ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48896

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 5, 2, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N6 B 0, 0.573, 2.066, 3.559, 3.474 max_d=3.474 avg_d=2.066 std_dev=1.493
N1 B 0, 0.635, 2.185, 3.736, 3.608 max_d=3.608 avg_d=2.185 std_dev=1.550
N6 A 0, 0.186, 1.980, 3.775, 3.799 max_d=3.799 avg_d=1.980 std_dev=1.794
C6 B 0, 0.550, 2.371, 4.191, 4.059 max_d=4.059 avg_d=2.371 std_dev=1.820
N1 A 0, 0.166, 1.995, 3.824, 3.946 max_d=3.946 avg_d=1.995 std_dev=1.829
C6 A 0, 0.183, 2.283, 4.383, 4.436 max_d=4.436 avg_d=2.283 std_dev=2.100
C2 B 0, 0.835, 3.617, 6.399, 6.180 max_d=6.180 avg_d=3.617 std_dev=2.782
C2 A 0, 0.269, 3.361, 6.454, 6.497 max_d=6.497 avg_d=3.361 std_dev=3.092
C5 B 0, 0.646, 3.873, 7.100, 6.860 max_d=6.860 avg_d=3.873 std_dev=3.227
C5 A 0, 0.302, 3.795, 7.287, 7.215 max_d=7.215 avg_d=3.795 std_dev=3.492
N3 B 0, 0.872, 4.768, 8.663, 8.371 max_d=8.371 avg_d=4.768 std_dev=3.895
C4 B 0, 0.716, 4.728, 8.739, 8.442 max_d=8.442 avg_d=4.728 std_dev=4.011
N3 A 0, 0.364, 4.556, 8.747, 8.747 max_d=8.747 avg_d=4.556 std_dev=4.192
N7 B 0, 0.826, 5.057, 9.288, 8.967 max_d=8.967 avg_d=5.057 std_dev=4.231
C4 A 0, 0.371, 4.622, 8.874, 8.832 max_d=8.832 avg_d=4.622 std_dev=4.252
N7 A 0, 0.404, 4.951, 9.498, 9.290 max_d=9.290 avg_d=4.951 std_dev=4.547
N9 B 0, 0.785, 6.065, 11.345, 10.959 max_d=10.959 avg_d=6.065 std_dev=5.280
C8 B 0, 0.878, 6.168, 11.459, 11.064 max_d=11.064 avg_d=6.168 std_dev=5.290
N9 A 0, 0.482, 5.987, 11.492, 11.326 max_d=11.326 avg_d=5.987 std_dev=5.505
C8 A 0, 0.499, 6.069, 11.640, 11.355 max_d=11.355 avg_d=6.069 std_dev=5.570
C1' B 0, 0.888, 7.431, 13.973, 13.495 max_d=13.495 avg_d=7.431 std_dev=6.543
C1' A 0, 0.566, 7.329, 14.092, 13.892 max_d=13.892 avg_d=7.329 std_dev=6.763
O4' B 0, 1.220, 8.188, 15.156, 14.952 max_d=14.952 avg_d=8.188 std_dev=6.968
O2' B 0, 1.812, 8.958, 16.104, 16.067 max_d=16.067 avg_d=8.958 std_dev=7.146
C2' A 0, 0.763, 7.944, 15.125, 15.170 max_d=15.170 avg_d=7.944 std_dev=7.181
C2' B 0, 1.288, 8.660, 16.031, 15.649 max_d=15.649 avg_d=8.660 std_dev=7.372
O4' A 0, 0.755, 8.472, 16.189, 15.927 max_d=15.927 avg_d=8.472 std_dev=7.717
O2' A 0, 0.925, 8.857, 16.788, 16.408 max_d=16.408 avg_d=8.857 std_dev=7.932
C3' A 0, 1.005, 8.963, 16.921, 17.461 max_d=17.461 avg_d=8.963 std_dev=7.958
C4' B 0, 1.444, 9.744, 18.043, 17.468 max_d=17.468 avg_d=9.744 std_dev=8.300
O5' B 0, 1.899, 10.307, 18.715, 18.299 max_d=18.299 avg_d=10.307 std_dev=8.408
C3' B 0, 1.486, 10.007, 18.527, 18.161 max_d=18.161 avg_d=10.007 std_dev=8.521
O5' A 0, 1.117, 9.658, 18.199, 18.412 max_d=18.412 avg_d=9.658 std_dev=8.541
C4' A 0, 0.969, 9.629, 18.290, 17.880 max_d=17.880 avg_d=9.629 std_dev=8.661
OP1 A 0, 1.584, 10.274, 18.963, 18.932 max_d=18.932 avg_d=10.274 std_dev=8.689
O3' A 0, 1.321, 10.058, 18.794, 18.895 max_d=18.895 avg_d=10.058 std_dev=8.737
