Doublet Group distance statistics: 48881

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.012, 0.022, 0.031, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C6	A	0, 0.018, 0.031, 0.044, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.031 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.020, 0.036, 0.053, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.036 std_dev=0.017
C4	A	0, 0.019, 0.040, 0.061, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.040 std_dev=0.021
O2	A	0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.023
N4	A	0, 0.029, 0.062, 0.096, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.062 std_dev=0.033
C1'	A	0, 0.027, 0.061, 0.095, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.061 std_dev=0.034
C6	B	0, 0.328, 0.577, 0.826, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.577 std_dev=0.249
N6	B	0, 0.335, 0.592, 0.848, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.592 std_dev=0.257
C5	B	0, 0.376, 0.663, 0.950, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.663 std_dev=0.287
N1	B	0, 0.313, 0.607, 0.901, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.607 std_dev=0.294
C2'	A	0, 0.114, 0.410, 0.705, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.410 std_dev=0.295
O4'	A	0, 0.134, 0.436, 0.739, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.436 std_dev=0.302
N7	B	0, 0.394, 0.723, 1.052, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.723 std_dev=0.329
C4'	A	0, 0.181, 0.538, 0.895, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.538 std_dev=0.357
C2	B	0, 0.410, 0.767, 1.124, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.767 std_dev=0.357
C4	B	0, 0.447, 0.831, 1.216, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.831 std_dev=0.385
C8	B	0, 0.450, 0.867, 1.283, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.867 std_dev=0.416
N3	B	0, 0.476, 0.902, 1.328, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.902 std_dev=0.426
N9	B	0, 0.506, 0.970, 1.435, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.970 std_dev=0.465
O2'	A	0, 0.097, 0.580, 1.063, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.580 std_dev=0.483
C3'	A	0, 0.139, 0.623, 1.107, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.623 std_dev=0.484
C2'	B	0, 0.535, 1.123, 1.711, 1.982 max_d=1.982 avg_d=1.123 std_dev=0.588
C1'	B	0, 0.594, 1.186, 1.777, 1.849 max_d=1.849 avg_d=1.186 std_dev=0.591
C3'	B	0, 0.563, 1.163, 1.764, 1.934 max_d=1.934 avg_d=1.163 std_dev=0.600
O5'	B	0, 0.677, 1.282, 1.888, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.282 std_dev=0.606
O3'	B	0, 0.565, 1.179, 1.793, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.179 std_dev=0.614
O2'	B	0, 0.608, 1.265, 1.922, 2.091 max_d=2.091 avg_d=1.265 std_dev=0.657
