ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48898

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 5, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.002, 0.019, 0.035, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.030, 0.059, 0.089, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.059 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.009, 0.050, 0.091, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.050 std_dev=0.041
O2' A 0, 0.049, 0.090, 0.131, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.090 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.053, 0.100, 0.148, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.100 std_dev=0.047
C4' A 0, 0.031, 0.083, 0.136, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.083 std_dev=0.052
O3' A 0, 0.074, 0.150, 0.227, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.150 std_dev=0.076
C5' A 0, 0.051, 0.132, 0.214, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.132 std_dev=0.082
N1 B 0, 0.101, 0.208, 0.315, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.208 std_dev=0.107
C6 B 0, 0.089, 0.248, 0.407, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.248 std_dev=0.159
C2 B 0, 0.064, 0.223, 0.383, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.223 std_dev=0.159
C4 B 0, 0.032, 0.193, 0.354, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.193 std_dev=0.161
C5 B 0, 0.070, 0.244, 0.419, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.244 std_dev=0.175
N3 B 0, 0.014, 0.215, 0.416, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.215 std_dev=0.201
N9 B 0, 0.019, 0.238, 0.456, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.238 std_dev=0.218
C8 B 0, 0.055, 0.315, 0.574, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.315 std_dev=0.260
N6 B 0, 0.072, 0.344, 0.616, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.344 std_dev=0.272
N7 B 0, 0.059, 0.335, 0.611, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.335 std_dev=0.276
C1' B 0, -0.040, 0.273, 0.586, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.273 std_dev=0.313
O4' B 0, -0.132, 0.370, 0.871, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.370 std_dev=0.502
C2' B 0, -0.145, 0.381, 0.906, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.381 std_dev=0.525
OP2 A 0, -0.130, 0.462, 1.053, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.462 std_dev=0.592
O2' B 0, -0.250, 0.473, 1.196, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.473 std_dev=0.723
C4' B 0, -0.266, 0.505, 1.275, 2.302 max_d=2.302 avg_d=0.505 std_dev=0.770
O5' A 0, -0.295, 0.502, 1.299, 2.406 max_d=2.406 avg_d=0.502 std_dev=0.797
C3' B 0, -0.288, 0.520, 1.328, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.520 std_dev=0.808
P A 0, -0.327, 0.575, 1.477, 2.834 max_d=2.834 avg_d=0.575 std_dev=0.902
C5' B 0, -0.413, 0.666, 1.746, 3.207 max_d=3.207 avg_d=0.666 std_dev=1.080
O3' B 0, -0.432, 0.684, 1.800, 3.379 max_d=3.379 avg_d=0.684 std_dev=1.116
O5' B 0, -0.457, 0.718, 1.893, 3.476 max_d=3.476 avg_d=0.718 std_dev=1.175
OP1 A 0, -0.694, 1.033, 2.760, 5.323 max_d=5.323 avg_d=1.033 std_dev=1.727
P B 0, -0.893, 1.083, 3.060, 5.798 max_d=5.798 avg_d=1.083 std_dev=1.977
OP1 B 0, -1.043, 1.259, 3.561, 6.766 max_d=6.766 avg_d=1.259 std_dev=2.302
OP2 B 0, -1.110, 1.278, 3.666, 6.969 max_d=6.969 avg_d=1.278 std_dev=2.388

