ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48899

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 4, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N6 B 0, 0.657, 2.191, 3.725, 4.062 max_d=4.062 avg_d=2.191 std_dev=1.534
N1 B 0, 0.228, 1.853, 3.478, 3.956 max_d=3.956 avg_d=1.853 std_dev=1.625
N6 A 0, -0.370, 1.387, 3.144, 3.821 max_d=3.821 avg_d=1.387 std_dev=1.757
N1 A 0, -0.422, 1.409, 3.239, 4.002 max_d=4.002 avg_d=1.409 std_dev=1.830
C6 B 0, 0.352, 2.199, 4.046, 4.568 max_d=4.568 avg_d=2.199 std_dev=1.847
C6 A 0, -0.502, 1.603, 3.707, 4.545 max_d=4.545 avg_d=1.603 std_dev=2.104
C2 B 0, -0.306, 2.596, 5.498, 6.431 max_d=6.431 avg_d=2.596 std_dev=2.902
C2 A 0, -0.724, 2.333, 5.389, 6.556 max_d=6.556 avg_d=2.333 std_dev=3.057
C5 B 0, -0.053, 3.127, 6.308, 7.308 max_d=7.308 avg_d=3.127 std_dev=3.180
C5 A 0, -0.822, 2.632, 6.086, 7.368 max_d=7.368 avg_d=2.632 std_dev=3.454
C4 B 0, -0.530, 3.495, 7.521, 8.817 max_d=8.817 avg_d=3.495 std_dev=4.026
N3 B 0, -0.677, 3.350, 7.378, 8.689 max_d=8.689 avg_d=3.350 std_dev=4.028
N7 B 0, -0.137, 3.993, 8.123, 9.423 max_d=9.423 avg_d=3.993 std_dev=4.130
N3 A 0, -0.981, 3.157, 7.295, 8.822 max_d=8.822 avg_d=3.157 std_dev=4.138
C4 A 0, -0.994, 3.203, 7.399, 8.933 max_d=8.933 avg_d=3.203 std_dev=4.196
N7 A 0, -1.057, 3.419, 7.894, 9.491 max_d=9.491 avg_d=3.419 std_dev=4.475
C8 B 0, -0.588, 4.606, 9.800, 11.469 max_d=11.469 avg_d=4.606 std_dev=5.194
N9 B 0, -0.866, 4.384, 9.634, 11.332 max_d=11.332 avg_d=4.384 std_dev=5.250
N9 A 0, -1.286, 4.130, 9.546, 11.466 max_d=11.466 avg_d=4.130 std_dev=5.416
C8 A 0, -1.287, 4.188, 9.663, 11.586 max_d=11.586 avg_d=4.188 std_dev=5.475
C1' B 0, -1.364, 5.193, 11.751, 13.871 max_d=13.871 avg_d=5.193 std_dev=6.558
C1' A 0, -1.584, 5.032, 11.648, 13.981 max_d=13.981 avg_d=5.032 std_dev=6.616
O4' B 0, -0.352, 6.336, 13.025, 15.152 max_d=15.152 avg_d=6.336 std_dev=6.689
O2' B 0, 0.519, 7.383, 14.247, 16.527 max_d=16.527 avg_d=7.383 std_dev=6.864
C2' B 0, -0.455, 6.486, 13.428, 15.640 max_d=15.640 avg_d=6.486 std_dev=6.942
C2' A 0, -1.289, 5.818, 12.925, 15.417 max_d=15.417 avg_d=5.818 std_dev=7.107
O4' A 0, -1.288, 5.922, 13.131, 15.637 max_d=15.637 avg_d=5.922 std_dev=7.209
O2' A 0, -0.984, 6.339, 13.663, 16.369 max_d=16.369 avg_d=6.339 std_dev=7.323
OP2 B 0, 2.743, 10.198, 17.653, 19.676 max_d=19.676 avg_d=10.198 std_dev=7.455
O5' B 0, 1.453, 8.917, 16.381, 19.134 max_d=19.134 avg_d=8.917 std_dev=7.464
C3' A 0, -1.060, 6.757, 14.575, 17.365 max_d=17.365 avg_d=6.757 std_dev=7.818
C4' B 0, -0.303, 7.529, 15.360, 17.857 max_d=17.857 avg_d=7.529 std_dev=7.832
C5' B 0, 0.859, 8.734, 16.609, 19.117 max_d=19.117 avg_d=8.734 std_dev=7.875
P B 0, 2.272, 10.172, 18.072, 20.326 max_d=20.326 avg_d=10.172 std_dev=7.900
O5' A 0, -0.381, 7.540, 15.460, 18.099 max_d=18.099 avg_d=7.540 std_dev=7.921
OP2 A 0, -0.153, 7.964, 16.082, 19.081 max_d=19.081 avg_d=7.964 std_dev=8.117
