ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48901

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N6 B 0, -0.073, 0.868, 1.809, 3.479 max_d=3.479 avg_d=0.868 std_dev=0.941
N1 A 0, -0.659, 0.382, 1.423, 3.503 max_d=3.503 avg_d=0.382 std_dev=1.041
N1 B 0, -0.140, 0.942, 2.024, 4.009 max_d=4.009 avg_d=0.942 std_dev=1.082
N6 A 0, -0.692, 0.481, 1.654, 3.996 max_d=3.996 avg_d=0.481 std_dev=1.173
C6 B 0, -0.256, 0.917, 2.090, 4.301 max_d=4.301 avg_d=0.917 std_dev=1.173
C6 A 0, -0.836, 0.452, 1.740, 4.315 max_d=4.315 avg_d=0.452 std_dev=1.288
C2 A 0, -1.185, 0.612, 2.410, 6.005 max_d=6.005 avg_d=0.612 std_dev=1.797
C2 B 0, -0.582, 1.234, 3.050, 6.590 max_d=6.590 avg_d=1.234 std_dev=1.816
C5 B 0, -0.833, 1.155, 3.144, 7.071 max_d=7.071 avg_d=1.155 std_dev=1.988
C5 A 0, -1.366, 0.745, 2.856, 7.077 max_d=7.077 avg_d=0.745 std_dev=2.111
N3 B 0, -1.059, 1.402, 3.863, 8.734 max_d=8.734 avg_d=1.402 std_dev=2.461
N3 A 0, -1.614, 0.857, 3.328, 8.270 max_d=8.270 avg_d=0.857 std_dev=2.471
C4 B 0, -1.158, 1.320, 3.798, 8.716 max_d=8.716 avg_d=1.320 std_dev=2.478
C4 A 0, -1.635, 0.894, 3.422, 8.478 max_d=8.478 avg_d=0.894 std_dev=2.529
N7 B 0, -1.231, 1.363, 3.957, 9.112 max_d=9.112 avg_d=1.363 std_dev=2.594
N7 A 0, -1.766, 1.002, 3.770, 9.305 max_d=9.305 avg_d=1.002 std_dev=2.768
N9 B 0, -1.703, 1.519, 4.741, 11.161 max_d=11.161 avg_d=1.519 std_dev=3.222
C8 B 0, -1.708, 1.529, 4.765, 11.214 max_d=11.214 avg_d=1.529 std_dev=3.237
N9 A 0, -2.137, 1.148, 4.433, 11.003 max_d=11.003 avg_d=1.148 std_dev=3.285
C8 A 0, -2.144, 1.211, 4.566, 11.273 max_d=11.273 avg_d=1.211 std_dev=3.355
C1' B 0, -2.194, 1.781, 5.756, 13.681 max_d=13.681 avg_d=1.781 std_dev=3.975
C1' A 0, -2.644, 1.361, 5.365, 13.374 max_d=13.374 avg_d=1.361 std_dev=4.005
C2' B 0, -1.977, 2.311, 6.600, 15.015 max_d=15.015 avg_d=2.311 std_dev=4.288
O4' A 0, -2.562, 1.806, 6.174, 14.886 max_d=14.886 avg_d=1.806 std_dev=4.368
O4' B 0, -2.092, 2.347, 6.787, 15.539 max_d=15.539 avg_d=2.347 std_dev=4.439
C2' A 0, -2.635, 1.841, 6.316, 15.241 max_d=15.241 avg_d=1.841 std_dev=4.476
O2' A 0, -2.462, 2.146, 6.755, 15.892 max_d=15.892 avg_d=2.146 std_dev=4.609
O2' B 0, -2.020, 2.743, 7.507, 16.772 max_d=16.772 avg_d=2.743 std_dev=4.763
C3' B 0, -2.110, 2.669, 7.447, 16.749 max_d=16.749 avg_d=2.669 std_dev=4.779
C3' A 0, -2.543, 2.526, 7.594, 17.534 max_d=17.534 avg_d=2.526 std_dev=5.069
C4' B 0, -2.256, 2.814, 7.884, 17.803 max_d=17.803 avg_d=2.814 std_dev=5.070
C4' A 0, -2.775, 2.345, 7.466, 17.618 max_d=17.618 avg_d=2.345 std_dev=5.120
O5' A 0, -3.015, 2.338, 7.691, 18.363 max_d=18.363 avg_d=2.338 std_dev=5.353
O3' A 0, -2.131, 3.251, 8.633, 18.766 max_d=18.766 avg_d=3.251 std_dev=5.382
O3' B 0, -2.275, 3.125, 8.526, 18.929 max_d=18.929 avg_d=3.125 std_dev=5.400
O5' B 0, -1.735, 3.670, 9.076, 19.225 max_d=19.225 avg_d=3.670 std_dev=5.406
