ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48897

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 6, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, -0.207, 1.186, 2.579, 3.273 max_d=3.273 avg_d=1.186 std_dev=1.393
N1 A 0, -0.539, 1.124, 2.787, 3.793 max_d=3.793 avg_d=1.124 std_dev=1.663
N6 B 0, -0.265, 1.433, 3.130, 3.990 max_d=3.990 avg_d=1.433 std_dev=1.697
C6 B 0, -0.366, 1.461, 3.289, 4.198 max_d=4.198 avg_d=1.461 std_dev=1.828
N6 A 0, -0.584, 1.278, 3.141, 4.121 max_d=4.121 avg_d=1.278 std_dev=1.862
C6 A 0, -0.675, 1.385, 3.446, 4.571 max_d=4.571 avg_d=1.385 std_dev=2.061
C2 B 0, -0.512, 1.988, 4.489, 5.749 max_d=5.749 avg_d=1.988 std_dev=2.501
C2 A 0, -0.922, 1.863, 4.648, 6.212 max_d=6.212 avg_d=1.863 std_dev=2.785
C5 B 0, -0.798, 2.311, 5.419, 6.972 max_d=6.972 avg_d=2.311 std_dev=3.109
C5 A 0, -1.093, 2.242, 5.577, 7.344 max_d=7.344 avg_d=2.242 std_dev=3.335
N3 B 0, -0.861, 2.694, 6.249, 8.035 max_d=8.035 avg_d=2.694 std_dev=3.555
C4 B 0, -1.006, 2.726, 6.459, 8.328 max_d=8.328 avg_d=2.726 std_dev=3.733
N3 A 0, -1.262, 2.575, 6.412, 8.489 max_d=8.489 avg_d=2.575 std_dev=3.837
C4 A 0, -1.302, 2.665, 6.631, 8.757 max_d=8.757 avg_d=2.665 std_dev=3.967
N7 B 0, -1.077, 3.048, 7.172, 9.238 max_d=9.238 avg_d=3.048 std_dev=4.125
N7 A 0, -1.416, 2.936, 7.288, 9.533 max_d=9.533 avg_d=2.936 std_dev=4.352
N9 B 0, -1.400, 3.523, 8.447, 10.913 max_d=10.913 avg_d=3.523 std_dev=4.923
C8 B 0, -1.404, 3.641, 8.686, 11.220 max_d=11.220 avg_d=3.641 std_dev=5.045
N9 A 0, -1.693, 3.453, 8.598, 11.304 max_d=11.304 avg_d=3.453 std_dev=5.145
C8 A 0, -1.715, 3.550, 8.815, 11.550 max_d=11.550 avg_d=3.550 std_dev=5.265
C1' B 0, -1.715, 4.295, 10.305, 13.315 max_d=13.315 avg_d=4.295 std_dev=6.010
C2' B 0, -1.667, 4.403, 10.473, 13.519 max_d=13.519 avg_d=4.403 std_dev=6.070
C2' A 0, -1.993, 4.267, 10.528, 13.776 max_d=13.776 avg_d=4.267 std_dev=6.261
C1' A 0, -2.074, 4.187, 10.448, 13.715 max_d=13.715 avg_d=4.187 std_dev=6.261
O2' B 0, -1.863, 4.940, 11.744, 15.180 max_d=15.180 avg_d=4.940 std_dev=6.804
C3' A 0, -2.100, 4.707, 11.514, 15.035 max_d=15.035 avg_d=4.707 std_dev=6.807
C3' B 0, -1.905, 4.948, 11.801, 15.257 max_d=15.257 avg_d=4.948 std_dev=6.853
O4' B 0, -2.053, 5.008, 12.069, 15.605 max_d=15.605 avg_d=5.008 std_dev=7.061
O2' A 0, -2.226, 4.899, 12.023, 15.671 max_d=15.671 avg_d=4.899 std_dev=7.124
O4' A 0, -2.346, 4.912, 12.171, 15.928 max_d=15.928 avg_d=4.912 std_dev=7.259
O3' A 0, -2.208, 5.149, 12.506, 16.328 max_d=16.328 avg_d=5.149 std_dev=7.357
O3' B 0, -2.055, 5.390, 12.835, 16.627 max_d=16.627 avg_d=5.390 std_dev=7.445
C4' A 0, -2.374, 5.378, 13.131, 17.128 max_d=17.128 avg_d=5.378 std_dev=7.753
C4' B 0, -2.233, 5.546, 13.324, 17.223 max_d=17.223 avg_d=5.546 std_dev=7.779
C5' A 0, -2.337, 5.864, 14.065, 18.250 max_d=18.250 avg_d=5.864 std_dev=8.201
C5' B 0, -2.454, 6.102, 14.659, 19.032 max_d=19.032 avg_d=6.102 std_dev=8.557
O5' A 0, -2.538, 6.367, 15.273, 19.868 max_d=19.868 avg_d=6.367 std_dev=8.905
O5' B 0, -2.642, 6.443, 15.529, 20.585 max_d=20.585 avg_d=6.443 std_dev=9.086
P A 0, -2.864, 6.616, 16.095, 20.964 max_d=20.964 avg_d=6.616 std_dev=9.479
OP1 B 0, -2.570, 7.076, 16.723, 22.624 max_d=22.624 avg_d=7.076 std_dev=9.647
OP2 A 0, -2.789, 7.235, 17.260, 22.382 max_d=22.382 avg_d=7.235 std_dev=10.024
P B 0, -2.767, 7.263, 17.294, 23.189 max_d=23.189 avg_d=7.263 std_dev=10.030
OP1 A 0, -3.005, 7.133, 17.271, 22.474 max_d=22.474 avg_d=7.133 std_dev=10.138
OP2 B 0, -2.790, 7.828, 18.447, 24.982 max_d=24.982 avg_d=7.828 std_dev=10.618

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.25 0.10 0.33 0.15