C3' B 0, -0.833, 7.284, 15.402, 18.005 max_d=18.005 avg_d=7.284 std_dev=8.117
O3' A 0, -0.751, 7.385, 15.522, 18.865 max_d=18.865 avg_d=7.385 std_dev=8.137
C4' A 0, -1.192, 6.966, 15.125, 17.968 max_d=17.968 avg_d=6.966 std_dev=8.158
P A 0, -0.269, 8.381, 17.032, 19.918 max_d=19.918 avg_d=8.381 std_dev=8.650
C5' A 0, -0.951, 7.729, 16.409, 19.242 max_d=19.242 avg_d=7.729 std_dev=8.680
O3' B 0, -1.344, 7.722, 16.787, 19.864 max_d=19.864 avg_d=7.722 std_dev=9.066
OP1 B 0, 2.191, 11.275, 20.360, 23.242 max_d=23.242 avg_d=11.275 std_dev=9.085
OP1 A 0, -0.011, 9.499, 19.008, 21.945 max_d=21.945 avg_d=9.499 std_dev=9.510

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.36 0.01 0.12 0.14 0.30 0.10
C2 0.06 0.00 0.42 0.35 0.01 0.12 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.35 0.26 0.24 0.34 0.53 0.25
C2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.23 0.03 0.14 0.20 0.23 0.17 0.35 0.41 0.20 0.08 0.03 0.00 0.07 0.03 0.23 0.27 0.26 0.19
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.34 0.01 0.44 0.04 0.47 0.37 0.42 0.29 0.52 0.44 0.27 0.02 0.01 0.02 0.29 0.35 0.38 0.28
C4 0.03 0.01 0.23 0.34 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.22 0.13 0.26 0.39 0.56 0.32
C4' 0.01 0.12 0.03 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.13 0.29 0.08 0.13 0.19 0.27 0.13 0.33 0.06 0.01 0.03 0.16 0.21 0.06
C5 0.01 0.01 0.14 0.44 0.01 0.16 0.00 0.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.31 0.18 0.05 0.41 0.60 0.76 0.52
C5' 0.07 0.14 0.20 0.04 0.16 0.01 0.28 0.00 0.27 0.37 0.19 0.14 0.35 0.40 0.17 0.15 0.26 0.02 0.01 0.07 0.24 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.47 0.01 0.13 0.01 0.27 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.27 0.22 0.11 0.38 0.63 0.78 0.51
C8 0.02 0.02 0.17 0.37 0.01 0.29 0.02 0.37 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.45 0.17 0.18 0.57 0.62 0.76 0.63
N1 0.05 0.00 0.35 0.42 0.02 0.08 0.01 0.19 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.15 0.27 0.20 0.29 0.49 0.66 0.37
N3 0.07 0.00 0.41 0.29 0.01 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.38 0.26 0.22 0.27 0.46 0.20
N6 0.02 0.01 0.20 0.52 0.01 0.19 0.02 0.35 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.33 0.25 0.07 0.47 0.78 0.92 0.65
N7 0.01 0.01 0.08 0.44 0.02 0.27 0.00 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.47 0.22 0.10 0.58 0.76 0.91 0.72
N9 0.00 0.02 0.03 0.27 0.01 0.13 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.24 0.15 0.02 0.30 0.35 0.51 0.33
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.17 0.33 0.31 0.15 0.27 0.45 0.15 0.15 0.33 0.47 0.24 0.00 0.10 0.23 0.23 0.25 0.29 0.19
O3' 0.36 0.35 0.07 0.01 0.22 0.06 0.18 0.26 0.22 0.17 0.27 0.38 0.25 0.22 0.15 0.10 0.00 0.22 0.32 0.67 0.53 0.47
O4' 0.01 0.26 0.03 0.02 0.13 0.01 0.05 0.02 0.11 0.18 0.20 0.26 0.07 0.10 0.02 0.23 0.22 0.00 0.05 0.08 0.27 0.09
