ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48865

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 7,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.011, 0.025, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.004, 0.026, 0.047, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.026 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.034 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.016, 0.046, 0.077, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.046 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.010, 0.042, 0.075, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.042 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.007, 0.043, 0.079, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.043 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.011, 0.107, 0.203, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.107 std_dev=0.096
C2' A 0, 0.040, 0.145, 0.251, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.145 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.031, 0.173, 0.315, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.173 std_dev=0.142
O2' A 0, 0.081, 0.227, 0.372, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.227 std_dev=0.145
C3' A 0, 0.027, 0.208, 0.390, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.208 std_dev=0.181
C5' A 0, 0.087, 0.334, 0.580, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.334 std_dev=0.247
N7 B 0, 0.511, 0.779, 1.048, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.779 std_dev=0.269
C4 B 0, 0.475, 0.750, 1.025, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.750 std_dev=0.275
O3' A 0, 0.028, 0.321, 0.614, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.321 std_dev=0.293
N3 B 0, 0.525, 0.875, 1.224, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.875 std_dev=0.350
C5 B 0, 0.408, 0.783, 1.158, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.783 std_dev=0.375
OP1 A 0, 0.332, 0.798, 1.264, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.798 std_dev=0.466
O4' B 0, 0.248, 0.739, 1.231, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.739 std_dev=0.492
O5' A 0, -0.027, 0.466, 0.959, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.466 std_dev=0.493
P A 0, 0.071, 0.566, 1.061, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.566 std_dev=0.495
C8 B 0, 0.684, 1.264, 1.845, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.264 std_dev=0.580
N9 B 0, 0.636, 1.219, 1.802, 2.242 max_d=2.242 avg_d=1.219 std_dev=0.583
C2 B 0, 0.775, 1.462, 2.148, 2.255 max_d=2.255 avg_d=1.462 std_dev=0.687
C6 B 0, 0.713, 1.475, 2.237, 2.348 max_d=2.348 avg_d=1.475 std_dev=0.762
C4' B 0, 0.881, 1.762, 2.643, 3.394 max_d=3.394 avg_d=1.762 std_dev=0.881
N1 B 0, 0.943, 1.877, 2.811, 2.854 max_d=2.854 avg_d=1.877 std_dev=0.934
C1' B 0, 0.975, 1.939, 2.902, 3.408 max_d=3.408 avg_d=1.939 std_dev=0.963
OP2 A 0, -0.215, 0.788, 1.792, 4.293 max_d=4.293 avg_d=0.788 std_dev=1.004
N6 B 0, 0.945, 1.952, 2.958, 3.203 max_d=3.203 avg_d=1.952 std_dev=1.006
C5' B 0, 1.593, 3.092, 4.591, 5.888 max_d=5.888 avg_d=3.092 std_dev=1.499
C2' B 0, 1.871, 3.698, 5.526, 5.646 max_d=5.646 avg_d=3.698 std_dev=1.828
C3' B 0, 1.664, 3.632, 5.601, 5.736 max_d=5.736 avg_d=3.632 std_dev=1.969
O5' B 0, 2.113, 4.319, 6.525, 7.762 max_d=7.762 avg_d=4.319 std_dev=2.206
O3' B 0, 2.284, 4.565, 6.846, 6.974 max_d=6.974 avg_d=4.565 std_dev=2.281
O2' B 0, 2.981, 5.419, 7.858, 7.730 max_d=7.730 avg_d=5.419 std_dev=2.438
OP1 B 0, 2.848, 6.038, 9.228, 11.260 max_d=11.260 avg_d=6.038 std_dev=3.190
P B 0, 2.878, 6.179, 9.479, 10.535 max_d=10.535 avg_d=6.179 std_dev=3.300
OP2 B 0, 3.519, 7.596, 11.672, 11.410 max_d=11.410 avg_d=7.596 std_dev=4.076

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.20 0.20 0.10
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.11 0.11 0.03 0.29 0.29 0.39 0.23
