ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48902

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 1, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N6 B 0, 0.367, 1.886, 3.406, 3.590 max_d=3.590 avg_d=1.886 std_dev=1.520
N1 B 0, 0.212, 1.964, 3.716, 3.917 max_d=3.917 avg_d=1.964 std_dev=1.752
N6 A 0, -0.147, 1.663, 3.472, 3.929 max_d=3.929 avg_d=1.663 std_dev=1.809
C6 B 0, 0.240, 2.159, 4.079, 4.301 max_d=4.301 avg_d=2.159 std_dev=1.919
N1 A 0, -0.207, 1.818, 3.843, 4.215 max_d=4.215 avg_d=1.818 std_dev=2.025
C6 A 0, -0.225, 2.001, 4.228, 4.601 max_d=4.601 avg_d=2.001 std_dev=2.227
C2 B 0, 0.143, 3.155, 6.166, 6.513 max_d=6.513 avg_d=3.155 std_dev=3.011
C5 B 0, 0.169, 3.437, 6.705, 7.089 max_d=7.089 avg_d=3.437 std_dev=3.268
C2 A 0, -0.337, 2.960, 6.257, 6.787 max_d=6.787 avg_d=2.960 std_dev=3.297
C5 A 0, -0.372, 3.231, 6.835, 7.370 max_d=7.370 avg_d=3.231 std_dev=3.603
N3 B 0, 0.105, 4.162, 8.220, 8.697 max_d=8.697 avg_d=4.162 std_dev=4.058
C4 B 0, 0.101, 4.172, 8.242, 8.718 max_d=8.718 avg_d=4.172 std_dev=4.071
N7 B 0, 0.224, 4.432, 8.641, 9.136 max_d=9.136 avg_d=4.432 std_dev=4.209
N3 A 0, -0.447, 3.944, 8.335, 8.995 max_d=8.995 avg_d=3.944 std_dev=4.391
C4 A 0, -0.451, 3.958, 8.368, 9.021 max_d=9.021 avg_d=3.958 std_dev=4.410
N7 A 0, -0.464, 4.132, 8.728, 9.350 max_d=9.350 avg_d=4.132 std_dev=4.596
C8 B 0, 0.141, 5.383, 10.626, 11.241 max_d=11.241 avg_d=5.383 std_dev=5.242
N9 B 0, 0.082, 5.338, 10.594, 11.211 max_d=11.211 avg_d=5.338 std_dev=5.256
N9 A 0, -0.568, 5.063, 10.694, 11.482 max_d=11.482 avg_d=5.063 std_dev=5.631
C8 A 0, -0.575, 5.065, 10.705, 11.460 max_d=11.460 avg_d=5.065 std_dev=5.640
C1' B 0, 0.078, 6.562, 13.045, 13.826 max_d=13.826 avg_d=6.562 std_dev=6.483
C1' A 0, -0.714, 6.204, 13.123, 14.078 max_d=14.078 avg_d=6.204 std_dev=6.918
C2' B 0, 0.123, 7.243, 14.364, 15.281 max_d=15.281 avg_d=7.243 std_dev=7.120
O4' B 0, 0.255, 7.506, 14.757, 15.729 max_d=15.729 avg_d=7.506 std_dev=7.251
C2' A 0, -0.596, 6.797, 14.191, 15.200 max_d=15.200 avg_d=6.797 std_dev=7.394
OP2 B 0, 1.601, 9.089, 16.576, 17.704 max_d=17.704 avg_d=9.089 std_dev=7.488
C3' B 0, 0.858, 8.372, 15.886, 16.917 max_d=16.917 avg_d=8.372 std_dev=7.514
O5' B 0, 0.838, 8.569, 16.299, 17.369 max_d=17.369 avg_d=8.569 std_dev=7.731
O4' A 0, -0.677, 7.125, 14.927, 15.967 max_d=15.967 avg_d=7.125 std_dev=7.802
C3' A 0, -0.533, 7.505, 15.542, 16.723 max_d=16.723 avg_d=7.505 std_dev=8.037
C4' B 0, 0.562, 8.712, 16.862, 17.881 max_d=17.881 avg_d=8.712 std_dev=8.150
O2' B 0, -0.262, 7.976, 16.213, 17.203 max_d=17.203 avg_d=7.976 std_dev=8.237
O3' B 0, 1.481, 9.736, 17.991, 19.098 max_d=19.098 avg_d=9.736 std_dev=8.255
O2' A 0, -0.499, 7.829, 16.156, 17.226 max_d=17.226 avg_d=7.829 std_dev=8.327
P B 0, 0.779, 9.217, 17.655, 18.935 max_d=18.935 avg_d=9.217 std_dev=8.438