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.09 0.02 0.35 0.12 0.32 0.17
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.08 0.32 0.10
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.09 0.12 0.07 0.05 0.12 0.12 0.06 0.02 0.01 0.02 0.13 0.09 0.31 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.37 0.11 0.32 0.17
C4' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.09 0.13 0.05 0.02 0.12 0.13 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.06 0.27 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.41 0.12 0.29 0.18
C5' 0.03 0.12 0.01 0.01 0.15 0.01 0.22 0.00 0.22 0.26 0.17 0.09 0.27 0.28 0.15 0.07 0.04 0.01 0.01 0.09 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.10 0.02 0.41 0.13 0.28 0.18
C8 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.13 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.12 0.02 0.42 0.12 0.29 0.19
N1 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.08 0.02 0.38 0.12 0.29 0.17
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.08 0.02 0.33 0.11 0.34 0.17
N6 0.04 0.01 0.06 0.12 0.02 0.12 0.03 0.27 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.13 0.04 0.43 0.15 0.26 0.19
N7 0.01 0.02 0.03 0.12 0.02 0.13 0.01 0.28 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.13 0.02 0.44 0.14 0.28 0.20
N9 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.35 0.11 0.32 0.17
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.02 0.08 0.10 0.07 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.08 0.30 0.07
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.09 0.04 0.10 0.12 0.08 0.08 0.13 0.13 0.05 0.05 0.00 0.02 0.16 0.13 0.29 0.12
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.24 0.12 0.35 0.16
O5' 0.25 0.35 0.15 0.13 0.37 0.01 0.41 0.01 0.41 0.42 0.38 0.33 0.43 0.44 0.35 0.05 0.16 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.10 0.12 0.08 0.09 0.11 0.06 0.12 0.09 0.13 0.12 0.12 0.11 0.15 0.14 0.11 0.08 0.13 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.32 0.32 0.31 0.32 0.27 0.29 0.32 0.28 0.29 0.29 0.34 0.26 0.28 0.32 0.30 0.29 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.17 0.10 0.10 0.17 0.02 0.18 0.02 0.18 0.19 0.17 0.17 0.19 0.20 0.17 0.07 0.12 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.16 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.15 0.10 0.10 0.13 0.15 0.12 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11 0.42 0.81 0.95 0.66
C2 0.12 0.18 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11 0.17 0.12 0.10 0.16 0.17 0.12 0.11 0.12 0.15 0.13 0.12 0.43 0.81 0.94 0.66
C2' 0.08 0.14 0.07 0.08 0.10 0.08 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.13 0.12 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.45 0.78 0.92 0.64
C3' 0.15 0.17 0.11 0.13 0.15 0.14 0.14 0.18 0.14 0.14 0.15 0.17 0.16 0.15 0.15 0.13 0.14 0.15 0.42 0.76 0.91 0.61
C4 0.13 0.17 0.12 0.13 0.13 0.12 0.11 0.16 0.11 0.11 0.14 0.17 0.13 0.11 0.12 0.14 0.14 0.13 0.40 0.82 0.97 0.66
C4' 0.16 0.18 0.13 0.15 0.16 0.15 0.14 0.18 0.15 0.14 0.16 0.18 0.15 0.14 0.15 0.13 0.15 0.16 0.42 0.79 0.94 0.63
C5 0.15 0.19 0.15 0.16 0.15 0.15 0.12 0.19 0.12 0.12 0.15 0.18 0.14 0.11 0.14 0.15 0.17 0.15 0.36 0.83 0.98 0.66
C5' 0.30 0.29 0.27 0.27 0.28 0.28 0.27 0.26 0.27 0.27 0.28 0.29 0.28 0.27 0.28 0.25 0.28 0.29 0.48 0.80 0.95 0.65
C6 0.16 0.20 0.16 0.17 0.15 0.16 0.13 0.20 0.13 0.12 0.16 0.19 0.14 0.11 0.14 0.16 0.19 0.16 0.35 0.82 0.98 0.65
C8 0.15 0.18 0.14 0.15 0.14 0.15 0.12 0.17 0.12 0.12 0.14 0.18 0.14 0.12 0.14 0.14 0.17 0.15 0.37 0.83 0.99 0.66
N1 0.14 0.20 0.14 0.15 0.14 0.14 0.12 0.18 0.12 0.11 0.17 0.18 0.14 0.11 0.13 0.15 0.16 0.14 0.38 0.82 0.96 0.66