C5' B 0, -1.609, 3.827, 9.264, 19.248 max_d=19.248 avg_d=3.827 std_dev=5.436
OP2 B 0, -1.137, 4.415, 9.967, 19.660 max_d=19.660 avg_d=4.415 std_dev=5.552
OP1 A 0, -1.964, 3.617, 9.199, 20.074 max_d=20.074 avg_d=3.617 std_dev=5.581
C5' A 0, -3.115, 2.471, 8.056, 19.183 max_d=19.183 avg_d=2.471 std_dev=5.586
P B 0, -1.571, 4.038, 9.646, 19.948 max_d=19.948 avg_d=4.038 std_dev=5.609
P A 0, -3.234, 2.468, 8.171, 19.557 max_d=19.557 avg_d=2.468 std_dev=5.702
OP2 A 0, -2.378, 3.389, 9.156, 20.337 max_d=20.337 avg_d=3.389 std_dev=5.767
OP1 B 0, -2.127, 4.178, 10.483, 22.405 max_d=22.405 avg_d=4.178 std_dev=6.305

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.39 0.01 0.19 0.64 0.15 0.24
C2 0.01 0.00 0.25 0.17 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.39 0.14 0.07 0.86 0.57 0.16
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.14 0.00 0.10 0.23 0.15 0.08 0.22 0.23 0.14 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.48 0.59 0.50 0.54
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.23 0.00 0.33 0.03 0.34 0.35 0.27 0.12 0.39 0.39 0.22 0.02 0.01 0.02 0.07 0.18 0.28 0.10
C4 0.01 0.00 0.14 0.23 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.24 0.09 0.06 0.86 0.54 0.17
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.06 0.14 0.02 0.04 0.08 0.13 0.07 0.32 0.02 0.00 0.03 0.12 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.10 0.33 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.08 0.07 0.07 0.95 0.79 0.14
C5' 0.09 0.08 0.23 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.04 0.08 0.25 0.01 0.01 0.11 0.37 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.34 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.11 0.10 0.08 0.97 0.88 0.14
C8 0.01 0.01 0.08 0.35 0.00 0.14 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.26 0.08 0.07 0.07 0.92 0.66 0.15
N1 0.01 0.00 0.22 0.27 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.25 0.13 0.05 0.93 0.76 0.14
N3 0.01 0.00 0.23 0.12 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.43 0.13 0.10 0.81 0.44 0.18
N6 0.01 0.01 0.14 0.39 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.05 0.09 0.13 0.99 1.05 0.15
N7 0.01 0.01 0.03 0.39 0.01 0.13 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.29 0.10 0.04 0.12 0.99 0.90 0.14
N9 0.01 0.00 0.03 0.22 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.17 0.03 0.08 0.81 0.41 0.19
O2' 0.03 0.15 0.01 0.02 0.19 0.32 0.25 0.08 0.24 0.26 0.19 0.13 0.27 0.29 0.18 0.00 0.05 0.23 0.33 0.41 0.56 0.45
O3' 0.39 0.39 0.04 0.01 0.24 0.02 0.08 0.25 0.11 0.08 0.25 0.43 0.05 0.10 0.17 0.05 0.00 0.28 0.28 0.58 0.31 0.34
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.09 0.00 0.07 0.01 0.10 0.07 0.13 0.13 0.09 0.04 0.03 0.23 0.28 0.00 0.06 0.50 0.12 0.13
