Doublet Group distance statistics: 48888

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 4, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N3	A	0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C6	A	0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C1'	A	0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.034 std_dev=0.018
N4	A	0, 0.031, 0.058, 0.084, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.058 std_dev=0.027
O2	A	0, 0.010, 0.056, 0.102, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.056 std_dev=0.046
O4'	A	0, 0.051, 0.178, 0.305, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.178 std_dev=0.127
C4'	A	0, 0.127, 0.271, 0.416, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.271 std_dev=0.145
C2'	A	0, 0.130, 0.275, 0.421, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.275 std_dev=0.145
O2'	A	0, 0.206, 0.395, 0.585, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.395 std_dev=0.190
C5	B	0, 0.327, 0.529, 0.732, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.529 std_dev=0.202
C6	B	0, 0.338, 0.543, 0.748, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.543 std_dev=0.205
N1	B	0, 0.344, 0.549, 0.754, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.549 std_dev=0.205
C4	B	0, 0.354, 0.569, 0.784, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.569 std_dev=0.215
C3'	A	0, 0.232, 0.451, 0.670, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.451 std_dev=0.219
N4	B	0, 0.372, 0.594, 0.817, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.594 std_dev=0.222
C2	B	0, 0.348, 0.575, 0.802, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.575 std_dev=0.227
N3	B	0, 0.378, 0.611, 0.844, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.611 std_dev=0.233
C1'	B	0, 0.375, 0.638, 0.901, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.638 std_dev=0.263
O2	B	0, 0.365, 0.634, 0.903, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.634 std_dev=0.269
C5'	A	0, 0.263, 0.538, 0.813, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.538 std_dev=0.275
O3'	A	0, 0.462, 0.806, 1.150, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.806 std_dev=0.344
O5'	A	0, 0.532, 0.879, 1.227, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.879 std_dev=0.347
P	B	0, 0.492, 0.865, 1.238, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.865 std_dev=0.373
O5'	B	0, 0.753, 1.175, 1.597, 1.591 max_d=1.591 avg_d=1.175 std_dev=0.422
O2'	B	0, 0.720, 1.166, 1.612, 1.666 max_d=1.666 avg_d=1.166 std_dev=0.446
P	A	0, 0.860, 1.339, 1.817, 1.809 max_d=1.809 avg_d=1.339 std_dev=0.479
C2'	B	0, 0.521, 1.043, 1.565, 1.706 max_d=1.706 avg_d=1.043 std_dev=0.522
OP1	A	0, 0.852, 1.377, 1.902, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.377 std_dev=0.525
O4'	B	0, 0.737, 1.298, 1.859, 2.012 max_d=2.012 avg_d=1.298 std_dev=0.561
OP2	A	0, 1.135, 1.716, 2.296, 2.132 max_d=2.132 avg_d=1.716 std_dev=0.580
C4'	B	0, 1.269, 1.999, 2.730, 2.743 max_d=2.743 avg_d=1.999 std_dev=0.731
C5'	B	0, 1.339, 2.086, 2.833, 2.868 max_d=2.868 avg_d=2.086 std_dev=0.747
C3'	B	0, 1.413, 2.171, 2.929, 2.810 max_d=2.810 avg_d=2.171 std_dev=0.758
OP2	B	0, 1.812, 2.671, 3.530, 3.156 max_d=3.156 avg_d=2.671 std_dev=0.859
OP1	B	0, 1.744, 2.614, 3.483, 3.363 max_d=3.363 avg_d=2.614 std_dev=0.870
O3'	B	0, 2.278, 3.442, 4.605, 4.427 max_d=4.427 avg_d=3.442 std_dev=1.163