C5'	A	0, 0.284, 0.941, 1.598, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.941 std_dev=0.657
P	B	0, 0.877, 1.551, 2.224, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.551 std_dev=0.674
O4'	B	0, 0.681, 1.369, 2.056, 2.181 max_d=2.181 avg_d=1.369 std_dev=0.687
C4'	B	0, 0.580, 1.272, 1.963, 2.236 max_d=2.236 avg_d=1.272 std_dev=0.691
O3'	A	0, 0.249, 0.976, 1.703, 2.034 max_d=2.034 avg_d=0.976 std_dev=0.727
C5'	B	0, 0.628, 1.374, 2.120, 2.436 max_d=2.436 avg_d=1.374 std_dev=0.746
O5'	A	0, 0.471, 1.309, 2.146, 2.323 max_d=2.323 avg_d=1.309 std_dev=0.837
P	A	0, 0.601, 1.556, 2.511, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.556 std_dev=0.955
OP2	B	0, 0.853, 1.857, 2.861, 3.664 max_d=3.664 avg_d=1.857 std_dev=1.004
OP1	B	0, 0.911, 1.956, 3.001, 3.803 max_d=3.803 avg_d=1.956 std_dev=1.045
OP2	A	0, 0.781, 1.847, 2.914, 3.030 max_d=3.030 avg_d=1.847 std_dev=1.066
OP1	A	0, 0.910, 2.001, 3.092, 3.520 max_d=3.520 avg_d=2.001 std_dev=1.091

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.04	0.01	0.03	0.02	0.02	0.02	0.03	0.04	0.04	0.04	0.02	0.01	0.17	0.16	0.19	0.09
C2	0.03	0.00	0.17	0.10	0.01	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.22	0.14	0.08	0.36	0.30	0.26	0.26
C2'	0.01	0.17	0.00	0.00	0.04	0.01	0.12	0.01	0.15	0.02	0.13	0.05	0.32	0.01	0.01	0.01	0.24	0.30	0.15	0.17
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.07	0.01	0.18	0.01	0.21	0.04	0.06	0.09	0.22	0.03	0.01	0.02	0.33	0.41	0.18	0.28
C4	0.04	0.01	0.04	0.07	0.00	0.07	0.00	0.09	0.01	0.03	0.01	0.00	0.02	0.08	0.09	0.07	0.51	0.44	0.43	0.42
C4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.07	0.00	0.08	0.01	0.07	0.04	0.04	0.07	0.03	0.04	0.02	0.01	0.02	0.14	0.25	0.03
C5	0.03	0.01	0.12	0.18	0.00	0.08	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.07	0.23	0.11	0.52	0.44	0.39	0.41
C5'	0.02	0.06	0.01	0.01	0.09	0.01	0.09	0.00	0.08	0.04	0.08	0.10	0.05	0.04	0.04	0.02	0.01	0.18	0.31	0.03
C6	0.02	0.01	0.15	0.21	0.01	0.07	0.01	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.10	0.24	0.13	0.45	0.35	0.27	0.31
N1	0.02	0.01	0.02	0.04	0.03	0.04	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.06	0.03	0.04	0.35	0.28	0.21	0.23
N3	0.03	0.00	0.13	0.06	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.18	0.10	0.07	0.45	0.38	0.37	0.36
N4	0.04	0.02	0.05	0.09	0.00	0.07	0.01	0.10	0.01	0.03	0.01	0.00	0.03	0.08	0.11	0.07	0.54	0.50	0.51	0.48
O2	0.04	0.01	0.32	0.22	0.02	0.03	0.02	0.05	0.02	0.01	0.02	0.03	0.00	0.39	0.31	0.11	0.28	0.23	0.22	0.19
O2'	0.04	0.22	0.01	0.03	0.08	0.04	0.07	0.04	0.10	0.06	0.18	0.08	0.39	0.00	0.04	0.02	0.05	0.20	0.15	0.02
O3'	0.02	0.14	0.01	0.01	0.09	0.02	0.23	0.04	0.24	0.03	0.10	0.11	0.31	0.04	0.00	0.02	0.30	0.48	0.24	0.32
