ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48875

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 24, 14, 14, 11, 8, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.008, 0.013, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.011, 0.018, 0.026, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.019, 0.041, 0.063, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.041 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.023, 0.055, 0.087, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.055 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.063, 0.186, 0.308, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.186 std_dev=0.122
O4' A 0, 0.043, 0.171, 0.298, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.171 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.110, 0.241, 0.372, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.241 std_dev=0.131
N6 B 0, 0.164, 0.297, 0.429, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.297 std_dev=0.132
C6 B 0, 0.178, 0.326, 0.474, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.326 std_dev=0.148
C5 B 0, 0.179, 0.336, 0.493, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.336 std_dev=0.157
N1 B 0, 0.239, 0.400, 0.562, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.400 std_dev=0.162
N7 B 0, 0.187, 0.356, 0.525, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.356 std_dev=0.169
C8 B 0, 0.215, 0.398, 0.581, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.398 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.201, 0.384, 0.568, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.384 std_dev=0.183
N9 B 0, 0.219, 0.407, 0.596, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.407 std_dev=0.188
C4' A 0, 0.069, 0.260, 0.451, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.260 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.265, 0.458, 0.650, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.458 std_dev=0.193
N3 B 0, 0.243, 0.447, 0.650, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.447 std_dev=0.204
C3' A 0, 0.073, 0.280, 0.487, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.280 std_dev=0.207
OP2 B 0, 0.238, 0.446, 0.655, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.446 std_dev=0.209
O5' B 0, 0.254, 0.471, 0.687, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.471 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.245, 0.464, 0.683, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.464 std_dev=0.219
C3' B 0, 0.253, 0.473, 0.692, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.473 std_dev=0.219
O4' B 0, 0.259, 0.484, 0.709, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.484 std_dev=0.225
C2' B 0, 0.236, 0.465, 0.693, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.465 std_dev=0.229
OP2 A 0, 0.098, 0.328, 0.558, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.328 std_dev=0.230
O3' B 0, 0.299, 0.535, 0.772, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.535 std_dev=0.236
C4' B 0, 0.257, 0.499, 0.740, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.499 std_dev=0.241
P B 0, 0.248, 0.492, 0.736, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.492 std_dev=0.244
C5' B 0, 0.274, 0.518, 0.763, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.518 std_dev=0.244
O2' B 0, 0.235, 0.495, 0.755, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.495 std_dev=0.260
O5' A 0, 0.087, 0.348, 0.609, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.348 std_dev=0.261
P A 0, 0.093, 0.355, 0.617, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.355 std_dev=0.262
OP1 A 0, 0.104, 0.385, 0.667, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.385 std_dev=0.282
C5' A 0, 0.094, 0.396, 0.699, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.396 std_dev=0.302
O3' A 0, 0.126, 0.438, 0.750, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.438 std_dev=0.312
OP1 B 0, 0.283, 0.601, 0.918, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.601 std_dev=0.318

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.03 0.06 0.06 0.07 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.11 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.06 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.05 0.04 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.08 0.09 0.10 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.09 0.09 0.09 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.07 0.07 0.07 0.07