O5' 0.12 0.24 0.23 0.29 0.26 0.03 0.41 0.01 0.38 0.57 0.29 0.22 0.47 0.58 0.30 0.23 0.32 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.14 0.34 0.27 0.35 0.39 0.16 0.60 0.07 0.63 0.62 0.49 0.27 0.78 0.76 0.35 0.25 0.67 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.53 0.26 0.38 0.56 0.21 0.76 0.24 0.78 0.76 0.66 0.46 0.92 0.91 0.51 0.29 0.53 0.27 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.25 0.19 0.28 0.32 0.06 0.52 0.02 0.51 0.63 0.37 0.20 0.65 0.72 0.33 0.19 0.47 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.19 0.16 0.18 0.13 0.22 0.13 0.45 0.14 0.14 0.15 0.17 0.18 0.16 0.13 0.26 0.23 0.24 0.41 0.41 0.65 0.46
C2 0.13 0.20 0.11 0.17 0.14 0.20 0.13 0.47 0.14 0.14 0.17 0.17 0.19 0.16 0.13 0.30 0.21 0.20 0.48 0.51 0.73 0.58
C2' 0.36 0.39 0.39 0.46 0.34 0.37 0.31 0.45 0.31 0.30 0.35 0.38 0.27 0.28 0.33 0.46 0.54 0.37 0.62 0.69 0.86 0.71
C3' 0.57 0.68 0.61 0.69 0.53 0.56 0.42 0.53 0.43 0.38 0.57 0.66 0.30 0.33 0.50 0.65 0.82 0.53 0.71 0.73 0.84 0.72
C4 0.14 0.19 0.15 0.18 0.13 0.23 0.12 0.44 0.13 0.11 0.15 0.17 0.16 0.13 0.12 0.22 0.23 0.25 0.41 0.40 0.62 0.45
C4' 0.16 0.28 0.20 0.24 0.13 0.23 0.11 0.45 0.10 0.14 0.18 0.25 0.21 0.19 0.11 0.26 0.38 0.26 0.43 0.37 0.65 0.43
C5 0.15 0.18 0.19 0.20 0.14 0.26 0.12 0.44 0.12 0.12 0.15 0.17 0.16 0.12 0.13 0.22 0.25 0.29 0.38 0.35 0.54 0.38
C5' 0.31 0.44 0.34 0.40 0.25 0.37 0.12 0.50 0.12 0.10 0.29 0.42 0.12 0.10 0.21 0.38 0.57 0.37 0.41 0.32 0.56 0.33
C6 0.14 0.18 0.18 0.19 0.13 0.24 0.12 0.43 0.13 0.12 0.15 0.17 0.17 0.12 0.13 0.21 0.24 0.27 0.39 0.35 0.54 0.39
C8 0.17 0.19 0.22 0.22 0.15 0.30 0.12 0.47 0.12 0.12 0.15 0.19 0.15 0.12 0.14 0.23 0.27 0.33 0.38 0.34 0.52 0.36
N1 0.13 0.20 0.12 0.17 0.14 0.21 0.13 0.45 0.14 0.12 0.17 0.17 0.19 0.14 0.12 0.25 0.22 0.22 0.44 0.43 0.65 0.49
N3 0.13 0.19 0.12 0.17 0.13 0.21 0.13 0.47 0.14 0.13 0.17 0.17 0.18 0.15 0.13 0.28 0.22 0.21 0.46 0.49 0.72 0.55
N6 0.15 0.16 0.23 0.20 0.14 0.27 0.13 0.43 0.14 0.14 0.13 0.16 0.20 0.14 0.14 0.26 0.24 0.30 0.38 0.33 0.47 0.34
N7 0.18 0.19 0.24 0.23 0.15 0.32 0.12 0.48 0.12 0.13 0.14 0.19 0.15 0.12 0.15 0.25 0.28 0.35 0.38 0.33 0.49 0.35
N9 0.15 0.19 0.17 0.19 0.13 0.25 0.12 0.45 0.12 0.11 0.15 0.18 0.16 0.12 0.12 0.22 0.25 0.27 0.40 0.37 0.59 0.42
O2' 0.31 0.37 0.28 0.24 0.30 0.32 0.24 0.49 0.24 0.21 0.32 0.36 0.19 0.19 0.27 0.48 0.31 0.37 0.44 0.51 0.77 0.56
O3' 0.36 0.45 0.42 0.45 0.33 0.34 0.32 0.46 0.32 0.34 0.36 0.43 0.39 0.37 0.32 0.50 0.58 0.34 0.60 0.61 0.88 0.66
O4' 0.21 0.15 0.23 0.19 0.21 0.32 0.30 0.58 0.29 0.33 0.18 0.15 0.40 0.38 0.25 0.26 0.20 0.35 0.44 0.37 0.65 0.45
O5' 0.39 0.53 0.56 0.52 0.38 0.34 0.33 0.49 0.33 0.33 0.42 0.51 0.34 0.34 0.36 0.57 0.56 0.30 0.42 0.41 0.71 0.50
OP1 0.81 0.97 1.00 0.99 0.76 0.72 0.58 0.61 0.58 0.54 0.79 0.96 0.42 0.46 0.70 1.07 1.13 0.64 0.70 0.62 0.75 0.61
OP2 0.93 1.06 1.07 1.03 0.87 0.82 0.70 0.66 0.69 0.67 0.88 1.05 0.51 0.59 0.83 1.20 1.20 0.77 0.79 0.68 0.57 0.59
