Doublet Group distance statistics: 48870

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6	A	0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N3	A	0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C5	A	0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N1	A	0, 0.015, 0.036, 0.058, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.036 std_dev=0.021
C4	A	0, 0.018, 0.043, 0.069, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.043 std_dev=0.025
N6	A	0, 0.015, 0.045, 0.074, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.045 std_dev=0.029
N9	A	0, 0.026, 0.062, 0.098, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.062 std_dev=0.036
N7	A	0, 0.034, 0.082, 0.130, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.082 std_dev=0.048
C8	A	0, 0.046, 0.109, 0.172, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.109 std_dev=0.063
O4'	A	0, 0.128, 0.485, 0.841, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.485 std_dev=0.357
C3'	A	0, 0.274, 0.654, 1.033, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.654 std_dev=0.380
C4'	A	0, 0.257, 0.663, 1.069, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.663 std_dev=0.406
C2'	A	0, 0.142, 0.666, 1.191, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.666 std_dev=0.524
P	B	0, 0.335, 0.870, 1.405, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.870 std_dev=0.535
N9	B	0, 0.349, 0.896, 1.444, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.896 std_dev=0.547
C4	B	0, 0.370, 0.932, 1.494, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.932 std_dev=0.562
C3'	B	0, 0.329, 0.903, 1.477, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.903 std_dev=0.574
C8	B	0, 0.370, 0.945, 1.520, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.945 std_dev=0.575
C2	B	0, 0.384, 0.965, 1.545, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.965 std_dev=0.580
N3	B	0, 0.360, 0.947, 1.535, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.947 std_dev=0.587
O4'	B	0, 0.401, 0.998, 1.594, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.998 std_dev=0.597
C1'	B	0, 0.374, 0.974, 1.573, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.974 std_dev=0.599
N1	B	0, 0.430, 1.033, 1.637, 1.526 max_d=1.526 avg_d=1.033 std_dev=0.604
O3'	A	0, 0.364, 0.971, 1.579, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.971 std_dev=0.608
C5	B	0, 0.413, 1.027, 1.642, 1.630 max_d=1.630 avg_d=1.027 std_dev=0.614
C4'	B	0, 0.416, 1.031, 1.645, 1.626 max_d=1.626 avg_d=1.031 std_dev=0.615
C5'	B	0, 0.335, 0.961, 1.587, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.961 std_dev=0.626
O5'	A	0, 0.212, 0.846, 1.480, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.846 std_dev=0.634
C2'	B	0, 0.255, 0.895, 1.536, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.895 std_dev=0.640
C5'	A	0, 0.242, 0.896, 1.550, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.896 std_dev=0.654
N7	B	0, 0.400, 1.065, 1.729, 1.823 max_d=1.823 avg_d=1.065 std_dev=0.665
