ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48885

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 6, 6, 11, 11, 10, 2, 3, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 2, 2, 0, 5,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.015, 0.023, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.013, 0.022, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.012, 0.022, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.022 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.027, 0.050, 0.073, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.050 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.032, 0.065, 0.097, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.065 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.071, 0.139, 0.207, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.139 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.051, 0.124, 0.197, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.124 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.125, 0.226, 0.327, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.226 std_dev=0.101
C4' A 0, 0.087, 0.199, 0.311, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.199 std_dev=0.112
C3' A 0, 0.089, 0.207, 0.325, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.207 std_dev=0.118
O3' A 0, 0.141, 0.320, 0.500, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.320 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.062, 0.242, 0.422, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.242 std_dev=0.180
C5' A 0, 0.103, 0.292, 0.481, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.292 std_dev=0.189
N4 B 0, 0.245, 0.457, 0.670, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.457 std_dev=0.212
P A 0, 0.060, 0.306, 0.551, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.306 std_dev=0.245
OP2 A 0, 0.088, 0.359, 0.629, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.359 std_dev=0.271
C4 B 0, 0.287, 0.561, 0.836, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.561 std_dev=0.274
C5 B 0, 0.288, 0.574, 0.860, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.574 std_dev=0.286
OP1 A 0, 0.054, 0.370, 0.686, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.370 std_dev=0.316
C6 B 0, 0.296, 0.720, 1.144, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.720 std_dev=0.424
N3 B 0, 0.295, 0.721, 1.147, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.721 std_dev=0.426
N1 B 0, 0.307, 0.834, 1.361, 2.222 max_d=2.222 avg_d=0.834 std_dev=0.527
C2 B 0, 0.300, 0.840, 1.380, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.840 std_dev=0.540
C3' B 0, 0.474, 1.078, 1.682, 2.572 max_d=2.572 avg_d=1.078 std_dev=0.604
O3' B 0, 0.530, 1.159, 1.787, 2.737 max_d=2.737 avg_d=1.159 std_dev=0.629
C2' B 0, 0.433, 1.064, 1.694, 2.658 max_d=2.658 avg_d=1.064 std_dev=0.631
C1' B 0, 0.309, 0.993, 1.676, 2.854 max_d=2.854 avg_d=0.993 std_dev=0.684
O2 B 0, 0.292, 0.990, 1.688, 2.781 max_d=2.781 avg_d=0.990 std_dev=0.698
O5' B 0, 0.315, 1.017, 1.719, 2.978 max_d=2.978 avg_d=1.017 std_dev=0.702
OP2 B 0, 0.151, 0.870, 1.589, 2.867 max_d=2.867 avg_d=0.870 std_dev=0.719
O4' B 0, 0.263, 1.027, 1.792, 3.200 max_d=3.200 avg_d=1.027 std_dev=0.764
C4' B 0, 0.359, 1.125, 1.892, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.125 std_dev=0.766
P B 0, 0.240, 1.020, 1.799, 3.208 max_d=3.208 avg_d=1.020 std_dev=0.779
O2' B 0, 0.444, 1.237, 2.031, 3.404 max_d=3.404 avg_d=1.237 std_dev=0.793
C5' B 0, 0.343, 1.156, 1.968, 3.399 max_d=3.399 avg_d=1.156 std_dev=0.812
OP1 B 0, 0.228, 1.167, 2.107, 3.823 max_d=3.823 avg_d=1.167 std_dev=0.940

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.05 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.09 0.10 0.18 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.08 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.12 0.16 0.23 0.16
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.12 0.16 0.22 0.16
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.08 0.05 0.07 0.10 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04 0.10 0.12 0.17 0.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.08 0.09 0.15 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.10 0.13 0.21 0.14
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.13 0.19 0.25 0.18
O2 0.03 0.01 0.07 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.05 0.08 0.08 0.17 0.11
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.05 0.03 0.04 0.09 0.07 0.05