C5' B 0, 1.817, 10.566, 19.315, 18.718 max_d=18.718 avg_d=10.566 std_dev=8.749
O3' B 0, 1.711, 10.625, 19.539, 19.025 max_d=19.025 avg_d=10.625 std_dev=8.914
P A 0, 1.134, 10.076, 19.017, 18.898 max_d=18.898 avg_d=10.076 std_dev=8.942
OP2 B 0, 2.945, 11.937, 20.929, 20.975 max_d=20.975 avg_d=11.937 std_dev=8.992
C5' A 0, 1.181, 10.465, 19.749, 19.320 max_d=19.320 avg_d=10.465 std_dev=9.284
P B 0, 2.470, 11.814, 21.158, 20.840 max_d=20.840 avg_d=11.814 std_dev=9.344
OP2 A 0, 1.676, 11.477, 21.279, 21.740 max_d=21.740 avg_d=11.477 std_dev=9.802
OP1 B 0, 2.378, 12.866, 23.354, 22.979 max_d=22.979 avg_d=12.866 std_dev=10.488

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.01 0.09 0.38 0.13 0.17
C2 0.02 0.00 0.25 0.26 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.17 0.10 0.18 0.55 0.22 0.11
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.13 0.01 0.08 0.12 0.12 0.13 0.19 0.25 0.10 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.24 0.39 0.22 0.28
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.22 0.00 0.26 0.02 0.29 0.22 0.28 0.22 0.31 0.26 0.17 0.02 0.01 0.02 0.03 0.13 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.13 0.22 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.12 0.05 0.15 0.50 0.16 0.12
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.13 0.08 0.06 0.11 0.13 0.07 0.18 0.02 0.01 0.02 0.24 0.19 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.26 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.18 0.03 0.21 0.57 0.26 0.16
C5' 0.04 0.09 0.12 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.16 0.10 0.07 0.14 0.17 0.08 0.07 0.14 0.02 0.01 0.29 0.24 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.29 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.20 0.05 0.23 0.62 0.33 0.16
C8 0.02 0.01 0.13 0.22 0.01 0.13 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.25 0.19 0.08 0.21 0.51 0.16 0.23
N1 0.01 0.00 0.19 0.28 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.18 0.08 0.21 0.60 0.30 0.13
N3 0.03 0.00 0.25 0.22 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.16 0.10 0.14 0.48 0.14 0.10
N6 0.02 0.00 0.10 0.31 0.01 0.11 0.02 0.14 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.21 0.24 0.05 0.26 0.66 0.41 0.20
N7 0.01 0.01 0.09 0.26 0.00 0.13 0.00 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.26 0.23 0.06 0.25 0.57 0.28 0.23
N9 0.00 0.01 0.03 0.17 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.13 0.11 0.01 0.12 0.44 0.08 0.15
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.10 0.18 0.18 0.07 0.17 0.25 0.11 0.11 0.21 0.26 0.13 0.00 0.04 0.13 0.19 0.32 0.19 0.25
O3' 0.20 0.17 0.02 0.01 0.12 0.02 0.18 0.14 0.20 0.19 0.18 0.16 0.24 0.23 0.11 0.04 0.00 0.14 0.19 0.14 0.26 0.20
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.08 0.10 0.05 0.06 0.01 0.13 0.14 0.00 0.12 0.42 0.24 0.21
