ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48866

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 3, 1, 3, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.001, 0.021, 0.040, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.021 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.003, 0.025, 0.048, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.025 std_dev=0.022
C2 A 0, -0.001, 0.023, 0.046, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.023 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.013, 0.038, 0.063, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.038 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C5 B 0, 0.195, 0.534, 0.872, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.534 std_dev=0.339
C6 B 0, 0.175, 0.518, 0.862, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.518 std_dev=0.344
C2 B 0, 0.283, 0.647, 1.011, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.647 std_dev=0.364
N7 B 0, 0.302, 0.677, 1.052, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.677 std_dev=0.375
N1 B 0, 0.137, 0.563, 0.989, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.563 std_dev=0.426
C4 B 0, 0.435, 0.887, 1.340, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.887 std_dev=0.453
N6 B 0, 0.408, 0.874, 1.341, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.874 std_dev=0.466
N3 B 0, 0.457, 0.938, 1.420, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.938 std_dev=0.481
O4' A 0, 0.503, 1.037, 1.572, 1.543 max_d=1.543 avg_d=1.037 std_dev=0.535
C2' A 0, 0.527, 1.109, 1.691, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.109 std_dev=0.582
O2' A 0, 0.636, 1.234, 1.833, 1.928 max_d=1.928 avg_d=1.234 std_dev=0.599
C8 B 0, 0.478, 1.085, 1.691, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.085 std_dev=0.606
N9 B 0, 0.660, 1.290, 1.921, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.290 std_dev=0.630
C4' A 0, 0.880, 1.649, 2.418, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.649 std_dev=0.769
C3' A 0, 0.932, 1.775, 2.619, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.775 std_dev=0.843
C1' B 0, 1.004, 1.872, 2.740, 2.677 max_d=2.677 avg_d=1.872 std_dev=0.868
O4' B 0, 1.013, 2.056, 3.099, 3.594 max_d=3.594 avg_d=2.056 std_dev=1.043
O3' A 0, 1.315, 2.458, 3.600, 3.299 max_d=3.299 avg_d=2.458 std_dev=1.142
C5' A 0, 1.468, 2.778, 4.089, 4.027 max_d=4.027 avg_d=2.778 std_dev=1.310
O5' A 0, 1.505, 2.864, 4.223, 4.429 max_d=4.429 avg_d=2.864 std_dev=1.359
C4' B 0, 1.613, 3.054, 4.496, 4.736 max_d=4.736 avg_d=3.054 std_dev=1.441
OP2 A 0, 1.997, 3.775, 5.553, 6.075 max_d=6.075 avg_d=3.775 std_dev=1.778
C2' B 0, 1.749, 3.615, 5.480, 5.143 max_d=5.143 avg_d=3.615 std_dev=1.865
P A 0, 2.011, 3.903, 5.794, 6.242 max_d=6.242 avg_d=3.903 std_dev=1.891
C3' B 0, 2.050, 3.980, 5.911, 5.569 max_d=5.569 avg_d=3.980 std_dev=1.930
