ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48867

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.001, 0.021, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.004, 0.030, 0.055, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.030 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.004, 0.033, 0.061, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.033 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.002, 0.035, 0.067, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.035 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.009, 0.052, 0.095, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.052 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.006, 0.049, 0.093, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.049 std_dev=0.043
N6 A 0, 0.011, 0.078, 0.144, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.078 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.026, 0.136, 0.246, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.136 std_dev=0.110
O5' A 0, 0.133, 0.400, 0.668, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.400 std_dev=0.267
OP2 B 0, 0.105, 0.380, 0.655, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.380 std_dev=0.275
OP1 A 0, 0.113, 0.396, 0.679, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.396 std_dev=0.283
C4' A 0, -0.020, 0.279, 0.578, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.279 std_dev=0.299
P B 0, 0.168, 0.470, 0.772, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.470 std_dev=0.302
C2' A 0, -0.045, 0.266, 0.576, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.266 std_dev=0.311
O3' A 0, 0.036, 0.348, 0.660, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.348 std_dev=0.312
P A 0, 0.054, 0.407, 0.759, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.407 std_dev=0.353
O4' A 0, -0.050, 0.306, 0.662, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.306 std_dev=0.356
O5' B 0, 0.192, 0.571, 0.949, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.571 std_dev=0.379
OP1 B 0, 0.139, 0.602, 1.064, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.602 std_dev=0.463
N7 B 0, 0.104, 0.620, 1.135, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.620 std_dev=0.515
C5' B 0, 0.202, 0.732, 1.262, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.732 std_dev=0.530
N6 B 0, 0.108, 0.643, 1.178, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.643 std_dev=0.535
C8 B 0, 0.125, 0.667, 1.208, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.667 std_dev=0.541
C5 B 0, 0.138, 0.703, 1.268, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.703 std_dev=0.565
C6 B 0, 0.147, 0.721, 1.296, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.721 std_dev=0.575
C5' A 0, -0.092, 0.513, 1.118, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.513 std_dev=0.605
O4' B 0, 0.209, 0.822, 1.436, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.822 std_dev=0.614
C4' B 0, 0.210, 0.829, 1.447, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.829 std_dev=0.618
N9 B 0, 0.169, 0.790, 1.410, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.790 std_dev=0.620
C4 B 0, 0.180, 0.809, 1.439, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.809 std_dev=0.629
O2' A 0, -0.060, 0.576, 1.213, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.576 std_dev=0.637
N1 B 0, 0.198, 0.842, 1.486, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.842 std_dev=0.644
OP2 A 0, -0.037, 0.611, 1.259, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.611 std_dev=0.648
C3' B 0, 0.194, 0.868, 1.542, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.868 std_dev=0.674
C1' B 0, 0.204, 0.881, 1.559, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.881 std_dev=0.677
