Doublet Group distance statistics: 48871

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C1'	A	0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4	A	0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N9	A	0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N6	A	0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N7	A	0, 0.010, 0.038, 0.066, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.038 std_dev=0.028
C8	A	0, 0.007, 0.035, 0.064, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.028
O4'	A	0, 0.015, 0.111, 0.206, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.111 std_dev=0.096
C2'	A	0, 0.009, 0.111, 0.213, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.111 std_dev=0.102
O2'	A	0, 0.017, 0.121, 0.225, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.121 std_dev=0.104
OP2	A	0, 0.075, 0.205, 0.334, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.205 std_dev=0.130
C4'	A	0, 0.010, 0.156, 0.302, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.156 std_dev=0.146
O3'	B	0, 0.100, 0.252, 0.404, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.252 std_dev=0.152
P	A	0, -0.009, 0.149, 0.306, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.149 std_dev=0.158
C3'	A	0, 0.020, 0.178, 0.337, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.178 std_dev=0.159
C3'	B	0, 0.073, 0.253, 0.434, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.253 std_dev=0.181
N7	B	0, 0.121, 0.306, 0.490, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.306 std_dev=0.185
OP1	A	0, 0.074, 0.263, 0.452, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.263 std_dev=0.189
O5'	A	0, -0.013, 0.183, 0.379, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.183 std_dev=0.196
C5	B	0, 0.143, 0.341, 0.538, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.341 std_dev=0.197
P	B	0, 0.095, 0.298, 0.501, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.298 std_dev=0.203
C5'	B	0, 0.133, 0.337, 0.540, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.337 std_dev=0.204
C8	B	0, 0.110, 0.323, 0.536, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.323 std_dev=0.213
O3'	A	0, 0.031, 0.245, 0.459, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.245 std_dev=0.214
C4	B	0, 0.157, 0.375, 0.593, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.375 std_dev=0.218
C4'	B	0, 0.093, 0.314, 0.534, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.314 std_dev=0.220
C6	B	0, 0.156, 0.380, 0.604, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.380 std_dev=0.224
N6	B	0, 0.152, 0.381, 0.609, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.381 std_dev=0.229
N9	B	0, 0.148, 0.378, 0.608, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.378 std_dev=0.230
C2'	B	0, 0.131, 0.374, 0.617, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.374 std_dev=0.243
C5'	A	0, 0.038, 0.285, 0.532, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.285 std_dev=0.247
O4'	B	0, 0.141, 0.405, 0.668, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.405 std_dev=0.263
N3	B	0, 0.191, 0.456, 0.721, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.456 std_dev=0.265
N1	B	0, 0.176, 0.444, 0.711, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.444 std_dev=0.268
C1'	B	0, 0.157, 0.427, 0.697, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.427 std_dev=0.270
O2'	B	0, 0.133, 0.409, 0.685, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.409 std_dev=0.276
C2	B	0, 0.193, 0.474, 0.755, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.474 std_dev=0.281
O5'	B	0, 0.217, 0.518, 0.820, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.518 std_dev=0.301
OP2	B	0, -0.019, 0.306, 0.632, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.306 std_dev=0.325
OP1	B	0, 0.493, 1.173, 1.853, 1.631 max_d=1.631 avg_d=1.173 std_dev=0.680

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.08	0.05	0.06
