ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48882

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.016, 0.036, 0.056, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.036 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.015, 0.036, 0.056, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.036 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.037, 0.064, 0.092, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.064 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.038, 0.087, 0.136, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.087 std_dev=0.049
N7 B 0, 0.364, 0.669, 0.974, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.669 std_dev=0.305
O4' A 0, 0.231, 0.537, 0.843, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.537 std_dev=0.306
C2' A 0, 0.244, 0.553, 0.862, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.553 std_dev=0.309
C5 B 0, 0.363, 0.687, 1.012, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.687 std_dev=0.324
N6 B 0, 0.284, 0.613, 0.942, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.613 std_dev=0.329
C8 B 0, 0.424, 0.755, 1.086, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.755 std_dev=0.331
C6 B 0, 0.330, 0.663, 0.995, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.663 std_dev=0.332
O2' A 0, 0.303, 0.647, 0.991, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.647 std_dev=0.344
C4 B 0, 0.424, 0.782, 1.141, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.782 std_dev=0.359
N1 B 0, 0.365, 0.727, 1.089, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.727 std_dev=0.362
N9 B 0, 0.461, 0.831, 1.202, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.831 std_dev=0.371
C2 B 0, 0.412, 0.799, 1.185, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.799 std_dev=0.386
N3 B 0, 0.441, 0.832, 1.223, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.832 std_dev=0.391
C2' B 0, 0.492, 0.907, 1.323, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.907 std_dev=0.416
C1' B 0, 0.533, 0.962, 1.390, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.962 std_dev=0.428
C3' B 0, 0.284, 0.722, 1.160, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.722 std_dev=0.438
C4' A 0, 0.300, 0.748, 1.196, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.748 std_dev=0.448
O4' B 0, 0.521, 0.979, 1.437, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.979 std_dev=0.458
O5' A 0, 0.394, 0.856, 1.318, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.856 std_dev=0.462
C3' A 0, 0.347, 0.825, 1.303, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.825 std_dev=0.478
C4' B 0, 0.409, 0.889, 1.369, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.889 std_dev=0.480
O3' B 0, 0.237, 0.726, 1.215, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.726 std_dev=0.489
C5' B 0, 0.412, 0.905, 1.397, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.905 std_dev=0.493
O2' B 0, 0.627, 1.121, 1.614, 1.734 max_d=1.734 avg_d=1.121 std_dev=0.494
O5' B 0, 0.382, 0.940, 1.497, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.940 std_dev=0.557
O3' A 0, 0.493, 1.130, 1.766, 1.781 max_d=1.781 avg_d=1.130 std_dev=0.636
P B 0, 0.565, 1.249, 1.933, 2.335 max_d=2.335 avg_d=1.249 std_dev=0.684
C5' A 0, 0.592, 1.413, 2.233, 2.236 max_d=2.236 avg_d=1.413 std_dev=0.820
P A 0, 0.900, 1.990, 3.080, 3.038 max_d=3.038 avg_d=1.990 std_dev=1.090
OP1 B 0, 0.716, 1.913, 3.111, 4.349 max_d=4.349 avg_d=1.913 std_dev=1.198
OP2 B 0, 0.165, 1.416, 2.668, 4.119 max_d=4.119 avg_d=1.416 std_dev=1.251