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.07 0.03 0.05 0.06 0.08 0.05 0.00 0.02 0.10 0.15 0.12 0.11
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.09 0.07
O5' 0.05 0.09 0.04 0.06 0.12 0.01 0.12 0.01 0.10 0.08 0.10 0.13 0.08 0.04 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.10 0.07 0.08 0.16 0.06 0.16 0.06 0.12 0.09 0.13 0.19 0.08 0.09 0.15 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.18 0.08 0.07 0.23 0.03 0.22 0.02 0.17 0.15 0.21 0.25 0.17 0.07 0.12 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.12 0.05 0.06 0.16 0.02 0.16 0.02 0.13 0.10 0.14 0.18 0.11 0.05 0.11 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.12 0.11 0.19 0.09 0.17 0.14 0.21 0.14 0.09 0.14 0.12 0.16 0.10 0.22 0.14 0.27 0.36 0.35 0.31
C2 0.24 0.13 0.23 0.30 0.12 0.32 0.23 0.35 0.26 0.21 0.11 0.12 0.12 0.22 0.31 0.31 0.40 0.46 0.45 0.41
C2' 0.08 0.13 0.08 0.13 0.08 0.10 0.11 0.12 0.09 0.08 0.15 0.09 0.18 0.09 0.16 0.08 0.18 0.27 0.29 0.22
C3' 0.09 0.16 0.09 0.13 0.08 0.10 0.11 0.13 0.09 0.08 0.17 0.09 0.22 0.11 0.16 0.08 0.20 0.31 0.32 0.25
C4 0.32 0.18 0.30 0.37 0.15 0.42 0.26 0.47 0.32 0.27 0.13 0.13 0.16 0.30 0.38 0.42 0.52 0.63 0.61 0.57
C4' 0.10 0.18 0.11 0.16 0.10 0.13 0.12 0.18 0.11 0.10 0.19 0.10 0.25 0.13 0.20 0.10 0.25 0.36 0.35 0.30
C5 0.26 0.13 0.24 0.32 0.13 0.37 0.24 0.42 0.28 0.22 0.11 0.12 0.11 0.23 0.34 0.35 0.48 0.60 0.58 0.53
C5' 0.10 0.18 0.11 0.17 0.10 0.15 0.12 0.21 0.11 0.09 0.19 0.11 0.26 0.13 0.21 0.11 0.28 0.42 0.39 0.34
C6 0.19 0.09 0.18 0.27 0.10 0.29 0.21 0.35 0.23 0.16 0.10 0.12 0.09 0.16 0.29 0.27 0.41 0.52 0.50 0.46
N1 0.16 0.09 0.17 0.25 0.10 0.26 0.19 0.30 0.21 0.14 0.10 0.12 0.09 0.15 0.27 0.24 0.36 0.45 0.43 0.39
N3 0.32 0.19 0.30 0.36 0.15 0.41 0.26 0.44 0.32 0.28 0.14 0.13 0.17 0.30 0.37 0.41 0.49 0.56 0.55 0.52
N4 0.39 0.23 0.35 0.42 0.17 0.49 0.28 0.54 0.36 0.32 0.16 0.13 0.21 0.37 0.43 0.49 0.58 0.71 0.68 0.65
O2 0.22 0.14 0.22 0.28 0.12 0.28 0.22 0.29 0.24 0.20 0.11 0.12 0.12 0.21 0.30 0.27 0.33 0.37 0.35 0.33
O2' 0.16 0.21 0.13 0.13 0.12 0.12 0.10 0.12 0.10 0.15 0.21 0.10 0.26 0.16 0.15 0.13 0.12 0.19 0.22 0.15
O3' 0.17 0.23 0.15 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.16 0.21 0.12 0.30 0.19 0.15 0.14 0.14 0.24 0.28 0.20
O4' 0.11 0.16 0.12 0.19 0.11 0.18 0.14 0.24 0.14 0.10 0.19 0.14 0.22 0.12 0.23 0.15 0.30 0.41 0.38 0.35
O5' 0.08 0.15 0.09 0.17 0.09 0.16 0.12 0.23 0.12 0.08 0.17 0.11 0.21 0.10 0.21 0.12 0.30 0.45 0.42 0.36
OP1 0.09 0.16 0.11 0.18 0.10 0.16 0.13 0.24 0.13 0.09 0.18 0.11 0.23 0.12 0.22 0.12 0.31 0.47 0.43 0.38
OP2 0.11 0.15 0.11 0.18 0.13 0.20 0.13 0.27 0.14 0.11 0.19 0.16 0.20 0.11 0.20 0.17 0.33 0.49 0.45 0.40
P 0.08 0.15 0.09 0.17 0.10 0.17 0.11 0.25 0.12 0.08 0.18 0.13 0.22 0.09 0.20 0.13 0.32 0.48 0.44 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.11 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.08 0.08 0.14 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.10 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.12 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.07 0.08 0.09 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.13 0.09
C4 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.10 0.12 0.16 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.11 0.11 0.16 0.11
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.08 0.05 0.07 0.10 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.09 0.08 0.13 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.07 0.13 0.07
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.09 0.10 0.15 0.10
N4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.10 0.03 0.11 0.14 0.18 0.13
O2 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.11 0.03 0.08 0.08 0.13 0.08
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.04 0.10 0.00 0.04 0.04 0.04 0.08 0.09 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.09 0.03 0.09 0.04 0.08 0.10 0.11 0.04 0.00 0.01 0.11 0.15 0.17 0.13
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.10 0.11 0.13 0.11
O5' 0.06 0.08 0.05 0.08 0.10 0.02 0.11 0.01 0.09 0.07 0.09 0.11 0.08 0.04 0.11 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.08 0.07 0.10 0.12 0.06 0.11 0.08 0.08 0.07 0.10 0.14 0.08 0.08 0.15 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.14 0.12 0.13 0.16 0.05 0.16 0.02 0.13 0.13 0.15 0.18 0.13 0.09 0.17 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.06 0.09 0.11 0.02 0.11 0.01 0.09 0.07 0.10 0.13 0.08 0.04 0.13 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00