P 0.60 0.76 0.76 0.72 0.55 0.51 0.39 0.47 0.39 0.35 0.59 0.74 0.26 0.30 0.50 0.85 0.86 0.46 0.51 0.38 0.54 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.17 0.01 0.25 0.37 0.09 0.20
C2 0.03 0.00 0.25 0.14 0.02 0.19 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.29 0.19 0.31 0.36 0.33 0.30 0.24
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.13 0.01 0.05 0.13 0.10 0.17 0.19 0.25 0.07 0.10 0.02 0.00 0.02 0.03 0.30 0.57 0.34 0.36
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.14 0.01 0.18 0.03 0.19 0.17 0.16 0.11 0.22 0.20 0.12 0.03 0.01 0.01 0.19 0.47 0.18 0.23
C4 0.02 0.02 0.13 0.14 0.00 0.08 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.12 0.15 0.37 0.33 0.31 0.29
C4' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.11 0.26 0.14 0.19 0.15 0.24 0.10 0.17 0.02 0.01 0.02 0.27 0.19 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.18 0.01 0.13 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.09 0.07 0.45 0.42 0.50 0.45
C5' 0.10 0.31 0.13 0.03 0.28 0.01 0.39 0.00 0.38 0.49 0.33 0.28 0.44 0.51 0.28 0.11 0.14 0.03 0.01 0.32 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.11 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.12 0.12 0.45 0.42 0.55 0.45
C8 0.02 0.02 0.17 0.17 0.00 0.26 0.01 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.39 0.06 0.22 0.51 0.45 0.45 0.51
N1 0.03 0.00 0.19 0.16 0.01 0.14 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.23 0.16 0.23 0.40 0.34 0.44 0.33
N3 0.03 0.00 0.25 0.11 0.01 0.19 0.01 0.28 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.28 0.19 0.31 0.34 0.34 0.22 0.22
N6 0.02 0.03 0.07 0.22 0.02 0.15 0.01 0.44 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.27 0.12 0.08 0.52 0.53 0.69 0.57
N7 0.01 0.01 0.10 0.20 0.01 0.24 0.00 0.51 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.07 0.15 0.55 0.53 0.61 0.60
N9 0.00 0.02 0.02 0.12 0.00 0.10 0.01 0.28 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.09 0.03 0.36 0.33 0.24 0.29
O2' 0.02 0.29 0.00 0.03 0.15 0.17 0.23 0.11 0.22 0.39 0.23 0.28 0.27 0.37 0.16 0.00 0.05 0.10 0.27 0.62 0.44 0.39
O3' 0.17 0.19 0.02 0.01 0.12 0.02 0.09 0.14 0.12 0.06 0.16 0.19 0.12 0.07 0.09 0.05 0.00 0.11 0.24 0.40 0.19 0.19
O4' 0.01 0.31 0.03 0.01 0.15 0.01 0.07 0.03 0.12 0.22 0.23 0.31 0.08 0.15 0.03 0.10 0.11 0.00 0.32 0.39 0.25 0.30
O5' 0.25 0.36 0.30 0.19 0.37 0.02 0.45 0.01 0.45 0.51 0.40 0.34 0.52 0.55 0.36 0.27 0.24 0.32 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.37 0.33 0.57 0.47 0.33 0.27 0.42 0.32 0.42 0.45 0.34 0.34 0.53 0.53 0.33 0.62 0.40 0.39 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.30 0.34 0.18 0.31 0.19 0.50 0.33 0.55 0.45 0.44 0.22 0.69 0.61 0.24 0.44 0.19 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.24 0.36 0.23 0.29 0.03 0.45 0.02 0.45 0.51 0.33 0.22 0.57 0.60 0.29 0.39 0.19 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00