O5' 0.19 0.07 0.48 0.07 0.06 0.03 0.07 0.01 0.08 0.07 0.05 0.10 0.13 0.12 0.08 0.33 0.28 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.64 0.86 0.59 0.18 0.86 0.12 0.95 0.11 0.97 0.92 0.93 0.81 0.99 0.99 0.81 0.41 0.58 0.50 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.57 0.50 0.28 0.54 0.20 0.79 0.37 0.88 0.66 0.76 0.44 1.05 0.90 0.41 0.56 0.31 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.16 0.54 0.10 0.17 0.03 0.14 0.01 0.14 0.15 0.14 0.18 0.15 0.14 0.19 0.45 0.34 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.23 0.17 0.22 0.12 0.17 0.09 0.24 0.10 0.10 0.17 0.20 0.12 0.12 0.10 0.15 0.30 0.33 0.58 0.32 0.50 0.23
C2 0.14 0.28 0.10 0.23 0.15 0.11 0.12 0.22 0.15 0.12 0.26 0.23 0.12 0.13 0.12 0.14 0.28 0.24 0.41 0.40 0.38 0.26
C2' 0.34 0.41 0.16 0.13 0.34 0.29 0.30 0.27 0.32 0.27 0.38 0.39 0.28 0.26 0.31 0.30 0.20 0.49 0.68 0.23 0.55 0.24
C3' 0.38 0.53 0.22 0.13 0.38 0.34 0.30 0.29 0.33 0.24 0.46 0.49 0.26 0.22 0.33 0.40 0.18 0.51 0.64 0.30 0.48 0.21
C4 0.15 0.25 0.17 0.24 0.14 0.17 0.10 0.22 0.10 0.10 0.19 0.22 0.13 0.12 0.11 0.14 0.32 0.35 0.56 0.28 0.44 0.20
C4' 0.08 0.19 0.21 0.24 0.07 0.15 0.07 0.23 0.07 0.11 0.13 0.16 0.13 0.14 0.05 0.16 0.32 0.28 0.53 0.41 0.48 0.26
C5 0.16 0.24 0.24 0.28 0.13 0.20 0.08 0.25 0.08 0.09 0.16 0.22 0.17 0.12 0.11 0.18 0.37 0.40 0.60 0.22 0.43 0.21
C5' 0.06 0.14 0.27 0.28 0.05 0.17 0.09 0.27 0.08 0.12 0.07 0.12 0.17 0.16 0.05 0.21 0.37 0.32 0.58 0.37 0.50 0.27
C6 0.15 0.26 0.23 0.30 0.13 0.17 0.08 0.21 0.08 0.09 0.17 0.23 0.20 0.13 0.10 0.16 0.38 0.37 0.55 0.21 0.38 0.18
C8 0.17 0.22 0.26 0.27 0.13 0.25 0.09 0.32 0.09 0.09 0.14 0.22 0.16 0.12 0.11 0.22 0.37 0.44 0.69 0.24 0.51 0.27
N1 0.14 0.28 0.15 0.27 0.14 0.11 0.09 0.19 0.10 0.10 0.24 0.23 0.14 0.13 0.10 0.12 0.33 0.28 0.44 0.31 0.35 0.22
N3 0.14 0.27 0.10 0.22 0.15 0.13 0.12 0.21 0.14 0.12 0.24 0.22 0.12 0.13 0.12 0.13 0.28 0.27 0.47 0.37 0.42 0.23
N6 0.16 0.24 0.32 0.35 0.11 0.20 0.10 0.23 0.13 0.09 0.12 0.22 0.28 0.15 0.09 0.21 0.44 0.41 0.57 0.18 0.36 0.18
N7 0.18 0.22 0.30 0.29 0.13 0.26 0.09 0.33 0.09 0.09 0.12 0.22 0.19 0.12 0.11 0.24 0.40 0.46 0.69 0.23 0.48 0.27
N9 0.15 0.23 0.20 0.24 0.13 0.20 0.09 0.26 0.09 0.10 0.17 0.21 0.13 0.12 0.11 0.16 0.33 0.38 0.61 0.27 0.49 0.23
O2' 0.12 0.17 0.29 0.45 0.13 0.21 0.14 0.36 0.14 0.18 0.15 0.15 0.16 0.19 0.13 0.15 0.55 0.17 0.33 0.48 0.39 0.31
O3' 0.23 0.13 0.35 0.54 0.20 0.35 0.30 0.54 0.24 0.41 0.12 0.12 0.34 0.44 0.28 0.14 0.57 0.24 0.20 0.99 0.57 0.74
O4' 0.07 0.11 0.32 0.33 0.08 0.11 0.14 0.24 0.13 0.18 0.08 0.09 0.21 0.22 0.11 0.25 0.41 0.21 0.51 0.43 0.49 0.28
O5' 0.22 0.27 0.22 0.22 0.17 0.31 0.12 0.37 0.12 0.12 0.18 0.27 0.17 0.14 0.15 0.23 0.32 0.49 0.70 0.30 0.51 0.30
OP1 0.96 0.98 1.27 1.27 0.99 0.89 1.02 0.91 1.02 1.02 1.01 0.97 1.05 1.03 1.00 1.15 1.36 0.77 0.67 1.01 0.74 0.88