O5' A 0, -0.097, 8.380, 16.856, 18.508 max_d=18.508 avg_d=8.380 std_dev=8.476
C5' B 0, 0.531, 9.199, 17.866, 19.033 max_d=19.033 avg_d=9.199 std_dev=8.667
C4' A 0, -0.612, 8.102, 16.815, 18.038 max_d=18.038 avg_d=8.102 std_dev=8.713
O3' A 0, -0.419, 8.493, 17.405, 18.745 max_d=18.745 avg_d=8.493 std_dev=8.912
OP2 A 0, 0.413, 9.592, 18.770, 20.191 max_d=20.191 avg_d=9.592 std_dev=9.178
P A 0, -0.031, 9.215, 18.460, 20.738 max_d=20.738 avg_d=9.215 std_dev=9.246
C5' A 0, -0.551, 8.718, 17.986, 19.353 max_d=19.353 avg_d=8.718 std_dev=9.268
OP1 B 0, 1.362, 10.871, 20.380, 21.706 max_d=21.706 avg_d=10.871 std_dev=9.509
OP1 A 0, 0.249, 9.802, 19.355, 22.835 max_d=22.835 avg_d=9.802 std_dev=9.553

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.18 0.36 0.23 0.20
C2 0.04 0.00 0.21 0.26 0.01 0.12 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.21 0.34 0.05 0.42 1.06 0.58 0.53
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.11 0.02 0.07 0.04 0.11 0.06 0.17 0.21 0.09 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.27 0.30 0.19 0.22
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.15 0.00 0.13 0.02 0.17 0.13 0.23 0.24 0.15 0.12 0.07 0.04 0.01 0.03 0.36 0.29 0.13 0.25
C4 0.02 0.01 0.11 0.15 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.18 0.03 0.38 0.98 0.56 0.49
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.12 0.10 0.11 0.09 0.11 0.05 0.09 0.03 0.01 0.02 0.32 0.22 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.16 0.02 0.42 1.26 0.73 0.59
C5' 0.03 0.16 0.04 0.02 0.13 0.01 0.18 0.00 0.18 0.20 0.17 0.13 0.20 0.22 0.12 0.09 0.02 0.03 0.01 0.32 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.17 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.23 0.03 0.44 1.38 0.78 0.64
C8 0.02 0.02 0.06 0.13 0.01 0.12 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.13 0.02 0.35 1.04 0.64 0.50
N1 0.03 0.01 0.17 0.23 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.18 0.31 0.03 0.45 1.27 0.70 0.61
N3 0.05 0.01 0.21 0.24 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.20 0.30 0.05 0.38 0.88 0.49 0.46
N6 0.02 0.02 0.09 0.15 0.02 0.09 0.02 0.20 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.10 0.21 0.05 0.45 1.54 0.89 0.69
N7 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.11 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.13 0.02 0.40 1.33 0.80 0.61
N9 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.31 0.78 0.46 0.40
O2' 0.02 0.21 0.00 0.04 0.11 0.09 0.08 0.09 0.12 0.05 0.18 0.20 0.10 0.04 0.03 0.00 0.07 0.09 0.08 0.42 0.10 0.12
O3' 0.03 0.34 0.03 0.01 0.18 0.03 0.16 0.02 0.23 0.13 0.31 0.30 0.21 0.13 0.06 0.07 0.00 0.04 0.34 0.39 0.21 0.18
O4' 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.09 0.04 0.00 0.12 0.21 0.17 0.07
