ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48877

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 9, 4, 8, 4, 3, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.018, 0.038, 0.058, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.038 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.014, 0.036, 0.059, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.036 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.056, 0.128, 0.201, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.128 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.043, 0.121, 0.200, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.121 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.052, 0.150, 0.248, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.150 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.099, 0.210, 0.321, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.210 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.102, 0.215, 0.328, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.215 std_dev=0.113
N6 B 0, 0.094, 0.233, 0.372, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.233 std_dev=0.139
O3' A 0, 0.160, 0.321, 0.482, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.321 std_dev=0.161
C6 B 0, 0.127, 0.296, 0.466, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.296 std_dev=0.169
O5' A 0, 0.143, 0.316, 0.489, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.316 std_dev=0.173
OP2 A 0, 0.183, 0.356, 0.529, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.356 std_dev=0.173
C5' A 0, 0.144, 0.323, 0.502, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.323 std_dev=0.179
N1 B 0, 0.120, 0.317, 0.514, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.317 std_dev=0.197
P A 0, 0.159, 0.358, 0.557, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.358 std_dev=0.199
C2 B 0, 0.159, 0.384, 0.608, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.384 std_dev=0.225
C5 B 0, 0.155, 0.386, 0.617, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.386 std_dev=0.231
OP1 A 0, 0.217, 0.451, 0.685, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.451 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.202, 0.448, 0.695, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.448 std_dev=0.247
C4 B 0, 0.187, 0.453, 0.719, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.453 std_dev=0.266
N7 B 0, 0.142, 0.451, 0.761, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.451 std_dev=0.310
N9 B 0, 0.183, 0.540, 0.898, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.540 std_dev=0.357
C8 B 0, 0.153, 0.544, 0.935, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.544 std_dev=0.391
C1' B 0, 0.209, 0.626, 1.042, 2.280 max_d=2.280 avg_d=0.626 std_dev=0.417
O4' B 0, 0.229, 0.743, 1.258, 3.053 max_d=3.053 avg_d=0.743 std_dev=0.515
C2' B 0, 0.130, 0.665, 1.201, 3.074 max_d=3.074 avg_d=0.665 std_dev=0.536
O2' B 0, 0.156, 0.717, 1.278, 3.198 max_d=3.198 avg_d=0.717 std_dev=0.561
C4' B 0, 0.135, 0.806, 1.478, 4.006 max_d=4.006 avg_d=0.806 std_dev=0.672
C3' B 0, 0.065, 0.745, 1.426, 3.991 max_d=3.991 avg_d=0.745 std_dev=0.680
O5' B 0, 0.033, 0.782, 1.531, 4.759 max_d=4.759 avg_d=0.782 std_dev=0.749
C5' B 0, 0.083, 0.881, 1.679, 4.923 max_d=4.923 avg_d=0.881 std_dev=0.798
O3' B 0, 0.005, 0.830, 1.656, 4.897 max_d=4.897 avg_d=0.830 std_dev=0.826
OP2 B 0, -0.182, 0.654, 1.490, 5.427 max_d=5.427 avg_d=0.654 std_dev=0.836
P B 0, -0.152, 0.745, 1.642, 5.770 max_d=5.770 avg_d=0.745 std_dev=0.897
OP1 B 0, -0.239, 0.847, 1.933, 6.957 max_d=6.957 avg_d=0.847 std_dev=1.086

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.06 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.06 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.06 0.04
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.09 0.10 0.12 0.10
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.10 0.10 0.12 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.03 0.05 0.07 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.07 0.09 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.07 0.05
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.07 0.08 0.11 0.08
N4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.10 0.12 0.14 0.12
O2 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.08 0.04 0.04 0.05 0.07 0.04
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.07 0.05 0.11 0.00 0.04 0.02 0.03 0.08 0.05 0.03
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.07 0.08 0.08 0.04 0.00 0.01 0.06 0.10 0.08 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.06