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.05 0.09 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.09 0.17 0.11
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.10 0.07 0.08 0.09 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.21 0.10 0.21 0.16
C4 0.02 0.02 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.07 0.02 0.31 0.27 0.38 0.23
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.06 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.11 0.11 0.04
C5 0.02 0.03 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.36 0.33 0.48 0.29
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.08 0.04 0.13 0.11 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.12 0.04 0.01
C6 0.03 0.02 0.03 0.07 0.02 0.04 0.01 0.10 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.10 0.05 0.37 0.35 0.52 0.30
C8 0.02 0.03 0.06 0.10 0.01 0.06 0.02 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.12 0.04 0.37 0.30 0.42 0.26
N1 0.04 0.01 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.09 0.09 0.05 0.33 0.33 0.47 0.27
N3 0.04 0.01 0.09 0.08 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.11 0.10 0.04 0.27 0.25 0.34 0.21
N6 0.04 0.02 0.03 0.09 0.03 0.06 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.12 0.06 0.39 0.40 0.58 0.33
N7 0.02 0.04 0.05 0.10 0.02 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.13 0.05 0.40 0.35 0.53 0.31
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.28 0.25 0.31 0.19
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.09 0.11 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.11 0.11 0.02
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.10 0.12 0.09 0.10 0.12 0.13 0.04 0.04 0.00 0.02 0.16 0.23 0.23 0.19
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.25 0.24 0.12
O5' 0.14 0.29 0.17 0.21 0.31 0.01 0.36 0.01 0.37 0.37 0.33 0.27 0.39 0.40 0.28 0.03 0.16 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.29 0.09 0.10 0.27 0.11 0.33 0.12 0.35 0.30 0.33 0.25 0.40 0.35 0.25 0.11 0.23 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.39 0.17 0.21 0.38 0.11 0.48 0.04 0.52 0.42 0.47 0.34 0.58 0.53 0.31 0.11 0.23 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.23 0.11 0.16 0.23 0.04 0.29 0.01 0.30 0.26 0.27 0.21 0.33 0.31 0.19 0.02 0.19 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.20 0.42 0.69 0.19 0.44 0.18 0.61 0.19 0.20 0.21 0.20 0.20 0.18 0.20 0.56 0.45 0.20 1.42 1.85 2.68 1.91
C2 0.17 0.16 0.23 0.38 0.15 0.22 0.12 0.34 0.11 0.14 0.14 0.17 0.11 0.12 0.15 0.56 0.18 0.13 1.02 1.25 1.97 1.34
C2' 0.17 0.15 0.28 0.49 0.14 0.33 0.13 0.54 0.13 0.16 0.16 0.15 0.14 0.14 0.15 0.59 0.24 0.15 1.36 1.78 2.60 1.86
C3' 0.21 0.14 0.33 0.50 0.15 0.34 0.15 0.61 0.13 0.21 0.14 0.14 0.12 0.18 0.19 0.65 0.21 0.16 1.48 1.98 2.83 2.05
C4 0.20 0.20 0.37 0.61 0.19 0.39 0.18 0.56 0.19 0.19 0.20 0.20 0.21 0.17 0.19 0.55 0.36 0.18 1.37 1.74 2.56 1.82
C4' 0.21 0.21 0.43 0.70 0.19 0.45 0.19 0.70 0.20 0.19 0.22 0.20 0.22 0.18 0.20 0.59 0.43 0.20 1.55 2.08 2.93 2.12
C5 0.24 0.25 0.45 0.69 0.24 0.46 0.24 0.69 0.27 0.24 0.26 0.23 0.30 0.24 0.23 0.57 0.41 0.22 1.53 1.95 2.80 2.04
C5' 0.22 0.22 0.51 0.77 0.19 0.51 0.19 0.81 0.22 0.20 0.24 0.20 0.26 0.18 0.20 0.63 0.47 0.21 1.69 2.31 3.17 2.33
C6 0.23 0.25 0.41 0.62 0.24 0.41 0.25 0.61 0.26 0.23 0.26 0.24 0.28 0.24 0.23 0.55 0.34 0.21 1.44 1.78 2.60 1.89
C8 0.25 0.27 0.53 0.81 0.24 0.54 0.25 0.81 0.29 0.25 0.30 0.24 0.34 0.25 0.24 0.61 0.53 0.25 1.67 2.21 3.09 2.27
N1 0.18 0.19 0.28 0.43 0.18 0.27 0.16 0.40 0.16 0.16 0.17 0.19 0.14 0.14 0.18 0.55 0.22 0.14 1.14 1.38 2.11 1.48
N3 0.17 0.17 0.27 0.46 0.16 0.28 0.14 0.40 0.13 0.15 0.15 0.17 0.10 0.13 0.16 0.55 0.24 0.14 1.13 1.41 2.18 1.50
N6 0.29 0.32 0.51 0.72 0.31 0.51 0.34 0.77 0.34 0.32 0.33 0.30 0.34 0.34 0.30 0.56 0.41 0.27 1.62 1.99 2.84 2.12
