ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48890

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 15, 13, 11, 7, 4, 18, 16, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, -0.090, 0.281, 0.652, 3.581 max_d=3.581 avg_d=0.281 std_dev=0.371
N1 A 0, -0.313, 0.064, 0.440, 3.635 max_d=3.635 avg_d=0.064 std_dev=0.377
N6 A 0, -0.322, 0.069, 0.460, 3.775 max_d=3.775 avg_d=0.069 std_dev=0.391
C6 A 0, -0.390, 0.058, 0.505, 4.306 max_d=4.306 avg_d=0.058 std_dev=0.448
C6 B 0, 0.013, 0.514, 1.016, 4.242 max_d=4.242 avg_d=0.514 std_dev=0.502
C2 A 0, -0.551, 0.089, 0.728, 6.155 max_d=6.155 avg_d=0.089 std_dev=0.640
C2 B 0, -0.131, 0.522, 1.175, 6.118 max_d=6.118 avg_d=0.522 std_dev=0.653
N6 B 0, 0.123, 0.811, 1.500, 3.764 max_d=3.764 avg_d=0.811 std_dev=0.688
C5 A 0, -0.645, 0.095, 0.835, 7.114 max_d=7.114 avg_d=0.095 std_dev=0.740
C5 B 0, -0.195, 0.549, 1.293, 7.045 max_d=7.045 avg_d=0.549 std_dev=0.744
C4 B 0, -0.532, 0.340, 1.212, 8.543 max_d=8.543 avg_d=0.340 std_dev=0.872
N3 A 0, -0.755, 0.120, 0.994, 8.417 max_d=8.417 avg_d=0.120 std_dev=0.875
N3 B 0, -0.281, 0.601, 1.484, 8.394 max_d=8.394 avg_d=0.601 std_dev=0.883
C4 A 0, -0.773, 0.121, 1.014, 8.598 max_d=8.598 avg_d=0.121 std_dev=0.894
N7 A 0, -0.831, 0.135, 1.102, 9.302 max_d=9.302 avg_d=0.135 std_dev=0.966
N7 B 0, -0.161, 0.882, 1.926, 9.229 max_d=9.229 avg_d=0.882 std_dev=1.043
N9 B 0, -0.746, 0.388, 1.522, 11.077 max_d=11.077 avg_d=0.388 std_dev=1.134
N9 A 0, -1.005, 0.156, 1.316, 11.162 max_d=11.162 avg_d=0.156 std_dev=1.160
C8 B 0, -0.450, 0.718, 1.885, 11.267 max_d=11.267 avg_d=0.718 std_dev=1.167
C8 A 0, -1.012, 0.168, 1.348, 11.363 max_d=11.363 avg_d=0.168 std_dev=1.180
C1' B 0, -0.696, 0.696, 2.088, 13.584 max_d=13.584 avg_d=0.696 std_dev=1.392
C1' A 0, -1.233, 0.178, 1.590, 13.571 max_d=13.571 avg_d=0.178 std_dev=1.412
O4' B 0, -0.517, 1.053, 2.624, 14.584 max_d=14.584 avg_d=1.053 std_dev=1.570
O4' A 0, -0.620, 1.008, 2.635, 14.849 max_d=14.849 avg_d=1.008 std_dev=1.628
C2' B 0, -0.633, 1.019, 2.671, 15.808 max_d=15.808 avg_d=1.019 std_dev=1.652
C2' A 0, -0.751, 0.945, 2.641, 15.709 max_d=15.709 avg_d=0.945 std_dev=1.696
O2' A 0, -0.420, 1.353, 3.126, 14.993 max_d=14.993 avg_d=1.353 std_dev=1.773
C4' B 0, -0.947, 0.829, 2.605, 17.342 max_d=17.342 avg_d=0.829 std_dev=1.776
C3' B 0, -0.976, 0.899, 2.774, 18.283 max_d=18.283 avg_d=0.899 std_dev=1.875
O2' B 0, -0.170, 1.732, 3.635, 15.778 max_d=15.778 avg_d=1.732 std_dev=1.903
C5' B 0, -0.438, 1.489, 3.416, 17.810 max_d=17.810 avg_d=1.489 std_dev=1.927
C3' A 0, -0.598, 1.468, 3.533, 18.096 max_d=18.096 avg_d=1.468 std_dev=2.065
C4' A 0, -0.511, 1.555, 3.621, 17.715 max_d=17.715 avg_d=1.555 std_dev=2.066
O3' B 0, -0.595, 1.526, 3.647, 19.418 max_d=19.418 avg_d=1.526 std_dev=2.121
O3' A 0, -0.366, 1.847, 4.059, 17.990 max_d=17.990 avg_d=1.847 std_dev=2.212