N3 0.12 0.18 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.16 0.11 0.10 0.15 0.16 0.12 0.11 0.11 0.15 0.13 0.12 0.43 0.81 0.94 0.66
N6 0.20 0.24 0.20 0.22 0.18 0.20 0.15 0.23 0.14 0.14 0.18 0.23 0.16 0.14 0.17 0.19 0.23 0.19 0.31 0.82 0.99 0.64
N7 0.17 0.19 0.16 0.18 0.15 0.17 0.13 0.19 0.13 0.13 0.15 0.19 0.15 0.12 0.15 0.16 0.19 0.17 0.34 0.83 1.00 0.65
N9 0.13 0.17 0.11 0.13 0.13 0.12 0.11 0.16 0.11 0.11 0.14 0.16 0.13 0.11 0.12 0.13 0.14 0.13 0.40 0.82 0.97 0.66
O2' 0.07 0.13 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.12 0.08 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.08 0.15 0.11 0.10 0.48 0.77 0.92 0.64
O3' 0.16 0.20 0.13 0.15 0.17 0.16 0.15 0.20 0.15 0.15 0.17 0.20 0.16 0.15 0.16 0.15 0.16 0.16 0.44 0.75 0.89 0.61
O4' 0.12 0.16 0.10 0.11 0.12 0.11 0.11 0.15 0.11 0.10 0.13 0.16 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.41 0.82 0.96 0.66
O5' 0.42 0.47 0.41 0.39 0.42 0.40 0.36 0.43 0.35 0.35 0.41 0.47 0.27 0.32 0.40 0.46 0.37 0.41 0.47 0.87 1.02 0.72
OP1 0.22 0.24 0.22 0.24 0.22 0.23 0.19 0.23 0.18 0.19 0.20 0.25 0.17 0.18 0.22 0.18 0.25 0.22 0.41 0.85 1.03 0.68
OP2 0.23 0.28 0.22 0.22 0.24 0.23 0.21 0.27 0.21 0.21 0.24 0.28 0.17 0.19 0.23 0.24 0.21 0.23 0.40 0.77 0.94 0.62
P 0.20 0.24 0.19 0.20 0.21 0.20 0.17 0.23 0.15 0.17 0.19 0.25 0.13 0.15 0.20 0.20 0.21 0.20 0.39 0.81 0.98 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.52 0.88 0.46
C2 0.04 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.08 0.04 0.25 0.69 0.93 0.54
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.15 0.35 0.71 0.31
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.11 0.04 0.05 0.07 0.11 0.05 0.03 0.01 0.02 0.18 0.19 0.53 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.02 0.26 0.68 0.92 0.56
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.09 0.03 0.04 0.06 0.09 0.04 0.07 0.02 0.01 0.02 0.20 0.54 0.16
C5 0.02 0.02 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.30 0.74 0.91 0.59
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.11 0.01 0.17 0.00 0.16 0.20 0.13 0.07 0.19 0.22 0.12 0.07 0.04 0.01 0.01 0.26 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.31 0.75 0.92 0.60
C8 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.12 0.04 0.30 0.71 0.88 0.59
N1 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.05 0.03 0.28 0.73 0.93 0.58
N3 0.05 0.00 0.07 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.08 0.04 0.23 0.65 0.91 0.52
N6 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.07 0.02 0.33 0.77 0.90 0.61
N7 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.32 0.75 0.87 0.61
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.25 0.65 0.91 0.55
O2' 0.02 0.12 0.00 0.03 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.03 0.12 0.11 0.10 0.04 0.03 0.00 0.02 0.03 0.10 0.32 0.71 0.27
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.05 0.12 0.05 0.08 0.07 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.11 0.14 0.36 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.47 0.85 0.45
O5' 0.15 0.25 0.15 0.18 0.26 0.02 0.30 0.01 0.31 0.30 0.28 0.23 0.33 0.32 0.25 0.10 0.11 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.52 0.69 0.35 0.19 0.68 0.20 0.74 0.26 0.75 0.71 0.73 0.65 0.77 0.75 0.65 0.32 0.14 0.47 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.88 0.93 0.71 0.53 0.92 0.54 0.91 0.34 0.92 0.88 0.93 0.91 0.90 0.87 0.91 0.71 0.36 0.85 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.46 0.54 0.31 0.18 0.56 0.16 0.59 0.02 0.60 0.59 0.58 0.52 0.61 0.61 0.55 0.27 0.10 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00