N7 0.27 0.29 0.56 0.82 0.27 0.56 0.28 0.86 0.32 0.28 0.32 0.26 0.37 0.28 0.27 0.61 0.53 0.26 1.73 2.27 3.16 2.34
N9 0.22 0.22 0.44 0.70 0.20 0.45 0.20 0.65 0.22 0.21 0.23 0.21 0.25 0.20 0.21 0.57 0.44 0.21 1.48 1.93 2.78 2.00
O2' 0.16 0.22 0.26 0.52 0.17 0.35 0.17 0.51 0.19 0.15 0.23 0.20 0.21 0.14 0.16 0.54 0.30 0.18 1.28 1.65 2.44 1.72
O3' 0.24 0.14 0.29 0.39 0.14 0.28 0.13 0.56 0.13 0.24 0.16 0.12 0.14 0.19 0.20 0.71 0.17 0.15 1.43 1.93 2.76 2.00
O4' 0.24 0.26 0.51 0.80 0.22 0.51 0.22 0.71 0.26 0.23 0.28 0.23 0.30 0.21 0.23 0.59 0.58 0.23 1.53 2.04 2.88 2.07
O5' 0.53 0.35 0.74 0.96 0.45 0.75 0.44 1.02 0.39 0.54 0.34 0.39 0.38 0.50 0.50 0.80 0.70 0.54 1.90 2.55 3.38 2.56
OP1 0.26 0.26 0.64 0.95 0.21 0.72 0.20 1.15 0.24 0.22 0.28 0.23 0.29 0.19 0.23 0.64 0.59 0.35 2.02 2.80 3.68 2.82
OP2 0.70 0.32 1.00 1.31 0.52 1.08 0.50 1.46 0.37 0.72 0.28 0.43 0.32 0.63 0.65 0.91 1.02 0.78 2.35 3.13 3.97 3.13
P 0.46 0.25 0.78 1.07 0.35 0.82 0.34 1.18 0.29 0.46 0.25 0.29 0.30 0.41 0.42 0.76 0.76 0.51 2.08 2.82 3.66 2.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.29 0.00 0.32 0.50 0.46 0.31
C2 0.05 0.00 0.37 0.37 0.02 0.51 0.02 1.13 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.28 0.30 0.28 0.81 0.96 0.96 0.96
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.18 0.03 0.08 0.24 0.15 0.20 0.27 0.39 0.11 0.13 0.02 0.01 0.03 0.02 0.41 0.79 0.64 0.48
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.14 0.01 0.19 0.03 0.16 0.47 0.23 0.38 0.22 0.41 0.17 0.02 0.01 0.02 0.33 0.77 0.51 0.35
C4 0.02 0.02 0.18 0.14 0.00 0.22 0.01 0.57 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.24 0.18 0.14 0.30 0.33 0.50 0.26
C4' 0.01 0.51 0.03 0.01 0.22 0.00 0.11 0.01 0.19 0.35 0.37 0.50 0.14 0.25 0.08 0.23 0.02 0.01 0.02 0.34 0.44 0.09
C5 0.02 0.02 0.08 0.19 0.01 0.11 0.00 0.35 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.28 0.09 0.07 0.45 0.46 0.89 0.50
C5' 0.12 1.13 0.24 0.03 0.57 0.01 0.35 0.00 0.55 0.47 0.90 1.07 0.43 0.35 0.18 0.14 0.17 0.02 0.01 0.36 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.16 0.02 0.19 0.01 0.55 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.30 0.10 0.12 0.32 0.33 0.73 0.33
C8 0.02 0.03 0.20 0.47 0.01 0.35 0.02 0.47 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.23 0.15 0.16 1.12 1.16 1.56 1.25
N1 0.04 0.01 0.27 0.23 0.02 0.37 0.02 0.90 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.30 0.19 0.21 0.52 0.64 0.66 0.59
N3 0.05 0.01 0.39 0.38 0.01 0.50 0.02 1.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.25 0.33 0.28 0.75 0.83 0.86 0.84
N6 0.06 0.02 0.11 0.22 0.03 0.14 0.04 0.43 0.01 0.07 0.03 0.04 0.00 0.07 0.06 0.33 0.10 0.10 0.43 0.44 1.02 0.51
N7 0.02 0.02 0.13 0.41 0.01 0.25 0.01 0.35 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.01 0.28 0.15 0.09 1.00 1.06 1.60 1.17
N9 0.01 0.03 0.02 0.17 0.01 0.08 0.02 0.18 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.17 0.13 0.01 0.50 0.55 0.74 0.52
O2' 0.02 0.28 0.01 0.02 0.24 0.23 0.28 0.14 0.30 0.23 0.30 0.25 0.33 0.28 0.17 0.00 0.07 0.16 0.45 0.92 0.74 0.53
O3' 0.29 0.30 0.03 0.01 0.18 0.02 0.09 0.17 0.10 0.15 0.19 0.33 0.10 0.15 0.13 0.07 0.00 0.23 0.27 0.76 0.51 0.28
O4' 0.00 0.28 0.02 0.02 0.14 0.01 0.07 0.02 0.12 0.16 0.21 0.28 0.10 0.09 0.01 0.16 0.23 0.00 0.25 0.35 0.33 0.23
O5' 0.32 0.81 0.41 0.33 0.30 0.02 0.45 0.01 0.32 1.12 0.52 0.75 0.43 1.00 0.50 0.45 0.27 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 0.96 0.79 0.77 0.33 0.34 0.46 0.36 0.33 1.16 0.64 0.83 0.44 1.06 0.55 0.92 0.76 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.96 0.64 0.51 0.50 0.44 0.89 0.39 0.73 1.56 0.66 0.86 1.02 1.60 0.74 0.74 0.51 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.96 0.48 0.35 0.26 0.09 0.50 0.02 0.33 1.25 0.59 0.84 0.51 1.17 0.52 0.53 0.28 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00