OP2 1.21 1.25 0.92 0.84 1.11 1.31 0.94 1.29 0.92 0.93 1.09 1.26 0.74 0.83 1.08 1.13 0.80 1.48 1.64 0.95 1.26 1.09
P 0.25 0.29 0.38 0.35 0.20 0.34 0.15 0.42 0.15 0.14 0.20 0.29 0.22 0.17 0.18 0.35 0.45 0.50 0.74 0.27 0.49 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.18 0.13 0.30 0.17
C2 0.03 0.00 0.40 0.31 0.01 0.17 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.38 0.36 0.54 0.22 0.42 0.23
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.22 0.02 0.11 0.03 0.19 0.20 0.32 0.40 0.14 0.10 0.02 0.01 0.05 0.01 0.27 0.45 0.50 0.22
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.24 0.01 0.25 0.04 0.30 0.12 0.32 0.28 0.30 0.19 0.13 0.02 0.02 0.02 0.33 0.70 0.52 0.32
C4 0.01 0.01 0.22 0.24 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.25 0.17 0.38 0.20 0.32 0.20
C4' 0.03 0.17 0.02 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.06 0.28 0.08 0.17 0.12 0.25 0.09 0.10 0.05 0.01 0.02 0.23 0.35 0.10
C5 0.01 0.01 0.11 0.25 0.01 0.11 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.26 0.06 0.36 0.34 0.37 0.33
C5' 0.03 0.24 0.03 0.04 0.11 0.01 0.24 0.00 0.19 0.50 0.15 0.24 0.28 0.48 0.19 0.10 0.11 0.03 0.01 0.36 0.44 0.03
C6 0.01 0.01 0.19 0.30 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.34 0.13 0.41 0.32 0.42 0.30
C8 0.02 0.01 0.20 0.12 0.00 0.28 0.00 0.50 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.24 0.10 0.24 0.35 0.48 0.37 0.53
N1 0.02 0.01 0.32 0.32 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.39 0.27 0.49 0.22 0.42 0.23
N3 0.03 0.01 0.40 0.28 0.00 0.17 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.33 0.36 0.49 0.22 0.38 0.21
N6 0.01 0.01 0.14 0.30 0.01 0.12 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.34 0.07 0.39 0.44 0.48 0.39
N7 0.01 0.01 0.10 0.19 0.01 0.25 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.20 0.18 0.15 0.36 0.54 0.44 0.54
N9 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.12 0.02 0.27 0.22 0.27 0.26
O2' 0.03 0.30 0.01 0.02 0.11 0.10 0.05 0.10 0.06 0.24 0.19 0.31 0.06 0.20 0.06 0.00 0.09 0.11 0.08 0.30 0.46 0.14
O3' 0.03 0.38 0.05 0.02 0.25 0.05 0.26 0.11 0.34 0.10 0.39 0.33 0.34 0.18 0.12 0.09 0.00 0.03 0.22 0.86 0.57 0.34
O4' 0.01 0.36 0.01 0.02 0.17 0.01 0.06 0.03 0.13 0.24 0.27 0.36 0.07 0.15 0.02 0.11 0.03 0.00 0.10 0.18 0.27 0.25
O5' 0.18 0.54 0.27 0.33 0.38 0.02 0.36 0.01 0.41 0.35 0.49 0.49 0.39 0.36 0.27 0.08 0.22 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.13 0.22 0.45 0.70 0.20 0.23 0.34 0.36 0.32 0.48 0.22 0.22 0.44 0.54 0.22 0.30 0.86 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.42 0.50 0.52 0.32 0.35 0.37 0.44 0.42 0.37 0.42 0.38 0.48 0.44 0.27 0.46 0.57 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.23 0.22 0.32 0.20 0.10 0.33 0.03 0.30 0.53 0.23 0.21 0.39 0.54 0.26 0.14 0.34 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00