ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48905

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.007, 0.035, 0.063, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.035 std_dev=0.028
O2' A 0, 0.039, 0.236, 0.432, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.236 std_dev=0.197
N1 B 0, 0.058, 0.270, 0.482, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.270 std_dev=0.212
C2' A 0, -0.011, 0.203, 0.417, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.203 std_dev=0.214
O4' A 0, -0.021, 0.196, 0.413, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.196 std_dev=0.217
C4 B 0, 0.117, 0.343, 0.569, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.343 std_dev=0.226
N3 B 0, 0.046, 0.340, 0.634, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.340 std_dev=0.294
C6 B 0, 0.067, 0.363, 0.658, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.363 std_dev=0.295
C2 B 0, 0.013, 0.315, 0.617, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.315 std_dev=0.302
C5 B 0, 0.137, 0.447, 0.756, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.447 std_dev=0.309
N9 B 0, 0.133, 0.473, 0.814, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.473 std_dev=0.341
C2' B 0, 0.235, 0.582, 0.930, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.582 std_dev=0.348
C3' A 0, -0.028, 0.336, 0.699, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.336 std_dev=0.363
C4' A 0, -0.045, 0.328, 0.701, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.328 std_dev=0.373
C1' B 0, 0.108, 0.531, 0.955, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.531 std_dev=0.423
O3' A 0, 0.011, 0.450, 0.890, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.450 std_dev=0.440
C8 B 0, 0.169, 0.656, 1.143, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.656 std_dev=0.487
N6 B 0, -0.002, 0.496, 0.993, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.496 std_dev=0.498
N7 B 0, 0.167, 0.678, 1.189, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.678 std_dev=0.511
OP2 A 0, 0.228, 0.830, 1.431, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.830 std_dev=0.601
C5' A 0, -0.121, 0.599, 1.319, 2.566 max_d=2.566 avg_d=0.599 std_dev=0.720
O5' A 0, -0.060, 0.724, 1.508, 2.806 max_d=2.806 avg_d=0.724 std_dev=0.784
O4' B 0, -0.050, 0.777, 1.604, 2.457 max_d=2.457 avg_d=0.777 std_dev=0.827
C3' B 0, -0.121, 0.756, 1.634, 3.122 max_d=3.122 avg_d=0.756 std_dev=0.878
O2' B 0, -0.007, 0.887, 1.781, 3.233 max_d=3.233 avg_d=0.887 std_dev=0.894
C4' B 0, -0.109, 0.810, 1.728, 3.098 max_d=3.098 avg_d=0.810 std_dev=0.918
O5' B 0, 0.002, 0.974, 1.946, 3.010 max_d=3.010 avg_d=0.974 std_dev=0.972
P A 0, -0.060, 0.945, 1.950, 3.573 max_d=3.573 avg_d=0.945 std_dev=1.005
C5' B 0, -0.062, 0.954, 1.971, 3.280 max_d=3.280 avg_d=0.954 std_dev=1.016
P B 0, 0.132, 1.284, 2.437, 3.384 max_d=3.384 avg_d=1.284 std_dev=1.152
O3' B 0, -0.365, 0.976, 2.317, 4.595 max_d=4.595 avg_d=0.976 std_dev=1.341
OP1 A 0, -0.312, 1.255, 2.823, 5.481 max_d=5.481 avg_d=1.255 std_dev=1.567
OP1 B 0, -0.060, 1.728, 3.515, 5.271 max_d=5.271 avg_d=1.728 std_dev=1.788
OP2 B 0, -0.224, 1.718, 3.660, 5.287 max_d=5.287 avg_d=1.718 std_dev=1.942

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.22 0.34 0.42 0.16
C2 0.02 0.00 0.13 0.22 0.02 0.08 0.02 0.19 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.23 0.03 0.58 1.03 0.47 0.55
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.02 0.07 0.05 0.10 0.14 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.30 0.44 0.24 0.21
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.15 0.01 0.13 0.03 0.18 0.06 0.21 0.20 0.17 0.09 0.07 0.02 0.01 0.03 0.37 0.47 0.12 0.31