O5' B 0, -0.249, 2.050, 4.348, 19.027 max_d=19.027 avg_d=2.050 std_dev=2.298
C5' A 0, -0.388, 2.039, 4.466, 19.167 max_d=19.167 avg_d=2.039 std_dev=2.427
O5' A 0, -0.024, 2.775, 5.573, 18.220 max_d=18.220 avg_d=2.775 std_dev=2.798
P B 0, -0.066, 2.945, 5.957, 20.582 max_d=20.582 avg_d=2.945 std_dev=3.012
OP2 B 0, 0.009, 3.038, 6.067, 19.849 max_d=19.849 avg_d=3.038 std_dev=3.029
OP1 B 0, -0.092, 3.198, 6.488, 23.404 max_d=23.404 avg_d=3.198 std_dev=3.290
P A 0, 0.122, 3.607, 7.092, 19.790 max_d=19.790 avg_d=3.607 std_dev=3.485
OP1 A 0, -0.022, 3.623, 7.268, 22.672 max_d=22.672 avg_d=3.623 std_dev=3.645
OP2 A 0, 0.249, 3.926, 7.604, 18.817 max_d=18.817 avg_d=3.926 std_dev=3.677

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.42 0.01 0.20 0.37 0.27 0.26
C2 0.03 0.00 0.45 0.38 0.01 0.20 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.34 0.29 0.32 0.65 0.45 0.56
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.26 0.01 0.16 0.24 0.25 0.16 0.38 0.44 0.20 0.06 0.04 0.00 0.05 0.02 0.15 0.24 0.33 0.14
C3' 0.01 0.38 0.01 0.00 0.36 0.01 0.48 0.02 0.51 0.43 0.46 0.32 0.56 0.51 0.30 0.02 0.01 0.02 0.41 0.25 0.68 0.43
C4 0.02 0.01 0.26 0.36 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.19 0.15 0.43 0.74 0.37 0.62
C4' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.16 0.33 0.15 0.20 0.20 0.31 0.13 0.35 0.02 0.00 0.02 0.23 0.30 0.06
C5 0.01 0.01 0.16 0.48 0.00 0.18 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.06 0.05 0.66 1.07 0.52 0.92
C5' 0.07 0.31 0.24 0.02 0.16 0.01 0.25 0.00 0.26 0.38 0.27 0.28 0.32 0.39 0.13 0.09 0.27 0.02 0.01 0.23 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.25 0.51 0.01 0.16 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.08 0.12 0.62 1.09 0.54 0.92
C8 0.01 0.01 0.16 0.43 0.01 0.33 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.48 0.15 0.20 0.89 1.17 0.58 1.04
N1 0.02 0.00 0.38 0.46 0.01 0.15 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.22 0.45 0.88 0.49 0.74
N3 0.03 0.00 0.44 0.32 0.00 0.20 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.40 0.29 0.26 0.53 0.38 0.46
N6 0.01 0.01 0.20 0.56 0.01 0.20 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.36 0.14 0.08 0.74 1.31 0.65 1.10
N7 0.01 0.01 0.06 0.51 0.01 0.31 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.49 0.19 0.12 0.92 1.35 0.67 1.19
N9 0.00 0.01 0.04 0.30 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.14 0.01 0.50 0.72 0.36 0.62
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.15 0.35 0.33 0.09 0.27 0.48 0.12 0.14 0.36 0.49 0.25 0.00 0.06 0.24 0.31 0.25 0.37 0.27
O3' 0.42 0.34 0.05 0.01 0.19 0.02 0.06 0.27 0.08 0.15 0.18 0.40 0.14 0.19 0.14 0.06 0.00 0.25 0.49 0.45 1.04 0.61
O4' 0.01 0.29 0.02 0.02 0.15 0.00 0.05 0.02 0.12 0.20 0.22 0.29 0.08 0.12 0.01 0.24 0.25 0.00 0.11 0.40 0.26 0.13