O3' B 0, 2.124, 4.069, 6.015, 5.596 max_d=5.596 avg_d=4.069 std_dev=1.946
C5' B 0, 2.321, 4.586, 6.851, 7.574 max_d=7.574 avg_d=4.586 std_dev=2.265
O2' B 0, 1.949, 4.400, 6.850, 6.422 max_d=6.422 avg_d=4.400 std_dev=2.450
OP1 A 0, 2.861, 5.630, 8.399, 8.737 max_d=8.737 avg_d=5.630 std_dev=2.769
O5' B 0, 2.361, 5.585, 8.810, 8.436 max_d=8.436 avg_d=5.585 std_dev=3.224
P B 0, 3.243, 7.571, 11.899, 11.229 max_d=11.229 avg_d=7.571 std_dev=4.328
OP1 B 0, 3.654, 8.253, 12.851, 12.385 max_d=12.385 avg_d=8.253 std_dev=4.599
OP2 B 0, 3.496, 8.322, 13.149, 12.157 max_d=12.157 avg_d=8.322 std_dev=4.826

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.09 0.28 0.09 0.22
C2 0.05 0.00 0.37 0.31 0.01 0.15 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.29 0.32 0.25 0.11 0.71 0.23 0.45
C2' 0.00 0.37 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.01 0.18 0.17 0.29 0.36 0.13 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.18 0.17 0.21
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.23 0.00 0.25 0.02 0.28 0.20 0.31 0.27 0.29 0.23 0.15 0.02 0.01 0.01 0.07 0.17 0.14 0.10
C4 0.03 0.01 0.20 0.23 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.19 0.13 0.18 0.45 0.22 0.30
C4' 0.02 0.15 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.03 0.20 0.08 0.15 0.07 0.17 0.06 0.15 0.03 0.01 0.02 0.13 0.05 0.11
C5 0.02 0.01 0.11 0.25 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.20 0.07 0.32 0.38 0.37 0.29
C5' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.06 0.01 0.16 0.00 0.11 0.35 0.09 0.17 0.18 0.33 0.13 0.14 0.05 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.18 0.28 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.26 0.12 0.28 0.48 0.38 0.33
C8 0.02 0.01 0.17 0.20 0.00 0.20 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.28 0.14 0.15 0.46 0.24 0.42 0.29
N1 0.05 0.00 0.29 0.31 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.30 0.20 0.18 0.64 0.29 0.40
N3 0.05 0.00 0.36 0.27 0.00 0.15 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.28 0.25 0.10 0.65 0.20 0.43
N6 0.02 0.02 0.13 0.29 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.27 0.09 0.37 0.45 0.49 0.34
N7 0.01 0.01 0.09 0.23 0.01 0.17 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.18 0.08 0.47 0.29 0.51 0.33
N9 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.07 0.02 0.23 0.27 0.20 0.21
O2' 0.02 0.29 0.01 0.02 0.11 0.15 0.13 0.14 0.14 0.28 0.21 0.28 0.15 0.24 0.11 0.00 0.08 0.11 0.07 0.11 0.11 0.10
O3' 0.10 0.32 0.03 0.01 0.19 0.03 0.20 0.05 0.26 0.14 0.30 0.28 0.27 0.18 0.07 0.08 0.00 0.06 0.12 0.34 0.22 0.16
O4' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.13 0.01 0.07 0.02 0.12 0.15 0.20 0.25 0.09 0.08 0.02 0.11 0.06 0.00 0.08 0.34 0.14 0.26