C6	B	0, 0.437, 1.104, 1.771, 1.771 max_d=1.771 avg_d=1.104 std_dev=0.667
OP2	B	0, 0.369, 1.077, 1.786, 1.868 max_d=1.868 avg_d=1.077 std_dev=0.708
O3'	B	0, 0.513, 1.269, 2.024, 1.992 max_d=1.992 avg_d=1.269 std_dev=0.755
O2'	B	0, 0.469, 1.238, 2.008, 1.893 max_d=1.893 avg_d=1.238 std_dev=0.769
OP2	A	0, 0.330, 1.130, 1.930, 2.251 max_d=2.251 avg_d=1.130 std_dev=0.800
O5'	B	0, 0.155, 0.962, 1.770, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.962 std_dev=0.807
N6	B	0, 0.457, 1.283, 2.109, 2.200 max_d=2.200 avg_d=1.283 std_dev=0.826
P	A	0, 0.358, 1.217, 2.076, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.217 std_dev=0.859
OP1	B	0, 0.604, 1.585, 2.566, 2.616 max_d=2.616 avg_d=1.585 std_dev=0.981
O2'	A	0, 0.243, 1.319, 2.396, 2.383 max_d=2.383 avg_d=1.319 std_dev=1.077
OP1	A	0, 0.893, 2.466, 4.039, 3.956 max_d=3.956 avg_d=2.466 std_dev=1.573

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.06	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.00	0.01	0.02	0.31	0.00	0.07	0.30	0.09	0.19
C2	0.03	0.00	0.29	0.24	0.01	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.08	0.17	0.13	0.22	0.55	0.49	0.44
C2'	0.00	0.29	0.00	0.00	0.15	0.02	0.07	0.20	0.13	0.16	0.22	0.30	0.10	0.10	0.02	0.01	0.02	0.02	0.42	0.27	0.57	0.37
C3'	0.01	0.24	0.00	0.00	0.23	0.01	0.27	0.00	0.30	0.19	0.29	0.20	0.33	0.25	0.16	0.02	0.01	0.03	0.12	0.12	0.27	0.12
C4	0.02	0.01	0.15	0.23	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.14	0.07	0.22	0.56	0.48	0.44
C4'	0.01	0.03	0.02	0.01	0.05	0.00	0.08	0.01	0.08	0.09	0.06	0.01	0.11	0.10	0.05	0.26	0.03	0.01	0.01	0.09	0.10	0.09
C5	0.01	0.02	0.07	0.27	0.00	0.08	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.28	0.10	0.03	0.31	0.69	0.71	0.57
C5'	0.06	0.01	0.20	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.04	0.02	0.03	0.03	0.07	0.04	0.03	0.07	0.20	0.03	0.01	0.13	0.18	0.01
C6	0.01	0.01	0.13	0.30	0.00	0.08	0.01	0.04	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.27	0.10	0.05	0.34	0.73	0.79	0.61
C8	0.00	0.01	0.16	0.19	0.00	0.09	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.00	0.34	0.08	0.08	0.28	0.66	0.62	0.54
N1	0.02	0.00	0.22	0.29	0.00	0.06	0.02	0.03	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.17	0.12	0.10	0.30	0.66	0.67	0.54
N3	0.03	0.00	0.30	0.20	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.22	0.13	0.17	0.48	0.36	0.36
N6	0.00	0.01	0.10	0.33	0.00	0.11	0.01	0.07	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.01	0.32	0.12	0.02	0.40	0.81	0.95	0.69
N7	0.00	0.02	0.10	0.25	0.00	0.10	0.00	0.04	0.02	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.00	0.37	0.10	0.04	0.35	0.76	0.82	0.63
N9	0.01	0.00	0.02	0.16	0.00	0.05	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.19	0.14	0.01	0.18	0.50	0.38	0.39
O2'	0.02	0.08	0.01	0.02	0.16	0.26	0.28	0.07	0.27	0.34	0.17	0.06	0.32	0.37	0.19	0.00	0.05	0.18	0.37	0.12	0.73	0.37
O3'	0.31	0.17	0.02	0.01	0.14	0.03	0.10	0.20	0.10	0.08	0.12	0.22	0.12	0.10	0.14	0.05	0.00	0.21	0.09	0.13	0.11	0.07