O5' 0.20 0.32 0.15 0.41 0.43 0.02 0.66 0.01 0.62 0.89 0.45 0.26 0.74 0.92 0.50 0.31 0.49 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.65 0.24 0.25 0.74 0.23 1.07 0.23 1.09 1.17 0.88 0.53 1.31 1.35 0.72 0.25 0.45 0.40 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.45 0.33 0.68 0.37 0.30 0.52 0.25 0.54 0.58 0.49 0.38 0.65 0.67 0.36 0.37 1.04 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.56 0.14 0.43 0.62 0.06 0.92 0.01 0.92 1.04 0.74 0.46 1.10 1.19 0.62 0.27 0.61 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.15 0.14 0.14 0.10 0.17 0.10 0.48 0.09 0.11 0.11 0.13 0.12 0.12 0.10 0.32 0.33 0.15 0.36 1.32 0.76 0.34
C2 0.11 0.17 0.11 0.14 0.11 0.14 0.10 0.42 0.10 0.11 0.14 0.15 0.12 0.12 0.10 0.19 0.26 0.11 0.44 1.43 0.68 0.46
C2' 0.40 0.36 0.49 0.46 0.41 0.29 0.45 0.25 0.45 0.47 0.40 0.37 0.49 0.49 0.42 0.64 0.60 0.30 0.83 1.83 0.41 0.88
C3' 0.61 0.65 0.72 0.68 0.61 0.46 0.58 0.30 0.58 0.56 0.62 0.64 0.54 0.55 0.59 0.95 0.89 0.46 0.92 1.82 0.42 0.90
C4 0.11 0.15 0.16 0.15 0.10 0.16 0.10 0.46 0.09 0.10 0.12 0.14 0.13 0.11 0.10 0.34 0.34 0.15 0.38 1.31 0.70 0.35
C4' 0.22 0.28 0.31 0.26 0.20 0.20 0.19 0.52 0.18 0.21 0.22 0.26 0.21 0.23 0.20 0.58 0.51 0.19 0.37 1.24 0.84 0.30
C5 0.11 0.15 0.21 0.17 0.10 0.18 0.10 0.48 0.10 0.10 0.11 0.14 0.14 0.11 0.10 0.46 0.39 0.20 0.34 1.22 0.68 0.29
C5' 0.40 0.42 0.55 0.47 0.37 0.27 0.34 0.50 0.33 0.37 0.35 0.42 0.34 0.37 0.37 0.89 0.74 0.27 0.47 1.24 0.82 0.36
C6 0.11 0.15 0.20 0.16 0.10 0.18 0.09 0.47 0.10 0.10 0.11 0.14 0.14 0.11 0.10 0.43 0.37 0.19 0.36 1.23 0.64 0.32
C8 0.12 0.14 0.25 0.19 0.10 0.20 0.10 0.51 0.10 0.10 0.11 0.14 0.13 0.11 0.10 0.53 0.43 0.22 0.32 1.17 0.72 0.25
N1 0.11 0.16 0.13 0.14 0.11 0.15 0.09 0.43 0.09 0.10 0.14 0.14 0.13 0.11 0.10 0.26 0.29 0.12 0.41 1.35 0.64 0.41
N3 0.11 0.16 0.12 0.14 0.11 0.14 0.10 0.43 0.10 0.11 0.13 0.14 0.12 0.12 0.10 0.22 0.28 0.11 0.42 1.41 0.71 0.43
N6 0.12 0.14 0.27 0.19 0.10 0.21 0.10 0.49 0.11 0.10 0.10 0.13 0.15 0.10 0.10 0.57 0.42 0.26 0.32 1.12 0.62 0.26
N7 0.12 0.14 0.28 0.20 0.10 0.21 0.10 0.52 0.10 0.10 0.10 0.13 0.14 0.11 0.10 0.58 0.45 0.25 0.31 1.13 0.69 0.23
N9 0.11 0.15 0.18 0.16 0.10 0.17 0.10 0.48 0.10 0.10 0.11 0.14 0.13 0.11 0.10 0.39 0.37 0.17 0.36 1.27 0.73 0.32
O2' 0.23 0.29 0.21 0.23 0.19 0.26 0.14 0.46 0.14 0.14 0.21 0.28 0.15 0.15 0.18 0.20 0.16 0.24 0.48 1.59 0.57 0.61
O3' 0.14 0.20 0.23 0.21 0.15 0.17 0.19 0.47 0.18 0.22 0.17 0.18 0.25 0.25 0.16 0.42 0.37 0.16 0.50 1.47 0.68 0.56
O4' 0.17 0.11 0.15 0.17 0.19 0.37 0.27 0.76 0.26 0.32 0.15 0.12 0.37 0.36 0.22 0.30 0.28 0.34 0.25 1.02 1.11 0.26
O5' 0.68 0.80 0.88 0.77 0.63 0.36 0.51 0.31 0.51 0.48 0.67 0.78 0.39 0.43 0.60 1.32 1.11 0.35 0.59 1.31 0.66 0.40
OP1 1.36 1.45 1.61 1.50 1.26 1.01 1.07 0.57 1.05 1.05 1.26 1.45 0.85 0.95 1.23 2.10 1.89 0.96 1.14 1.68 0.60 0.90
OP2 0.73 0.74 1.03 0.86 0.67 0.48 0.60 0.48 0.57 0.63 0.64 0.75 0.50 0.59 0.67 1.55 1.16 0.45 0.62 1.29 0.68 0.46