C2	0.02	0.00	0.07	0.08	0.01	0.04	0.02	0.06	0.01	0.03	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.04	0.10	0.01	0.12	0.10	0.13	0.11
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.03	0.03	0.05	0.07	0.02	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.04	0.04	0.02
C3'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.04	0.00	0.03	0.00	0.04	0.03	0.07	0.08	0.04	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.02	0.04	0.02
C4	0.01	0.01	0.03	0.04	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.10	0.09	0.11	0.09
C4'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.03	0.03	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.01	0.01
C5	0.00	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.09	0.08	0.12	0.09
C5'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.04	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.05	0.05	0.04	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01
C6	0.00	0.01	0.03	0.04	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.05	0.01	0.10	0.09	0.13	0.10
C8	0.01	0.03	0.03	0.03	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.00	0.02	0.03	0.01	0.06	0.07	0.08	0.07
N1	0.01	0.00	0.05	0.07	0.00	0.03	0.01	0.05	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.08	0.01	0.11	0.09	0.14	0.11
N3	0.02	0.00	0.07	0.08	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.09	0.01	0.10	0.09	0.12	0.10
N6	0.00	0.01	0.02	0.04	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.05	0.02	0.10	0.09	0.14	0.10
N7	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.07	0.07	0.10	0.08
N9	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.08	0.08	0.08	0.08
O2'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.04	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.06	0.03	0.03
O3'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.05	0.01	0.03	0.01	0.05	0.03	0.08	0.09	0.05	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.03	0.06	0.04
O4'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.00	0.06	0.08	0.04	0.06
O5'	0.05	0.12	0.02	0.02	0.10	0.01	0.09	0.01	0.10	0.06	0.11	0.10	0.10	0.07	0.08	0.02	0.05	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00
OP1	0.08	0.10	0.04	0.02	0.09	0.05	0.08	0.03	0.09	0.07	0.09	0.09	0.09	0.07	0.08	0.06	0.03	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.05	0.13	0.04	0.04	0.11	0.01	0.12	0.01	0.13	0.08	0.14	0.12	0.14	0.10	0.08	0.03	0.06	0.04	0.00	0.01	0.00	0.01
P	0.06	0.11	0.02	0.02	0.09	0.01	0.09	0.01	0.10	0.07	0.11	0.10	0.10	0.08	0.08	0.03	0.04	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.04	0.03	0.04	0.04	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.05	0.04	0.01	0.05	0.04	0.03	0.04	0.04	0.04	0.04	0.14	0.18	0.06
C2	0.07	0.04	0.07	0.06	0.05	0.06	0.06	0.04	0.07	0.08	0.06	0.03	0.10	0.08	0.06	0.07	0.06	0.08	0.02	0.19	0.17	0.07
C2'	0.04	0.03	0.04	0.04	0.01	0.05	0.01	0.03	0.02	0.05	0.03	0.01	0.04	0.03	0.03	0.04	0.04	0.06	0.02	0.19	0.16	0.07
C3'	0.03	0.03	0.04	0.04	0.01	0.04	0.01	0.03	0.02	0.03	0.03	0.02	0.03	0.02	0.03	0.04	0.04	0.05	0.02	0.20	0.16	0.07
C4	0.05	0.03	0.05	0.04	0.03	0.04	0.04	0.01	0.05	0.06	0.05	0.02	0.08	0.05	0.04	0.05	0.04	0.05	0.03	0.13	0.18	0.06
C4'	0.04	0.05	0.04	0.04	0.03	0.02	0.02	0.02	0.03	0.04	0.04	0.04	0.03	0.03	0.04	0.04	0.04	0.03	0.04	0.14	0.17	0.05
C5	0.04	0.04	0.04	0.03	0.03	0.03	0.04	0.02	0.06	0.05	0.06	0.03	0.09	0.05	0.03	0.04	0.03	0.04	0.05	0.10	0.18	0.05
C5'	0.03	0.05	0.04	0.03	0.04	0.01	0.03	0.02	0.04	0.03	0.05	0.04	0.04	0.03	0.03	0.04	0.03	0.02	0.04	0.15	0.19	0.04
C6	0.05	0.05	0.05	0.04	0.04	0.04	0.06	0.01	0.08	0.06	0.07	0.04	0.11	0.07	0.05	0.05	0.04	0.06	0.03	0.11	0.19	0.05
C8	0.01	0.05	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.04	0.02	0.06	0.03	0.06	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.06	0.10	0.18	0.03
N1	0.07	0.05	0.07	0.06	0.05	0.06	0.07	0.03	0.08	0.08	0.07	0.04	0.11	0.09	0.06	0.07	0.06	0.08	0.01	0.16	0.19	0.07
N3	0.06	0.03	0.06	0.05	0.03	0.05	0.05	0.03	0.06	0.07	0.05	0.02	0.09	0.07	0.05	0.06	0.05	0.07	0.02	0.17	0.17	0.07