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.32 0.37 0.25
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.44 0.90 0.49 0.55
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.26 0.25 0.25
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.21 0.13 0.25
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.42 0.85 0.49 0.53
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.52 1.11 0.54 0.66
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.19 0.07 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.55 1.21 0.55 0.70
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.45 0.94 0.53 0.59
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.51 1.10 0.53 0.64
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.37 0.74 0.46 0.47
N6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.60 1.38 0.56 0.77
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.54 1.19 0.56 0.70
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.36 0.70 0.47 0.46
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04 0.22 0.10
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.25 0.05 0.04 0.15
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.31 0.12
O5' 0.16 0.44 0.24 0.31 0.42 0.01 0.52 0.00 0.55 0.45 0.51 0.37 0.60 0.54 0.36 0.07 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.32 0.90 0.26 0.21 0.85 0.11 1.11 0.19 1.21 0.94 1.10 0.74 1.38 1.19 0.70 0.04 0.05 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.49 0.25 0.13 0.49 0.11 0.54 0.07 0.55 0.53 0.53 0.46 0.56 0.56 0.47 0.22 0.04 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.55 0.25 0.25 0.53 0.04 0.66 0.01 0.70 0.59 0.64 0.47 0.77 0.70 0.46 0.10 0.15 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.12 0.19 0.14 0.12 0.19 0.14 0.41 0.13 0.16 0.11 0.12 0.16 0.17 0.13 0.41 0.19 0.23 0.70 0.52 1.17 0.71
C2 0.15 0.15 0.15 0.19 0.14 0.24 0.16 0.46 0.14 0.20 0.14 0.13 0.19 0.21 0.16 0.31 0.15 0.24 0.80 0.73 1.37 0.90
C2' 0.13 0.14 0.20 0.15 0.13 0.19 0.16 0.40 0.15 0.19 0.12 0.13 0.21 0.21 0.15 0.41 0.20 0.22 0.75 0.61 1.31 0.81
C3' 0.13 0.12 0.21 0.14 0.13 0.16 0.18 0.35 0.17 0.19 0.12 0.12 0.24 0.22 0.14 0.44 0.24 0.21 0.70 0.50 1.24 0.72
C4 0.13 0.13 0.19 0.14 0.12 0.19 0.14 0.40 0.13 0.16 0.11 0.12 0.16 0.17 0.14 0.39 0.18 0.23 0.69 0.50 1.14 0.69
C4' 0.12 0.11 0.22 0.14 0.11 0.15 0.14 0.35 0.14 0.16 0.10 0.11 0.19 0.18 0.13 0.46 0.25 0.20 0.65 0.41 1.12 0.63
C5 0.12 0.12 0.21 0.14 0.11 0.16 0.12 0.34 0.12 0.14 0.10 0.12 0.15 0.15 0.12 0.42 0.21 0.21 0.61 0.34 0.98 0.54
C5' 0.10 0.09 0.26 0.16 0.09 0.11 0.12 0.27 0.13 0.13 0.09 0.09 0.18 0.16 0.10 0.51 0.33 0.16 0.56 0.24 0.97 0.48
C6 0.13 0.13 0.19 0.14 0.12 0.16 0.13 0.34 0.12 0.14 0.11 0.12 0.15 0.15 0.12 0.38 0.19 0.20 0.62 0.37 1.00 0.57
C8 0.12 0.10 0.23 0.14 0.10 0.14 0.11 0.32 0.11 0.13 0.08 0.11 0.14 0.14 0.11 0.46 0.27 0.20 0.56 0.24 0.89 0.46
N1 0.14 0.15 0.16 0.17 0.13 0.21 0.15 0.41 0.14 0.17 0.13 0.13 0.18 0.19 0.15 0.32 0.15 0.22 0.73 0.59 1.22 0.77
N3 0.15 0.14 0.16 0.17 0.14 0.23 0.16 0.46 0.14 0.19 0.13 0.13 0.18 0.20 0.15 0.34 0.15 0.24 0.78 0.69 1.33 0.86
N6 0.11 0.11 0.21 0.14 0.10 0.13 0.10 0.28 0.10 0.10 0.08 0.12 0.13 0.11 0.11 0.41 0.22 0.17 0.52 0.20 0.81 0.40
N7 0.11 0.10 0.24 0.15 0.10 0.13 0.11 0.29 0.10 0.12 0.08 0.10 0.14 0.12 0.11 0.47 0.28 0.19 0.52 0.18 0.81 0.39
N9 0.13 0.12 0.20 0.14 0.12 0.17 0.13 0.38 0.12 0.15 0.10 0.12 0.16 0.16 0.13 0.42 0.21 0.22 0.66 0.42 1.07 0.63