O5' 0.18 0.42 0.27 0.36 0.38 0.02 0.42 0.01 0.44 0.35 0.45 0.38 0.45 0.40 0.31 0.08 0.34 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.36 1.06 0.30 0.29 0.98 0.32 1.26 0.32 1.38 1.04 1.27 0.88 1.54 1.33 0.78 0.42 0.39 0.21 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.23 0.58 0.19 0.13 0.56 0.22 0.73 0.40 0.78 0.64 0.70 0.49 0.89 0.80 0.46 0.10 0.21 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.53 0.22 0.25 0.49 0.06 0.59 0.02 0.64 0.50 0.61 0.46 0.69 0.61 0.40 0.12 0.18 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.16 0.23 0.45 0.18 0.26 0.23 0.35 0.21 0.28 0.16 0.16 0.27 0.30 0.21 0.36 0.24 0.18 0.45 0.90 1.11 0.23
C2 0.24 0.19 0.27 0.53 0.22 0.31 0.26 0.34 0.22 0.32 0.19 0.19 0.27 0.33 0.26 0.37 0.39 0.25 0.39 0.97 1.06 0.14
C2' 0.25 0.25 0.29 0.58 0.25 0.37 0.28 0.44 0.26 0.32 0.25 0.25 0.30 0.34 0.27 0.26 0.41 0.26 0.52 0.83 1.20 0.28
C3' 0.35 0.38 0.39 0.65 0.36 0.45 0.37 0.51 0.36 0.39 0.36 0.37 0.37 0.40 0.36 0.22 0.46 0.34 0.58 0.77 1.24 0.33
C4 0.18 0.17 0.23 0.46 0.19 0.27 0.23 0.34 0.21 0.27 0.17 0.16 0.27 0.29 0.21 0.36 0.25 0.17 0.43 0.93 1.07 0.20
C4' 0.24 0.28 0.29 0.51 0.26 0.32 0.29 0.40 0.27 0.31 0.26 0.27 0.32 0.33 0.27 0.30 0.28 0.23 0.50 0.87 1.14 0.25
C5 0.18 0.18 0.21 0.41 0.19 0.27 0.22 0.35 0.21 0.25 0.17 0.18 0.27 0.27 0.20 0.36 0.18 0.19 0.46 0.94 1.04 0.25
C5' 0.33 0.38 0.38 0.55 0.35 0.38 0.35 0.44 0.35 0.36 0.35 0.37 0.37 0.37 0.34 0.34 0.31 0.30 0.54 0.85 1.14 0.28
C6 0.17 0.17 0.21 0.42 0.18 0.26 0.21 0.33 0.20 0.24 0.16 0.17 0.26 0.26 0.19 0.36 0.21 0.17 0.44 0.96 1.00 0.23
C8 0.18 0.18 0.21 0.39 0.19 0.28 0.23 0.39 0.22 0.25 0.17 0.18 0.27 0.28 0.21 0.36 0.14 0.22 0.50 0.91 1.07 0.30
N1 0.20 0.18 0.25 0.49 0.20 0.28 0.23 0.31 0.20 0.27 0.18 0.18 0.26 0.29 0.22 0.37 0.32 0.19 0.38 0.98 1.01 0.13
N3 0.22 0.18 0.26 0.52 0.21 0.30 0.25 0.35 0.22 0.31 0.18 0.18 0.27 0.33 0.25 0.37 0.36 0.22 0.41 0.94 1.09 0.17
N6 0.20 0.19 0.20 0.38 0.21 0.29 0.24 0.37 0.23 0.25 0.19 0.20 0.28 0.27 0.22 0.35 0.14 0.24 0.49 0.97 0.96 0.32
N7 0.20 0.19 0.20 0.37 0.20 0.29 0.23 0.40 0.22 0.25 0.18 0.19 0.27 0.27 0.21 0.36 0.12 0.25 0.50 0.93 1.04 0.33
N9 0.17 0.17 0.22 0.43 0.18 0.27 0.23 0.35 0.21 0.27 0.17 0.17 0.27 0.29 0.20 0.36 0.21 0.18 0.46 0.91 1.09 0.24
O2' 0.19 0.16 0.22 0.53 0.17 0.31 0.21 0.38 0.18 0.28 0.15 0.14 0.22 0.30 0.21 0.32 0.40 0.22 0.44 0.92 1.15 0.27
O3' 0.43 0.47 0.48 0.75 0.43 0.53 0.43 0.58 0.42 0.44 0.44 0.46 0.41 0.44 0.43 0.23 0.59 0.41 0.64 0.72 1.31 0.38
O4' 0.15 0.15 0.21 0.39 0.16 0.22 0.22 0.31 0.20 0.26 0.15 0.14 0.27 0.29 0.19 0.38 0.16 0.14 0.42 0.94 1.07 0.21
O5' 0.47 0.56 0.42 0.52 0.46 0.50 0.39 0.56 0.40 0.37 0.50 0.54 0.33 0.35 0.43 0.55 0.44 0.49 0.72 1.12 1.08 0.55
OP1 1.77 1.83 1.72 1.75 1.71 1.77 1.57 1.78 1.55 1.57 1.70 1.84 1.38 1.48 1.69 1.63 1.63 1.79 1.85 1.51 2.03 1.62