O5' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.08 0.05 0.07 0.10 0.04 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.07 0.08 0.10 0.06 0.10 0.05 0.07 0.05 0.08 0.12 0.05 0.08 0.10 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.08 0.06 0.06 0.12 0.03 0.12 0.01 0.09 0.07 0.11 0.14 0.07 0.05 0.08 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.04 0.04 0.10 0.02 0.10 0.01 0.07 0.05 0.08 0.12 0.04 0.03 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.15 0.06 0.10 0.07 0.06 0.06 0.09 0.08 0.10 0.06 0.08 0.19 0.28 0.32 0.28
C2 0.09 0.08 0.12 0.14 0.08 0.13 0.08 0.19 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.16 0.09 0.23 0.33 0.35 0.31
C2' 0.08 0.10 0.07 0.08 0.06 0.12 0.06 0.20 0.07 0.10 0.11 0.07 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.25 0.35 0.38 0.35
C3' 0.07 0.11 0.07 0.07 0.06 0.12 0.06 0.21 0.07 0.10 0.12 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.11 0.25 0.36 0.39 0.36
C4 0.10 0.08 0.14 0.17 0.09 0.16 0.09 0.22 0.08 0.11 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.13 0.20 0.10 0.25 0.38 0.36 0.33
C4' 0.07 0.11 0.09 0.05 0.07 0.08 0.07 0.15 0.08 0.09 0.11 0.08 0.08 0.09 0.07 0.11 0.06 0.08 0.19 0.28 0.32 0.29
C5 0.09 0.07 0.11 0.13 0.08 0.13 0.08 0.21 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.11 0.15 0.09 0.24 0.36 0.35 0.33
C5' 0.08 0.11 0.09 0.06 0.08 0.07 0.07 0.15 0.08 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.06 0.08 0.19 0.28 0.32 0.29
C6 0.08 0.06 0.09 0.10 0.07 0.11 0.07 0.18 0.06 0.10 0.07 0.06 0.06 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.22 0.33 0.34 0.31
N1 0.08 0.06 0.09 0.10 0.07 0.11 0.07 0.17 0.06 0.10 0.07 0.06 0.06 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.21 0.32 0.34 0.30
N3 0.11 0.09 0.15 0.18 0.10 0.16 0.09 0.22 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.11 0.11 0.14 0.21 0.10 0.25 0.37 0.36 0.33
N4 0.12 0.10 0.16 0.21 0.10 0.18 0.10 0.24 0.09 0.12 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.16 0.25 0.11 0.27 0.40 0.36 0.34
O2 0.09 0.09 0.13 0.14 0.09 0.12 0.09 0.18 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.12 0.16 0.09 0.22 0.31 0.34 0.29
O2' 0.08 0.12 0.08 0.08 0.07 0.12 0.08 0.20 0.11 0.10 0.15 0.09 0.15 0.10 0.08 0.09 0.08 0.11 0.25 0.33 0.38 0.34
O3' 0.09 0.14 0.08 0.10 0.08 0.15 0.07 0.24 0.10 0.11 0.15 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.14 0.29 0.39 0.41 0.39
O4' 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.13 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.07 0.09 0.17 0.25 0.29 0.25
O5' 0.08 0.10 0.09 0.06 0.07 0.08 0.07 0.16 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.06 0.09 0.20 0.31 0.33 0.30
OP1 0.08 0.11 0.10 0.07 0.08 0.09 0.08 0.17 0.08 0.11 0.11 0.09 0.08 0.10 0.08 0.11 0.07 0.10 0.21 0.32 0.34 0.31
OP2 0.10 0.11 0.11 0.07 0.09 0.09 0.09 0.16 0.09 0.12 0.12 0.09 0.10 0.11 0.10 0.12 0.07 0.10 0.18 0.32 0.32 0.30
P 0.08 0.11 0.10 0.06 0.08 0.07 0.07 0.14 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.06 0.08 0.17 0.29 0.31 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.08 0.07
C2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.08 0.03 0.10 0.11 0.17 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.11 0.11 0.15 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.14 0.15 0.20 0.17
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.07 0.05 0.11 0.12 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.14 0.17 0.21 0.18
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.15 0.15 0.16 0.15
N1 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.02 0.12 0.14 0.20 0.16
N3 0.03 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.07 0.03 0.09 0.10 0.14 0.12
N6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.16 0.20 0.24 0.21
N7 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.17 0.18 0.21 0.19
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.10 0.13 0.11
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.03 0.10 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.08 0.07 0.05
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.05 0.10 0.09 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.07
O5' 0.05 0.10 0.05 0.05 0.11 0.01 0.14 0.01 0.14 0.15 0.12 0.09 0.16 0.17 0.10 0.04 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.07 0.11 0.08 0.08 0.11 0.06 0.15 0.05 0.17 0.15 0.14 0.10 0.20 0.18 0.10 0.08 0.10 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.17 0.08 0.07 0.15 0.02 0.20 0.01 0.21 0.16 0.20 0.14 0.24 0.21 0.13 0.07 0.09 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.06 0.05 0.13 0.02 0.17 0.01 0.18 0.15 0.16 0.12 0.21 0.19 0.11 0.05 0.06 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00