ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48900

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 B 0, 0.484, 1.696, 2.908, 2.904 max_d=2.904 avg_d=1.696 std_dev=1.212
N1 B 0, 0.529, 1.808, 3.087, 3.073 max_d=3.073 avg_d=1.808 std_dev=1.279
N1 A 0, 0.045, 1.539, 3.034, 3.242 max_d=3.242 avg_d=1.539 std_dev=1.494
C2 A 0, 0.036, 1.703, 3.371, 3.595 max_d=3.595 avg_d=1.703 std_dev=1.668
N3 B 0, 0.478, 2.967, 5.456, 5.468 max_d=5.468 avg_d=2.967 std_dev=2.489
C6 B 0, 0.587, 3.170, 5.753, 5.751 max_d=5.751 avg_d=3.170 std_dev=2.583
C6 A 0, 0.019, 2.827, 5.635, 5.812 max_d=5.812 avg_d=2.827 std_dev=2.808
N3 A 0, 0.058, 2.999, 5.940, 6.153 max_d=6.153 avg_d=2.999 std_dev=2.941
C4 B 0, 0.560, 3.806, 7.053, 7.051 max_d=7.051 avg_d=3.806 std_dev=3.246
C5 B 0, 0.610, 3.980, 7.350, 7.349 max_d=7.349 avg_d=3.980 std_dev=3.370
N6 B 0, 0.634, 4.061, 7.488, 7.511 max_d=7.511 avg_d=4.061 std_dev=3.427
N6 A 0, 0.098, 3.662, 7.225, 7.354 max_d=7.354 avg_d=3.662 std_dev=3.563
C4 A 0, 0.072, 3.701, 7.330, 7.539 max_d=7.539 avg_d=3.701 std_dev=3.629
C5 A 0, 0.058, 3.720, 7.382, 7.576 max_d=7.576 avg_d=3.720 std_dev=3.662
N9 B 0, 0.659, 5.187, 9.716, 9.721 max_d=9.721 avg_d=5.187 std_dev=4.528
OP2 B 0, 0.321, 4.863, 9.405, 9.617 max_d=9.617 avg_d=4.863 std_dev=4.542
N7 B 0, 0.732, 5.413, 10.093, 10.090 max_d=10.090 avg_d=5.413 std_dev=4.681
O5' B 0, 0.475, 5.341, 10.208, 10.289 max_d=10.289 avg_d=5.341 std_dev=4.867
N9 A 0, 0.086, 5.042, 9.998, 10.196 max_d=10.196 avg_d=5.042 std_dev=4.956
O4' B 0, 0.616, 5.602, 10.589, 10.601 max_d=10.601 avg_d=5.602 std_dev=4.986
N7 A 0, 0.071, 5.059, 10.046, 10.215 max_d=10.215 avg_d=5.059 std_dev=4.988
OP1 A 0, 0.758, 5.786, 10.814, 10.961 max_d=10.961 avg_d=5.786 std_dev=5.028
C8 B 0, 0.750, 5.923, 11.095, 11.095 max_d=11.095 avg_d=5.923 std_dev=5.172
P B 0, 0.441, 5.790, 11.139, 11.284 max_d=11.284 avg_d=5.790 std_dev=5.349
C1' B 0, 0.703, 6.111, 11.518, 11.518 max_d=11.518 avg_d=6.111 std_dev=5.408
O4' A 0, 0.407, 5.943, 11.479, 11.613 max_d=11.613 avg_d=5.943 std_dev=5.536
C8 A 0, 0.089, 5.628, 11.166, 11.346 max_d=11.346 avg_d=5.628 std_dev=5.538
C5' B 0, 0.549, 6.453, 12.358, 12.425 max_d=12.425 avg_d=6.453 std_dev=5.905
O5' A 0, 0.757, 6.662, 12.567, 12.866 max_d=12.866 avg_d=6.662 std_dev=5.905
C4' B 0, 0.660, 6.608, 12.556, 12.599 max_d=12.599 avg_d=6.608 std_dev=5.948
OP1 B 0, 0.625, 6.593, 12.562, 12.841 max_d=12.841 avg_d=6.593 std_dev=5.968
C1' A 0, 0.055, 6.051, 12.048, 12.216 max_d=12.216 avg_d=6.051 std_dev=5.996
C3' B 0, 0.750, 6.763, 12.776, 12.918 max_d=12.918 avg_d=6.763 std_dev=6.013
P A 0, 0.689, 6.715, 12.741, 12.889 max_d=12.889 avg_d=6.715 std_dev=6.026
C2' B 0, 0.818, 7.056, 13.293, 13.357 max_d=13.357 avg_d=7.056 std_dev=6.237
C5' A 0, 0.781, 7.496, 14.211, 14.410 max_d=14.410 avg_d=7.496 std_dev=6.715