C4 0.01 0.02 0.07 0.15 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.55 0.91 0.47 0.47
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.12 0.10 0.10 0.06 0.14 0.12 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.14 0.30 0.06
C5 0.02 0.02 0.04 0.13 0.01 0.10 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.64 1.12 0.49 0.57
C5' 0.04 0.19 0.02 0.03 0.19 0.01 0.26 0.00 0.28 0.24 0.24 0.16 0.33 0.29 0.16 0.05 0.05 0.02 0.01 0.17 0.30 0.03
C6 0.02 0.02 0.07 0.18 0.01 0.12 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.17 0.02 0.69 1.26 0.50 0.66
C8 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.10 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.04 0.51 0.81 0.49 0.39
N1 0.02 0.00 0.10 0.21 0.01 0.10 0.02 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.21 0.02 0.66 1.20 0.49 0.63
N3 0.02 0.00 0.14 0.20 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.20 0.03 0.51 0.87 0.45 0.45
N6 0.02 0.02 0.05 0.17 0.01 0.14 0.01 0.33 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.17 0.03 0.73 1.39 0.52 0.72
N7 0.02 0.03 0.03 0.09 0.01 0.12 0.01 0.29 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04 0.62 1.09 0.49 0.54
N9 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.46 0.69 0.46 0.34
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.06 0.05 0.11 0.28 0.28 0.10
O3' 0.03 0.23 0.03 0.01 0.13 0.01 0.13 0.05 0.17 0.06 0.21 0.20 0.17 0.09 0.06 0.06 0.00 0.01 0.26 0.52 0.11 0.33
O4' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.07 0.47 0.21
O5' 0.22 0.58 0.30 0.37 0.55 0.02 0.64 0.01 0.69 0.51 0.66 0.51 0.73 0.62 0.46 0.11 0.26 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.34 1.03 0.44 0.47 0.91 0.14 1.12 0.17 1.26 0.81 1.20 0.87 1.39 1.09 0.69 0.28 0.52 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.47 0.24 0.12 0.47 0.30 0.49 0.30 0.50 0.49 0.49 0.45 0.52 0.49 0.46 0.28 0.11 0.47 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.55 0.21 0.31 0.47 0.06 0.57 0.03 0.66 0.39 0.63 0.45 0.72 0.54 0.34 0.10 0.33 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.16 0.13 0.26 0.10 0.09 0.09 0.18 0.09 0.08 0.12 0.15 0.15 0.10 0.09 0.32 0.18 0.23 0.24 1.11 0.86 0.32
C2 0.06 0.09 0.14 0.33 0.06 0.08 0.11 0.18 0.14 0.10 0.11 0.06 0.24 0.14 0.06 0.26 0.17 0.13 0.28 1.19 0.87 0.38
C2' 0.14 0.21 0.13 0.33 0.15 0.15 0.14 0.24 0.15 0.14 0.18 0.19 0.19 0.16 0.13 0.38 0.25 0.22 0.32 1.14 0.99 0.40
C3' 0.27 0.32 0.23 0.40 0.27 0.28 0.27 0.37 0.26 0.27 0.29 0.30 0.29 0.29 0.26 0.50 0.40 0.32 0.45 1.19 1.05 0.53
C4 0.12 0.16 0.12 0.25 0.10 0.09 0.09 0.19 0.10 0.08 0.13 0.15 0.16 0.10 0.09 0.31 0.17 0.23 0.25 1.13 0.81 0.32
C4' 0.20 0.27 0.16 0.32 0.20 0.20 0.20 0.29 0.20 0.19 0.23 0.25 0.23 0.21 0.19 0.41 0.33 0.28 0.37 1.14 0.96 0.45
C5 0.16 0.19 0.11 0.20 0.13 0.12 0.10 0.21 0.10 0.09 0.14 0.19 0.13 0.09 0.13 0.34 0.19 0.28 0.25 1.10 0.72 0.30
C5' 0.40 0.43 0.37 0.48 0.40 0.42 0.39 0.49 0.38 0.40 0.39 0.42 0.40 0.40 0.39 0.56 0.57 0.45 0.57 1.24 1.04 0.64
C6 0.13 0.17 0.11 0.22 0.12 0.10 0.10 0.20 0.10 0.09 0.13 0.16 0.15 0.09 0.11 0.32 0.16 0.25 0.25 1.12 0.69 0.30
C8 0.20 0.23 0.10 0.16 0.16 0.16 0.10 0.23 0.09 0.10 0.15 0.23 0.11 0.07 0.16 0.37 0.24 0.33 0.25 1.07 0.72 0.28
N1 0.07 0.10 0.13 0.30 0.07 0.06 0.11 0.18 0.14 0.08 0.12 0.08 0.23 0.12 0.06 0.27 0.15 0.16 0.27 1.17 0.78 0.35
N3 0.07 0.11 0.14 0.31 0.07 0.08 0.10 0.18 0.13 0.09 0.12 0.09 0.21 0.13 0.06 0.28 0.17 0.16 0.27 1.17 0.88 0.36
N6 0.18 0.20 0.11 0.17 0.16 0.14 0.12 0.23 0.11 0.12 0.16 0.20 0.12 0.10 0.16 0.34 0.20 0.30 0.27 1.09 0.57 0.30
