ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48876

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 5, 11, 8, 9, 7, 6, 3, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.013 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.001, 0.046, 0.091, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.046 std_dev=0.045
O2' A 0, 0.041, 0.098, 0.154, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.098 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.027, 0.085, 0.143, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.085 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.023, 0.095, 0.167, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.095 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.035, 0.148, 0.261, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.148 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.028, 0.147, 0.265, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.147 std_dev=0.118
O3' A 0, 0.050, 0.200, 0.350, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.200 std_dev=0.150
N6 B 0, 0.282, 0.447, 0.612, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.447 std_dev=0.165
C5' A 0, 0.079, 0.256, 0.432, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.256 std_dev=0.177
C6 B 0, 0.303, 0.501, 0.699, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.501 std_dev=0.198
O5' A 0, 0.135, 0.333, 0.531, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.333 std_dev=0.198
N1 B 0, 0.305, 0.524, 0.744, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.524 std_dev=0.219
N7 B 0, 0.342, 0.565, 0.788, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.565 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.336, 0.561, 0.785, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.561 std_dev=0.225
P A 0, 0.219, 0.470, 0.721, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.470 std_dev=0.251
C8 B 0, 0.376, 0.641, 0.906, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.641 std_dev=0.265
C2 B 0, 0.339, 0.610, 0.880, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.610 std_dev=0.271
C4 B 0, 0.371, 0.645, 0.919, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.645 std_dev=0.274
OP2 A 0, 0.189, 0.463, 0.738, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.463 std_dev=0.274
OP2 B 0, 0.374, 0.650, 0.926, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.650 std_dev=0.276
P B 0, 0.381, 0.668, 0.954, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.668 std_dev=0.286
OP1 A 0, 0.315, 0.606, 0.897, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.606 std_dev=0.291
N9 B 0, 0.386, 0.683, 0.981, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.683 std_dev=0.297
N3 B 0, 0.379, 0.681, 0.983, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.681 std_dev=0.302
OP1 B 0, 0.406, 0.711, 1.016, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.711 std_dev=0.305
O5' B 0, 0.383, 0.696, 1.009, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.696 std_dev=0.313
O4' B 0, 0.396, 0.746, 1.097, 1.956 max_d=1.956 avg_d=0.746 std_dev=0.350
C1' B 0, 0.388, 0.744, 1.100, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.744 std_dev=0.356
C5' B 0, 0.421, 0.787, 1.153, 1.993 max_d=1.993 avg_d=0.787 std_dev=0.366
C4' B 0, 0.429, 0.819, 1.210, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.819 std_dev=0.391
C2' B 0, 0.403, 0.809, 1.214, 2.281 max_d=2.281 avg_d=0.809 std_dev=0.406
C3' B 0, 0.441, 0.851, 1.261, 2.305 max_d=2.305 avg_d=0.851 std_dev=0.410
O2' B 0, 0.442, 0.897, 1.351, 2.520 max_d=2.520 avg_d=0.897 std_dev=0.455
O3' B 0, 0.534, 1.013, 1.493, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.013 std_dev=0.480

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.08 0.09 0.11 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.09 0.11 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.09 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.08 0.10 0.12 0.10
O2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.08 0.04 0.00 0.02 0.05 0.09 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.07 0.06 0.06
O5' 0.04 0.06 0.02 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.03 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.07 0.05 0.06 0.09 0.06 0.09 0.06 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07 0.06 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.06 0.06 0.11 0.03 0.11 0.01 0.09 0.08 0.10 0.12 0.08 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.03 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07 0.03 0.05 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.12 0.09
C2 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.11 0.08
C2' 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.05 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.12 0.09
C3' 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.05 0.09 0.06 0.05 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.12 0.13 0.10
C4 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.11 0.08
C4' 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.11 0.14 0.10
C5 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.11 0.08
C5' 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.12 0.14 0.11
C6 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.12 0.08
N1 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.12 0.08
N3 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.07 0.10 0.11 0.08
N4 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.07 0.07 0.10 0.11 0.08
O2 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.11 0.09
O2' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09
O3' 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10
O4' 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.13 0.10
O5' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.12 0.14 0.10
OP1 0.11 0.08 0.11 0.12 0.09 0.12 0.09 0.12 0.08 0.12 0.08 0.08 0.07 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.13 0.16 0.17 0.14
OP2 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.10 0.13 0.14 0.11
P 0.07 0.06 0.08 0.08 0.05 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.06 0.05 0.05 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.12 0.14 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.05 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.07 0.10 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.07 0.10 0.07
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.07 0.08 0.06
N3 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.04 0.06 0.06 0.04
N6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.06 0.08 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.08 0.11 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.07 0.05 0.04
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04 0.08 0.08 0.06 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.05 0.09 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
O5' 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.04 0.07 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.03 0.09 0.02 0.10 0.10 0.08 0.06 0.11 0.11 0.07 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.04 0.08 0.08 0.04 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00