O5' 0.09 0.18 0.24 0.03 0.15 0.02 0.21 0.01 0.23 0.21 0.21 0.14 0.26 0.25 0.12 0.19 0.19 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.38 0.55 0.39 0.13 0.50 0.24 0.57 0.29 0.62 0.51 0.60 0.48 0.66 0.57 0.44 0.32 0.14 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.22 0.22 0.06 0.16 0.19 0.26 0.24 0.33 0.16 0.30 0.14 0.41 0.28 0.08 0.19 0.26 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.11 0.28 0.04 0.12 0.05 0.16 0.01 0.16 0.23 0.13 0.10 0.20 0.23 0.15 0.25 0.20 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.26 0.25 0.33 0.21 0.21 0.18 0.19 0.19 0.17 0.23 0.24 0.17 0.16 0.20 0.47 0.31 0.27 0.34 0.48 1.38 0.67
C2 0.25 0.25 0.20 0.36 0.23 0.20 0.21 0.20 0.22 0.19 0.25 0.25 0.20 0.19 0.22 0.42 0.23 0.30 0.33 0.45 1.40 0.65
C2' 0.29 0.27 0.19 0.24 0.28 0.20 0.28 0.19 0.28 0.27 0.27 0.28 0.30 0.27 0.27 0.53 0.22 0.36 0.25 0.38 1.21 0.49
C3' 0.37 0.39 0.31 0.25 0.36 0.27 0.35 0.29 0.36 0.34 0.38 0.38 0.37 0.34 0.35 0.67 0.34 0.40 0.31 0.41 1.01 0.45
C4 0.23 0.25 0.24 0.33 0.21 0.20 0.18 0.17 0.19 0.16 0.23 0.24 0.17 0.15 0.19 0.47 0.31 0.27 0.32 0.44 1.28 0.62
C4' 0.22 0.23 0.24 0.29 0.20 0.17 0.18 0.18 0.19 0.17 0.21 0.22 0.19 0.16 0.19 0.51 0.32 0.24 0.31 0.44 1.20 0.57
C5 0.23 0.25 0.26 0.31 0.20 0.20 0.16 0.16 0.17 0.14 0.22 0.24 0.15 0.13 0.18 0.50 0.38 0.26 0.30 0.41 1.11 0.55
C5' 0.22 0.23 0.28 0.30 0.21 0.17 0.19 0.19 0.20 0.18 0.22 0.23 0.20 0.17 0.20 0.54 0.38 0.22 0.32 0.44 1.05 0.54
C6 0.23 0.25 0.25 0.31 0.20 0.20 0.16 0.17 0.17 0.14 0.22 0.24 0.15 0.13 0.19 0.49 0.35 0.26 0.29 0.40 1.08 0.53
C8 0.24 0.26 0.29 0.31 0.21 0.22 0.17 0.17 0.18 0.14 0.23 0.25 0.16 0.13 0.19 0.54 0.44 0.27 0.30 0.42 1.11 0.56
N1 0.24 0.26 0.21 0.34 0.22 0.19 0.19 0.18 0.19 0.17 0.24 0.25 0.16 0.15 0.20 0.44 0.26 0.28 0.31 0.42 1.24 0.58
N3 0.24 0.25 0.21 0.35 0.22 0.20 0.20 0.19 0.21 0.19 0.24 0.25 0.19 0.18 0.21 0.43 0.24 0.29 0.34 0.47 1.42 0.67
N6 0.23 0.25 0.27 0.31 0.20 0.21 0.16 0.18 0.17 0.15 0.21 0.24 0.17 0.14 0.19 0.52 0.43 0.27 0.29 0.38 0.90 0.48
N7 0.24 0.26 0.29 0.31 0.21 0.23 0.16 0.18 0.17 0.15 0.22 0.25 0.16 0.13 0.19 0.55 0.48 0.27 0.29 0.40 1.01 0.53
N9 0.23 0.26 0.26 0.32 0.21 0.21 0.17 0.17 0.19 0.15 0.23 0.24 0.16 0.14 0.19 0.49 0.35 0.26 0.32 0.45 1.26 0.62
O2' 0.27 0.26 0.28 0.45 0.25 0.26 0.24 0.23 0.25 0.23 0.25 0.26 0.25 0.23 0.25 0.45 0.34 0.32 0.38 0.52 1.53 0.70
O3' 0.29 0.30 0.31 0.34 0.29 0.22 0.29 0.32 0.29 0.29 0.29 0.29 0.31 0.29 0.28 0.62 0.36 0.29 0.40 0.56 1.11 0.57
O4' 0.27 0.28 0.34 0.39 0.25 0.27 0.22 0.25 0.23 0.22 0.25 0.27 0.21 0.22 0.24 0.50 0.39 0.26 0.40 0.53 1.36 0.71
O5' 0.38 0.38 0.36 0.28 0.35 0.29 0.33 0.28 0.33 0.32 0.36 0.38 0.33 0.31 0.35 0.71 0.49 0.39 0.32 0.39 0.79 0.42
OP1 0.68 0.67 0.79 0.83 0.66 0.75 0.65 0.74 0.63 0.66 0.65 0.67 0.60 0.64 0.67 0.53 0.49 0.67 0.81 0.84 1.47 0.99