C2' A 0, 0.269, 7.026, 13.783, 13.905 max_d=13.905 avg_d=7.026 std_dev=6.757
C4' A 0, 0.560, 7.342, 14.124, 14.249 max_d=14.249 avg_d=7.342 std_dev=6.782
O3' B 0, 0.863, 7.992, 15.121, 15.325 max_d=15.325 avg_d=7.992 std_dev=7.129
O2' A 0, 0.647, 7.948, 15.248, 15.378 max_d=15.378 avg_d=7.948 std_dev=7.301
OP2 A 0, 0.652, 8.100, 15.548, 15.695 max_d=15.695 avg_d=8.100 std_dev=7.448
O2' B 0, 0.933, 8.472, 16.011, 16.055 max_d=16.055 avg_d=8.472 std_dev=7.539
C3' A 0, 0.321, 8.036, 15.751, 15.889 max_d=15.889 avg_d=8.036 std_dev=7.715
O3' A 0, 0.611, 8.961, 17.311, 17.396 max_d=17.396 avg_d=8.961 std_dev=8.350

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01 0.07 0.02 0.03 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.00 0.19 0.34 0.19 0.22
C2 0.05 0.00 0.13 0.09 0.02 0.19 0.02 0.25 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.21 0.11 0.18 0.31 0.28 0.22 0.23
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.17 0.06 0.08 0.11 0.13 0.05 0.07 0.03 0.00 0.04 0.01 0.49 0.55 0.42 0.49
C3' 0.05 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04 0.08 0.08 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.28 0.32 0.21 0.23
C4 0.03 0.02 0.07 0.05 0.00 0.09 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.15 0.09 0.20 0.35 0.19 0.22
C4' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.13 0.02 0.18 0.16 0.10 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.16 0.14 0.03
C5 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.20 0.07 0.20 0.32 0.18 0.20
C5' 0.07 0.25 0.17 0.05 0.15 0.00 0.16 0.00 0.22 0.09 0.26 0.19 0.21 0.13 0.09 0.16 0.06 0.02 0.01 0.16 0.16 0.04
C6 0.02 0.02 0.06 0.06 0.02 0.13 0.01 0.22 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.16 0.17 0.11 0.23 0.27 0.18 0.19
C8 0.03 0.05 0.08 0.04 0.01 0.02 0.03 0.09 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.00 0.01 0.10 0.27 0.03 0.21 0.38 0.21 0.25
N1 0.05 0.01 0.11 0.08 0.02 0.18 0.02 0.26 0.01 0.05 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.20 0.13 0.16 0.30 0.27 0.22 0.23
N3 0.06 0.01 0.13 0.08 0.01 0.16 0.02 0.19 0.04 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.02 0.18 0.11 0.17 0.25 0.33 0.20 0.21
N6 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.07 0.03 0.05 0.00 0.07 0.03 0.17 0.21 0.09 0.22 0.26 0.18 0.19
N7 0.01 0.03 0.07 0.04 0.02 0.04 0.01 0.13 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.00 0.02 0.08 0.25 0.02 0.18 0.34 0.18 0.21
N9 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.19 0.02 0.20 0.39 0.21 0.25
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.13 0.01 0.13 0.16 0.16 0.10 0.20 0.18 0.17 0.08 0.06 0.00 0.04 0.02 0.51 0.59 0.44 0.54
O3' 0.17 0.11 0.04 0.01 0.15 0.02 0.20 0.06 0.17 0.27 0.13 0.11 0.21 0.25 0.19 0.04 0.00 0.10 0.12 0.19 0.14 0.07