O4'	0.00	0.13	0.02	0.03	0.07	0.01	0.03	0.03	0.05	0.08	0.10	0.13	0.02	0.04	0.01	0.18	0.21	0.00	0.20	0.42	0.35	0.41
O5'	0.07	0.22	0.42	0.12	0.22	0.01	0.31	0.01	0.34	0.28	0.30	0.17	0.40	0.35	0.18	0.37	0.09	0.20	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.30	0.55	0.27	0.12	0.56	0.09	0.69	0.13	0.73	0.66	0.66	0.48	0.81	0.76	0.50	0.12	0.13	0.42	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.09	0.49	0.57	0.27	0.48	0.10	0.71	0.18	0.79	0.62	0.67	0.36	0.95	0.82	0.38	0.73	0.11	0.35	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.19	0.44	0.37	0.12	0.44	0.09	0.57	0.01	0.61	0.54	0.54	0.36	0.69	0.63	0.39	0.37	0.07	0.41	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.06	0.07	0.15	0.07	0.07	0.05	0.02	0.05	0.10	0.06	0.08	0.11	0.08	0.10	0.08	0.25	0.25	0.07	0.19	0.07	0.12
C2	0.05	0.16	0.15	0.21	0.13	0.07	0.17	0.09	0.19	0.12	0.19	0.13	0.21	0.16	0.10	0.10	0.28	0.09	0.14	0.27	0.16	0.13
C2'	0.08	0.19	0.15	0.22	0.09	0.03	0.13	0.05	0.20	0.08	0.24	0.12	0.24	0.09	0.05	0.08	0.34	0.21	0.02	0.25	0.03	0.18
C3'	0.35	0.23	0.19	0.12	0.27	0.29	0.24	0.27	0.22	0.30	0.22	0.26	0.21	0.27	0.30	0.24	0.09	0.44	0.24	0.44	0.28	0.39
C4	0.09	0.10	0.11	0.18	0.06	0.04	0.10	0.02	0.14	0.08	0.14	0.07	0.18	0.10	0.06	0.07	0.26	0.18	0.08	0.23	0.06	0.14
C4'	0.21	0.14	0.07	0.04	0.14	0.13	0.09	0.09	0.07	0.14	0.11	0.16	0.04	0.10	0.16	0.14	0.13	0.28	0.07	0.30	0.11	0.22
C5	0.09	0.13	0.12	0.17	0.08	0.05	0.11	0.00	0.15	0.09	0.16	0.09	0.19	0.09	0.07	0.08	0.24	0.18	0.05	0.26	0.04	0.17
C5'	0.19	0.11	0.09	0.07	0.13	0.12	0.11	0.07	0.08	0.15	0.08	0.13	0.05	0.13	0.16	0.13	0.14	0.25	0.06	0.30	0.12	0.21
C6	0.07	0.18	0.15	0.19	0.14	0.05	0.17	0.04	0.20	0.10	0.20	0.15	0.22	0.14	0.10	0.11	0.25	0.11	0.08	0.27	0.07	0.16
C8	0.18	0.05	0.07	0.12	0.08	0.10	0.06	0.07	0.05	0.15	0.07	0.07	0.10	0.11	0.14	0.09	0.21	0.27	0.04	0.26	0.06	0.19
N1	0.07	0.19	0.17	0.22	0.16	0.08	0.19	0.09	0.21	0.13	0.21	0.16	0.23	0.17	0.13	0.12	0.27	0.07	0.13	0.29	0.13	0.14
N3	0.06	0.12	0.13	0.20	0.09	0.05	0.13	0.06	0.16	0.09	0.16	0.09	0.19	0.13	0.07	0.08	0.28	0.14	0.12	0.24	0.13	0.12
N6	0.11	0.22	0.18	0.21	0.18	0.08	0.19	0.05	0.22	0.12	0.23	0.19	0.23	0.15	0.14	0.15	0.25	0.10	0.06	0.29	0.16	0.20
N7	0.15	0.08	0.09	0.13	0.06	0.09	0.06	0.06	0.09	0.14	0.11	0.05	0.14	0.10	0.12	0.08	0.21	0.24	0.05	0.28	0.10	0.21
N9	0.14	0.06	0.08	0.15	0.05	0.07	0.05	0.02	0.08	0.10	0.09	0.05	0.13	0.08	0.09	0.07	0.24	0.23	0.05	0.23	0.02	0.15
O2'	0.28	0.44	0.54	0.66	0.39	0.37	0.43	0.39	0.46	0.35	0.47	0.40	0.48	0.40	0.34	0.45	0.83	0.16	0.49	0.27	0.53	0.34
O3'	0.10	0.14	0.06	0.15	0.08	0.06	0.07	0.12	0.12	0.06	0.15	0.11	0.14	0.06	0.07	0.03	0.25	0.15	0.10	0.13	0.13	0.16
O4'	0.18	0.14	0.07	0.10	0.12	0.09	0.07	0.01	0.05	0.11	0.10	0.15	0.04	0.08	0.13	0.12	0.18	0.24	0.06	0.21	0.04	0.13
O5'	0.55	0.48	0.40	0.31	0.50	0.46	0.48	0.41	0.47	0.52	0.46	0.50	0.45	0.50	0.53	0.45	0.21	0.62	0.38	0.55	0.39	0.49
OP1	1.14	1.05	0.99	0.89	1.10	1.03	1.07	0.94	1.04	1.08	1.02	1.09	0.99	1.06	1.11	1.06	0.79	1.18	0.90	1.08	0.81	0.94