O5' 0.09 0.11 0.07 0.07 0.18 0.02 0.32 0.01 0.28 0.46 0.18 0.10 0.37 0.47 0.23 0.07 0.12 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.28 0.71 0.18 0.17 0.45 0.13 0.38 0.07 0.48 0.24 0.64 0.65 0.45 0.29 0.27 0.11 0.34 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.23 0.17 0.14 0.22 0.05 0.37 0.02 0.38 0.42 0.29 0.20 0.49 0.51 0.20 0.11 0.22 0.14 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.45 0.21 0.10 0.30 0.11 0.29 0.01 0.33 0.29 0.40 0.43 0.34 0.33 0.21 0.10 0.16 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.11 0.47 0.53 0.16 0.59 0.13 1.02 0.09 0.28 0.13 0.11 0.13 0.22 0.24 0.26 0.28 0.44 1.46 2.59 2.80 2.34
C2 0.18 0.06 0.16 0.24 0.10 0.43 0.11 0.72 0.08 0.20 0.09 0.05 0.14 0.19 0.17 0.22 0.22 0.39 1.00 1.84 2.08 1.70
C2' 0.17 0.28 0.27 0.38 0.16 0.55 0.16 1.05 0.26 0.15 0.32 0.20 0.32 0.13 0.15 0.17 0.22 0.40 1.48 2.63 2.92 2.43
C3' 0.18 0.20 0.34 0.45 0.15 0.58 0.15 1.12 0.20 0.15 0.22 0.17 0.25 0.14 0.16 0.13 0.26 0.41 1.57 2.78 3.09 2.56
C4 0.25 0.10 0.42 0.47 0.14 0.56 0.12 0.96 0.09 0.26 0.13 0.10 0.15 0.20 0.22 0.21 0.26 0.43 1.38 2.41 2.67 2.22
C4' 0.31 0.27 0.61 0.66 0.27 0.69 0.24 1.18 0.24 0.28 0.26 0.28 0.24 0.24 0.29 0.41 0.35 0.49 1.65 2.84 3.09 2.59
C5 0.29 0.14 0.55 0.58 0.18 0.62 0.14 1.06 0.13 0.29 0.17 0.15 0.20 0.22 0.26 0.34 0.31 0.46 1.54 2.59 2.88 2.40
C5' 0.40 0.43 0.81 0.84 0.37 0.79 0.32 1.31 0.34 0.32 0.41 0.42 0.32 0.27 0.37 0.63 0.50 0.54 1.79 3.04 3.28 2.75
C6 0.26 0.14 0.46 0.49 0.17 0.56 0.14 0.96 0.15 0.27 0.17 0.15 0.22 0.21 0.24 0.26 0.27 0.44 1.41 2.34 2.64 2.19
C8 0.33 0.16 0.68 0.72 0.19 0.71 0.15 1.20 0.13 0.33 0.19 0.16 0.20 0.24 0.29 0.49 0.39 0.50 1.75 2.94 3.20 2.68
N1 0.19 0.10 0.23 0.30 0.12 0.45 0.11 0.77 0.10 0.21 0.13 0.09 0.19 0.18 0.18 0.15 0.22 0.40 1.09 1.92 2.19 1.80
N3 0.19 0.07 0.23 0.31 0.11 0.47 0.11 0.81 0.07 0.22 0.10 0.06 0.12 0.19 0.18 0.16 0.21 0.40 1.13 2.07 2.31 1.90
N6 0.31 0.20 0.60 0.61 0.23 0.63 0.20 1.05 0.21 0.33 0.21 0.22 0.27 0.25 0.30 0.41 0.33 0.47 1.56 2.48 2.81 2.34
N7 0.35 0.17 0.72 0.75 0.21 0.72 0.17 1.23 0.16 0.34 0.20 0.19 0.23 0.25 0.31 0.53 0.41 0.51 1.79 2.95 3.24 2.71
N9 0.28 0.12 0.52 0.57 0.16 0.62 0.13 1.06 0.10 0.28 0.15 0.12 0.16 0.22 0.25 0.31 0.30 0.45 1.53 2.65 2.89 2.42
O2' 0.30 0.27 0.35 0.45 0.20 0.65 0.18 1.11 0.23 0.31 0.31 0.21 0.27 0.24 0.26 0.30 0.33 0.54 1.49 2.62 2.84 2.42
O3' 0.20 0.20 0.26 0.38 0.18 0.59 0.19 1.16 0.21 0.18 0.22 0.19 0.25 0.18 0.18 0.21 0.30 0.43 1.59 2.79 3.13 2.60
O4' 0.43 0.35 0.71 0.73 0.37 0.71 0.35 1.12 0.32 0.41 0.33 0.37 0.29 0.37 0.41 0.57 0.47 0.53 1.59 2.74 2.95 2.47
O5' 0.39 0.29 0.80 0.86 0.28 0.82 0.20 1.37 0.17 0.31 0.25 0.31 0.14 0.22 0.33 0.60 0.51 0.56 1.87 3.15 3.42 2.85
OP1 1.06 1.32 1.60 1.60 1.13 1.41 1.04 1.96 1.14 0.88 1.29 1.26 1.08 0.86 1.03 1.52 1.23 1.11 2.47 3.68 4.05 3.44
OP2 0.67 0.59 1.17 1.24 0.55 1.15 0.46 1.74 0.44 0.55 0.53 0.60 0.36 0.44 0.59 0.99 0.86 0.85 2.26 3.55 3.87 3.26
