ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48891

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 17, 18, 24, 8, 12, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, -0.343, 0.462, 1.268, 3.429 max_d=3.429 avg_d=0.462 std_dev=0.805
N1 A 0, -0.639, 0.264, 1.167, 3.707 max_d=3.707 avg_d=0.264 std_dev=0.903
N6 B 0, -0.374, 0.564, 1.501, 4.000 max_d=4.000 avg_d=0.564 std_dev=0.938
N6 A 0, -0.647, 0.292, 1.231, 3.995 max_d=3.995 avg_d=0.292 std_dev=0.939
C6 B 0, -0.516, 0.509, 1.534, 4.288 max_d=4.288 avg_d=0.509 std_dev=1.025
C6 A 0, -0.768, 0.301, 1.370, 4.366 max_d=4.366 avg_d=0.301 std_dev=1.069
C2 B 0, -0.684, 0.722, 2.128, 5.898 max_d=5.898 avg_d=0.722 std_dev=1.406
C2 A 0, -1.114, 0.431, 1.975, 6.239 max_d=6.239 avg_d=0.431 std_dev=1.544
C5 B 0, -0.923, 0.782, 2.488, 7.059 max_d=7.059 avg_d=0.782 std_dev=1.706
C5 A 0, -1.274, 0.497, 2.269, 7.169 max_d=7.169 avg_d=0.497 std_dev=1.771
N3 B 0, -1.147, 0.842, 2.832, 8.199 max_d=8.199 avg_d=0.842 std_dev=1.990
C4 B 0, -1.237, 0.825, 2.886, 8.446 max_d=8.446 avg_d=0.825 std_dev=2.062
N3 A 0, -1.515, 0.593, 2.701, 8.497 max_d=8.497 avg_d=0.593 std_dev=2.108
C4 A 0, -1.540, 0.607, 2.754, 8.669 max_d=8.669 avg_d=0.607 std_dev=2.147
N7 B 0, -1.128, 1.114, 3.357, 9.309 max_d=9.309 avg_d=1.114 std_dev=2.243
N7 A 0, -1.653, 0.660, 2.974, 9.374 max_d=9.374 avg_d=0.660 std_dev=2.314
N9 B 0, -1.564, 1.117, 3.799, 11.012 max_d=11.012 avg_d=1.117 std_dev=2.681
C8 B 0, -1.458, 1.272, 4.002, 11.291 max_d=11.291 avg_d=1.272 std_dev=2.730
N9 A 0, -2.006, 0.781, 3.569, 11.223 max_d=11.223 avg_d=0.781 std_dev=2.787
C8 A 0, -2.023, 0.805, 3.633, 11.399 max_d=11.399 avg_d=0.805 std_dev=2.828
C1' B 0, -1.967, 1.316, 4.598, 13.436 max_d=13.436 avg_d=1.316 std_dev=3.282
C1' A 0, -2.469, 0.943, 4.354, 13.664 max_d=13.664 avg_d=0.943 std_dev=3.412
C2' B 0, -1.992, 1.559, 5.110, 14.756 max_d=14.756 avg_d=1.559 std_dev=3.551
C2' A 0, -1.949, 1.621, 5.191, 14.881 max_d=14.881 avg_d=1.621 std_dev=3.570
O4' B 0, -2.050, 1.620, 5.290, 15.306 max_d=15.306 avg_d=1.620 std_dev=3.670
O4' A 0, -2.042, 1.643, 5.327, 15.356 max_d=15.356 avg_d=1.643 std_dev=3.684
O2' B 0, -2.114, 1.593, 5.299, 15.558 max_d=15.558 avg_d=1.593 std_dev=3.706
O2' A 0, -1.740, 2.073, 5.886, 16.685 max_d=16.685 avg_d=2.073 std_dev=3.813
C3' A 0, -1.780, 2.143, 6.065, 16.703 max_d=16.703 avg_d=2.143 std_dev=3.922
C3' B 0, -2.153, 1.912, 5.977, 16.844 max_d=16.844 avg_d=1.912 std_dev=4.065
C4' A 0, -1.865, 2.240, 6.345, 17.495 max_d=17.495 avg_d=2.240 std_dev=4.105
O3' A 0, -1.588, 2.607, 6.803, 17.794 max_d=17.794 avg_d=2.607 std_dev=4.195
C4' B 0, -2.272, 1.939, 6.151, 17.450 max_d=17.450 avg_d=1.939 std_dev=4.212
O3' B 0, -2.174, 2.145, 6.464, 18.024 max_d=18.024 avg_d=2.145 std_dev=4.319
C5' A 0, -1.626, 2.698, 7.022, 18.854 max_d=18.854 avg_d=2.698 std_dev=4.324
C5' B 0, -2.216, 2.257, 6.731, 18.944 max_d=18.944 avg_d=2.257 std_dev=4.474