O4' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.11 0.03 0.16 0.17 0.09 0.02 0.02 0.02 0.10 0.00 0.11 0.22 0.13 0.08
O5' 0.19 0.31 0.49 0.28 0.20 0.02 0.20 0.01 0.23 0.21 0.30 0.25 0.22 0.18 0.20 0.51 0.12 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.34 0.28 0.55 0.32 0.35 0.16 0.32 0.16 0.27 0.38 0.27 0.33 0.26 0.34 0.39 0.59 0.19 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.22 0.42 0.21 0.19 0.14 0.18 0.16 0.18 0.21 0.22 0.20 0.18 0.18 0.21 0.44 0.14 0.13 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.23 0.49 0.23 0.22 0.03 0.20 0.04 0.19 0.25 0.23 0.21 0.19 0.21 0.25 0.54 0.07 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.19 0.19 0.21 0.18 0.18 0.21 0.25 0.24 0.20 0.22 0.18 0.29 0.23 0.18 0.17 0.25 0.15 0.25 0.28 0.27 0.25
C2 0.19 0.21 0.23 0.26 0.20 0.23 0.22 0.29 0.24 0.21 0.21 0.21 0.29 0.23 0.20 0.22 0.30 0.18 0.31 0.33 0.31 0.31
C2' 0.22 0.21 0.27 0.26 0.26 0.18 0.33 0.20 0.35 0.32 0.29 0.20 0.43 0.36 0.26 0.25 0.31 0.18 0.23 0.28 0.25 0.23
C3' 0.15 0.16 0.17 0.18 0.17 0.15 0.21 0.20 0.22 0.21 0.18 0.16 0.28 0.24 0.17 0.16 0.22 0.14 0.21 0.25 0.23 0.21
C4 0.17 0.20 0.21 0.23 0.20 0.20 0.24 0.26 0.27 0.22 0.25 0.19 0.32 0.25 0.20 0.19 0.27 0.16 0.26 0.29 0.28 0.26
C4' 0.16 0.20 0.15 0.17 0.17 0.18 0.17 0.24 0.18 0.18 0.18 0.20 0.22 0.19 0.16 0.16 0.19 0.15 0.23 0.27 0.25 0.23
C5 0.14 0.18 0.17 0.20 0.17 0.17 0.20 0.24 0.24 0.17 0.24 0.15 0.29 0.20 0.16 0.15 0.25 0.13 0.24 0.27 0.27 0.25
C5' 0.14 0.21 0.12 0.11 0.15 0.14 0.16 0.18 0.15 0.18 0.16 0.20 0.20 0.20 0.15 0.14 0.12 0.15 0.18 0.26 0.21 0.19
C6 0.11 0.15 0.15 0.19 0.13 0.16 0.17 0.23 0.22 0.14 0.22 0.12 0.26 0.17 0.12 0.13 0.24 0.11 0.24 0.28 0.28 0.26
C8 0.17 0.21 0.20 0.22 0.20 0.19 0.24 0.24 0.28 0.21 0.27 0.19 0.33 0.24 0.19 0.18 0.27 0.16 0.24 0.28 0.27 0.25
N1 0.14 0.15 0.19 0.23 0.15 0.20 0.18 0.27 0.22 0.16 0.22 0.15 0.27 0.18 0.15 0.17 0.27 0.14 0.29 0.32 0.31 0.30
N3 0.20 0.23 0.24 0.25 0.22 0.22 0.25 0.28 0.27 0.24 0.25 0.22 0.32 0.26 0.22 0.22 0.29 0.18 0.29 0.31 0.29 0.28
N6 0.11 0.18 0.11 0.14 0.13 0.12 0.17 0.19 0.22 0.12 0.24 0.12 0.26 0.16 0.11 0.09 0.19 0.12 0.18 0.23 0.24 0.22
N7 0.14 0.18 0.17 0.20 0.17 0.16 0.21 0.22 0.25 0.17 0.25 0.16 0.30 0.20 0.16 0.14 0.25 0.14 0.22 0.26 0.26 0.23
N9 0.18 0.21 0.22 0.23 0.21 0.20 0.25 0.25 0.28 0.23 0.26 0.20 0.33 0.26 0.21 0.20 0.27 0.17 0.25 0.29 0.28 0.26
O2' 0.27 0.29 0.36 0.37 0.32 0.25 0.39 0.25 0.42 0.37 0.37 0.26 0.49 0.41 0.32 0.32 0.43 0.22 0.33 0.42 0.37 0.35
O3' 0.14 0.15 0.17 0.20 0.14 0.16 0.16 0.21 0.18 0.16 0.16 0.14 0.23 0.18 0.15 0.15 0.25 0.15 0.25 0.33 0.32 0.29
O4' 0.16 0.21 0.17 0.19 0.17 0.19 0.18 0.26 0.20 0.17 0.20 0.20 0.24 0.19 0.17 0.16 0.22 0.16 0.26 0.30 0.28 0.26
