ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48892

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 17, 11, 4, 3, 4, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, -0.230, 0.281, 0.791, 3.591 max_d=3.591 avg_d=0.281 std_dev=0.510
N6 A 0, -0.422, 0.116, 0.654, 3.759 max_d=3.759 avg_d=0.116 std_dev=0.538
N1 A 0, -0.466, 0.098, 0.661, 3.918 max_d=3.918 avg_d=0.098 std_dev=0.563
N6 B 0, -0.264, 0.331, 0.927, 3.808 max_d=3.808 avg_d=0.331 std_dev=0.596
C6 B 0, -0.307, 0.313, 0.932, 4.287 max_d=4.287 avg_d=0.313 std_dev=0.620
C6 A 0, -0.531, 0.104, 0.739, 4.411 max_d=4.411 avg_d=0.104 std_dev=0.635
C2 B 0, -0.506, 0.358, 1.222, 6.080 max_d=6.080 avg_d=0.358 std_dev=0.864
C2 A 0, -0.783, 0.150, 1.083, 6.477 max_d=6.477 avg_d=0.150 std_dev=0.933
C5 B 0, -0.597, 0.404, 1.405, 6.994 max_d=6.994 avg_d=0.404 std_dev=1.001
C5 A 0, -0.862, 0.169, 1.200, 7.160 max_d=7.160 avg_d=0.169 std_dev=1.031
N3 B 0, -0.760, 0.426, 1.612, 8.379 max_d=8.379 avg_d=0.426 std_dev=1.186
C4 B 0, -0.768, 0.435, 1.638, 8.515 max_d=8.515 avg_d=0.435 std_dev=1.203
N3 A 0, -1.050, 0.202, 1.454, 8.693 max_d=8.693 avg_d=0.202 std_dev=1.252
C4 A 0, -1.056, 0.204, 1.464, 8.750 max_d=8.750 avg_d=0.204 std_dev=1.260
N7 B 0, -0.798, 0.516, 1.830, 9.033 max_d=9.033 avg_d=0.516 std_dev=1.314
N7 A 0, -1.087, 0.233, 1.553, 9.185 max_d=9.185 avg_d=0.233 std_dev=1.320
N9 B 0, -1.007, 0.551, 2.110, 10.990 max_d=10.990 avg_d=0.551 std_dev=1.558
C8 B 0, -0.995, 0.592, 2.178, 11.062 max_d=11.062 avg_d=0.592 std_dev=1.586
N9 A 0, -1.352, 0.263, 1.877, 11.210 max_d=11.210 avg_d=0.263 std_dev=1.614
C8 A 0, -1.335, 0.283, 1.901, 11.254 max_d=11.254 avg_d=0.283 std_dev=1.618
C1' B 0, -1.273, 0.637, 2.547, 13.460 max_d=13.460 avg_d=0.637 std_dev=1.910
C1' A 0, -1.672, 0.308, 2.288, 13.738 max_d=13.738 avg_d=0.308 std_dev=1.980
O4' B 0, -1.269, 0.840, 2.950, 14.415 max_d=14.415 avg_d=0.840 std_dev=2.109
C2' A 0, -1.744, 0.419, 2.582, 15.077 max_d=15.077 avg_d=0.419 std_dev=2.163
O4' A 0, -1.828, 0.398, 2.625, 15.490 max_d=15.490 avg_d=0.398 std_dev=2.226
C2' B 0, -1.325, 0.933, 3.191, 15.368 max_d=15.368 avg_d=0.933 std_dev=2.258
O2' A 0, -1.903, 0.508, 2.918, 16.826 max_d=16.826 avg_d=0.508 std_dev=2.410
C3' A 0, -1.927, 0.497, 2.920, 16.914 max_d=16.914 avg_d=0.497 std_dev=2.424
OP2 A 0, -1.695, 0.823, 3.342, 17.475 max_d=17.475 avg_d=0.823 std_dev=2.519
O2' B 0, -1.404, 1.118, 3.640, 17.005 max_d=17.005 avg_d=1.118 std_dev=2.522
O5' A 0, -1.921, 0.610, 3.141, 17.664 max_d=17.664 avg_d=0.610 std_dev=2.531
C4' B 0, -1.474, 1.063, 3.599, 16.838 max_d=16.838 avg_d=1.063 std_dev=2.536
C4' A 0, -2.063, 0.497, 3.057, 17.837 max_d=17.837 avg_d=0.497 std_dev=2.560
C3' B 0, -1.416, 1.211, 3.838, 16.940 max_d=16.940 avg_d=1.211 std_dev=2.627