O5' A 0, -0.990, 3.753, 8.497, 19.892 max_d=19.892 avg_d=3.753 std_dev=4.744
O5' B 0, -2.458, 2.296, 7.050, 20.196 max_d=20.196 avg_d=2.296 std_dev=4.754
P A 0, -0.717, 4.521, 9.759, 21.687 max_d=21.687 avg_d=4.521 std_dev=5.238
P B 0, -2.493, 2.761, 8.015, 22.281 max_d=22.281 avg_d=2.761 std_dev=5.254
OP2 B 0, -1.609, 3.773, 9.156, 23.252 max_d=23.252 avg_d=3.773 std_dev=5.382
OP1 B 0, -3.234, 2.247, 7.727, 22.739 max_d=22.739 avg_d=2.247 std_dev=5.481
OP2 A 0, -0.649, 4.856, 10.361, 22.810 max_d=22.810 avg_d=4.856 std_dev=5.505
OP1 A 0, -0.629, 5.037, 10.702, 23.108 max_d=23.108 avg_d=5.037 std_dev=5.666

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.42 0.00 0.25 0.11 0.41 0.20
C2 0.03 0.00 0.43 0.40 0.01 0.27 0.01 0.52 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.27 0.28 0.60 0.61 0.93 0.72
C2' 0.00 0.43 0.00 0.00 0.23 0.01 0.13 0.23 0.22 0.18 0.35 0.42 0.17 0.09 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.19 0.30 0.09
C3' 0.02 0.40 0.00 0.00 0.36 0.00 0.48 0.02 0.51 0.42 0.47 0.33 0.57 0.50 0.29 0.01 0.01 0.01 0.32 0.42 0.16 0.35
C4 0.02 0.01 0.23 0.36 0.00 0.15 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.16 0.15 0.32 0.27 0.56 0.35
C4' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.15 0.00 0.23 0.01 0.23 0.37 0.22 0.26 0.28 0.36 0.16 0.32 0.04 0.00 0.02 0.17 0.24 0.02
C5 0.01 0.01 0.13 0.48 0.00 0.23 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.08 0.06 0.20 0.33 0.52 0.29
C5' 0.04 0.52 0.23 0.02 0.28 0.01 0.37 0.00 0.41 0.50 0.46 0.47 0.48 0.51 0.20 0.08 0.20 0.01 0.01 0.38 0.41 0.01
C6 0.01 0.01 0.22 0.51 0.01 0.23 0.01 0.41 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.08 0.12 0.30 0.40 0.66 0.44
C8 0.01 0.01 0.18 0.42 0.01 0.37 0.01 0.50 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.47 0.15 0.20 0.20 0.51 0.42 0.25
N1 0.02 0.00 0.35 0.47 0.01 0.22 0.01 0.46 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.12 0.22 0.48 0.52 0.84 0.62
N3 0.03 0.00 0.42 0.33 0.00 0.26 0.01 0.47 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.35 0.29 0.56 0.53 0.81 0.63
N6 0.02 0.01 0.17 0.57 0.01 0.28 0.01 0.48 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.41 0.18 0.08 0.25 0.47 0.66 0.44
N7 0.01 0.01 0.09 0.50 0.01 0.36 0.00 0.51 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.50 0.20 0.12 0.17 0.54 0.46 0.29
N9 0.00 0.01 0.03 0.29 0.00 0.16 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.26 0.14 0.02 0.18 0.18 0.39 0.13
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.19 0.32 0.36 0.08 0.33 0.47 0.19 0.10 0.41 0.50 0.26 0.00 0.06 0.26 0.37 0.42 0.16 0.28
O3' 0.42 0.27 0.05 0.01 0.16 0.04 0.08 0.20 0.08 0.15 0.12 0.35 0.18 0.20 0.14 0.06 0.00 0.27 0.73 0.69 0.81 0.84
O4' 0.00 0.28 0.02 0.01 0.15 0.00 0.06 0.01 0.12 0.20 0.22 0.29 0.08 0.12 0.02 0.26 0.27 0.00 0.39 0.15 0.49 0.32