P 1.09 1.19 1.36 1.22 1.02 0.70 0.87 0.32 0.86 0.85 1.03 1.18 0.70 0.78 0.99 1.89 1.59 0.67 0.89 1.53 0.48 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.01 0.40 0.81 0.28 0.41
C2 0.02 0.00 0.21 0.11 0.01 0.23 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.49 0.32 0.32 0.32 1.01 0.47 0.26
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.01 0.03 0.12 0.07 0.17 0.15 0.22 0.04 0.11 0.02 0.00 0.03 0.02 0.42 0.58 0.55 0.48
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.07 0.15 0.08 0.11 0.09 0.13 0.06 0.02 0.01 0.01 0.08 0.28 0.55 0.23
C4 0.01 0.01 0.10 0.05 0.00 0.15 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.20 0.17 0.38 1.10 0.38 0.38
C4' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.15 0.00 0.13 0.01 0.15 0.14 0.20 0.22 0.14 0.14 0.09 0.09 0.02 0.01 0.02 0.25 0.26 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.13 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.13 0.06 0.44 1.31 0.45 0.47
C5' 0.11 0.45 0.12 0.02 0.37 0.01 0.41 0.00 0.44 0.37 0.46 0.41 0.45 0.41 0.29 0.08 0.10 0.02 0.01 0.31 0.29 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.15 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.18 0.12 0.41 1.31 0.52 0.42
C8 0.01 0.01 0.17 0.15 0.01 0.14 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.06 0.18 0.58 1.40 0.31 0.65
N1 0.02 0.00 0.15 0.08 0.01 0.20 0.01 0.46 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.26 0.23 0.35 1.17 0.52 0.32
N3 0.02 0.00 0.22 0.11 0.01 0.22 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.48 0.31 0.33 0.31 0.93 0.41 0.27
N6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.14 0.01 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.15 0.07 0.44 1.43 0.58 0.48
N7 0.01 0.01 0.11 0.13 0.01 0.14 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.05 0.11 0.54 1.49 0.44 0.62
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.10 0.01 0.45 1.10 0.28 0.47
O2' 0.01 0.49 0.00 0.02 0.26 0.09 0.17 0.08 0.24 0.25 0.39 0.48 0.19 0.19 0.09 0.00 0.04 0.06 0.39 0.53 0.70 0.52
O3' 0.14 0.32 0.03 0.01 0.20 0.02 0.13 0.10 0.18 0.06 0.26 0.31 0.15 0.05 0.10 0.04 0.00 0.11 0.15 0.34 0.58 0.21
O4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.17 0.01 0.06 0.02 0.12 0.18 0.23 0.33 0.07 0.11 0.01 0.06 0.11 0.00 0.34 0.79 0.17 0.34
O5' 0.40 0.32 0.42 0.08 0.38 0.02 0.44 0.01 0.41 0.58 0.35 0.31 0.44 0.54 0.45 0.39 0.15 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.81 1.01 0.58 0.28 1.10 0.25 1.31 0.31 1.31 1.40 1.17 0.93 1.43 1.49 1.10 0.53 0.34 0.79 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.47 0.55 0.55 0.38 0.26 0.45 0.29 0.52 0.31 0.52 0.41 0.58 0.44 0.28 0.70 0.58 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.41 0.26 0.48 0.23 0.38 0.06 0.47 0.02 0.42 0.65 0.32 0.27 0.48 0.62 0.47 0.52 0.21 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00