P A 0, -1.918, 0.794, 3.505, 18.789 max_d=18.789 avg_d=0.794 std_dev=2.712
O3' A 0, -2.127, 0.595, 3.317, 19.023 max_d=19.023 avg_d=0.595 std_dev=2.722
C5' A 0, -2.121, 0.616, 3.354, 19.115 max_d=19.115 avg_d=0.616 std_dev=2.737
O5' B 0, -1.368, 1.536, 4.441, 16.080 max_d=16.080 avg_d=1.536 std_dev=2.904
C5' B 0, -1.505, 1.403, 4.312, 17.458 max_d=17.458 avg_d=1.403 std_dev=2.908
O3' B 0, -1.638, 1.502, 4.642, 19.535 max_d=19.535 avg_d=1.502 std_dev=3.140
OP1 A 0, -2.156, 0.994, 4.145, 21.700 max_d=21.700 avg_d=0.994 std_dev=3.150
P B 0, -1.612, 2.002, 5.616, 16.313 max_d=16.313 avg_d=2.002 std_dev=3.614
OP2 B 0, -1.659, 2.243, 6.145, 16.508 max_d=16.508 avg_d=2.243 std_dev=3.902
OP1 B 0, -1.872, 2.281, 6.434, 18.046 max_d=18.046 avg_d=2.281 std_dev=4.153

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.12 0.12 0.07
C2 0.04 0.00 0.10 0.11 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.14 0.04 0.15 0.35 0.17 0.16
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.05 0.09 0.10 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.19 0.09 0.07
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.08 0.06 0.10 0.10 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.23 0.11 0.12
C4 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.16 0.30 0.18 0.15
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.12 0.09 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.20 0.38 0.24 0.20
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.11 0.10 0.07 0.14 0.13 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.14 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.21 0.43 0.25 0.22
C8 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.19 0.28 0.24 0.18
N1 0.03 0.01 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.13 0.03 0.19 0.41 0.22 0.20
N3 0.04 0.00 0.10 0.10 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.12 0.04 0.13 0.29 0.15 0.13
N6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.09 0.10 0.03 0.24 0.49 0.30 0.26
N7 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.22 0.38 0.29 0.22
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.22 0.17 0.12
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.09 0.03 0.11 0.11 0.09 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.20 0.08 0.08
O3' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.08 0.01 0.08 0.04 0.10 0.07 0.13 0.12 0.10 0.07 0.04 0.03 0.00 0.01 0.11 0.34 0.20 0.22
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.08 0.15 0.11