OP2 0.82 0.85 0.82 0.70 0.78 0.77 0.71 0.71 0.71 0.70 0.79 0.85 0.64 0.67 0.77 1.31 1.03 0.82 0.79 1.76 0.45 0.82
P 0.74 0.81 0.69 0.70 0.71 0.75 0.63 0.78 0.63 0.61 0.73 0.80 0.53 0.57 0.69 0.86 0.74 0.78 0.90 1.32 1.09 0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.16 0.79 0.24 0.29
C2 0.03 0.00 0.15 0.16 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.23 0.07 0.26 1.09 0.48 0.27
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.15 0.06 0.09 0.11 0.15 0.04 0.06 0.02 0.00 0.06 0.02 0.40 0.69 0.26 0.44
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.21 0.00 0.34 0.02 0.32 0.44 0.23 0.13 0.38 0.45 0.25 0.02 0.03 0.02 0.23 0.33 0.27 0.20
C4 0.02 0.01 0.07 0.21 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.32 0.08 0.04 0.27 1.07 0.42 0.27
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.13 0.21 0.08 0.05 0.17 0.21 0.11 0.31 0.04 0.00 0.03 0.19 0.29 0.07
C5 0.01 0.01 0.03 0.34 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.22 0.03 0.38 1.15 0.62 0.29
C5' 0.05 0.08 0.15 0.02 0.10 0.01 0.17 0.00 0.17 0.19 0.13 0.06 0.22 0.22 0.08 0.13 0.21 0.02 0.01 0.18 0.39 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.32 0.01 0.13 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.40 0.18 0.04 0.39 1.16 0.71 0.30
C8 0.02 0.01 0.09 0.44 0.01 0.21 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.40 0.05 0.38 1.10 0.46 0.28
N1 0.03 0.00 0.11 0.23 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.44 0.12 0.06 0.33 1.14 0.63 0.28
N3 0.03 0.00 0.15 0.13 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.26 0.08 0.21 1.04 0.37 0.27
N6 0.03 0.01 0.04 0.38 0.01 0.17 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.41 0.29 0.04 0.46 1.16 0.85 0.34
N7 0.01 0.01 0.06 0.45 0.01 0.21 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.42 0.04 0.46 1.16 0.68 0.31
N9 0.01 0.01 0.02 0.25 0.00 0.11 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.12 0.01 0.24 1.00 0.32 0.28
O2' 0.03 0.43 0.00 0.02 0.32 0.31 0.34 0.13 0.40 0.18 0.44 0.38 0.41 0.27 0.18 0.00 0.06 0.25 0.22 0.50 0.24 0.29
O3' 0.17 0.23 0.06 0.03 0.08 0.04 0.22 0.21 0.18 0.40 0.12 0.26 0.29 0.42 0.12 0.06 0.00 0.11 0.30 0.61 0.44 0.42
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.08 0.04 0.04 0.01 0.25 0.11 0.00 0.14 0.65 0.38 0.27
O5' 0.16 0.26 0.40 0.23 0.27 0.03 0.38 0.01 0.39 0.38 0.33 0.21 0.46 0.46 0.24 0.22 0.30 0.14 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.79 1.09 0.69 0.33 1.07 0.19 1.15 0.18 1.16 1.10 1.14 1.04 1.16 1.16 1.00 0.50 0.61 0.65 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.48 0.26 0.27 0.42 0.29 0.62 0.39 0.71 0.46 0.63 0.37 0.85 0.68 0.32 0.24 0.44 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.27 0.44 0.20 0.27 0.07 0.29 0.01 0.30 0.28 0.28 0.27 0.34 0.31 0.28 0.29 0.42 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00