ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48868

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N7 B 0, 0.188, 0.361, 0.534, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.361 std_dev=0.173
C5 B 0, 0.239, 0.477, 0.715, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.477 std_dev=0.238
C8 B 0, 0.199, 0.506, 0.813, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.506 std_dev=0.307
C6 B 0, 0.220, 0.527, 0.835, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.527 std_dev=0.307
C4 B 0, 0.310, 0.664, 1.018, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.664 std_dev=0.354
N1 B 0, 0.315, 0.691, 1.066, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.691 std_dev=0.376
N6 B 0, 0.142, 0.530, 0.919, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.530 std_dev=0.389
O4' A 0, 0.122, 0.526, 0.930, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.526 std_dev=0.404
C2 B 0, 0.397, 0.807, 1.218, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.807 std_dev=0.410
C2' A 0, 0.086, 0.517, 0.948, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.517 std_dev=0.431
N9 B 0, 0.259, 0.690, 1.121, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.690 std_dev=0.431
N3 B 0, 0.387, 0.828, 1.270, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.828 std_dev=0.442
O4' B 0, 0.200, 0.714, 1.228, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.714 std_dev=0.514
C5' B 0, 0.307, 0.923, 1.539, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.923 std_dev=0.616
C4' A 0, 0.194, 0.832, 1.471, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.832 std_dev=0.638
C1' B 0, 0.281, 0.929, 1.577, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.929 std_dev=0.648
C3' A 0, 0.208, 0.874, 1.540, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.874 std_dev=0.666
C4' B 0, 0.226, 0.904, 1.582, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.904 std_dev=0.678
O5' B 0, 0.620, 1.336, 2.053, 2.374 max_d=2.374 avg_d=1.336 std_dev=0.717
O5' A 0, 0.365, 1.092, 1.820, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.092 std_dev=0.727
O2' A 0, 0.248, 0.995, 1.742, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.995 std_dev=0.747
OP2 A 0, 0.795, 1.612, 2.428, 2.580 max_d=2.580 avg_d=1.612 std_dev=0.816
C5' A 0, 0.337, 1.162, 1.986, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.162 std_dev=0.824
C3' B 0, 0.364, 1.195, 2.027, 2.336 max_d=2.336 avg_d=1.195 std_dev=0.832
P B 0, 0.567, 1.438, 2.309, 2.725 max_d=2.725 avg_d=1.438 std_dev=0.871
P A 0, 0.664, 1.555, 2.446, 2.868 max_d=2.868 avg_d=1.555 std_dev=0.891
C2' B 0, 0.354, 1.298, 2.242, 2.510 max_d=2.510 avg_d=1.298 std_dev=0.944
O3' B 0, 0.407, 1.391, 2.375, 3.078 max_d=3.078 avg_d=1.391 std_dev=0.984
O3' A 0, 0.147, 1.208, 2.268, 2.759 max_d=2.759 avg_d=1.208 std_dev=1.060
OP1 A 0, 0.968, 2.124, 3.280, 3.705 max_d=3.705 avg_d=2.124 std_dev=1.156
OP1 B 0, 0.560, 1.798, 3.036, 3.930 max_d=3.930 avg_d=1.798 std_dev=1.238
O2' B 0, 0.347, 1.671, 2.996, 3.530 max_d=3.530 avg_d=1.671 std_dev=1.325
OP2 B 0, 0.681, 2.015, 3.349, 4.290 max_d=4.290 avg_d=2.015 std_dev=1.334

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.27 0.01 0.16 0.17 0.22 0.16
C2 0.05 0.00 0.21 0.11 0.01 0.16 0.02 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.27 0.43 0.25 0.30 0.35 0.53 0.36
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.12 0.01 0.08 0.19 0.12 0.10 0.17 0.20 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.43 0.40 0.57 0.46
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.19 0.00 0.31 0.04 0.28 0.43 0.19 0.07 0.34 0.43 0.24 0.01 0.01 0.02 0.07 0.24 0.11 0.09