O5' 0.07 0.15 0.04 0.06 0.16 0.01 0.20 0.01 0.21 0.19 0.19 0.13 0.24 0.22 0.14 0.05 0.11 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.35 0.19 0.23 0.30 0.12 0.38 0.14 0.43 0.28 0.41 0.29 0.49 0.38 0.22 0.20 0.34 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.17 0.09 0.11 0.18 0.09 0.24 0.13 0.25 0.24 0.22 0.15 0.30 0.29 0.17 0.08 0.20 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.16 0.07 0.12 0.15 0.04 0.20 0.02 0.22 0.18 0.20 0.13 0.26 0.22 0.12 0.08 0.22 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.15 0.15 0.37 0.14 0.45 0.16 0.74 0.16 0.19 0.14 0.14 0.20 0.21 0.15 0.39 0.21 0.41 1.11 1.93 1.84 1.81
C2 0.16 0.19 0.17 0.30 0.16 0.32 0.16 0.49 0.16 0.16 0.18 0.17 0.18 0.16 0.15 0.42 0.21 0.32 0.79 1.39 1.28 1.33
C2' 0.13 0.14 0.22 0.31 0.13 0.36 0.16 0.62 0.15 0.18 0.14 0.13 0.19 0.19 0.14 0.47 0.25 0.36 0.97 1.76 1.64 1.64
C3' 0.14 0.18 0.27 0.33 0.14 0.38 0.15 0.69 0.15 0.16 0.16 0.17 0.18 0.17 0.14 0.48 0.28 0.38 1.06 1.94 1.79 1.78
C4 0.14 0.16 0.17 0.33 0.13 0.42 0.15 0.69 0.14 0.16 0.15 0.15 0.18 0.17 0.14 0.39 0.19 0.40 1.05 1.84 1.70 1.72
C4' 0.13 0.17 0.19 0.37 0.13 0.46 0.14 0.79 0.14 0.17 0.14 0.15 0.18 0.19 0.13 0.42 0.21 0.42 1.19 2.10 1.98 1.94
C5 0.14 0.16 0.19 0.32 0.12 0.45 0.13 0.77 0.13 0.14 0.13 0.15 0.17 0.16 0.13 0.39 0.19 0.44 1.15 2.02 1.82 1.86
C5' 0.19 0.24 0.27 0.42 0.18 0.52 0.16 0.89 0.16 0.18 0.20 0.23 0.18 0.18 0.17 0.44 0.26 0.47 1.31 2.31 2.18 2.12
C6 0.13 0.16 0.20 0.29 0.12 0.41 0.12 0.70 0.12 0.13 0.13 0.15 0.16 0.14 0.12 0.39 0.19 0.42 1.06 1.86 1.64 1.72
C8 0.14 0.16 0.20 0.37 0.13 0.51 0.14 0.88 0.13 0.16 0.13 0.15 0.18 0.18 0.14 0.40 0.20 0.48 1.29 2.26 2.08 2.07
N1 0.14 0.18 0.18 0.28 0.14 0.33 0.13 0.54 0.14 0.13 0.17 0.16 0.15 0.13 0.13 0.41 0.21 0.35 0.85 1.52 1.34 1.42
N3 0.16 0.18 0.16 0.32 0.15 0.36 0.16 0.56 0.17 0.17 0.17 0.16 0.19 0.18 0.15 0.40 0.21 0.35 0.88 1.55 1.45 1.47
N6 0.14 0.15 0.23 0.28 0.12 0.45 0.12 0.78 0.12 0.12 0.12 0.15 0.17 0.13 0.12 0.40 0.21 0.47 1.14 2.02 1.72 1.84
N7 0.15 0.16 0.22 0.35 0.13 0.51 0.13 0.89 0.13 0.15 0.13 0.15 0.18 0.17 0.13 0.41 0.20 0.49 1.30 2.29 2.06 2.09
N9 0.14 0.16 0.17 0.36 0.13 0.46 0.15 0.77 0.14 0.17 0.14 0.14 0.19 0.19 0.14 0.39 0.20 0.43 1.15 2.01 1.88 1.87
O2' 0.16 0.13 0.20 0.30 0.15 0.35 0.19 0.58 0.17 0.22 0.14 0.13 0.22 0.24 0.17 0.49 0.24 0.35 0.90 1.61 1.53 1.52
O3' 0.15 0.19 0.32 0.34 0.16 0.34 0.16 0.62 0.16 0.17 0.17 0.18 0.19 0.19 0.16 0.54 0.36 0.35 0.98 1.83 1.68 1.68
O4' 0.16 0.16 0.15 0.41 0.14 0.51 0.17 0.84 0.16 0.20 0.14 0.15 0.20 0.22 0.15 0.36 0.23 0.45 1.24 2.14 2.05 1.99
O5' 0.31 0.34 0.38 0.52 0.29 0.61 0.26 1.01 0.25 0.26 0.29 0.34 0.24 0.25 0.28 0.49 0.36 0.57 1.43 2.49 2.33 2.27
OP1 0.54 0.60 0.67 0.65 0.52 0.66 0.45 1.04 0.44 0.45 0.52 0.60 0.37 0.41 0.50 0.80 0.58 0.63 1.49 2.61 2.46 2.37
OP2 0.45 0.39 0.44 0.61 0.39 0.83 0.38 1.28 0.36 0.41 0.35 0.40 0.37 0.41 0.41 0.54 0.44 0.80 1.69 2.89 2.63 2.59