OP1 A 0, 1.341, 2.594, 3.847, 3.859 max_d=3.859 avg_d=2.594 std_dev=1.253
OP2 A 0, 1.316, 2.726, 4.136, 4.018 max_d=4.018 avg_d=2.726 std_dev=1.410

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.02 0.02 0.01 0.23 0.20 0.49 0.21
C2 0.04 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.07 0.45 0.43 0.65 0.43
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.11 0.03 0.04 0.05 0.13 0.00 0.02 0.02 0.23 0.28 0.50 0.26
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.08 0.06 0.13 0.02 0.01 0.02 0.30 0.36 0.46 0.31
C4 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.05 0.64 0.69 0.81 0.67
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.08 0.05 0.02 0.01 0.03 0.17 0.39 0.08
C5 0.02 0.01 0.09 0.07 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.09 0.05 0.68 0.72 0.81 0.69
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.06 0.10 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.24 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.09 0.02 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.09 0.10 0.05 0.61 0.57 0.69 0.56
N1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.45 0.40 0.60 0.40
N3 0.04 0.00 0.04 0.08 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.09 0.06 0.55 0.57 0.75 0.56
N4 0.04 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.07 0.06 0.68 0.78 0.88 0.74
O2 0.08 0.01 0.13 0.13 0.01 0.08 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.10 0.14 0.12 0.34 0.33 0.60 0.34
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.06 0.05 0.09 0.05 0.09 0.05 0.05 0.07 0.10 0.00 0.04 0.04 0.06 0.15 0.45 0.14
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.10 0.03 0.09 0.07 0.14 0.04 0.00 0.02 0.22 0.33 0.38 0.24
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.12 0.04 0.02 0.00 0.15 0.12 0.46 0.13
O5' 0.23 0.45 0.23 0.30 0.64 0.03 0.68 0.00 0.61 0.45 0.55 0.68 0.34 0.06 0.22 0.15 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.20 0.43 0.28 0.36 0.69 0.17 0.72 0.24 0.57 0.40 0.57 0.78 0.33 0.15 0.33 0.12 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.49 0.65 0.50 0.46 0.81 0.39 0.81 0.36 0.69 0.60 0.75 0.88 0.60 0.45 0.38 0.46 0.04 0.03 0.00 0.03
P 0.21 0.43 0.26 0.31 0.67 0.08 0.69 0.02 0.56 0.40 0.56 0.74 0.34 0.14 0.24 0.13 0.01 0.02 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.14 0.25 0.24 0.22 0.20 0.23 0.17 0.18 0.28 0.14 0.19 0.16 0.28 0.26 0.27 0.28 0.26 0.24 1.18 0.68 0.39
C2 0.28 0.10 0.23 0.21 0.21 0.19 0.20 0.14 0.10 0.30 0.07 0.17 0.05 0.27 0.27 0.26 0.24 0.29 0.22 1.22 0.71 0.41
C2' 0.42 0.30 0.41 0.39 0.38 0.34 0.39 0.26 0.34 0.42 0.29 0.35 0.32 0.41 0.41 0.45 0.42 0.39 0.26 1.26 0.49 0.39
C3' 0.45 0.32 0.41 0.38 0.40 0.36 0.39 0.27 0.34 0.44 0.30 0.37 0.30 0.42 0.43 0.46 0.39 0.43 0.26 1.28 0.49 0.40
C4 0.29 0.08 0.20 0.17 0.19 0.17 0.16 0.12 0.07 0.28 0.05 0.15 0.05 0.23 0.26 0.23 0.20 0.31 0.20 1.26 0.72 0.43
C4' 0.28 0.16 0.25 0.24 0.24 0.21 0.25 0.16 0.21 0.29 0.16 0.20 0.21 0.29 0.27 0.29 0.27 0.27 0.23 1.19 0.67 0.39
C5 0.29 0.10 0.21 0.18 0.21 0.18 0.19 0.13 0.11 0.29 0.09 0.17 0.07 0.26 0.27 0.25 0.21 0.31 0.21 1.25 0.71 0.43
C5' 0.27 0.16 0.24 0.22 0.23 0.19 0.24 0.14 0.20 0.28 0.16 0.20 0.20 0.28 0.26 0.27 0.26 0.28 0.22 1.20 0.70 0.40
C6 0.29 0.13 0.24 0.22 0.23 0.20 0.22 0.15 0.15 0.30 0.12 0.19 0.12 0.28 0.28 0.27 0.25 0.30 0.22 1.24 0.71 0.42
N1 0.29 0.13 0.25 0.23 0.23 0.20 0.23 0.15 0.15 0.30 0.12 0.19 0.12 0.29 0.28 0.27 0.26 0.29 0.22 1.22 0.70 0.40
N3 0.28 0.07 0.20 0.18 0.19 0.17 0.16 0.12 0.05 0.28 0.04 0.15 0.05 0.23 0.26 0.23 0.21 0.30 0.21 1.26 0.73 0.43