P 0.78 0.88 1.31 1.33 0.78 1.17 0.70 1.73 0.74 0.65 0.84 0.86 0.68 0.59 0.74 1.19 0.94 0.87 2.26 3.51 3.84 3.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.07 0.08 0.03 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.17 0.37 0.42 0.27
C2 0.08 0.00 0.43 0.33 0.01 0.43 0.01 0.86 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.59 0.24 0.38 1.11 1.06 1.08 1.06
C2' 0.00 0.43 0.00 0.00 0.23 0.01 0.12 0.10 0.20 0.20 0.34 0.44 0.15 0.11 0.03 0.00 0.03 0.03 0.46 0.41 0.46 0.38
C3' 0.02 0.33 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.04 0.14 0.17 0.25 0.32 0.10 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.34 0.51 0.31 0.32
C4 0.04 0.01 0.23 0.15 0.00 0.19 0.01 0.36 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.17 0.20 0.36 0.46 0.31 0.26
C4' 0.02 0.43 0.01 0.01 0.19 0.00 0.09 0.01 0.18 0.24 0.32 0.41 0.12 0.16 0.03 0.10 0.04 0.01 0.03 0.39 0.25 0.14
C5 0.03 0.01 0.12 0.07 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.16 0.09 0.20 0.65 0.70 0.47
C5' 0.05 0.86 0.10 0.04 0.36 0.01 0.19 0.00 0.35 0.51 0.65 0.80 0.26 0.38 0.13 0.05 0.16 0.02 0.01 0.29 0.26 0.03
C6 0.04 0.01 0.20 0.14 0.01 0.18 0.01 0.35 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.35 0.17 0.17 0.33 0.56 0.46 0.29
C8 0.02 0.02 0.20 0.17 0.01 0.24 0.01 0.51 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.17 0.19 0.22 0.89 1.28 1.57 1.29
N1 0.07 0.00 0.34 0.25 0.02 0.32 0.01 0.65 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.50 0.21 0.30 0.78 0.73 0.67 0.66
N3 0.08 0.00 0.44 0.32 0.01 0.41 0.01 0.80 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.55 0.23 0.39 1.02 0.96 0.90 0.94
N6 0.03 0.01 0.15 0.10 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.30 0.17 0.12 0.22 0.72 0.70 0.46
N7 0.01 0.02 0.11 0.11 0.01 0.16 0.01 0.38 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.11 0.18 0.13 0.71 1.25 1.49 1.18
N9 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.16 0.02 0.27 0.56 0.71 0.51
O2' 0.03 0.59 0.00 0.02 0.32 0.10 0.24 0.05 0.35 0.17 0.50 0.55 0.30 0.11 0.09 0.00 0.05 0.06 0.43 0.55 0.43 0.35
O3' 0.16 0.24 0.03 0.01 0.17 0.04 0.16 0.16 0.17 0.19 0.21 0.23 0.17 0.18 0.16 0.05 0.00 0.09 0.21 0.70 0.40 0.34
O4' 0.01 0.38 0.03 0.01 0.20 0.01 0.09 0.02 0.17 0.22 0.30 0.39 0.12 0.13 0.02 0.06 0.09 0.00 0.23 0.45 0.47 0.36
O5' 0.17 1.11 0.46 0.34 0.36 0.03 0.20 0.01 0.33 0.89 0.78 1.02 0.22 0.71 0.27 0.43 0.21 0.23 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.37 1.06 0.41 0.51 0.46 0.39 0.65 0.29 0.56 1.28 0.73 0.96 0.72 1.25 0.56 0.55 0.70 0.45 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 1.08 0.46 0.31 0.31 0.25 0.70 0.26 0.46 1.57 0.67 0.90 0.70 1.49 0.71 0.43 0.40 0.47 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 1.06 0.38 0.32 0.26 0.14 0.47 0.03 0.29 1.29 0.66 0.94 0.46 1.18 0.51 0.35 0.34 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00