OP2 0.56 0.54 0.59 0.50 0.53 0.46 0.51 0.46 0.50 0.52 0.51 0.55 0.49 0.50 0.54 1.00 0.86 0.52 0.51 0.55 0.53 0.54
P 0.34 0.32 0.33 0.26 0.30 0.28 0.28 0.22 0.28 0.27 0.29 0.32 0.29 0.27 0.30 0.69 0.56 0.36 0.22 0.29 0.68 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.32 0.01 0.14 0.14 0.29 0.17
C2 0.05 0.00 0.23 0.24 0.01 0.13 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.39 0.15 0.14 0.15 0.47 0.24
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.14 0.01 0.11 0.21 0.15 0.11 0.20 0.23 0.14 0.10 0.05 0.00 0.05 0.03 0.45 0.44 0.96 0.67
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.25 0.00 0.36 0.02 0.37 0.37 0.31 0.19 0.43 0.41 0.23 0.03 0.01 0.01 0.06 0.17 0.80 0.31
C4 0.03 0.01 0.14 0.25 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.24 0.08 0.16 0.15 0.44 0.24
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.12 0.23 0.10 0.13 0.16 0.22 0.10 0.27 0.05 0.00 0.03 0.06 0.45 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.22 0.04 0.30 0.30 0.84 0.44
C5' 0.07 0.07 0.21 0.02 0.09 0.01 0.20 0.00 0.18 0.31 0.10 0.07 0.26 0.32 0.13 0.08 0.23 0.02 0.01 0.06 0.30 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.37 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.29 0.25 0.07 0.32 0.35 0.96 0.49
C8 0.01 0.01 0.11 0.37 0.01 0.23 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.28 0.24 0.09 0.33 0.28 0.69 0.39
N1 0.05 0.01 0.20 0.31 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.27 0.31 0.12 0.24 0.26 0.75 0.39
N3 0.05 0.00 0.23 0.19 0.00 0.13 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.41 0.15 0.09 0.08 0.28 0.16
N6 0.02 0.01 0.14 0.43 0.01 0.16 0.01 0.26 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.31 0.29 0.05 0.41 0.48 1.24 0.64
N7 0.01 0.01 0.10 0.41 0.01 0.22 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.31 0.28 0.05 0.40 0.39 1.04 0.55
N9 0.01 0.01 0.05 0.23 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.16 0.01 0.15 0.11 0.29 0.18
O2' 0.02 0.25 0.00 0.03 0.22 0.27 0.28 0.08 0.29 0.28 0.27 0.22 0.31 0.31 0.19 0.00 0.07 0.20 0.36 0.34 1.16 0.69
O3' 0.32 0.39 0.05 0.01 0.24 0.05 0.22 0.23 0.25 0.24 0.31 0.41 0.29 0.28 0.16 0.07 0.00 0.23 0.22 0.45 0.71 0.19
O4' 0.01 0.15 0.03 0.01 0.08 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.12 0.15 0.05 0.05 0.01 0.20 0.23 0.00 0.13 0.11 0.21 0.15
O5' 0.14 0.14 0.45 0.06 0.16 0.03 0.30 0.01 0.32 0.33 0.24 0.09 0.41 0.40 0.15 0.36 0.22 0.13 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.14 0.15 0.44 0.17 0.15 0.06 0.30 0.06 0.35 0.28 0.26 0.08 0.48 0.39 0.11 0.34 0.45 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.47 0.96 0.80 0.44 0.45 0.84 0.30 0.96 0.69 0.75 0.28 1.24 1.04 0.29 1.16 0.71 0.21 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.24 0.67 0.31 0.24 0.09 0.44 0.02 0.49 0.39 0.39 0.16 0.64 0.55 0.18 0.69 0.19 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00