ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48884

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O2' A 0, 0.000, 0.096, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C2' A 0, 0.000, 0.112, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.112 std_dev=0.112
O4' A 0, 0.000, 0.124, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.124 std_dev=0.124
N6 B 0, 0.000, 0.174, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.174 std_dev=0.174
C4' A 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C3' A 0, 0.000, 0.192, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C6 B 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
C5 B 0, 0.000, 0.217, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.217 std_dev=0.217
N7 B 0, 0.000, 0.223, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.223
N1 B 0, 0.000, 0.257, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C4 B 0, 0.000, 0.274, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.274 std_dev=0.274
C2 B 0, 0.000, 0.291, 0.581, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.291 std_dev=0.291
O3' A 0, 0.000, 0.295, 0.589, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.295 std_dev=0.295
O5' A 0, 0.000, 0.295, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.295 std_dev=0.295
OP2 A 0, 0.000, 0.298, 0.595, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.298 std_dev=0.298
C8 B 0, 0.000, 0.299, 0.597, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.299 std_dev=0.299
N3 B 0, 0.000, 0.303, 0.606, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.303 std_dev=0.303
C5' A 0, 0.000, 0.304, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.304 std_dev=0.304
P A 0, 0.000, 0.318, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.318 std_dev=0.318
N9 B 0, 0.000, 0.321, 0.642, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.321 std_dev=0.321
OP1 A 0, 0.000, 0.375, 0.750, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.375 std_dev=0.375
C2' B 0, 0.000, 0.393, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.393 std_dev=0.393
C1' B 0, 0.000, 0.394, 0.789, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.394 std_dev=0.394
OP2 B 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
C3' B 0, 0.000, 0.411, 0.822, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.411 std_dev=0.411
O4' B 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
O2' B 0, 0.000, 0.442, 0.883, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.442 std_dev=0.442
C4' B 0, 0.000, 0.454, 0.907, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.454 std_dev=0.454
O3' B 0, 0.000, 0.458, 0.916, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.458 std_dev=0.458
O5' B 0, 0.000, 0.470, 0.940, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.470 std_dev=0.470
P B 0, 0.000, 0.473, 0.945, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.473 std_dev=0.473
C5' B 0, 0.000, 0.480, 0.959, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.480 std_dev=0.480
OP1 B 0, 0.000, 0.521, 1.043, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.521 std_dev=0.521

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00
N4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02
O5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.03 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.12 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.08 0.12 0.11 0.11 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10
C2 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.10 0.10 0.09 0.09
C2' 0.06 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07
C3' 0.05 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07
C4 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.10 0.10 0.10
C4' 0.09 0.12 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.08 0.12 0.11 0.10 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11
C5 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.11 0.11 0.10 0.11
C5' 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.09 0.12 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.10 0.13 0.13 0.12 0.12
C6 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.12 0.11 0.10 0.11
N1 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10
N3 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.09 0.10 0.09 0.09
N4 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.10 0.10 0.10 0.10
O2 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.09 0.09 0.08 0.08
O2' 0.07 0.10 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.05 0.10 0.09 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07
O3' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04
O4' 0.11 0.14 0.11 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.10 0.14 0.13 0.13 0.11 0.11 0.09 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12
O5' 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.12 0.12 0.12
OP1 0.11 0.14 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.10 0.14 0.14 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.12
OP2 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.06 0.06 0.06
P 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
N6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00