C4 0.02 0.01 0.12 0.19 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.27 0.20 0.13 0.29 0.36 0.47 0.34
C4' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.13 0.32 0.11 0.16 0.17 0.29 0.13 0.27 0.02 0.00 0.03 0.11 0.05 0.03
C5 0.02 0.02 0.08 0.31 0.00 0.16 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.07 0.09 0.42 0.54 0.67 0.50
C5' 0.07 0.23 0.19 0.04 0.18 0.01 0.28 0.00 0.28 0.36 0.25 0.22 0.32 0.39 0.16 0.11 0.14 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.28 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.40 0.13 0.13 0.43 0.56 0.75 0.55
C8 0.01 0.02 0.10 0.43 0.01 0.32 0.01 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.44 0.26 0.17 0.42 0.55 0.49 0.44
N1 0.04 0.00 0.17 0.19 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.33 0.29 0.20 0.38 0.47 0.68 0.47
N3 0.05 0.01 0.20 0.07 0.00 0.16 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.43 0.25 0.26 0.30 0.43 0.30
N6 0.02 0.01 0.10 0.34 0.01 0.17 0.01 0.32 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.47 0.10 0.10 0.50 0.68 0.88 0.65
N7 0.01 0.02 0.06 0.43 0.01 0.29 0.01 0.39 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.49 0.23 0.12 0.51 0.68 0.73 0.60
N9 0.01 0.01 0.02 0.24 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.07 0.05 0.23 0.32 0.34 0.25
O2' 0.03 0.27 0.01 0.01 0.27 0.27 0.40 0.11 0.40 0.44 0.33 0.22 0.47 0.49 0.25 0.00 0.04 0.20 0.32 0.30 0.66 0.40
O3' 0.27 0.43 0.01 0.01 0.20 0.02 0.07 0.14 0.13 0.26 0.29 0.43 0.10 0.23 0.07 0.04 0.00 0.16 0.15 0.42 0.20 0.22
O4' 0.01 0.25 0.03 0.02 0.13 0.00 0.09 0.02 0.13 0.17 0.20 0.25 0.10 0.12 0.05 0.20 0.16 0.00 0.10 0.08 0.13 0.06
O5' 0.16 0.30 0.43 0.07 0.29 0.03 0.42 0.01 0.43 0.42 0.38 0.26 0.50 0.51 0.23 0.32 0.15 0.10 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.17 0.35 0.40 0.24 0.36 0.11 0.54 0.05 0.56 0.55 0.47 0.30 0.68 0.68 0.32 0.30 0.42 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.53 0.57 0.11 0.47 0.05 0.67 0.03 0.75 0.49 0.68 0.43 0.88 0.73 0.34 0.66 0.20 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.36 0.46 0.09 0.34 0.03 0.50 0.02 0.55 0.44 0.47 0.30 0.65 0.60 0.25 0.40 0.22 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.25 0.09 0.58 0.20 0.37 0.19 0.48 0.23 0.14 0.25 0.23 0.23 0.15 0.17 0.30 0.63 0.25 0.69 1.08 1.71 1.00
C2 0.20 0.28 0.11 0.56 0.23 0.35 0.22 0.44 0.26 0.16 0.28 0.26 0.26 0.16 0.20 0.29 0.49 0.26 0.65 1.03 1.58 0.92
C2' 0.15 0.11 0.18 0.49 0.13 0.26 0.12 0.34 0.12 0.15 0.11 0.13 0.14 0.14 0.14 0.39 0.51 0.19 0.62 0.94 1.63 0.94
C3' 0.24 0.06 0.41 0.54 0.15 0.43 0.14 0.64 0.07 0.27 0.05 0.10 0.05 0.23 0.22 0.59 0.66 0.24 0.93 1.52 1.95 1.31
C4 0.16 0.23 0.09 0.57 0.19 0.37 0.19 0.48 0.21 0.13 0.23 0.21 0.22 0.15 0.16 0.31 0.59 0.25 0.69 1.09 1.69 0.99
C4' 0.12 0.28 0.25 0.59 0.15 0.41 0.16 0.61 0.26 0.12 0.31 0.20 0.31 0.11 0.11 0.43 0.74 0.17 0.92 1.54 1.92 1.29
C5 0.13 0.18 0.12 0.57 0.15 0.37 0.16 0.48 0.18 0.11 0.18 0.17 0.18 0.13 0.13 0.33 0.60 0.23 0.71 1.13 1.69 1.01
C5' 0.32 0.30 0.48 0.74 0.25 0.61 0.25 0.82 0.30 0.30 0.33 0.25 0.34 0.26 0.28 0.62 0.93 0.35 1.11 1.80 2.03 1.47
C6 0.14 0.18 0.11 0.56 0.16 0.37 0.17 0.47 0.18 0.12 0.18 0.17 0.18 0.14 0.14 0.32 0.56 0.23 0.70 1.10 1.63 0.97
C8 0.12 0.17 0.15 0.55 0.14 0.36 0.14 0.47 0.16 0.11 0.17 0.15 0.17 0.12 0.12 0.35 0.64 0.22 0.69 1.12 1.69 1.01
N1 0.18 0.24 0.10 0.56 0.21 0.35 0.21 0.44 0.24 0.15 0.24 0.23 0.24 0.16 0.18 0.30 0.50 0.25 0.65 1.04 1.55 0.91
N3 0.20 0.27 0.10 0.56 0.23 0.36 0.21 0.45 0.25 0.15 0.27 0.25 0.25 0.16 0.19 0.30 0.53 0.26 0.66 1.05 1.64 0.96
N6 0.11 0.14 0.14 0.56 0.13 0.38 0.13 0.48 0.14 0.10 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.35 0.57 0.22 0.71 1.12 1.60 0.97
