ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48878

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 1, 2, 0, 3, 4, 5, 4, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.011, 0.016, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.021, 0.043, 0.066, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.043 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.026, 0.050, 0.075, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.050 std_dev=0.025
N6 B 0, 0.361, 0.573, 0.786, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.573 std_dev=0.213
O4' A 0, 0.244, 0.472, 0.700, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.472 std_dev=0.228
C6 B 0, 0.384, 0.612, 0.841, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.612 std_dev=0.228
C5 B 0, 0.342, 0.594, 0.845, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.594 std_dev=0.251
C2' A 0, 0.253, 0.518, 0.783, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.518 std_dev=0.265
C4 B 0, 0.410, 0.709, 1.009, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.709 std_dev=0.299
N3 B 0, 0.502, 0.819, 1.135, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.819 std_dev=0.317
C4' A 0, 0.399, 0.717, 1.035, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.717 std_dev=0.318
O2' A 0, 0.259, 0.582, 0.904, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.582 std_dev=0.322
N1 B 0, 0.514, 0.839, 1.165, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.839 std_dev=0.326
N7 B 0, 0.350, 0.697, 1.045, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.697 std_dev=0.347
C2 B 0, 0.548, 0.897, 1.246, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.897 std_dev=0.349
C3' A 0, 0.415, 0.806, 1.197, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.806 std_dev=0.391
N9 B 0, 0.427, 0.843, 1.259, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.843 std_dev=0.416
C2' B 0, 0.420, 0.840, 1.260, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.840 std_dev=0.420
O2' B 0, 0.445, 0.893, 1.342, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.893 std_dev=0.448
C8 B 0, 0.410, 0.878, 1.347, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.878 std_dev=0.469
C1' B 0, 0.508, 1.003, 1.497, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.003 std_dev=0.494
O5' A 0, 1.285, 1.789, 2.292, 2.196 max_d=2.196 avg_d=1.789 std_dev=0.503
C3' B 0, 0.604, 1.143, 1.682, 2.170 max_d=2.170 avg_d=1.143 std_dev=0.539
OP2 A 0, 1.185, 1.738, 2.290, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.738 std_dev=0.552
O3' A 0, 0.520, 1.073, 1.627, 1.853 max_d=1.853 avg_d=1.073 std_dev=0.553
C5' A 0, 0.729, 1.294, 1.860, 2.057 max_d=2.057 avg_d=1.294 std_dev=0.566
P A 0, 1.250, 1.827, 2.405, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.827 std_dev=0.578
OP1 A 0, 1.289, 1.869, 2.450, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.869 std_dev=0.580
O3' B 0, 0.704, 1.320, 1.936, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.320 std_dev=0.616
O4' B 0, 0.668, 1.340, 2.013, 2.503 max_d=2.503 avg_d=1.340 std_dev=0.673
C4' B 0, 0.714, 1.426, 2.138, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.426 std_dev=0.712
P B 0, 0.776, 1.639, 2.501, 2.831 max_d=2.831 avg_d=1.639 std_dev=0.863
C5' B 0, 0.831, 1.762, 2.692, 3.294 max_d=3.294 avg_d=1.762 std_dev=0.930
OP1 B 0, 0.859, 1.793, 2.726, 3.001 max_d=3.001 avg_d=1.793 std_dev=0.933
OP2 B 0, 0.745, 1.707, 2.669, 3.503 max_d=3.503 avg_d=1.707 std_dev=0.962
O5' B 0, 0.839, 1.899, 2.959, 3.476 max_d=3.476 avg_d=1.899 std_dev=1.060

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.10 0.12 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.11 0.04 0.20 0.19 0.23 0.19
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.02 0.10 0.01 0.07 0.03 0.20 0.00 0.02 0.01 0.14 0.15 0.18 0.12
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.14 0.03 0.07 0.07 0.17 0.02 0.01 0.01 0.21 0.20 0.22 0.18
C4 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.31 0.30 0.35 0.32
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.02 0.11 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.05 0.34 0.32 0.36 0.33
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.11 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.12 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.06 0.29 0.25 0.27 0.26
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.20 0.18 0.21 0.18
N3 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.26 0.24 0.30 0.26
N4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.34 0.33 0.40 0.36
O2 0.04 0.00 0.20 0.17 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.23 0.07 0.14 0.14 0.20 0.14
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.07 0.02 0.08 0.03 0.20 0.00 0.06 0.03 0.07 0.12 0.13 0.04
