ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48906

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 4, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C4 B 0, 0.068, 0.206, 0.343, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.206 std_dev=0.137
C1' B 0, 0.129, 0.274, 0.419, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.274 std_dev=0.145
N9 B 0, 0.096, 0.249, 0.402, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.249 std_dev=0.153
N3 B 0, 0.042, 0.234, 0.425, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.234 std_dev=0.191
C5 B 0, 0.054, 0.249, 0.445, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.249 std_dev=0.195
O4' B 0, 0.102, 0.308, 0.514, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.308 std_dev=0.206
C2' B 0, 0.106, 0.322, 0.538, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.322 std_dev=0.216
C8 B 0, 0.090, 0.312, 0.533, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.312 std_dev=0.221
C6 B 0, 0.059, 0.287, 0.514, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.287 std_dev=0.227
N7 B 0, 0.095, 0.335, 0.576, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.335 std_dev=0.240
N1 B 0, 0.044, 0.287, 0.531, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.287 std_dev=0.244
C2 B 0, 0.022, 0.270, 0.518, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.270 std_dev=0.248
N6 B 0, 0.096, 0.402, 0.708, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.402 std_dev=0.306
C4' B 0, 0.072, 0.437, 0.803, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.437 std_dev=0.365
C5' B 0, 0.068, 0.486, 0.905, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.486 std_dev=0.419
O2' B 0, 0.095, 0.537, 0.979, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.537 std_dev=0.442
C3' B 0, -0.062, 0.503, 1.068, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.503 std_dev=0.565
O4' A 0, -0.346, 0.401, 1.148, 2.366 max_d=2.366 avg_d=0.401 std_dev=0.747
C2' A 0, -0.344, 0.441, 1.225, 2.504 max_d=2.504 avg_d=0.441 std_dev=0.784
O2' A 0, -0.330, 0.559, 1.447, 2.884 max_d=2.884 avg_d=0.559 std_dev=0.888
O5' B 0, -0.124, 0.809, 1.742, 3.070 max_d=3.070 avg_d=0.809 std_dev=0.933
P B 0, -0.017, 1.018, 2.052, 3.465 max_d=3.465 avg_d=1.018 std_dev=1.034
OP1 B 0, 0.160, 1.199, 2.238, 3.037 max_d=3.037 avg_d=1.199 std_dev=1.039
O3' B 0, -0.262, 0.780, 1.823, 3.274 max_d=3.274 avg_d=0.780 std_dev=1.043
C4' A 0, -0.492, 0.592, 1.675, 3.445 max_d=3.445 avg_d=0.592 std_dev=1.084
C3' A 0, -0.541, 0.680, 1.901, 3.890 max_d=3.890 avg_d=0.680 std_dev=1.221
OP2 B 0, -0.012, 1.314, 2.640, 3.830 max_d=3.830 avg_d=1.314 std_dev=1.326
O3' A 0, -0.745, 0.962, 2.668, 5.437 max_d=5.437 avg_d=0.962 std_dev=1.707
C5' A 0, -0.807, 1.087, 2.980, 6.060 max_d=6.060 avg_d=1.087 std_dev=1.894
O5' A 0, -0.526, 1.386, 3.298, 6.238 max_d=6.238 avg_d=1.386 std_dev=1.912
P A 0, -1.101, 1.629, 4.358, 8.743 max_d=8.743 avg_d=1.629 std_dev=2.730
OP1 A 0, -0.744, 2.100, 4.944, 9.018 max_d=9.018 avg_d=2.100 std_dev=2.844
OP2 A 0, -1.199, 2.038, 5.274, 10.420 max_d=10.420 avg_d=2.038 std_dev=3.237

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.49 0.70 0.26
C2 0.03 0.00 0.04 0.55 0.01 0.65 0.01 1.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.49 0.42 0.88 1.01 0.93 1.01
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.25 0.44 0.55 0.28
C3' 0.02 0.55 0.01 0.00 0.23 0.00 0.11 0.02 0.21 0.27 0.40 0.54 0.14 0.19 0.07 0.01 0.01 0.02 0.37 0.41 0.43 0.29
C4 0.01 0.01 0.02 0.23 0.00 0.31 0.01 0.50 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.18 0.22 0.37 0.77 0.54 0.40