N7 0.11 0.15 0.17 0.55 0.12 0.37 0.13 0.48 0.15 0.10 0.15 0.13 0.16 0.11 0.11 0.36 0.64 0.22 0.71 1.15 1.70 1.02
N9 0.15 0.21 0.10 0.57 0.17 0.37 0.17 0.48 0.20 0.12 0.22 0.19 0.20 0.14 0.15 0.32 0.62 0.24 0.70 1.10 1.70 1.00
O2' 0.73 0.56 0.57 0.84 0.63 0.76 0.57 0.71 0.51 0.66 0.51 0.62 0.45 0.59 0.68 0.54 0.74 0.82 0.69 0.45 1.40 0.84
O3' 0.19 0.48 0.14 0.37 0.31 0.20 0.31 0.46 0.42 0.15 0.50 0.39 0.46 0.19 0.21 0.36 0.45 0.15 0.69 1.31 1.77 1.12
O4' 0.19 0.40 0.17 0.65 0.28 0.44 0.30 0.56 0.39 0.16 0.43 0.33 0.43 0.22 0.20 0.32 0.77 0.25 0.84 1.36 1.84 1.17
O5' 0.54 0.35 0.73 0.90 0.42 0.79 0.39 0.98 0.33 0.51 0.33 0.38 0.31 0.45 0.49 0.85 1.09 0.55 1.28 1.95 2.15 1.62
OP1 0.83 0.50 1.01 1.15 0.62 1.12 0.57 1.34 0.47 0.76 0.45 0.58 0.41 0.65 0.74 1.13 1.34 0.87 1.59 2.32 2.33 1.95
OP2 1.06 0.78 1.29 1.35 0.89 1.29 0.83 1.46 0.72 0.99 0.71 0.86 0.62 0.89 0.99 1.39 1.54 1.05 1.71 2.39 2.39 2.02
P 0.78 0.50 0.98 1.08 0.60 1.03 0.55 1.22 0.47 0.71 0.46 0.57 0.41 0.62 0.70 1.11 1.29 0.79 1.48 2.22 2.23 1.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.27 0.01 0.24 0.49 0.50 0.35
C2 0.03 0.00 0.24 0.17 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.27 0.15 0.35 0.66 0.86 0.52
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.14 0.04 0.09 0.14 0.14 0.08 0.21 0.24 0.12 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.46 0.70 0.48 0.48
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.21 0.01 0.32 0.03 0.32 0.37 0.25 0.13 0.37 0.40 0.22 0.02 0.01 0.02 0.31 0.41 0.17 0.26
C4 0.02 0.01 0.14 0.21 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.12 0.09 0.38 0.69 0.83 0.54
C4' 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.09 0.22 0.04 0.08 0.12 0.21 0.09 0.29 0.03 0.00 0.03 0.23 0.31 0.07
C5 0.01 0.00 0.09 0.32 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.09 0.05 0.48 0.83 1.04 0.67
C5' 0.06 0.13 0.14 0.03 0.14 0.01 0.22 0.00 0.21 0.28 0.17 0.12 0.25 0.31 0.14 0.15 0.17 0.01 0.01 0.37 0.38 0.02
C6 0.01 0.01 0.14 0.32 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.06 0.08 0.49 0.84 1.11 0.70
C8 0.02 0.01 0.08 0.37 0.00 0.22 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.27 0.24 0.10 0.50 0.82 0.93 0.65
N1 0.02 0.00 0.21 0.25 0.01 0.04 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.13 0.12 0.43 0.76 1.01 0.62
N3 0.03 0.00 0.24 0.13 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.31 0.15 0.31 0.61 0.75 0.46
N6 0.01 0.01 0.12 0.37 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.28 0.13 0.06 0.55 0.93 1.24 0.78
N7 0.01 0.01 0.05 0.40 0.00 0.21 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.30 0.25 0.06 0.56 0.91 1.14 0.75
N9 0.00 0.01 0.03 0.22 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.09 0.02 0.36 0.67 0.73 0.50
O2' 0.03 0.17 0.00 0.02 0.18 0.29 0.25 0.15 0.24 0.27 0.20 0.16 0.28 0.30 0.17 0.00 0.04 0.18 0.22 0.46 0.30 0.25
O3' 0.27 0.27 0.02 0.01 0.12 0.03 0.09 0.17 0.06 0.24 0.13 0.31 0.13 0.25 0.09 0.04 0.00 0.17 0.29 0.47 0.31 0.27
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.10 0.12 0.15 0.06 0.06 0.02 0.18 0.17 0.00 0.07 0.40 0.45 0.29
O5' 0.24 0.35 0.46 0.31 0.38 0.03 0.48 0.01 0.49 0.50 0.43 0.31 0.55 0.56 0.36 0.22 0.29 0.07 0.00 0.05 0.03 0.01
OP1 0.49 0.66 0.70 0.41 0.69 0.23 0.83 0.37 0.84 0.82 0.76 0.61 0.93 0.91 0.67 0.46 0.47 0.40 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.50 0.86 0.48 0.17 0.83 0.31 1.04 0.38 1.11 0.93 1.01 0.75 1.24 1.14 0.73 0.30 0.31 0.45 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.35 0.52 0.48 0.26 0.54 0.07 0.67 0.02 0.70 0.65 0.62 0.46 0.78 0.75 0.50 0.25 0.27 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00