ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48889

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.007, 0.035, 0.062, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.035 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.017, 0.050, 0.083, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.050 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.040, 0.100, 0.160, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.100 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.045, 0.113, 0.180, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.113 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.039, 0.131, 0.223, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.131 std_dev=0.092
C4' A 0, 0.064, 0.156, 0.249, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.156 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.070, 0.181, 0.291, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.181 std_dev=0.110
C5' A 0, 0.104, 0.265, 0.425, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.265 std_dev=0.160
O3' A 0, 0.100, 0.268, 0.435, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.268 std_dev=0.168
N4 B 0, 0.224, 0.396, 0.569, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.396 std_dev=0.173
O5' A 0, 0.114, 0.320, 0.527, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.320 std_dev=0.207
OP2 A 0, 0.206, 0.416, 0.627, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.416 std_dev=0.210
C4 B 0, 0.223, 0.446, 0.669, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.446 std_dev=0.223
N3 B 0, 0.294, 0.527, 0.761, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.527 std_dev=0.234
P A 0, 0.149, 0.393, 0.638, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.393 std_dev=0.245
C2 B 0, 0.318, 0.611, 0.904, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.611 std_dev=0.293
OP1 A 0, 0.208, 0.502, 0.796, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.502 std_dev=0.294
C5 B 0, 0.139, 0.450, 0.761, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.450 std_dev=0.311
O2 B 0, 0.379, 0.714, 1.049, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.714 std_dev=0.335
N1 B 0, 0.248, 0.600, 0.951, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.600 std_dev=0.351
C6 B 0, 0.147, 0.519, 0.890, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.519 std_dev=0.371
OP2 B 0, 0.140, 0.533, 0.925, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.533 std_dev=0.392
C1' B 0, 0.257, 0.693, 1.128, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.693 std_dev=0.436
C2' B 0, 0.264, 0.724, 1.184, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.724 std_dev=0.460
O5' B 0, 0.165, 0.639, 1.112, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.639 std_dev=0.473
P B 0, 0.122, 0.601, 1.081, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.601 std_dev=0.480
O4' B 0, 0.220, 0.707, 1.194, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.707 std_dev=0.487
C3' B 0, 0.222, 0.723, 1.224, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.723 std_dev=0.501
O2' B 0, 0.296, 0.818, 1.340, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.818 std_dev=0.522
O3' B 0, 0.266, 0.809, 1.352, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.809 std_dev=0.543
C4' B 0, 0.196, 0.741, 1.285, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.741 std_dev=0.544
C5' B 0, 0.147, 0.713, 1.279, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.713 std_dev=0.566
OP1 B 0, 0.096, 0.681, 1.266, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.681 std_dev=0.585

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.16 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.06 0.09 0.19 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.13 0.05
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.14 0.20 0.12
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.16 0.21 0.13
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.13 0.21 0.13
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.19 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.11 0.19 0.10
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.15 0.20 0.12
O2 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.03 0.07 0.08 0.17 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.09 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.13 0.05
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.09 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.16 0.07
O5' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.04 0.04 0.14 0.03 0.16 0.04 0.13 0.09 0.11 0.15 0.08 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.19 0.13 0.09 0.20 0.09 0.21 0.04 0.21 0.19 0.19 0.20 0.17 0.13 0.06 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.05 0.03 0.12 0.03 0.13 0.01 0.13 0.09 0.10 0.12 0.09 0.05 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.08 0.09
C2 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07
C2' 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.12 0.09 0.08 0.09
C3' 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.09 0.07 0.09
C4 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.06
C4' 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.08 0.08 0.09
C5 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.06 0.06 0.07
C5' 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.10 0.11 0.10 0.08 0.07 0.08
C6 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.07 0.06 0.08
N1 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08
N3 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06
N4 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.06 0.07 0.06
O2 0.08 0.09 0.06 0.04 0.09 0.05 0.08 0.06 0.07 0.08 0.10 0.11 0.09 0.06 0.04 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08
O2' 0.15 0.14 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.15 0.14 0.14 0.14 0.15 0.12 0.16 0.14 0.12 0.10 0.12
O3' 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12 0.15 0.14 0.12 0.14 0.14 0.11 0.09 0.11
O4' 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.08 0.08 0.09
O5' 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.14 0.14 0.13 0.14 0.15 0.13 0.14 0.13 0.10 0.10 0.11
OP1 0.14 0.16 0.14 0.12 0.13 0.12 0.12 0.09 0.12 0.14 0.15 0.13 0.17 0.16 0.12 0.13 0.08 0.06 0.06 0.06
OP2 0.15 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.16 0.15 0.16 0.15 0.13 0.14 0.12 0.14 0.14 0.17 0.13 0.17 0.17 0.15
P 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.08 0.10 0.06 0.07 0.07 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.09 0.10 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.08 0.09 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.08 0.09 0.08
N4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.08 0.10 0.11 0.10
O2 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
O5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.05 0.09 0.04 0.08 0.04 0.06 0.05 0.08 0.10 0.06 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.07 0.03 0.03 0.10 0.02 0.09 0.01 0.06 0.06 0.09 0.11 0.07 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.06 0.05 0.08 0.10 0.06 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00