N4 0.29 0.08 0.19 0.14 0.18 0.17 0.14 0.11 0.05 0.28 0.05 0.15 0.06 0.21 0.26 0.23 0.17 0.33 0.19 1.23 0.72 0.43
O2 0.28 0.09 0.24 0.22 0.21 0.20 0.21 0.15 0.09 0.30 0.06 0.16 0.05 0.29 0.27 0.26 0.26 0.28 0.22 1.17 0.69 0.39
O2' 0.34 0.25 0.38 0.37 0.31 0.29 0.32 0.23 0.30 0.34 0.25 0.28 0.31 0.34 0.33 0.40 0.41 0.29 0.26 1.20 0.48 0.39
O3' 0.54 0.43 0.52 0.48 0.49 0.46 0.47 0.36 0.42 0.51 0.40 0.47 0.38 0.48 0.52 0.58 0.50 0.51 0.32 1.31 0.41 0.43
O4' 0.24 0.15 0.24 0.24 0.21 0.20 0.22 0.20 0.18 0.25 0.15 0.18 0.18 0.26 0.24 0.26 0.28 0.24 0.28 1.15 0.78 0.42
O5' 0.28 0.20 0.27 0.33 0.25 0.31 0.26 0.42 0.22 0.29 0.20 0.23 0.21 0.29 0.28 0.27 0.36 0.28 0.55 1.51 0.87 0.79
OP1 0.32 0.16 0.30 0.36 0.25 0.37 0.27 0.47 0.19 0.37 0.15 0.19 0.18 0.36 0.32 0.29 0.39 0.36 0.58 1.47 0.91 0.80
OP2 0.77 0.58 0.75 0.76 0.71 0.76 0.71 0.79 0.63 0.79 0.56 0.65 0.61 0.78 0.77 0.75 0.77 0.78 0.84 1.56 1.04 0.98
P 0.41 0.25 0.40 0.44 0.36 0.43 0.37 0.50 0.30 0.45 0.24 0.31 0.29 0.44 0.41 0.39 0.46 0.43 0.60 1.48 0.89 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.25 0.07 0.09
C2 0.05 0.00 0.17 0.17 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.23 0.05 0.15 0.66 0.34 0.24
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.01 0.09 0.08 0.14 0.17 0.08 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.09 0.03
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.12 0.15 0.15 0.16 0.13 0.15 0.07 0.02 0.01 0.01 0.07 0.18 0.16 0.11
C4 0.03 0.01 0.09 0.11 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.13 0.03 0.18 0.65 0.32 0.26
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.12 0.05 0.07 0.07 0.12 0.05 0.07 0.01 0.00 0.02 0.15 0.18 0.02
C5 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.14 0.03 0.26 0.88 0.47 0.37
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.15 0.20 0.10 0.05 0.18 0.22 0.10 0.07 0.02 0.01 0.01 0.30 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.17 0.04 0.26 0.93 0.53 0.39
C8 0.01 0.02 0.08 0.15 0.01 0.12 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.17 0.02 0.30 0.81 0.40 0.38
N1 0.05 0.01 0.14 0.15 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.17 0.21 0.05 0.20 0.81 0.45 0.32
N3 0.05 0.00 0.17 0.16 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.19 0.21 0.05 0.11 0.54 0.26 0.19
N6 0.03 0.01 0.08 0.13 0.02 0.07 0.02 0.18 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.10 0.17 0.04 0.30 1.06 0.63 0.45
N7 0.01 0.02 0.06 0.15 0.00 0.12 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.17 0.02 0.33 1.00 0.55 0.45
N9 0.00 0.02 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.17 0.55 0.24 0.23
O2' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.10 0.07 0.07 0.07 0.11 0.05 0.17 0.19 0.10 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.18 0.12 0.08
O3' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.13 0.01 0.14 0.02 0.17 0.17 0.21 0.21 0.17 0.17 0.08 0.04 0.00 0.01 0.11 0.38 0.25 0.20
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.13 0.18 0.07
O5' 0.06 0.15 0.02 0.07 0.18 0.02 0.26 0.01 0.26 0.30 0.20 0.11 0.30 0.33 0.17 0.06 0.11 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.66 0.14 0.18 0.65 0.15 0.88 0.30 0.93 0.81 0.81 0.54 1.06 1.00 0.55 0.18 0.38 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.34 0.09 0.16 0.32 0.18 0.47 0.28 0.53 0.40 0.45 0.26 0.63 0.55 0.24 0.12 0.25 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.24 0.03 0.11 0.26 0.02 0.37 0.02 0.39 0.38 0.32 0.19 0.45 0.45 0.23 0.08 0.20 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00