OP2	1.32	1.36	1.14	1.00	1.34	1.15	1.33	1.07	1.37	1.28	1.37	1.35	1.37	1.29	1.32	1.20	0.87	1.34	1.01	0.94	0.94	1.04
P	0.96	0.89	0.77	0.66	0.92	0.84	0.90	0.77	0.89	0.92	0.87	0.92	0.86	0.91	0.94	0.84	0.53	1.02	0.72	0.84	0.68	0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.04	0.04	0.03	0.01	0.08	0.03	0.01	0.01	0.03	0.01	0.05	0.23	0.14	0.16
C2	0.01	0.00	0.09	0.12	0.02	0.03	0.01	0.07	0.00	0.03	0.00	0.00	0.02	0.02	0.03	0.06	0.16	0.05	0.09	0.22	0.16	0.14
C2'	0.01	0.09	0.00	0.01	0.05	0.02	0.02	0.02	0.03	0.06	0.06	0.10	0.04	0.04	0.01	0.00	0.02	0.01	0.05	0.25	0.07	0.06
C3'	0.01	0.12	0.01	0.00	0.08	0.01	0.06	0.02	0.07	0.07	0.10	0.12	0.08	0.05	0.03	0.01	0.02	0.02	0.09	0.27	0.08	0.05
C4	0.01	0.02	0.05	0.08	0.00	0.03	0.01	0.06	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.00	0.02	0.02	0.08	0.04	0.07	0.24	0.15	0.15
C4'	0.02	0.03	0.02	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.06	0.07	0.04	0.03	0.11	0.07	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.11	0.05	0.06
C5	0.04	0.01	0.02	0.06	0.01	0.06	0.00	0.10	0.02	0.03	0.02	0.01	0.04	0.01	0.03	0.02	0.07	0.08	0.12	0.26	0.22	0.21
C5'	0.02	0.07	0.02	0.02	0.06	0.01	0.10	0.00	0.11	0.10	0.09	0.05	0.16	0.11	0.05	0.02	0.04	0.02	0.00	0.04	0.02	0.01
C6	0.04	0.00	0.03	0.07	0.02	0.06	0.02	0.11	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.04	0.05	0.01	0.10	0.09	0.14	0.24	0.25	0.23
C8	0.04	0.03	0.06	0.07	0.01	0.07	0.03	0.10	0.05	0.00	0.04	0.02	0.09	0.01	0.01	0.06	0.08	0.07	0.12	0.32	0.23	0.25
N1	0.03	0.00	0.06	0.10	0.03	0.04	0.02	0.09	0.00	0.04	0.00	0.01	0.03	0.04	0.05	0.03	0.14	0.07	0.12	0.22	0.21	0.19
N3	0.01	0.00	0.10	0.12	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.06	0.13	0.03	0.07	0.22	0.13	0.12
N6	0.08	0.02	0.04	0.08	0.04	0.11	0.04	0.16	0.00	0.09	0.03	0.01	0.00	0.09	0.08	0.03	0.10	0.14	0.20	0.29	0.34	0.32
N7	0.03	0.02	0.04	0.05	0.00	0.07	0.01	0.11	0.04	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.01	0.04	0.06	0.07	0.13	0.31	0.27	0.26
N9	0.01	0.03	0.01	0.03	0.02	0.03	0.03	0.05	0.05	0.01	0.05	0.02	0.08	0.01	0.00	0.02	0.03	0.02	0.05	0.26	0.15	0.17
O2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.06	0.03	0.06	0.03	0.04	0.02	0.00	0.04	0.00	0.02	0.20	0.05	0.05
O3'	0.03	0.16	0.02	0.02	0.08	0.04	0.07	0.04	0.10	0.08	0.14	0.13	0.10	0.06	0.03	0.04	0.00	0.04	0.13	0.33	0.17	0.14
O4'	0.01	0.05	0.01	0.02	0.04	0.01	0.08	0.02	0.09	0.07	0.07	0.03	0.14	0.07	0.02	0.00	0.04	0.00	0.11	0.23	0.19	0.21
O5'	0.05	0.09	0.05	0.09	0.07	0.01	0.12	0.00	0.14	0.12	0.12	0.07	0.20	0.13	0.05	0.02	0.13	0.11	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.23	0.22	0.25	0.27	0.24	0.11	0.26	0.04	0.24	0.32	0.22	0.22	0.29	0.31	0.26	0.20	0.33	0.23	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.14	0.16	0.07	0.08	0.15	0.05	0.22	0.02	0.25	0.23	0.21	0.13	0.34	0.27	0.15	0.05	0.17	0.19	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.16	0.14	0.06	0.05	0.15	0.06	0.21	0.01	0.23	0.25	0.19	0.12	0.32	0.26	0.17	0.05	0.14	0.21	0.01	0.00	0.01	0.00