N3 B 0, 0.227, 0.930, 1.633, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.930 std_dev=0.703
C2 B 0, 0.233, 0.940, 1.647, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.940 std_dev=0.707
O3' B 0, 0.193, 0.925, 1.657, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.925 std_dev=0.732
C2' B 0, 0.202, 0.939, 1.677, 1.984 max_d=1.984 avg_d=0.939 std_dev=0.738
O2' B 0, 0.240, 1.073, 1.906, 2.249 max_d=2.249 avg_d=1.073 std_dev=0.833

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.16 0.14 0.12 0.05
C2 0.02 0.00 0.18 0.06 0.03 0.12 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.33 0.07 0.20 0.16 0.10 0.17 0.18
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.07 0.08 0.09 0.14 0.19 0.08 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.44 0.39 0.28 0.31
C3' 0.04 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.32 0.28 0.24 0.23
C4 0.02 0.03 0.10 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.17 0.09 0.10 0.16 0.12 0.08 0.10
C4' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.09 0.11 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.12 0.11 0.04
C5 0.01 0.03 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.10 0.04 0.16 0.11 0.09 0.11
C5' 0.03 0.10 0.07 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.08 0.08 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.16 0.11 0.03
C6 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.18 0.09 0.08 0.14 0.10 0.12 0.14
C8 0.01 0.04 0.09 0.06 0.00 0.04 0.03 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.17 0.12 0.09 0.17 0.15 0.10 0.07
N1 0.02 0.01 0.14 0.05 0.01 0.09 0.02 0.08 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.28 0.08 0.15 0.15 0.11 0.17 0.18
N3 0.03 0.00 0.19 0.06 0.01 0.11 0.01 0.08 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.30 0.07 0.21 0.16 0.09 0.11 0.13
N6 0.03 0.02 0.08 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.07 0.02 0.03 0.00 0.08 0.04 0.16 0.11 0.04 0.15 0.10 0.12 0.15
N7 0.01 0.02 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.08 0.00 0.02 0.12 0.12 0.04 0.15 0.12 0.07 0.08
N9 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.10 0.02 0.18 0.15 0.10 0.08
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.17 0.02 0.12 0.07 0.18 0.17 0.28 0.30 0.16 0.12 0.04 0.00 0.06 0.02 0.49 0.47 0.35 0.40
O3' 0.08 0.07 0.01 0.01 0.09 0.03 0.10 0.05 0.09 0.12 0.08 0.07 0.11 0.12 0.10 0.06 0.00 0.05 0.16 0.16 0.16 0.12
O4' 0.00 0.20 0.01 0.01 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.09 0.15 0.21 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.15 0.14 0.13 0.16
O5' 0.16 0.16 0.44 0.32 0.16 0.01 0.16 0.01 0.14 0.17 0.15 0.16 0.15 0.15 0.18 0.49 0.16 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.10 0.39 0.28 0.12 0.12 0.11 0.16 0.10 0.15 0.11 0.09 0.10 0.12 0.15 0.47 0.16 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.17 0.28 0.24 0.08 0.11 0.09 0.11 0.12 0.10 0.17 0.11 0.12 0.07 0.10 0.35 0.16 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.18 0.31 0.23 0.10 0.04 0.11 0.03 0.14 0.07 0.18 0.13 0.15 0.08 0.08 0.40 0.12 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.10 0.11 0.06 0.08 0.06 0.09 0.04 0.11 0.09 0.12 0.09 0.14 0.09 0.09 0.11 0.07 0.08 0.04 0.14 0.10 0.11
C2 0.08 0.16 0.11 0.07 0.09 0.07 0.10 0.11 0.16 0.10 0.18 0.12 0.20 0.09 0.08 0.12 0.09 0.10 0.13 0.18 0.24 0.16
C2' 0.20 0.27 0.22 0.18 0.23 0.17 0.23 0.14 0.26 0.19 0.28 0.25 0.27 0.20 0.21 0.22 0.18 0.19 0.12 0.14 0.13 0.14
C3' 0.13 0.15 0.14 0.10 0.13 0.10 0.13 0.09 0.15 0.13 0.16 0.14 0.15 0.13 0.13 0.15 0.10 0.12 0.07 0.13 0.12 0.11
C4 0.11 0.17 0.15 0.10 0.14 0.07 0.14 0.05 0.18 0.11 0.19 0.15 0.20 0.12 0.12 0.15 0.11 0.09 0.04 0.14 0.13 0.11
