.32 0.15 0.29 0.44 0.19 0.47 0.16 0.67 0.15 0.35 0.19 0.15 0.23 0.27 0.28 0.46 0.37 0.42 0.56 1.10 1.21 0.75
C5' 0.39 0.19 0.27 0.51 0.23 0.55 0.21 0.73 0.17 0.39 0.21 0.19 0.20 0.31 0.34 0.42 0.47 0.53 0.58 1.08 1.27 0.76
C6 0.31 0.14 0.28 0.44 0.19 0.46 0.16 0.65 0.16 0.35 0.18 0.15 0.24 0.28 0.28 0.46 0.36 0.40 0.59 1.08 1.26 0.77
C8 0.34 0.15 0.32 0.44 0.19 0.50 0.16 0.70 0.15 0.34 0.19 0.15 0.21 0.26 0.29 0.48 0.40 0.45 0.51 1.11 1.09 0.70
N1 0.27 0.17 0.21 0.44 0.19 0.40 0.19 0.60 0.17 0.33 0.21 0.16 0.23 0.30 0.26 0.42 0.32 0.35 0.64 1.02 1.34 0.79
N3 0.26 0.19 0.20 0.44 0.18 0.39 0.19 0.61 0.16 0.33 0.21 0.16 0.18 0.30 0.25 0.40 0.31 0.35 0.63 1.05 1.35 0.79
N6 0.34 0.13 0.34 0.45 0.19 0.50 0.15 0.68 0.16 0.36 0.17 0.15 0.26 0.25 0.30 0.50 0.40 0.44 0.56 1.09 1.17 0.76
N7 0.35 0.14 0.34 0.44 0.19 0.52 0.16 0.71 0.15 0.35 0.18 0.15 0.23 0.25 0.30 0.49 0.41 0.46 0.50 1.12 1.08 0.70
N9 0.31 0.16 0.27 0.43 0.18 0.46 0.17 0.67 0.15 0.34 0.20 0.15 0.19 0.27 0.28 0.45 0.36 0.41 0.55 1.10 1.21 0.74
O2' 0.53 0.43 0.48 0.42 0.45 0.61 0.42 0.76 0.40 0.52 0.42 0.44 0.39 0.47 0.50 0.62 0.42 0.66 0.74 1.55 0.96 0.91
O3' 0.82 0.80 0.74 0.71 0.79 0.79 0.76 0.88 0.74 0.78 0.77 0.81 0.70 0.75 0.80 0.86 0.62 0.84 0.36 1.02 1.02 0.49
O4' 0.33 0.39 0.30 0.47 0.30 0.47 0.31 0.68 0.37 0.36 0.43 0.32 0.42 0.33 0.31 0.50 0.42 0.42 0.68 1.11 1.36 0.85
O5' 0.39 0.46 0.40 0.46 0.38 0.44 0.40 0.60 0.45 0.43 0.50 0.40 0.49 0.41 0.39 0.55 0.47 0.46 0.85 1.34 1.38 1.01
OP1 0.70 0.60 0.79 0.41 0.61 0.67 0.61 0.86 0.60 0.73 0.62 0.59 0.62 0.68 0.68 1.03 0.33 0.75 0.83 1.49 0.91 1.01
OP2 1.03 0.92 1.03 1.20 0.97 1.12 0.96 1.18 0.92 1.05 0.90 0.95 0.89 1.01 1.02 1.03 1.25 1.09 1.64 2.05 2.13 1.81
P 0.52 0.54 0.57 0.43 0.50 0.50 0.51 0.63 0.54 0.57 0.57 0.50 0.56 0.55 0.53 0.74 0.44 0.58 0.91 1.51 1.30 1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.27 0.01 0.41 0.62 0.21 0.36
C2 0.04 0.00 0.32 0.35 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.28 0.14 0.60 0.73 0.78 0.54
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.16 0.01 0.09 0.17 0.15 0.15 0.25 0.32 0.12 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.42 0.46 0.39 0.39
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.28 0.00 0.33 0.02 0.37 0.25 0.38 0.30 0.40 0.31 0.19 0.02 0.01 0.02 0.11 0.19 0.47 0.20
C4 0.02 0.01 0.16 0.28 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.16 0.15 0.07 0.58 0.77 0.66 0.52
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.16 0.19 0.13 0.10 0.19 0.20 0.10 0.24 0.02 0.00 0.02 0.25 0.29 0.06
C5 0.01 0.01 0.09 0.33 0.01 0.15 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.13 0.04 0.66 0.87 0.90 0.63
C5' 0.07 0.20 0.17 0.02 0.19 0.01 0.27 0.00 0.29 0.29 0.25 0.16 0.34 0.33 0.16 0.07 0.16 0.02 0.01 0.37 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.37 0.01 0.16 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.18 0.06 0.69 0.87 1.02 0.67
C8 0.02 0.01 0.15 0.25 0.01 0.19 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.31 0.14 0.10 0.62 0.91 0.65 0.59
N1 0.03 0.01 0.25 0.38 0.01 0.13 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.19 0.23 0.10 0.66 0.80 0.95 0.62
N3 0.05 0.01 0.32 0.30 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.28 0.14 0.54 0.69 0.62 0.47
N6 0.03 0.02 0.12 0.40 0.02 0.19 0.02 0.34 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.29 0.21 0.06 0.73 0.92 1.18 0.74
N7 0.02 0.01 0.09 0.31 0.01 0.20 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.34 0.16 0.07 0.67 0.95 0.93 0.68
N9 0.01 0.01 0.02 0.19 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.18 0.09 0.02 0.54 0.77 0.47 0.48
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.16 0.24 0.26 0.07 0.25 0.31 0.19 0.14 0.29 0.34 0.18 0.00 0.04 0.18 0.27 0.30 0.40 0.31
O3' 0.27 0.28 0.02 0.01 0.15 0.02 0.13 0.16 0.18 0.14 0.23 0.28 0.21 0.16 0.09 0.04 0.00 0.18 0.43 0.61 0.68 0.52
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.10 0.10 0.14 0.06 0.07 0.02 0.18 0.18 0.00 0.36 0.66 0.13 0.37
O5' 0.41 0.60 0.42 0.11 0.58 0.02 0.66 0.01 0.69 0.62 0.66 0.54 0.73 0.67 0.54 0.27 0.43 0.36 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.62 0.73 0.46 0.19 0.77 0.25 0.87 0.37 0.87 0.91 0.80 0.69 0.92 0.95 0.77 0.30 0.61 0.66 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.78 0.39 0.47 0.66 0.29 0.90 0.35 1.02 0.65 0.95 0.62 1.18 0.93 0.47 0.40 0.68 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.36 0.54 0.39 0.20 0.52 0.06 0.63 0.02 0.67 0.59 0.62 0.47 0.74 0.68 0.48 0.31 0.52 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00