O2' 0.14 0.15 0.19 0.16 0.13 0.21 0.16 0.43 0.15 0.19 0.13 0.14 0.19 0.21 0.15 0.39 0.18 0.23 0.79 0.72 1.40 0.90
O3' 0.13 0.12 0.20 0.14 0.14 0.16 0.20 0.35 0.20 0.22 0.14 0.12 0.28 0.25 0.16 0.42 0.23 0.21 0.74 0.57 1.35 0.79
O4' 0.12 0.11 0.21 0.13 0.11 0.17 0.13 0.38 0.12 0.15 0.10 0.11 0.15 0.16 0.12 0.44 0.23 0.22 0.65 0.40 1.05 0.61
O5' 0.63 0.66 0.45 0.56 0.66 0.65 0.67 0.84 0.69 0.67 0.68 0.65 0.70 0.67 0.66 0.23 0.39 0.74 1.10 0.72 1.40 0.95
OP1 1.53 1.56 1.33 1.40 1.52 1.51 1.48 1.66 1.47 1.48 1.52 1.56 1.41 1.45 1.52 1.11 1.21 1.62 1.88 1.42 2.09 1.67
OP2 0.54 0.54 0.29 0.38 0.58 0.55 0.62 0.75 0.63 0.63 0.59 0.53 0.67 0.65 0.58 0.17 0.19 0.70 0.98 0.50 1.21 0.78
P 0.81 0.84 0.60 0.69 0.83 0.80 0.83 0.99 0.84 0.82 0.85 0.83 0.84 0.83 0.82 0.35 0.49 0.92 1.21 0.76 1.44 1.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.13 0.25 0.10 0.15
C2 0.01 0.00 0.21 0.13 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.25 0.06 0.33 0.08 0.54 0.15
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.02 0.09 0.10 0.16 0.21 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.26 0.11 0.34 0.04
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.07 0.27 0.06 0.14 0.12 0.24 0.11 0.01 0.00 0.01 0.33 0.07 0.44 0.18
C4 0.01 0.00 0.10 0.03 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.06 0.04 0.38 0.07 0.57 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.07 0.16 0.02 0.05 0.10 0.16 0.07 0.07 0.01 0.00 0.01 0.28 0.07 0.21
C5 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.07 0.04 0.51 0.32 0.83 0.46
C5' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.14 0.00 0.24 0.00 0.23 0.30 0.16 0.05 0.28 0.32 0.16 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.07 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.24 0.04 0.05 0.52 0.32 0.88 0.48
C8 0.01 0.00 0.10 0.27 0.00 0.16 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.26 0.02 0.55 0.43 0.79 0.51
N1 0.01 0.00 0.16 0.06 0.00 0.02 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.15 0.06 0.43 0.14 0.74 0.32
N3 0.01 0.00 0.21 0.14 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.35 0.24 0.05 0.27 0.15 0.42 0.06
N6 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.10 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.08 0.05 0.59 0.49 1.05 0.62
N7 0.00 0.00 0.06 0.24 0.00 0.16 0.00 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.24 0.02 0.61 0.55 0.99 0.65
N9 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.36 0.08 0.48 0.19
O2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.21 0.07 0.17 0.06 0.24 0.02 0.32 0.35 0.22 0.05 0.07 0.00 0.04 0.08 0.17 0.32 0.12 0.18
O3' 0.03 0.25 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.26 0.15 0.24 0.08 0.24 0.07 0.04 0.00 0.01 0.29 0.04 0.39 0.12
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.32 0.16 0.29
O5' 0.13 0.33 0.26 0.33 0.38 0.01 0.51 0.01 0.52 0.55 0.43 0.27 0.59 0.61 0.36 0.17 0.29 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.25 0.08 0.11 0.07 0.07 0.28 0.32 0.03 0.32 0.43 0.14 0.15 0.49 0.55 0.08 0.32 0.04 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.54 0.34 0.44 0.57 0.07 0.83 0.01 0.88 0.79 0.74 0.42 1.05 0.99 0.48 0.12 0.39 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.15 0.04 0.18 0.22 0.21 0.46 0.01 0.48 0.51 0.32 0.06 0.62 0.65 0.19 0.18 0.12 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00