C4' 0.01 0.65 0.02 0.00 0.31 0.00 0.16 0.01 0.29 0.29 0.51 0.63 0.21 0.17 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.28 0.33 0.08
C5 0.02 0.01 0.03 0.11 0.01 0.16 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.11 0.34 0.97 0.67 0.41
C5' 0.03 1.09 0.02 0.02 0.50 0.01 0.31 0.00 0.54 0.43 0.88 0.99 0.41 0.29 0.12 0.07 0.02 0.01 0.01 0.31 0.24 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.21 0.01 0.29 0.01 0.54 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.17 0.20 0.44 0.97 0.52 0.50
C8 0.01 0.02 0.04 0.27 0.01 0.29 0.01 0.43 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.10 0.25 0.21 0.67 1.24 1.38 0.89
N1 0.03 0.00 0.03 0.40 0.02 0.51 0.01 0.88 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.35 0.34 0.71 0.98 0.72 0.83
N3 0.02 0.01 0.04 0.54 0.01 0.63 0.01 0.99 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.46 0.42 0.77 0.87 0.75 0.83
N6 0.03 0.01 0.04 0.14 0.02 0.21 0.02 0.41 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.08 0.11 0.14 0.41 1.08 0.56 0.47
N7 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.17 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.20 0.10 0.57 1.29 1.21 0.77
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.27 0.77 0.83 0.40
O2' 0.02 0.24 0.00 0.01 0.11 0.07 0.06 0.07 0.10 0.10 0.18 0.23 0.08 0.06 0.03 0.00 0.04 0.05 0.12 0.31 0.50 0.20
O3' 0.02 0.49 0.02 0.01 0.18 0.02 0.09 0.02 0.17 0.25 0.35 0.46 0.11 0.20 0.06 0.04 0.00 0.02 0.35 0.32 0.33 0.23
O4' 0.00 0.42 0.01 0.02 0.22 0.01 0.11 0.01 0.20 0.21 0.34 0.42 0.14 0.10 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.37 0.64 0.16
O5' 0.11 0.88 0.25 0.37 0.37 0.01 0.34 0.01 0.44 0.67 0.71 0.77 0.41 0.57 0.27 0.12 0.35 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.49 1.01 0.44 0.41 0.77 0.28 0.97 0.31 0.97 1.24 0.98 0.87 1.08 1.29 0.77 0.31 0.32 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.70 0.93 0.55 0.43 0.54 0.33 0.67 0.24 0.52 1.38 0.72 0.75 0.56 1.21 0.83 0.50 0.33 0.64 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 1.01 0.28 0.29 0.40 0.08 0.41 0.01 0.50 0.89 0.83 0.83 0.47 0.77 0.40 0.20 0.23 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.08 0.23 0.21 0.11 0.09 0.15 0.11 0.14 0.18 0.08 0.09 0.19 0.20 0.12 0.38 0.24 0.08 0.48 0.94 0.73 0.45
C2 0.11 0.09 0.20 0.23 0.09 0.09 0.13 0.14 0.11 0.18 0.07 0.07 0.18 0.20 0.12 0.34 0.14 0.08 0.56 0.98 0.77 0.52
C2' 0.09 0.07 0.16 0.21 0.08 0.08 0.12 0.11 0.11 0.16 0.05 0.07 0.16 0.18 0.10 0.33 0.11 0.05 0.50 0.96 0.76 0.44
C3' 0.36 0.24 0.39 0.40 0.35 0.35 0.45 0.26 0.42 0.50 0.29 0.26 0.54 0.54 0.39 0.45 0.31 0.35 0.16 0.81 0.76 0.06
C4 0.11 0.08 0.22 0.20 0.10 0.09 0.14 0.11 0.13 0.17 0.08 0.08 0.20 0.19 0.12 0.37 0.23 0.08 0.49 0.94 0.69 0.44
C4' 0.47 0.33 0.55 0.55 0.47 0.47 0.58 0.40 0.56 0.63 0.41 0.36 0.68 0.68 0.51 0.60 0.53 0.44 0.10 0.81 0.78 0.09
C5 0.12 0.08 0.23 0.19 0.10 0.10 0.14 0.11 0.14 0.16 0.09 0.09 0.21 0.19 0.12 0.39 0.29 0.10 0.44 0.92 0.60 0.38
C5' 0.81 0.60 0.89 0.92 0.83 0.85 0.98 0.83 0.94 1.06 0.72 0.65 1.12 1.13 0.89 0.87 0.90 0.82 0.46 1.01 1.04 0.56
C6 0.12 0.08 0.22 0.19 0.10 0.09 0.14 0.11 0.14 0.17 0.09 0.08 0.21 0.19 0.12 0.38 0.27 0.10 0.46 0.93 0.59 0.39
C8 0.12 0.08 0.23 0.18 0.10 0.11 0.14 0.11 0.14 0.16 0.09 0.09 0.20 0.18 0.11 0.40 0.35 0.11 0.41 0.91 0.58 0.36
N1 0.11 0.09 0.20 0.21 0.09 0.08 0.14 0.12 0.12 0.17 0.08 0.08 0.20 0.19 0.12 0.35 0.18 0.08 0.52 0.96 0.68 0.47
N3 0.11 0.08 0.21 0.22 0.10 0.09 0.14 0.13 0.12 0.18 0.07 0.08 0.18 0.20 0.12 0.35 0.17 0.08 0.54 0.97 0.77 0.51
N6 0.13 0.09 0.24 0.19 0.11 0.12 0.14 0.13 0.14 0.16 0.11 0.10 0.19 0.17 0.13 0.39 0.33 0.12 0.41 0.90 0.48 0.34
