ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48883

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N4 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O2 A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.000, 0.122, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C3' A 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.157 std_dev=0.157
O2' A 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
O5' A 0, 0.000, 0.196, 0.391, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C5' A 0, 0.000, 0.241, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.241 std_dev=0.241
O3' A 0, 0.000, 0.242, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.242 std_dev=0.242
P A 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
OP2 A 0, 0.000, 0.491, 0.982, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.491 std_dev=0.491
N6 B 0, 0.000, 0.514, 1.029, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.514 std_dev=0.514
OP1 A 0, 0.000, 0.533, 1.066, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.533 std_dev=0.533
C6 B 0, 0.000, 0.587, 1.175, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.587 std_dev=0.587
N1 B 0, 0.000, 0.600, 1.201, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.600 std_dev=0.600
C5 B 0, 0.000, 0.645, 1.290, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.645 std_dev=0.645
C2 B 0, 0.000, 0.661, 1.323, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.661 std_dev=0.661
N7 B 0, 0.000, 0.668, 1.336, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.668 std_dev=0.668
C4 B 0, 0.000, 0.687, 1.374, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.687 std_dev=0.687
N3 B 0, 0.000, 0.698, 1.396, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.698 std_dev=0.698
C8 B 0, 0.000, 0.702, 1.404, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.702 std_dev=0.702
N9 B 0, 0.000, 0.713, 1.426, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.713 std_dev=0.713
C1' B 0, 0.000, 0.785, 1.570, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.785 std_dev=0.785
O2' B 0, 0.000, 0.785, 1.570, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.785 std_dev=0.785
C2' B 0, 0.000, 0.802, 1.605, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.802 std_dev=0.802
OP2 B 0, 0.000, 0.812, 1.623, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.812 std_dev=0.812
O4' B 0, 0.000, 0.826, 1.652, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.826 std_dev=0.826
O5' B 0, 0.000, 0.873, 1.746, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.873 std_dev=0.873
P B 0, 0.000, 0.951, 1.903, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.951 std_dev=0.951
C4' B 0, 0.000, 0.955, 1.910, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.955 std_dev=0.955
C5' B 0, 0.000, 0.963, 1.926, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.963 std_dev=0.963
C3' B 0, 0.000, 0.965, 1.931, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.965 std_dev=0.965
OP1 B 0, 0.000, 1.054, 2.108, 2.108 max_d=2.108 avg_d=1.054 std_dev=1.054
O3' B 0, 0.000, 1.066, 2.132, 2.132 max_d=2.132 avg_d=1.066 std_dev=1.066

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.05
C2 0.04 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.02 0.05 0.07 0.18 0.11
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.11 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.10 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02
C4 0.03 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.10 0.17 0.27 0.19
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.12 0.19 0.26 0.20
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.13 0.19 0.15
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.15 0.10
N3 0.04 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.02 0.07 0.12 0.23 0.16
N4 0.04 0.01 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.02 0.11 0.21 0.30 0.22
O2 0.07 0.00 0.11 0.10 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.13 0.11 0.05 0.01 0.01 0.14 0.07
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
O5' 0.03 0.05 0.04 0.03 0.10 0.00 0.12 0.00 0.10 0.06 0.07 0.11 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.07 0.00 0.01 0.17 0.03 0.19 0.03 0.13 0.07 0.12 0.21 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.18 0.07 0.03 0.27 0.01 0.26 0.01 0.19 0.15 0.23 0.30 0.14 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.04 0.02 0.19 0.00 0.20 0.01 0.15 0.10 0.16 0.22 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.09 0.05 0.07 0.05 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.06 0.14 0.07
C2 0.15 0.07 0.16 0.16 0.14 0.14 0.16 0.13 0.13 0.20 0.08 0.10 0.15 0.21 0.16 0.19 0.17 0.15 0.17 0.22 0.25 0.21
C2' 0.03 0.07 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.07 0.03 0.05 0.07 0.03 0.09 0.04 0.03 0.03 0.09 0.16 0.09
C3' 0.01 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04 0.08 0.04 0.06 0.03 0.01 0.10 0.03 0.01 0.01 0.04 0.14 0.05
C4 0.18 0.14 0.19 0.19 0.18 0.17 0.20 0.14 0.18 0.22 0.15 0.16 0.18 0.23 0.19 0.24 0.21 0.17 0.17 0.21 0.24 0.20
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04 0.09 0.02 0.11 0.06 0.10 0.00 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.02
C5 0.11 0.06 0.12 0.11 0.10 0.08 0.11 0.06 0.09 0.14 0.07 0.08 0.09 0.15 0.11 0.17 0.13 0.10 0.08 0.12 0.17 0.12
C5' 0.00 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.09 0.02 0.11 0.06 0.10 0.00 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.03
C6 0.06 0.00 0.07 0.06 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.09 0.00 0.02 0.03 0.10 0.06 0.12 0.08 0.05 0.04 0.07 0.15 0.08
N1 0.06 0.02 0.08 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.11 0.07 0.11 0.08 0.06 0.07 0.11 0.17 0.11
N3 0.20 0.15 0.21 0.21 0.20 0.19 0.22 0.17 0.20 0.24 0.16 0.17 0.21 0.26 0.21 0.24 0.23 0.19 0.20 0.25 0.27 0.24
N4 0.23 0.20 0.24 0.24 0.23 0.21 0.24 0.18 0.23 0.26 0.21 0.22 0.23 0.27 0.24 0.29 0.27 0.22 0.20 0.24 0.26 0.23
O2 0.18 0.06 0.19 0.19 0.17 0.18 0.21 0.18 0.16 0.25 0.07 0.11 0.20 0.27 0.20 0.21 0.19 0.19 0.23 0.29 0.30 0.27
O2' 0.01 0.11 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.10 0.04 0.12 0.07 0.12 0.03 0.00 0.07 0.02 0.01 0.02 0.09 0.16 0.09
O3' 0.01 0.08 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.07 0.03 0.08 0.05 0.07 0.01 0.00 0.10 0.02 0.00 0.04 0.03 0.14 0.03
O4' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.06 0.10 0.01 0.12 0.08 0.12 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.02
O5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.09 0.01 0.11 0.08 0.10 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.03 0.01 0.13 0.02
OP1 0.05 0.08 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.07 0.09 0.04 0.07 0.04 0.03 0.14 0.06 0.04 0.04 0.04 0.22 0.09
OP2 0.03 0.15 0.00 0.01 0.08 0.04 0.07 0.05 0.12 0.01 0.15 0.11 0.12 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.03 0.01 0.14 0.03
P 0.01 0.12 0.02 0.00 0.06 0.03 0.06 0.04 0.10 0.02 0.13 0.09 0.11 0.00 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.19 0.00 0.09
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.03 0.12
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.17 0.05 0.07
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.12 0.01 0.05
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.03 0.03 0.08 0.01 0.02
C5' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.04 0.08 0.03 0.01 0.04 0.09 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02
C8 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.06 0.12 0.00 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.13 0.01 0.06
N6 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.09 0.05 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
N7 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.15 0.01 0.07
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.03 0.07 0.07 0.04 0.01 0.09 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.31 0.06 0.15
O3' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.17 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.13 0.04 0.07
O5' 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.19 0.10 0.25 0.17 0.12 0.10 0.08 0.04 0.07 0.12 0.08 0.13 0.05 0.05 0.15 0.31 0.17 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.04 0.12 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.01 0.07 0.15 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00