O4'	0.01	0.08	0.01	0.02	0.07	0.01	0.11	0.02	0.13	0.04	0.07	0.07	0.11	0.02	0.02	0.00	0.16	0.15	0.33	0.16
O5'	0.17	0.36	0.24	0.33	0.51	0.02	0.52	0.01	0.45	0.35	0.45	0.54	0.28	0.05	0.30	0.16	0.00	0.03	0.03	0.00
OP1	0.16	0.30	0.30	0.41	0.44	0.14	0.44	0.18	0.35	0.28	0.38	0.50	0.23	0.20	0.48	0.15	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.19	0.26	0.15	0.18	0.43	0.25	0.39	0.31	0.27	0.21	0.37	0.51	0.22	0.15	0.24	0.33	0.03	0.02	0.00	0.01
P	0.09	0.26	0.17	0.28	0.42	0.03	0.41	0.03	0.31	0.23	0.36	0.48	0.19	0.02	0.32	0.16	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.11	0.18	0.08	0.13	0.12	0.12	0.11	0.17	0.14	0.15	0.19	0.15	0.14	0.14	0.12	0.13	0.17	0.12	0.28	1.14	0.64	0.29
C2	0.17	0.09	0.13	0.24	0.12	0.22	0.11	0.26	0.09	0.20	0.10	0.10	0.11	0.18	0.16	0.12	0.28	0.21	0.35	1.21	0.60	0.32
C2'	0.40	0.27	0.40	0.50	0.38	0.46	0.40	0.48	0.34	0.46	0.26	0.32	0.35	0.46	0.42	0.34	0.53	0.41	0.44	1.27	0.40	0.38
C3'	0.47	0.34	0.43	0.49	0.43	0.49	0.42	0.49	0.36	0.49	0.32	0.39	0.33	0.47	0.47	0.40	0.51	0.48	0.45	1.30	0.37	0.39
C4	0.27	0.11	0.23	0.34	0.18	0.35	0.16	0.39	0.11	0.28	0.11	0.14	0.11	0.23	0.25	0.23	0.39	0.33	0.45	1.31	0.43	0.41
C4'	0.16	0.11	0.11	0.16	0.13	0.18	0.14	0.21	0.11	0.21	0.12	0.11	0.11	0.20	0.17	0.13	0.18	0.19	0.27	1.16	0.59	0.28
C5	0.23	0.10	0.18	0.29	0.14	0.30	0.13	0.35	0.10	0.25	0.12	0.11	0.12	0.21	0.21	0.17	0.34	0.28	0.42	1.31	0.44	0.40
C5'	0.17	0.12	0.10	0.10	0.13	0.15	0.13	0.18	0.11	0.20	0.13	0.11	0.11	0.18	0.17	0.14	0.10	0.20	0.28	1.17	0.60	0.29
C6	0.16	0.13	0.11	0.23	0.11	0.22	0.10	0.27	0.10	0.20	0.14	0.10	0.13	0.17	0.16	0.11	0.27	0.21	0.36	1.27	0.51	0.35
N1	0.14	0.13	0.09	0.19	0.10	0.19	0.10	0.23	0.11	0.18	0.14	0.10	0.12	0.16	0.14	0.09	0.23	0.18	0.33	1.21	0.58	0.32
N3	0.25	0.11	0.21	0.32	0.17	0.32	0.16	0.35	0.10	0.27	0.10	0.14	0.11	0.23	0.23	0.21	0.37	0.30	0.41	1.28	0.51	0.37
N4	0.33	0.13	0.28	0.39	0.21	0.41	0.18	0.45	0.12	0.32	0.11	0.18	0.12	0.25	0.29	0.31	0.44	0.39	0.50	1.30	0.36	0.46
O2	0.12	0.10	0.09	0.19	0.10	0.17	0.10	0.20	0.09	0.15	0.10	0.09	0.10	0.14	0.12	0.08	0.23	0.15	0.31	1.12	0.70	0.31
O2'	0.36	0.27	0.40	0.53	0.36	0.45	0.41	0.49	0.39	0.44	0.29	0.30	0.45	0.46	0.39	0.31	0.58	0.36	0.44	1.25	0.41	0.40
O3'	0.68	0.59	0.66	0.70	0.65	0.68	0.62	0.66	0.58	0.66	0.56	0.63	0.52	0.63	0.67	0.62	0.72	0.66	0.59	1.36	0.30	0.50
O4'	0.17	0.29	0.20	0.09	0.20	0.07	0.19	0.08	0.24	0.15	0.30	0.25	0.24	0.15	0.17	0.27	0.08	0.14	0.31	1.11	0.75	0.33
O5'	0.17	0.14	0.18	0.24	0.16	0.25	0.17	0.34	0.15	0.20	0.15	0.15	0.16	0.20	0.17	0.19	0.23	0.20	0.50	1.44	0.72	0.63
OP1	0.17	0.22	0.19	0.23	0.18	0.24	0.18	0.32	0.19	0.18	0.23	0.20	0.20	0.18	0.17	0.20	0.23	0.19	0.50	1.45	0.63	0.61
OP2	0.23	0.13	0.20	0.29	0.18	0.31	0.19	0.38	0.15	0.25	0.13	0.15	0.15	0.23	0.22	0.19	0.30	0.28	0.60	1.50	0.55	0.64