O5' 0.25 0.60 0.07 0.32 0.32 0.02 0.20 0.01 0.30 0.20 0.48 0.56 0.25 0.17 0.18 0.37 0.73 0.39 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.61 0.19 0.42 0.27 0.17 0.33 0.38 0.40 0.51 0.52 0.53 0.47 0.54 0.18 0.42 0.69 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.93 0.30 0.16 0.56 0.24 0.52 0.41 0.66 0.42 0.84 0.81 0.66 0.46 0.39 0.16 0.81 0.49 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.72 0.09 0.35 0.35 0.02 0.29 0.01 0.44 0.25 0.62 0.63 0.44 0.29 0.13 0.28 0.84 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.13 0.31 0.39 0.09 0.15 0.09 0.22 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11 0.11 0.09 0.22 0.35 0.16 0.66 0.55 1.68 0.79
C2 0.11 0.14 0.22 0.35 0.10 0.14 0.10 0.20 0.10 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.10 0.18 0.28 0.14 0.69 0.59 1.69 0.81
C2' 0.45 0.34 0.66 0.80 0.42 0.58 0.47 0.65 0.44 0.51 0.36 0.36 0.50 0.53 0.46 0.54 0.81 0.45 0.30 0.91 1.22 0.37
C3' 0.79 0.73 1.03 1.11 0.72 0.88 0.66 0.87 0.63 0.69 0.67 0.76 0.57 0.65 0.73 1.02 1.19 0.73 0.29 0.94 1.18 0.33
C4 0.10 0.13 0.29 0.37 0.10 0.14 0.09 0.21 0.09 0.10 0.10 0.12 0.12 0.11 0.09 0.21 0.31 0.16 0.64 0.54 1.60 0.76
C4' 0.41 0.40 0.62 0.65 0.36 0.45 0.33 0.47 0.30 0.36 0.33 0.41 0.31 0.35 0.37 0.68 0.75 0.39 0.53 0.49 1.64 0.70
C5 0.10 0.13 0.32 0.35 0.10 0.14 0.09 0.22 0.09 0.09 0.10 0.12 0.12 0.10 0.09 0.24 0.29 0.18 0.60 0.49 1.47 0.71
C5' 0.72 0.67 0.94 0.93 0.65 0.76 0.62 0.78 0.58 0.67 0.59 0.69 0.59 0.66 0.67 1.05 1.08 0.68 0.51 0.68 1.48 0.63
C6 0.10 0.13 0.29 0.32 0.09 0.13 0.09 0.21 0.09 0.09 0.10 0.12 0.13 0.10 0.09 0.21 0.26 0.17 0.61 0.48 1.45 0.71
C8 0.12 0.13 0.36 0.37 0.10 0.15 0.09 0.24 0.10 0.10 0.11 0.13 0.12 0.10 0.10 0.29 0.34 0.19 0.58 0.48 1.46 0.70
N1 0.10 0.13 0.24 0.32 0.10 0.12 0.09 0.20 0.09 0.10 0.12 0.12 0.12 0.11 0.09 0.17 0.25 0.15 0.65 0.54 1.57 0.76
N3 0.11 0.13 0.25 0.37 0.10 0.15 0.10 0.21 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.10 0.19 0.31 0.14 0.68 0.59 1.70 0.81
N6 0.10 0.13 0.31 0.29 0.10 0.14 0.10 0.24 0.11 0.10 0.11 0.12 0.14 0.11 0.10 0.26 0.24 0.20 0.56 0.43 1.30 0.66
N7 0.12 0.13 0.36 0.35 0.10 0.15 0.10 0.25 0.10 0.10 0.11 0.13 0.13 0.10 0.10 0.30 0.32 0.20 0.56 0.45 1.38 0.67
N9 0.11 0.13 0.32 0.38 0.10 0.15 0.09 0.23 0.09 0.10 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.24 0.34 0.17 0.62 0.52 1.58 0.75
O2' 0.27 0.45 0.40 0.47 0.27 0.18 0.16 0.18 0.18 0.11 0.34 0.41 0.10 0.10 0.22 0.33 0.36 0.21 0.81 0.64 1.75 0.85
O3' 0.38 0.37 0.68 0.79 0.29 0.48 0.20 0.44 0.17 0.22 0.25 0.38 0.16 0.19 0.29 0.66 0.87 0.30 0.59 0.61 1.76 0.77
O4' 0.18 0.13 0.23 0.25 0.17 0.19 0.23 0.30 0.21 0.27 0.14 0.14 0.29 0.29 0.20 0.32 0.32 0.30 0.82 0.35 1.89 0.99
O5' 0.57 0.45 0.76 0.73 0.51 0.61 0.57 0.69 0.53 0.64 0.42 0.49 0.64 0.68 0.56 0.94 0.97 0.61 0.80 0.46 1.90 1.00
OP1 0.89 0.81 1.20 1.12 0.78 0.87 0.75 0.85 0.68 0.86 0.67 0.84 0.74 0.86 0.82 1.44 1.38 0.78 0.84 0.71 1.86 1.06