N7 0.12 0.07 0.24 0.18 0.10 0.11 0.14 0.11 0.14 0.15 0.09 0.09 0.20 0.18 0.12 0.40 0.36 0.11 0.40 0.89 0.54 0.33
N9 0.11 0.08 0.23 0.19 0.10 0.09 0.14 0.11 0.14 0.17 0.08 0.09 0.20 0.19 0.12 0.38 0.27 0.09 0.46 0.93 0.67 0.42
O2' 0.07 0.09 0.08 0.21 0.09 0.14 0.12 0.29 0.11 0.15 0.08 0.08 0.16 0.17 0.11 0.30 0.13 0.14 0.69 1.12 0.87 0.67
O3' 0.32 0.20 0.33 0.38 0.31 0.32 0.41 0.23 0.37 0.48 0.25 0.23 0.48 0.52 0.36 0.38 0.22 0.34 0.18 0.82 0.79 0.10
O4' 0.31 0.24 0.45 0.43 0.32 0.31 0.40 0.21 0.40 0.43 0.30 0.25 0.49 0.47 0.35 0.54 0.48 0.25 0.20 0.81 0.69 0.13
O5' 0.60 0.47 0.75 0.80 0.65 0.66 0.81 0.64 0.79 0.88 0.59 0.49 0.96 0.96 0.70 0.51 0.61 0.58 0.35 0.58 1.15 0.44
OP1 1.16 1.14 1.26 1.27 1.18 1.18 1.23 1.14 1.20 1.29 1.13 1.15 1.25 1.33 1.20 0.96 0.95 1.13 0.99 0.42 1.59 0.96
OP2 0.53 0.42 0.67 0.78 0.61 0.64 0.86 0.73 0.83 0.98 0.56 0.40 1.08 1.10 0.69 0.48 0.76 0.57 0.43 0.90 1.18 0.60
P 0.76 0.56 0.92 0.98 0.81 0.84 1.01 0.87 0.97 1.11 0.71 0.60 1.17 1.20 0.88 0.63 0.81 0.76 0.50 0.69 1.31 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.19 0.01 0.26 0.50 0.34 0.18
C2 0.03 0.00 0.18 0.12 0.02 0.03 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.30 0.26 0.08 0.39 0.87 0.32 0.34
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.09 0.01 0.04 0.18 0.08 0.10 0.14 0.18 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.46 0.55 0.24 0.42
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.12 0.01 0.19 0.02 0.18 0.25 0.14 0.12 0.23 0.25 0.14 0.03 0.01 0.02 0.29 0.21 0.07 0.20
C4 0.02 0.02 0.09 0.12 0.00 0.02 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.12 0.05 0.44 0.85 0.30 0.35
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.07 0.15 0.03 0.05 0.11 0.14 0.05 0.22 0.03 0.00 0.02 0.05 0.37 0.07
C5 0.01 0.02 0.04 0.19 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.23 0.06 0.05 0.58 1.01 0.45 0.49
C5' 0.09 0.12 0.18 0.02 0.14 0.01 0.20 0.00 0.19 0.25 0.15 0.11 0.23 0.26 0.15 0.05 0.17 0.01 0.01 0.13 0.39 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.06 0.05 0.57 1.04 0.52 0.51
C8 0.02 0.02 0.10 0.25 0.01 0.15 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.18 0.19 0.05 0.64 0.96 0.35 0.51
N1 0.02 0.00 0.14 0.14 0.01 0.03 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.29 0.16 0.07 0.48 0.97 0.43 0.43
N3 0.03 0.00 0.18 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.28 0.07 0.35 0.78 0.27 0.28
N6 0.02 0.02 0.06 0.23 0.01 0.11 0.02 0.23 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.27 0.09 0.06 0.65 1.11 0.67 0.60
N7 0.01 0.02 0.06 0.25 0.01 0.14 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.22 0.18 0.05 0.69 1.10 0.53 0.60
N9 0.00 0.02 0.01 0.14 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.13 0.07 0.02 0.44 0.76 0.26 0.32
O2' 0.03 0.30 0.00 0.03 0.21 0.22 0.23 0.05 0.27 0.18 0.29 0.27 0.27 0.22 0.13 0.00 0.03 0.16 0.30 0.44 0.30 0.33
O3' 0.19 0.26 0.01 0.01 0.12 0.03 0.06 0.17 0.06 0.19 0.16 0.28 0.09 0.18 0.07 0.03 0.00 0.15 0.25 0.39 0.15 0.25
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.02 0.16 0.15 0.00 0.06 0.28 0.52 0.14
O5' 0.26 0.39 0.46 0.29 0.44 0.02 0.58 0.01 0.57 0.64 0.48 0.35 0.65 0.69 0.44 0.30 0.25 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 0.87 0.55 0.21 0.85 0.05 1.01 0.13 1.04 0.96 0.97 0.78 1.11 1.10 0.76 0.44 0.39 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.32 0.24 0.07 0.30 0.37 0.45 0.39 0.52 0.35 0.43 0.27 0.67 0.53 0.26 0.30 0.15 0.52 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.34 0.42 0.20 0.35 0.07 0.49 0.01 0.51 0.51 0.43 0.28 0.60 0.60 0.32 0.33 0.25 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00