P	0.11	0.11	0.11	0.18	0.09	0.19	0.10	0.28	0.09	0.13	0.12	0.09	0.10	0.13	0.10	0.13	0.18	0.14	0.50	1.43	0.63	0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01	0.06	0.22	0.22	0.10
C2	0.02	0.00	0.11	0.16	0.02	0.08	0.02	0.09	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.11	0.20	0.02	0.20	0.62	0.47	0.23
C2'	0.01	0.11	0.00	0.01	0.05	0.02	0.05	0.01	0.05	0.09	0.08	0.11	0.06	0.08	0.03	0.00	0.03	0.02	0.18	0.16	0.21	0.14
C3'	0.01	0.16	0.01	0.00	0.11	0.01	0.12	0.01	0.14	0.15	0.16	0.14	0.15	0.15	0.07	0.02	0.01	0.02	0.26	0.15	0.17	0.15
C4	0.01	0.02	0.05	0.11	0.00	0.05	0.01	0.07	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.06	0.12	0.01	0.22	0.60	0.43	0.24
C4'	0.01	0.08	0.02	0.01	0.05	0.00	0.07	0.01	0.08	0.10	0.08	0.06	0.09	0.10	0.05	0.09	0.03	0.01	0.01	0.14	0.25	0.03
C5	0.01	0.02	0.05	0.12	0.01	0.07	0.00	0.10	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.14	0.02	0.30	0.80	0.56	0.31
C5'	0.01	0.09	0.01	0.01	0.07	0.01	0.10	0.00	0.11	0.13	0.10	0.07	0.12	0.14	0.06	0.09	0.03	0.01	0.01	0.28	0.35	0.03
C6	0.01	0.01	0.05	0.14	0.01	0.08	0.01	0.11	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.06	0.17	0.01	0.30	0.85	0.61	0.32
C8	0.02	0.02	0.09	0.15	0.01	0.10	0.01	0.13	0.02	0.00	0.03	0.02	0.03	0.00	0.01	0.05	0.15	0.03	0.31	0.70	0.47	0.30
N1	0.02	0.01	0.08	0.16	0.02	0.08	0.02	0.10	0.01	0.03	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.08	0.20	0.02	0.25	0.76	0.55	0.28
N3	0.02	0.01	0.11	0.14	0.01	0.06	0.01	0.07	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.11	0.17	0.02	0.17	0.52	0.40	0.20
N6	0.02	0.01	0.06	0.15	0.02	0.09	0.01	0.12	0.00	0.03	0.01	0.02	0.00	0.03	0.02	0.06	0.19	0.02	0.33	0.96	0.69	0.36
N7	0.02	0.03	0.08	0.15	0.01	0.10	0.01	0.14	0.02	0.00	0.03	0.02	0.03	0.00	0.01	0.05	0.16	0.03	0.35	0.90	0.61	0.36
N9	0.01	0.02	0.03	0.07	0.00	0.05	0.01	0.06	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.07	0.02	0.19	0.50	0.36	0.21
O2'	0.03	0.11	0.00	0.02	0.06	0.09	0.05	0.09	0.06	0.05	0.08	0.11	0.06	0.05	0.02	0.00	0.06	0.08	0.03	0.14	0.19	0.03
O3'	0.03	0.20	0.03	0.01	0.12	0.03	0.14	0.03	0.17	0.15	0.20	0.17	0.19	0.16	0.07	0.06	0.00	0.03	0.25	0.19	0.13	0.11
O4'	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.08	0.03	0.00	0.13	0.11	0.22	0.08
O5'	0.06	0.20	0.18	0.26	0.22	0.01	0.30	0.01	0.30	0.31	0.25	0.17	0.33	0.35	0.19	0.03	0.25	0.13	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.22	0.62	0.16	0.15	0.60	0.14	0.80	0.28	0.85	0.70	0.76	0.52	0.96	0.90	0.50	0.14	0.19	0.11	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.22	0.47	0.21	0.17	0.43	0.25	0.56	0.35	0.61	0.47	0.55	0.40	0.69	0.61	0.36	0.19	0.13	0.22	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.10	0.23	0.14	0.15	0.24	0.03	0.31	0.03	0.32	0.30	0.28	0.20	0.36	0.36	0.21	0.03	0.11	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00