OP2 1.21 0.98 1.43 1.41 1.10 1.32 1.13 1.40 1.04 1.24 0.93 1.06 1.11 1.24 1.18 1.63 1.68 1.24 1.12 1.10 1.87 1.19
P 0.95 0.80 1.24 1.20 0.85 1.01 0.85 1.04 0.78 0.94 0.72 0.86 0.84 0.95 0.90 1.44 1.47 0.91 0.83 0.80 1.73 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.18 0.00 0.25 0.28 0.43 0.23
C2 0.03 0.00 0.27 0.19 0.01 0.14 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.12 0.25 0.49 0.35 1.03 0.52
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.15 0.01 0.08 0.14 0.14 0.14 0.22 0.26 0.11 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.39 0.36 0.69 0.42
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.18 0.00 0.22 0.02 0.24 0.18 0.23 0.16 0.27 0.22 0.14 0.02 0.01 0.02 0.44 0.34 0.62 0.37
C4 0.01 0.01 0.15 0.18 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.13 0.51 0.38 1.01 0.53
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.16 0.09 0.14 0.07 0.14 0.05 0.19 0.02 0.00 0.01 0.16 0.13 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.22 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.10 0.05 0.64 0.49 1.32 0.70
C5' 0.07 0.24 0.14 0.02 0.15 0.01 0.14 0.00 0.15 0.19 0.20 0.22 0.15 0.19 0.10 0.07 0.13 0.01 0.01 0.16 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.24 0.01 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.11 0.66 0.50 1.42 0.73
C8 0.01 0.02 0.14 0.18 0.01 0.16 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.09 0.15 0.67 0.53 1.18 0.68
N1 0.02 0.00 0.22 0.23 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.19 0.58 0.42 1.27 0.64
N3 0.02 0.00 0.26 0.16 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.12 0.25 0.42 0.33 0.86 0.44
N6 0.02 0.01 0.11 0.27 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.17 0.07 0.73 0.57 1.62 0.83
N7 0.01 0.01 0.08 0.22 0.00 0.14 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.13 0.08 0.73 0.60 1.46 0.80
N9 0.00 0.02 0.02 0.14 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.05 0.01 0.48 0.38 0.85 0.47
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.06 0.19 0.14 0.07 0.10 0.32 0.12 0.22 0.15 0.29 0.12 0.00 0.05 0.13 0.16 0.32 0.42 0.24
O3' 0.18 0.12 0.03 0.01 0.07 0.02 0.10 0.13 0.13 0.09 0.12 0.12 0.17 0.13 0.05 0.05 0.00 0.14 0.34 0.42 0.46 0.26
O4' 0.00 0.25 0.01 0.02 0.13 0.00 0.05 0.01 0.11 0.15 0.19 0.25 0.07 0.08 0.01 0.13 0.14 0.00 0.18 0.37 0.17 0.17
O5' 0.25 0.49 0.39 0.44 0.51 0.01 0.64 0.01 0.66 0.67 0.58 0.42 0.73 0.73 0.48 0.16 0.34 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.35 0.36 0.34 0.38 0.16 0.49 0.16 0.50 0.53 0.42 0.33 0.57 0.60 0.38 0.32 0.42 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 1.03 0.69 0.62 1.01 0.13 1.32 0.18 1.42 1.18 1.27 0.86 1.62 1.46 0.85 0.42 0.46 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.52 0.42 0.37 0.53 0.05 0.70 0.01 0.73 0.68 0.64 0.44 0.83 0.80 0.47 0.24 0.26 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00