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.01	0.02	0.03	0.06	0.02	0.03	0.00	0.05	0.05	0.05	0.03
C2	0.02	0.00	0.07	0.07	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.08	0.02	0.08	0.08	0.10	0.07
C2'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.07	0.01	0.07	0.02	0.06	0.04	0.07	0.08	0.12	0.01	0.03	0.01	0.04	0.08	0.07	0.04
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.10	0.01	0.11	0.03	0.09	0.05	0.08	0.11	0.11	0.01	0.01	0.02	0.04	0.09	0.07	0.05
C4	0.02	0.01	0.07	0.10	0.00	0.08	0.01	0.12	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.11	0.06	0.16	0.16	0.18	0.15
C4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.08	0.00	0.10	0.01	0.09	0.04	0.05	0.09	0.07	0.03	0.04	0.01	0.03	0.07	0.03	0.02
C5	0.03	0.01	0.07	0.11	0.01	0.10	0.00	0.14	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.05	0.11	0.08	0.17	0.17	0.18	0.16
C5'	0.02	0.06	0.02	0.03	0.12	0.01	0.14	0.00	0.11	0.06	0.08	0.14	0.07	0.03	0.05	0.02	0.01	0.07	0.02	0.01
C6	0.03	0.01	0.06	0.09	0.01	0.09	0.01	0.11	0.00	0.00	0.02	0.02	0.02	0.04	0.09	0.08	0.13	0.12	0.12	0.11
N1	0.01	0.01	0.04	0.05	0.02	0.04	0.01	0.06	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.05	0.03	0.07	0.07	0.09	0.06
N3	0.02	0.00	0.07	0.08	0.01	0.05	0.02	0.08	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.09	0.04	0.12	0.12	0.14	0.11
N4	0.03	0.01	0.08	0.11	0.01	0.09	0.02	0.14	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.06	0.12	0.06	0.18	0.20	0.23	0.19
O2	0.06	0.00	0.12	0.11	0.01	0.07	0.01	0.07	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.11	0.12	0.06	0.06	0.06	0.09	0.07
O2'	0.02	0.06	0.01	0.01	0.05	0.03	0.05	0.03	0.04	0.02	0.06	0.06	0.11	0.00	0.06	0.06	0.03	0.07	0.05	0.03
O3'	0.03	0.08	0.03	0.01	0.11	0.04	0.11	0.05	0.09	0.05	0.09	0.12	0.12	0.06	0.00	0.03	0.05	0.10	0.07	0.05
O4'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.06	0.01	0.08	0.02	0.08	0.03	0.04	0.06	0.06	0.06	0.03	0.00	0.10	0.09	0.09	0.09
O5'	0.05	0.08	0.04	0.04	0.16	0.03	0.17	0.01	0.13	0.07	0.12	0.18	0.06	0.03	0.05	0.10	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.05	0.08	0.08	0.09	0.16	0.07	0.17	0.07	0.12	0.07	0.12	0.20	0.06	0.07	0.10	0.09	0.03	0.00	0.01	0.01
OP2	0.05	0.10	0.07	0.07	0.18	0.03	0.18	0.02	0.12	0.09	0.14	0.23	0.09	0.05	0.07	0.09	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.03	0.07	0.04	0.05	0.15	0.02	0.16	0.01	0.11	0.06	0.11	0.19	0.07	0.03	0.05	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.09	0.08	0.11	0.13	0.09	0.11	0.11	0.15	0.11	0.09	0.08	0.08	0.07	0.14	0.12	0.09	0.17	0.23	0.30	0.18
C2	0.11	0.10	0.11	0.11	0.10	0.08	0.12	0.12	0.13	0.12	0.10	0.09	0.10	0.13	0.11	0.11	0.13	0.23	0.28	0.15
C2'	0.09	0.09	0.11	0.14	0.09	0.12	0.09	0.17	0.09	0.09	0.09	0.10	0.10	0.12	0.13	0.09	0.19	0.25	0.30	0.19
C3'	0.09	0.10	0.11	0.14	0.09	0.11	0.09	0.16	0.08	0.09	0.10	0.10	0.11	0.12	0.12	0.08	0.18	0.24	0.30	0.19
C4	0.16	0.13	0.15	0.16	0.12	0.13	0.15	0.14	0.16	0.15	0.12	0.10	0.13	0.16	0.16	0.17	0.15	0.23	0.27	0.17
C4'	0.10	0.10	0.12	0.14	0.10	0.12	0.10	0.15	0.10	0.10	0.10	0.10	0.10	0.15	0.13	0.09	0.17	0.23	0.30	0.17
C5	0.13	0.11	0.13	0.14	0.10	0.11	0.13	0.12	0.14	0.13	0.10	0.07	0.10	0.14	0.14	0.14	0.13	0.21	0.27	0.15
C5'	0.10	0.10	0.13	0.15	0.10	0.13	0.11	0.17	0.11	0.10	0.10	0.10	0.10	0.16	0.15	0.09	0.19	0.24	0.32	0.20
C6	0.11	0.10	0.11	0.12	0.09	0.08	0.12	0.10	0.13	0.12	0.09	0.07	0.09	0.13	0.12	0.12	0.12	0.20	0.27	0.14
