ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48886

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 10, 10, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.012, 0.022, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.033, 0.058, 0.083, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.058 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.042, 0.077, 0.113, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.077 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.054, 0.095, 0.137, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.095 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.094, 0.136, 0.178, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.136 std_dev=0.042
C4' A 0, 0.080, 0.136, 0.191, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.136 std_dev=0.056
O2' A 0, 0.146, 0.205, 0.265, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.205 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.105, 0.165, 0.226, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.165 std_dev=0.061
O3' A 0, 0.129, 0.209, 0.289, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.209 std_dev=0.080
O5' A 0, 0.093, 0.175, 0.257, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.175 std_dev=0.082
P A 0, 0.109, 0.204, 0.299, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.204 std_dev=0.095
C5 B 0, 0.122, 0.217, 0.313, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.217 std_dev=0.096
N4 B 0, 0.139, 0.239, 0.339, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.239 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.144, 0.244, 0.344, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.244 std_dev=0.100
C4 B 0, 0.128, 0.230, 0.333, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.230 std_dev=0.102
OP2 A 0, 0.128, 0.232, 0.336, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.232 std_dev=0.104
OP1 A 0, 0.122, 0.232, 0.341, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.232 std_dev=0.109
C6 B 0, 0.141, 0.255, 0.369, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.255 std_dev=0.114
N3 B 0, 0.146, 0.288, 0.430, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.288 std_dev=0.142
N1 B 0, 0.153, 0.296, 0.439, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.296 std_dev=0.143
C2 B 0, 0.153, 0.316, 0.478, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.316 std_dev=0.163
C1' B 0, 0.170, 0.356, 0.542, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.356 std_dev=0.186
O4' B 0, 0.160, 0.352, 0.545, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.352 std_dev=0.193
P B 0, 0.168, 0.365, 0.561, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.365 std_dev=0.196
C2' B 0, 0.188, 0.386, 0.584, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.386 std_dev=0.198
O5' B 0, 0.177, 0.380, 0.584, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.380 std_dev=0.203
OP2 B 0, 0.209, 0.414, 0.618, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.414 std_dev=0.204
O2 B 0, 0.172, 0.384, 0.596, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.384 std_dev=0.212
C5' B 0, 0.179, 0.392, 0.605, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.392 std_dev=0.213
OP1 B 0, 0.136, 0.349, 0.562, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.349 std_dev=0.213
C4' B 0, 0.174, 0.395, 0.616, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.395 std_dev=0.221
O2' B 0, 0.219, 0.451, 0.682, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.451 std_dev=0.232
C3' B 0, 0.180, 0.425, 0.670, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.425 std_dev=0.245
O3' B 0, 0.199, 0.476, 0.753, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.476 std_dev=0.277

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.10 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.08 0.13 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.08 0.13 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.07 0.11 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.12 0.08
N4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.09 0.14 0.10
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.05 0.10 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.07 0.05
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.05 0.04 0.04 0.08 0.04 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.06 0.06 0.13 0.03 0.13 0.01 0.11 0.09 0.12 0.14 0.10 0.06 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.03 0.03 0.09 0.02 0.09 0.01 0.07 0.06 0.08 0.10 0.06 0.03 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.10 0.10 0.08 0.07 0.07 0.10 0.10 0.12 0.08
C2 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.13 0.09
C2' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.10 0.12 0.08
C3' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.09 0.12 0.08
C4 0.12 0.09 0.12 0.13 0.09 0.14 0.09 0.15 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.13 0.14 0.13 0.12 0.17 0.13
C4' 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.11 0.08 0.07 0.07 0.10 0.09 0.12 0.08
C5 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09 0.13 0.09 0.13 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11 0.17 0.12
C5' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.09 0.11 0.08 0.07 0.07 0.10 0.09 0.12 0.07
C6 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.15 0.10
N1 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.13 0.08
N3 0.12 0.09 0.11 0.12 0.09 0.13 0.09 0.13 0.11 0.11 0.09 0.09 0.10 0.11 0.12 0.13 0.12 0.10 0.15 0.11
N4 0.14 0.10 0.14 0.16 0.09 0.17 0.10 0.18 0.12 0.12 0.09 0.10 0.11 0.13 0.16 0.17 0.16 0.15 0.19 0.16
O2 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.13 0.09
O2' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.11 0.12 0.12 0.08
O3' 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.12 0.08
O4' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.11 0.10 0.12 0.09 0.07 0.08 0.10 0.09 0.12 0.08
O5' 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.10 0.07 0.07 0.07 0.12 0.08 0.12 0.08
OP1 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.11 0.07 0.11 0.07
OP2 0.09 0.11 0.08 0.08 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.12 0.13 0.13 0.09 0.09 0.09 0.13 0.09 0.11 0.08
P 0.06 0.09 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.10 0.09 0.11 0.07 0.06 0.07 0.11 0.07 0.11 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.14 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.10 0.16 0.08 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.06 0.13 0.07 0.06
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.12 0.15 0.11 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.12 0.14 0.10 0.08
C5' 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.12 0.15 0.08 0.06
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.10 0.15 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.12 0.16 0.10 0.09
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.13 0.14 0.11 0.09
O2 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.05 0.04 0.10 0.16 0.08 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.05 0.10 0.00 0.05 0.01 0.07 0.14 0.08 0.08
O3' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.00 0.02 0.03 0.10 0.06 0.03
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.14 0.05 0.05
O5' 0.06 0.10 0.06 0.03 0.12 0.01 0.12 0.01 0.12 0.10 0.12 0.13 0.10 0.07 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.16 0.13 0.10 0.15 0.10 0.14 0.06 0.15 0.15 0.16 0.14 0.16 0.14 0.10 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.07 0.06 0.11 0.05 0.10 0.05 0.08 0.07 0.10 0.11 0.08 0.08 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.06 0.03 0.09 0.02 0.08 0.01 0.06 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00