N6	0.05	0.06	0.05	0.04	0.05	0.03	0.07	0.04	0.09	0.05	0.08	0.05	0.12	0.07	0.04	0.05	0.04	0.05	0.06	0.07	0.18	0.06
N7	0.01	0.05	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.03	0.06	0.02	0.06	0.04	0.08	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.07	0.09	0.18	0.03
N9	0.03	0.03	0.04	0.03	0.01	0.03	0.02	0.01	0.04	0.04	0.04	0.02	0.06	0.04	0.03	0.04	0.03	0.04	0.04	0.12	0.18	0.05
O2'	0.05	0.03	0.05	0.05	0.02	0.05	0.02	0.04	0.03	0.06	0.04	0.02	0.04	0.04	0.04	0.05	0.04	0.07	0.02	0.20	0.15	0.08
O3'	0.03	0.03	0.04	0.04	0.01	0.05	0.01	0.05	0.02	0.04	0.03	0.02	0.03	0.02	0.03	0.04	0.04	0.06	0.04	0.24	0.16	0.08
O4'	0.04	0.04	0.05	0.04	0.03	0.03	0.02	0.03	0.02	0.04	0.04	0.04	0.03	0.03	0.04	0.05	0.04	0.03	0.06	0.11	0.17	0.05
O5'	0.03	0.08	0.02	0.03	0.06	0.04	0.05	0.05	0.07	0.04	0.08	0.07	0.08	0.04	0.03	0.02	0.02	0.05	0.05	0.21	0.22	0.07
OP1	0.02	0.05	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.03	0.03	0.02	0.05	0.04	0.02	0.02	0.01	0.03	0.04	0.01	0.05	0.16	0.23	0.05
OP2	0.03	0.08	0.03	0.05	0.05	0.05	0.04	0.05	0.06	0.04	0.08	0.07	0.06	0.04	0.03	0.03	0.05	0.06	0.04	0.22	0.23	0.10
P	0.01	0.07	0.02	0.02	0.03	0.02	0.03	0.03	0.05	0.02	0.07	0.05	0.05	0.02	0.01	0.01	0.03	0.03	0.04	0.18	0.23	0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.04	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.05	0.09	0.20	0.06
C2	0.04	0.00	0.05	0.04	0.01	0.03	0.02	0.03	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.07	0.06	0.04	0.06	0.10	0.23	0.03
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.05	0.02	0.06	0.05	0.05	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.13	0.13	0.03
C3'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.04	0.04	0.05	0.04	0.04	0.04	0.02	0.01	0.00	0.00	0.03	0.15	0.06	0.02
C4	0.02	0.01	0.04	0.03	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.04	0.02	0.07	0.10	0.22	0.04
C4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.03	0.03	0.03	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.11	0.09	0.03
C5	0.02	0.02	0.04	0.03	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.04	0.01	0.06	0.12	0.24	0.04
C5'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.00	0.03	0.05	0.03	0.04	0.02	0.04	0.04	0.02	0.01	0.01	0.00	0.11	0.00	0.01
C6	0.03	0.01	0.05	0.04	0.01	0.02	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.05	0.01	0.05	0.12	0.25	0.05
C8	0.01	0.02	0.02	0.04	0.01	0.03	0.01	0.05	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.00	0.01	0.04	0.03	0.09	0.10	0.22	0.05
N1	0.04	0.00	0.06	0.05	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.07	0.06	0.02	0.05	0.11	0.24	0.04
N3	0.04	0.00	0.05	0.04	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.05	0.04	0.07	0.10	0.22	0.03
N6	0.02	0.01	0.05	0.04	0.01	0.03	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.05	0.05	0.02	0.04	0.15	0.25	0.06
N7	0.01	0.02	0.03	0.04	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.04	0.03	0.07	0.13	0.24	0.05
N9	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.08	0.09	0.21	0.04
O2'	0.00	0.07	0.00	0.01	0.04	0.01	0.04	0.02	0.05	0.01	0.07	0.06	0.05	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.12	0.13	0.04
O3'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.05	0.04	0.06	0.05	0.05	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01	0.05	0.19	0.02	0.03
O4'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.04	0.02	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.05	0.10	0.20	0.08
O5'	0.05	0.06	0.02	0.03	0.07	0.01	0.06	0.00	0.05	0.09	0.05	0.07	0.04	0.07	0.08	0.02	0.05	0.05	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.09	0.10	0.13	0.15	0.10	0.11	0.12	0.11	0.12	0.10	0.11	0.10	0.15	0.13	0.09	0.12	0.19	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.20	0.23	0.13	0.06	0.22	0.09	0.24	0.00	0.25	0.22	0.24	0.22	0.25	0.24	0.21	0.13	0.02	0.20	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.06	0.03	0.03	0.02	0.04	0.03	0.04	0.01	0.05	0.05	0.04	0.03	0.06	0.05	0.04	0.04	0.03	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00