N1	0.11	0.09	0.10	0.11	0.09	0.08	0.12	0.11	0.12	0.11	0.08	0.07	0.09	0.13	0.11	0.10	0.13	0.21	0.28	0.15
N3	0.14	0.13	0.14	0.14	0.12	0.11	0.14	0.12	0.15	0.14	0.12	0.12	0.13	0.15	0.14	0.14	0.13	0.23	0.27	0.15
N4	0.21	0.17	0.21	0.22	0.15	0.19	0.18	0.20	0.20	0.20	0.15	0.13	0.17	0.21	0.22	0.22	0.20	0.29	0.29	0.22
O2	0.12	0.10	0.12	0.12	0.10	0.11	0.12	0.16	0.13	0.12	0.10	0.10	0.10	0.14	0.12	0.12	0.17	0.27	0.29	0.19
O2'	0.11	0.11	0.15	0.17	0.12	0.14	0.11	0.18	0.11	0.11	0.12	0.12	0.12	0.14	0.16	0.11	0.20	0.25	0.29	0.19
O3'	0.09	0.11	0.12	0.14	0.09	0.11	0.08	0.15	0.08	0.09	0.11	0.10	0.12	0.11	0.12	0.08	0.18	0.24	0.30	0.19
O4'	0.12	0.11	0.15	0.16	0.12	0.14	0.12	0.17	0.13	0.12	0.11	0.12	0.11	0.18	0.16	0.11	0.18	0.23	0.30	0.18
O5'	0.09	0.08	0.10	0.13	0.08	0.10	0.11	0.14	0.11	0.09	0.07	0.07	0.07	0.13	0.13	0.09	0.17	0.22	0.32	0.20
OP1	0.11	0.11	0.12	0.14	0.11	0.11	0.13	0.14	0.13	0.11	0.10	0.10	0.11	0.16	0.14	0.11	0.17	0.21	0.32	0.19
OP2	0.08	0.07	0.09	0.12	0.07	0.11	0.10	0.16	0.10	0.09	0.06	0.07	0.06	0.13	0.14	0.08	0.18	0.23	0.32	0.21
P	0.08	0.07	0.09	0.12	0.07	0.09	0.09	0.14	0.10	0.08	0.07	0.07	0.07	0.13	0.13	0.08	0.16	0.21	0.32	0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.02	0.02	0.08	0.01	0.07	0.01	0.06	0.14	0.10	0.07
C2	0.03	0.00	0.06	0.07	0.02	0.04	0.01	0.06	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.06	0.06	0.04	0.09	0.18	0.13	0.09
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.02	0.02	0.05	0.03	0.01	0.05	0.04	0.11	0.01	0.03	0.01	0.11	0.15	0.11	0.12
C3'	0.02	0.07	0.00	0.00	0.09	0.01	0.10	0.02	0.09	0.06	0.08	0.10	0.10	0.02	0.02	0.02	0.06	0.06	0.10	0.05
C4	0.01	0.02	0.03	0.09	0.00	0.06	0.01	0.10	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.06	0.05	0.03	0.13	0.20	0.21	0.13
C4'	0.01	0.04	0.02	0.01	0.06	0.00	0.08	0.01	0.07	0.03	0.04	0.06	0.09	0.08	0.04	0.01	0.02	0.06	0.07	0.02
C5	0.02	0.01	0.02	0.10	0.01	0.08	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.06	0.08	0.04	0.15	0.21	0.21	0.13
C5'	0.03	0.06	0.05	0.02	0.10	0.01	0.12	0.00	0.10	0.05	0.08	0.11	0.09	0.06	0.07	0.02	0.01	0.07	0.08	0.01
C6	0.02	0.02	0.03	0.09	0.02	0.07	0.01	0.10	0.00	0.01	0.02	0.02	0.03	0.05	0.07	0.04	0.12	0.20	0.16	0.10
N1	0.01	0.02	0.01	0.06	0.02	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.02	0.04	0.04	0.04	0.02	0.08	0.18	0.12	0.08
N3	0.02	0.01	0.05	0.08	0.01	0.04	0.01	0.08	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.07	0.05	0.03	0.11	0.19	0.17	0.10
N4	0.02	0.02	0.04	0.10	0.01	0.06	0.01	0.11	0.02	0.02	0.02	0.00	0.03	0.06	0.06	0.03	0.15	0.21	0.26	0.15
O2	0.08	0.01	0.11	0.10	0.02	0.09	0.02	0.09	0.03	0.04	0.02	0.03	0.00	0.10	0.12	0.08	0.10	0.18	0.12	0.10
O2'	0.01	0.06	0.01	0.02	0.06	0.08	0.06	0.06	0.05	0.04	0.07	0.06	0.10	0.00	0.04	0.05	0.09	0.13	0.11	0.10
O3'	0.07	0.06	0.03	0.02	0.05	0.04	0.08	0.07	0.07	0.04	0.05	0.06	0.12	0.04	0.00	0.06	0.09	0.12	0.10	0.08
O4'	0.01	0.04	0.01	0.02	0.03	0.01	0.04	0.02	0.04	0.02	0.03	0.03	0.08	0.05	0.06	0.00	0.08	0.10	0.13	0.07
O5'	0.06	0.09	0.11	0.06	0.13	0.02	0.15	0.01	0.12	0.08	0.11	0.15	0.10	0.09	0.09	0.08	0.00	0.02	0.03	0.01
OP1	0.14	0.18	0.15	0.06	0.20	0.06	0.21	0.07	0.20	0.18	0.19	0.21	0.18	0.13	0.12	0.10	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.10	0.13	0.11	0.10	0.21	0.07	0.21	0.08	0.16	0.12	0.17	0.26	0.12	0.11	0.10	0.13	0.03	0.02	0.00	0.01
P	0.07	0.09	0.12	0.05	0.13	0.02	0.13	0.01	0.10	0.08	0.10	0.15	0.10	0.10	0.08	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00