N7 0.22 0.24 0.10 0.14 0.17 0.18 0.11 0.24 0.09 0.11 0.16 0.24 0.10 0.08 0.17 0.38 0.25 0.35 0.26 1.06 0.66 0.28
N9 0.15 0.19 0.11 0.22 0.12 0.12 0.09 0.20 0.09 0.08 0.14 0.18 0.14 0.09 0.11 0.33 0.19 0.27 0.25 1.11 0.80 0.31
O2' 0.10 0.15 0.15 0.34 0.09 0.07 0.08 0.14 0.08 0.09 0.12 0.13 0.13 0.11 0.08 0.33 0.15 0.16 0.22 1.09 0.98 0.31
O3' 0.28 0.34 0.27 0.44 0.28 0.31 0.28 0.40 0.27 0.29 0.31 0.32 0.29 0.30 0.28 0.56 0.44 0.31 0.48 1.20 1.13 0.57
O4' 0.15 0.20 0.10 0.21 0.13 0.12 0.10 0.20 0.10 0.08 0.15 0.19 0.15 0.10 0.12 0.35 0.21 0.27 0.26 1.10 0.83 0.32
O5' 0.66 0.54 0.89 1.04 0.68 0.77 0.76 0.80 0.74 0.81 0.62 0.57 0.84 0.84 0.71 0.53 0.86 0.60 0.88 0.96 1.68 0.96
OP1 1.49 1.31 1.72 1.84 1.46 1.61 1.51 1.63 1.46 1.59 1.35 1.37 1.50 1.59 1.51 1.44 1.73 1.43 1.70 1.63 2.36 1.75
OP2 0.70 0.70 0.51 0.55 0.65 0.66 0.58 0.70 0.55 0.60 0.61 0.71 0.49 0.56 0.65 0.80 0.75 0.79 0.72 1.34 0.90 0.75
P 0.79 0.66 0.95 1.08 0.77 0.89 0.83 0.93 0.79 0.89 0.69 0.70 0.86 0.91 0.81 0.76 1.02 0.77 1.02 1.24 1.66 1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.29 0.01 0.27 0.53 0.09 0.24
C2 0.04 0.00 0.23 0.25 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.22 0.16 0.10 0.18 0.87 0.45 0.20
C2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.05 0.24 0.10 0.12 0.18 0.23 0.07 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.45 0.54 0.29 0.48
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.26 0.01 0.33 0.02 0.34 0.33 0.31 0.20 0.38 0.37 0.23 0.03 0.01 0.02 0.08 0.18 0.06 0.06
C4 0.02 0.01 0.12 0.26 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.07 0.06 0.20 0.86 0.39 0.22
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.07 0.05 0.09 0.12 0.06 0.28 0.03 0.00 0.02 0.09 0.22 0.02
C5 0.01 0.02 0.05 0.33 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.12 0.05 0.18 1.00 0.57 0.23
C5' 0.11 0.08 0.24 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.12 0.07 0.09 0.09 0.11 0.09 0.06 0.20 0.02 0.01 0.21 0.41 0.02
C6 0.02 0.02 0.10 0.34 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.10 0.06 0.17 1.04 0.65 0.22
C8 0.01 0.01 0.12 0.33 0.01 0.12 0.02 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.26 0.21 0.07 0.24 0.96 0.42 0.27
N1 0.04 0.00 0.18 0.31 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.26 0.06 0.08 0.15 0.97 0.59 0.20
N3 0.04 0.00 0.23 0.20 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.20 0.22 0.10 0.20 0.79 0.33 0.21
N6 0.02 0.02 0.07 0.38 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.33 0.18 0.07 0.16 1.11 0.75 0.22
N7 0.01 0.02 0.08 0.37 0.01 0.12 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.31 0.25 0.05 0.21 1.08 0.63 0.26
N9 0.00 0.01 0.02 0.23 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.08 0.03 0.23 0.78 0.26 0.24
O2' 0.04 0.22 0.01 0.03 0.22 0.28 0.29 0.06 0.29 0.26 0.26 0.20 0.33 0.31 0.19 0.00 0.04 0.19 0.32 0.40 0.27 0.40
O3' 0.29 0.16 0.02 0.01 0.07 0.03 0.12 0.20 0.10 0.21 0.06 0.22 0.18 0.25 0.08 0.04 0.00 0.24 0.34 0.60 0.29 0.36
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.02 0.06 0.07 0.08 0.10 0.07 0.05 0.03 0.19 0.24 0.00 0.11 0.30 0.09 0.08
O5' 0.27 0.18 0.45 0.08 0.20 0.02 0.18 0.01 0.17 0.24 0.15 0.20 0.16 0.21 0.23 0.32 0.34 0.11 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.53 0.87 0.54 0.18 0.86 0.09 1.00 0.21 1.04 0.96 0.97 0.79 1.11 1.08 0.78 0.40 0.60 0.30 0.04 0.00 0.03 0.02
OP2 0.09 0.45 0.29 0.06 0.39 0.22 0.57 0.41 0.65 0.42 0.59 0.33 0.75 0.63 0.26 0.27 0.29 0.09 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.24 0.20 0.48 0.06 0.22 0.02 0.23 0.02 0.22 0.27 0.20 0.21 0.22 0.26 0.24 0.40 0.36 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00