P 0.37 0.37 0.42 0.56 0.33 0.70 0.29 1.14 0.28 0.31 0.31 0.38 0.26 0.30 0.33 0.53 0.37 0.65 1.59 2.73 2.55 2.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.09 0.20 0.26 0.12
C2 0.04 0.00 0.28 0.14 0.01 0.24 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.34 0.37 0.71 1.34 0.94 1.18
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.15 0.02 0.08 0.11 0.14 0.15 0.22 0.28 0.11 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.29 0.30 0.63 0.34
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.14 0.00 0.20 0.04 0.20 0.26 0.16 0.13 0.23 0.26 0.14 0.02 0.01 0.01 0.16 0.30 0.44 0.23
C4 0.02 0.01 0.15 0.14 0.00 0.14 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.16 0.20 0.43 0.77 0.55 0.71
C4' 0.01 0.24 0.02 0.00 0.14 0.00 0.13 0.01 0.17 0.13 0.22 0.22 0.17 0.12 0.06 0.22 0.02 0.00 0.02 0.10 0.17 0.08
C5 0.02 0.01 0.08 0.20 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.10 0.11 0.42 0.72 0.65 0.72
C5' 0.04 0.46 0.11 0.04 0.23 0.01 0.20 0.00 0.30 0.25 0.42 0.39 0.28 0.19 0.08 0.13 0.11 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.20 0.01 0.17 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.14 0.19 0.58 1.02 0.89 0.99
C8 0.01 0.01 0.15 0.26 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.22 0.18 0.24 0.25 0.46 0.30
N1 0.03 0.00 0.22 0.16 0.01 0.22 0.01 0.42 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.24 0.31 0.71 1.30 1.03 1.20
N3 0.04 0.00 0.28 0.13 0.00 0.22 0.01 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.34 0.36 0.60 1.11 0.71 0.96
N6 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.17 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.13 0.15 0.56 0.98 0.96 0.99
N7 0.01 0.01 0.08 0.26 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.20 0.08 0.26 0.38 0.54 0.44
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.07 0.01 0.19 0.34 0.31 0.32
O2' 0.02 0.41 0.00 0.02 0.27 0.22 0.28 0.13 0.34 0.21 0.39 0.37 0.34 0.25 0.15 0.00 0.04 0.16 0.17 0.23 0.65 0.29
O3' 0.16 0.34 0.02 0.01 0.16 0.02 0.10 0.11 0.14 0.22 0.24 0.34 0.13 0.20 0.07 0.04 0.00 0.11 0.14 0.38 0.34 0.22
O4' 0.00 0.37 0.01 0.01 0.20 0.00 0.11 0.01 0.19 0.18 0.31 0.36 0.15 0.08 0.01 0.16 0.11 0.00 0.09 0.31 0.13 0.20
O5' 0.09 0.71 0.29 0.16 0.43 0.02 0.42 0.01 0.58 0.24 0.71 0.60 0.56 0.26 0.19 0.17 0.14 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.20 1.34 0.30 0.30 0.77 0.10 0.72 0.07 1.02 0.25 1.30 1.11 0.98 0.38 0.34 0.23 0.38 0.31 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.94 0.63 0.44 0.55 0.17 0.65 0.09 0.89 0.46 1.03 0.71 0.96 0.54 0.31 0.65 0.34 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 1.18 0.34 0.23 0.71 0.08 0.72 0.02 0.99 0.30 1.20 0.96 0.99 0.44 0.32 0.29 0.22 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00