O3' 0.03 0.11 0.02 0.01 0.08 0.03 0.15 0.03 0.15 0.03 0.09 0.09 0.23 0.06 0.00 0.03 0.18 0.22 0.27 0.18
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03 0.03 0.00 0.10 0.13 0.19 0.12
O5' 0.10 0.20 0.14 0.21 0.31 0.02 0.34 0.01 0.29 0.20 0.26 0.34 0.14 0.07 0.18 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.19 0.15 0.20 0.30 0.11 0.32 0.12 0.25 0.18 0.24 0.33 0.14 0.12 0.22 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.23 0.18 0.22 0.35 0.13 0.36 0.18 0.27 0.21 0.30 0.40 0.20 0.13 0.27 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.19 0.12 0.18 0.32 0.04 0.33 0.01 0.26 0.18 0.26 0.36 0.14 0.04 0.18 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.17 0.19 0.19 0.20 0.24 0.21 0.28 0.18 0.24 0.16 0.19 0.16 0.24 0.22 0.20 0.17 0.26 0.35 0.66 0.60 0.49
C2 0.16 0.12 0.16 0.18 0.13 0.21 0.13 0.27 0.12 0.18 0.13 0.12 0.13 0.17 0.15 0.16 0.17 0.19 0.36 0.64 0.60 0.49
C2' 0.18 0.23 0.18 0.18 0.18 0.19 0.18 0.23 0.20 0.21 0.24 0.19 0.21 0.20 0.18 0.19 0.18 0.21 0.33 0.57 0.55 0.42
C3' 0.18 0.22 0.17 0.17 0.17 0.19 0.17 0.23 0.18 0.21 0.22 0.19 0.18 0.20 0.18 0.18 0.17 0.21 0.33 0.59 0.57 0.43
C4 0.14 0.13 0.15 0.17 0.12 0.18 0.12 0.23 0.13 0.14 0.14 0.12 0.14 0.13 0.13 0.14 0.17 0.16 0.31 0.51 0.44 0.40
C4' 0.23 0.20 0.19 0.19 0.22 0.23 0.22 0.27 0.21 0.24 0.20 0.21 0.20 0.24 0.23 0.21 0.18 0.25 0.34 0.68 0.60 0.49
C5 0.14 0.12 0.14 0.16 0.12 0.18 0.12 0.23 0.12 0.15 0.12 0.11 0.12 0.14 0.14 0.14 0.15 0.17 0.31 0.51 0.44 0.40
C5' 0.23 0.23 0.21 0.21 0.23 0.24 0.23 0.28 0.23 0.24 0.23 0.23 0.23 0.24 0.23 0.22 0.20 0.25 0.34 0.70 0.61 0.50
C6 0.17 0.14 0.16 0.16 0.15 0.20 0.15 0.25 0.13 0.18 0.14 0.14 0.13 0.17 0.16 0.16 0.15 0.20 0.33 0.57 0.49 0.43
N1 0.19 0.14 0.17 0.17 0.16 0.21 0.16 0.27 0.14 0.21 0.14 0.14 0.13 0.20 0.18 0.18 0.16 0.22 0.35 0.62 0.56 0.47
N3 0.14 0.13 0.15 0.18 0.12 0.18 0.12 0.25 0.14 0.14 0.15 0.12 0.16 0.13 0.13 0.14 0.18 0.16 0.33 0.58 0.53 0.45
N4 0.15 0.15 0.16 0.18 0.14 0.18 0.14 0.23 0.15 0.15 0.16 0.14 0.16 0.14 0.15 0.15 0.20 0.17 0.30 0.45 0.37 0.36
O2 0.18 0.12 0.19 0.21 0.13 0.24 0.13 0.30 0.11 0.22 0.13 0.12 0.14 0.21 0.18 0.18 0.20 0.22 0.39 0.72 0.69 0.55
O2' 0.19 0.26 0.20 0.20 0.19 0.19 0.20 0.23 0.24 0.21 0.29 0.21 0.28 0.21 0.19 0.21 0.23 0.22 0.31 0.56 0.54 0.40
O3' 0.21 0.36 0.25 0.23 0.24 0.19 0.23 0.21 0.28 0.21 0.36 0.30 0.27 0.21 0.21 0.26 0.25 0.20 0.31 0.54 0.54 0.39
O4' 0.28 0.28 0.26 0.24 0.28 0.28 0.28 0.31 0.28 0.28 0.28 0.28 0.28 0.28 0.28 0.28 0.22 0.30 0.36 0.72 0.62 0.53
O5' 0.24 0.18 0.21 0.23 0.22 0.27 0.22 0.33 0.20 0.27 0.18 0.20 0.20 0.26 0.24 0.21 0.21 0.28 0.40 0.71 0.63 0.55
OP1 0.25 0.23 0.22 0.22 0.24 0.27 0.25 0.32 0.23 0.27 0.23 0.23 0.23 0.27 0.25 0.23 0.21 0.28 0.38 0.70 0.61 0.54
OP2 0.24 0.18 0.22 0.24 0.21 0.27 0.21 0.33 0.19 0.25 0.18 0.19 0.18 0.24 0.23 0.22 0.23 0.27 0.38 0.64 0.55 0.51
P 0.22 0.18 0.19 0.21 0.20 0.25 0.21 0.31 0.19 0.24 0.18 0.19 0.19 0.23 0.22 0.20 0.19 0.25 0.36 0.69 0.59 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.47 0.39 0.21
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.11 0.05 0.08 0.65 0.57 0.33
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.62 0.45 0.28
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.12 0.63 0.40 0.28
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.10 0.59 0.54 0.31
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.33 0.21 0.11
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.12 0.60 0.56 0.34
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.12 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.12 0.63 0.58 0.36
C8 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.03 0.15 0.49 0.49 0.30
N1 0.03 0.00 0.05 0.08 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.10 0.05 0.10 0.66 0.58 0.35
N3 0.03 0.01 0.07 0.08 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.05 0.07 0.61 0.54 0.30
N6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.13 0.62 0.57 0.36
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.15 0.54 0.54 0.34
N9 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.53 0.48 0.28
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.54 0.39 0.21
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.19 0.65 0.38 0.26
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.12 0.28 0.24 0.11
O5' 0.08 0.08 0.04 0.12 0.10 0.01 0.12 0.01 0.12 0.15 0.10 0.07 0.13 0.15 0.11 0.06 0.19 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.47 0.65 0.62 0.63 0.59 0.33 0.60 0.12 0.63 0.49 0.66 0.61 0.62 0.54 0.53 0.54 0.65 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.57 0.45 0.40 0.54 0.21 0.56 0.04 0.58 0.49 0.58 0.54 0.57 0.54 0.48 0.39 0.38 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.33 0.28 0.28 0.31 0.11 0.34 0.02 0.36 0.30 0.35 0.30 0.36 0.34 0.28 0.21 0.26 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00