O5' 0.20 0.19 0.15 0.14 0.19 0.16 0.22 0.17 0.21 0.23 0.17 0.20 0.27 0.25 0.20 0.17 0.14 0.20 0.15 0.20 0.20 0.18
OP1 0.23 0.31 0.21 0.21 0.23 0.23 0.21 0.23 0.21 0.23 0.28 0.27 0.20 0.24 0.22 0.22 0.22 0.25 0.19 0.16 0.21 0.20
OP2 0.24 0.25 0.22 0.20 0.23 0.20 0.24 0.18 0.23 0.27 0.24 0.24 0.24 0.28 0.24 0.24 0.22 0.22 0.14 0.15 0.15 0.14
P 0.18 0.22 0.15 0.15 0.18 0.15 0.18 0.15 0.17 0.21 0.19 0.20 0.20 0.23 0.18 0.17 0.17 0.18 0.12 0.14 0.14 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.14 0.05 0.04
C2 0.05 0.00 0.09 0.13 0.02 0.13 0.02 0.22 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.15 0.08 0.22 0.23 0.26 0.24
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.19 0.08 0.08
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.10 0.05 0.13 0.12 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.19 0.07 0.09
C4 0.02 0.02 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.04 0.15 0.20 0.16 0.15
C4' 0.02 0.13 0.02 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.12 0.12 0.08 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.10 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.17 0.24 0.22 0.19
C5' 0.02 0.22 0.02 0.02 0.13 0.00 0.14 0.00 0.17 0.06 0.21 0.19 0.17 0.09 0.07 0.06 0.05 0.02 0.01 0.10 0.03 0.03
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.11 0.04 0.21 0.26 0.28 0.24
C8 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.11 0.24 0.14 0.13
N1 0.04 0.01 0.07 0.13 0.02 0.12 0.02 0.21 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.14 0.07 0.23 0.26 0.30 0.26
N3 0.05 0.01 0.08 0.12 0.00 0.12 0.02 0.19 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.14 0.08 0.18 0.18 0.17 0.18
N6 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.11 0.04 0.22 0.29 0.31 0.26
N7 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.04 0.00 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.07 0.06 0.02 0.15 0.26 0.20 0.17
N9 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.19 0.11 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.02 0.00 0.06 0.02 0.02 0.17 0.04 0.05
O3' 0.03 0.15 0.03 0.01 0.08 0.03 0.08 0.05 0.11 0.05 0.14 0.14 0.11 0.06 0.04 0.06 0.00 0.03 0.08 0.22 0.10 0.12
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.10 0.09 0.07
O5' 0.04 0.22 0.04 0.06 0.15 0.01 0.17 0.01 0.21 0.11 0.23 0.18 0.22 0.15 0.10 0.02 0.08 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.14 0.23 0.19 0.19 0.20 0.10 0.24 0.10 0.26 0.24 0.26 0.18 0.29 0.26 0.19 0.17 0.22 0.10 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.26 0.08 0.07 0.16 0.03 0.22 0.03 0.28 0.14 0.30 0.17 0.31 0.20 0.11 0.04 0.10 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.24 0.08 0.09 0.15 0.02 0.19 0.03 0.24 0.13 0.26 0.18 0.26 0.17 0.10 0.05 0.12 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00