C4' 0.04 0.08 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.06 0.10 0.04 0.12 0.05 0.04 0.06 0.03 0.06 0.08 0.12 0.13 0.09
C5 0.15 0.21 0.19 0.14 0.18 0.10 0.19 0.07 0.21 0.16 0.22 0.19 0.23 0.17 0.16 0.18 0.14 0.12 0.04 0.14 0.09 0.11
C5' 0.09 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.08 0.06 0.09 0.09 0.09 0.08 0.05 0.12 0.09 0.15 0.15 0.12
C6 0.15 0.23 0.19 0.14 0.20 0.09 0.20 0.05 0.23 0.16 0.23 0.21 0.23 0.18 0.17 0.18 0.14 0.11 0.03 0.14 0.11 0.10
C8 0.18 0.20 0.20 0.16 0.19 0.14 0.19 0.11 0.21 0.19 0.21 0.19 0.22 0.19 0.18 0.20 0.16 0.16 0.08 0.18 0.07 0.15
N1 0.12 0.22 0.16 0.09 0.17 0.05 0.18 0.07 0.22 0.13 0.23 0.19 0.23 0.14 0.13 0.15 0.11 0.09 0.08 0.17 0.22 0.15
N3 0.08 0.13 0.12 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.13 0.09 0.15 0.10 0.17 0.08 0.08 0.12 0.09 0.09 0.11 0.16 0.20 0.14
N6 0.21 0.25 0.24 0.20 0.24 0.15 0.24 0.11 0.24 0.22 0.25 0.24 0.23 0.22 0.22 0.22 0.19 0.17 0.11 0.14 0.08 0.11
N7 0.19 0.22 0.22 0.18 0.21 0.16 0.21 0.13 0.22 0.20 0.22 0.21 0.23 0.21 0.20 0.22 0.18 0.17 0.10 0.19 0.08 0.16
N9 0.13 0.17 0.16 0.11 0.15 0.09 0.15 0.07 0.18 0.14 0.19 0.16 0.20 0.15 0.14 0.16 0.12 0.11 0.02 0.15 0.09 0.12
O2' 0.30 0.41 0.34 0.30 0.34 0.26 0.33 0.22 0.37 0.27 0.41 0.38 0.38 0.28 0.30 0.34 0.32 0.26 0.20 0.18 0.18 0.19
O3' 0.06 0.10 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.06 0.11 0.08 0.12 0.06 0.06 0.08 0.10 0.06 0.09 0.12 0.12 0.08
O4' 0.06 0.13 0.08 0.06 0.08 0.04 0.09 0.05 0.14 0.06 0.16 0.09 0.18 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.10 0.13 0.14 0.09
O5' 0.20 0.21 0.18 0.23 0.20 0.23 0.19 0.25 0.20 0.18 0.21 0.20 0.21 0.18 0.19 0.16 0.23 0.22 0.27 0.20 0.27 0.20
OP1 0.11 0.18 0.11 0.16 0.12 0.14 0.10 0.14 0.13 0.07 0.18 0.16 0.12 0.07 0.10 0.09 0.17 0.10 0.17 0.08 0.19 0.08
OP2 0.14 0.19 0.14 0.16 0.14 0.15 0.12 0.16 0.15 0.09 0.19 0.17 0.14 0.09 0.12 0.14 0.16 0.13 0.20 0.07 0.16 0.07
P 0.13 0.17 0.11 0.14 0.13 0.14 0.12 0.15 0.14 0.10 0.17 0.15 0.14 0.09 0.12 0.11 0.13 0.13 0.18 0.05 0.15 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.10 0.08
C2 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.05 0.09 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.12 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.06 0.08 0.05 0.08 0.04 0.02 0.00 0.00 0.06 0.03 0.09 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.04 0.09 0.06
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.07 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.09 0.03 0.10 0.04
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.06 0.08 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.08 0.04 0.10 0.05
C8 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.14 0.03 0.14 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.06 0.04 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.04 0.05 0.09 0.08
N6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.06 0.02 0.10 0.04 0.10 0.05
N7 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.14 0.02 0.14 0.03
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.04 0.11 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02 0.10 0.06
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.09 0.08 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.06 0.09 0.06
O5' 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.02 0.09 0.01 0.08 0.14 0.06 0.04 0.10 0.14 0.07 0.04 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.09 0.12 0.09 0.09 0.04 0.10 0.02 0.10 0.14 0.09 0.09 0.10 0.14 0.11 0.10 0.08 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.09 0.07 0.06 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.08 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00