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.07 0.07 0.09 0.07
N4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.09 0.10 0.11 0.10
O2 0.01 0.00 0.11 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.11 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.06 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.05 0.11 0.03 0.00 0.01 0.06 0.16 0.11 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.07
O5' 0.03 0.06 0.03 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.08 0.11 0.09 0.04 0.09 0.04 0.07 0.05 0.07 0.10 0.05 0.09 0.16 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.07 0.06 0.07 0.10 0.02 0.09 0.01 0.07 0.06 0.09 0.11 0.07 0.06 0.11 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.04 0.06 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.10 0.05 0.04 0.10 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.12 0.10 0.12 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.12 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.13 0.10 0.12 0.14 0.15 0.12
C2 0.10 0.10 0.11 0.13 0.09 0.13 0.09 0.13 0.10 0.11 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.11 0.14 0.12 0.13 0.16 0.16 0.13
C2' 0.12 0.16 0.10 0.09 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13 0.10 0.16 0.15 0.12 0.10 0.12 0.12 0.09 0.12 0.11 0.10 0.10 0.11
C3' 0.14 0.19 0.10 0.09 0.14 0.11 0.12 0.11 0.14 0.10 0.18 0.17 0.11 0.09 0.12 0.13 0.08 0.14 0.11 0.09 0.10 0.10
C4 0.13 0.11 0.13 0.15 0.11 0.15 0.10 0.16 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13 0.15 0.15 0.16 0.19 0.18 0.16
C4' 0.09 0.17 0.09 0.12 0.10 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.16 0.13 0.09 0.09 0.09 0.09 0.13 0.09 0.11 0.15 0.16 0.12
C5 0.11 0.11 0.12 0.14 0.10 0.14 0.09 0.14 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.14 0.14 0.14 0.18 0.18 0.15
C5' 0.09 0.17 0.10 0.14 0.10 0.12 0.09 0.13 0.11 0.11 0.16 0.14 0.10 0.11 0.09 0.10 0.17 0.10 0.14 0.20 0.20 0.15
C6 0.10 0.11 0.11 0.13 0.09 0.13 0.09 0.13 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.12 0.13 0.17 0.17 0.14
N1 0.09 0.11 0.10 0.12 0.09 0.12 0.08 0.12 0.09 0.10 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.13 0.11 0.12 0.15 0.16 0.13
N3 0.12 0.11 0.13 0.14 0.11 0.15 0.10 0.15 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.12 0.13 0.15 0.15 0.15 0.17 0.17 0.15
N4 0.14 0.11 0.14 0.16 0.12 0.17 0.11 0.18 0.11 0.14 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.14 0.17 0.17 0.17 0.21 0.20 0.18
O2 0.10 0.11 0.11 0.12 0.09 0.12 0.09 0.12 0.11 0.10 0.12 0.09 0.14 0.09 0.09 0.11 0.13 0.11 0.12 0.14 0.15 0.12
O2' 0.15 0.18 0.12 0.11 0.15 0.13 0.14 0.14 0.15 0.12 0.18 0.17 0.13 0.12 0.14 0.14 0.10 0.15 0.14 0.13 0.12 0.14
O3' 0.21 0.25 0.16 0.14 0.20 0.18 0.17 0.19 0.18 0.16 0.22 0.24 0.14 0.14 0.19 0.19 0.12 0.22 0.17 0.15 0.13 0.17
O4' 0.12 0.13 0.14 0.18 0.11 0.17 0.11 0.17 0.10 0.15 0.13 0.11 0.10 0.15 0.12 0.13 0.20 0.14 0.18 0.23 0.23 0.19
O5' 0.09 0.15 0.10 0.13 0.10 0.11 0.09 0.12 0.11 0.10 0.15 0.13 0.10 0.10 0.09 0.09 0.14 0.10 0.13 0.18 0.18 0.14
OP1 0.11 0.16 0.11 0.14 0.11 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.16 0.14 0.11 0.11 0.10 0.11 0.15 0.11 0.13 0.18 0.18 0.14
OP2 0.09 0.14 0.10 0.13 0.09 0.12 0.09 0.12 0.11 0.10 0.14 0.12 0.11 0.09 0.09 0.09 0.15 0.10 0.14 0.19 0.19 0.15
P 0.09 0.16 0.09 0.12 0.10 0.11 0.09 0.12 0.11 0.09 0.16 0.13 0.10 0.09 0.08 0.09 0.14 0.09 0.13 0.19 0.18 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.09 0.08
C5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.07 0.07 0.10 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
N6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.07 0.09 0.11 0.09
N7 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04
O3' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.05 0.00 0.01 0.05 0.10 0.09 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
O5' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.06 0.06 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.06 0.06 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.10 0.07 0.05 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.06 0.04 0.07 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00