ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48907

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.002, 0.021, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.027, 0.063, 0.100, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.063 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.040, 0.081, 0.121, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.081 std_dev=0.040
O3' A 0, 0.045, 0.093, 0.142, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.093 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.049, 0.100, 0.151, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.100 std_dev=0.051
C4' A 0, 0.047, 0.103, 0.159, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.103 std_dev=0.056
O2' A 0, 0.057, 0.132, 0.207, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.132 std_dev=0.075
C5' A 0, 0.071, 0.174, 0.276, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.174 std_dev=0.103
O5' A 0, 0.031, 0.175, 0.319, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.175 std_dev=0.144
N3 B 0, 0.125, 0.285, 0.446, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.285 std_dev=0.161
N1 B 0, 0.099, 0.263, 0.427, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.263 std_dev=0.164
C4 B 0, 0.176, 0.341, 0.506, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.341 std_dev=0.165
C2' B 0, 0.192, 0.357, 0.523, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.357 std_dev=0.165
C6 B 0, 0.176, 0.345, 0.515, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.345 std_dev=0.170
C2 B 0, 0.060, 0.231, 0.403, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.231 std_dev=0.171
C3' B 0, 0.179, 0.353, 0.527, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.353 std_dev=0.174
C5 B 0, 0.199, 0.376, 0.553, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.376 std_dev=0.177
O3' B 0, 0.156, 0.336, 0.517, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.336 std_dev=0.181
N9 B 0, 0.217, 0.406, 0.594, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.406 std_dev=0.188
O2' B 0, 0.210, 0.400, 0.591, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.400 std_dev=0.191
N6 B 0, 0.207, 0.405, 0.603, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.405 std_dev=0.198
C1' B 0, 0.227, 0.425, 0.623, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.425 std_dev=0.198
C4' B 0, 0.197, 0.399, 0.601, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.399 std_dev=0.202
N7 B 0, 0.240, 0.458, 0.675, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.458 std_dev=0.217
O5' B 0, 0.113, 0.332, 0.551, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.332 std_dev=0.219
C8 B 0, 0.242, 0.462, 0.682, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.462 std_dev=0.220
C5' B 0, 0.143, 0.370, 0.597, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.370 std_dev=0.227
O4' B 0, 0.250, 0.483, 0.717, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.483 std_dev=0.234
P A 0, 0.058, 0.318, 0.579, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.318 std_dev=0.260
P B 0, 0.305, 0.588, 0.871, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.588 std_dev=0.283
OP1 B 0, 0.381, 0.722, 1.063, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.722 std_dev=0.341
OP1 A 0, 0.068, 0.418, 0.768, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.418 std_dev=0.350
OP2 A 0, 0.032, 0.394, 0.756, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.394 std_dev=0.362
OP2 B 0, 0.440, 0.886, 1.333, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.886 std_dev=0.446

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.04 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.08 0.06 0.20 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.07 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.09 0.09 0.21 0.14
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.12 0.14 0.26 0.18
C5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.11 0.13 0.27 0.18
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.15 0.18 0.26 0.20
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.05 0.10 0.10 0.24 0.15
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.17 0.11
N6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.12 0.16 0.30 0.20
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.14 0.19 0.29 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.10 0.10 0.19 0.14
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.08 0.07
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.03 0.02
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
O5' 0.06 0.08 0.06 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.11 0.15 0.10 0.07 0.12 0.14 0.10 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.03 0.09 0.04 0.14 0.04 0.13 0.18 0.10 0.05 0.16 0.19 0.10 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.20 0.07 0.02 0.21 0.01 0.26 0.01 0.27 0.26 0.24 0.17 0.30 0.29 0.19 0.08 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.12 0.06 0.01 0.14 0.01 0.18 0.01 0.18 0.20 0.15 0.11 0.20 0.21 0.14 0.07 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.08 0.09 0.06 0.09 0.08 0.05 0.05 0.21 0.16 0.11
C2 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.08 0.08 0.08 0.05 0.07 0.07 0.11 0.09 0.07 0.06 0.19 0.16 0.10
C2' 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.08 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.07 0.06 0.19 0.13 0.09
C3' 0.06 0.07 0.08 0.08 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.05 0.06 0.08 0.09 0.06 0.09 0.08 0.05 0.05 0.21 0.15 0.11
C4 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.06 0.09 0.09 0.06 0.09 0.08 0.05 0.05 0.20 0.16 0.11
C4' 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05 0.05 0.08 0.02 0.03 0.08 0.09 0.05 0.08 0.06 0.03 0.05 0.23 0.19 0.14
C5 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.08 0.09 0.04 0.05 0.13 0.10 0.06 0.09 0.08 0.05 0.05 0.21 0.18 0.12
C5' 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.04 0.07 0.07 0.02 0.06 0.05 0.02 0.06 0.22 0.19 0.13
C6 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.08 0.08 0.04 0.06 0.12 0.10 0.06 0.09 0.08 0.05 0.06 0.20 0.19 0.12
C8 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.09 0.04 0.09 0.09 0.05 0.05 0.14 0.11 0.06 0.08 0.07 0.05 0.05 0.22 0.18 0.12
N1 0.07 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.09 0.06 0.06 0.20 0.17 0.11
N3 0.08 0.08 0.09 0.09 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.10 0.09 0.07 0.06 0.20 0.15 0.10
N6 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.10 0.04 0.11 0.09 0.06 0.05 0.16 0.11 0.06 0.08 0.08 0.05 0.06 0.20 0.20 0.13
N7 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.09 0.04 0.11 0.09 0.05 0.04 0.16 0.12 0.06 0.08 0.07 0.04 0.05 0.22 0.19 0.13
N9 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.08 0.04 0.06 0.11 0.10 0.06 0.09 0.08 0.05 0.05 0.21 0.17 0.11
O2' 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.11 0.09 0.17 0.12 0.09
O3' 0.06 0.07 0.07 0.07 0.04 0.05 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.04 0.06 0.22 0.15 0.11
O4' 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05 0.05 0.07 0.02 0.02 0.08 0.09 0.04 0.09 0.06 0.02 0.05 0.23 0.19 0.13
O5' 0.10 0.12 0.11 0.12 0.08 0.11 0.06 0.15 0.06 0.05 0.09 0.12 0.06 0.05 0.08 0.09 0.12 0.10 0.12 0.15 0.14 0.09
OP1 0.13 0.16 0.14 0.16 0.11 0.13 0.07 0.18 0.08 0.06 0.12 0.15 0.06 0.05 0.10 0.12 0.15 0.12 0.13 0.15 0.14 0.09
OP2 0.29 0.29 0.29 0.31 0.26 0.29 0.22 0.33 0.21 0.21 0.25 0.30 0.17 0.19 0.26 0.26 0.30 0.28 0.29 0.19 0.20 0.20
P 0.17 0.19 0.18 0.19 0.15 0.18 0.11 0.22 0.11 0.11 0.15 0.19 0.08 0.09 0.15 0.15 0.18 0.17 0.18 0.14 0.14 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.14 0.22 0.11
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.06 0.01 0.05 0.14 0.17 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.18 0.08
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.10 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.06 0.15 0.17 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.05
C5 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.11 0.17 0.14 0.11
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.14 0.09 0.04 0.14 0.15 0.08 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.12 0.17 0.15 0.12
C8 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.13 0.16 0.14 0.11
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.08 0.16 0.15 0.10
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.03 0.14 0.19 0.10
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.14 0.19 0.15 0.14
N7 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.15 0.18 0.14 0.13
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.14 0.18 0.10
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.09 0.09 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.07 0.20 0.08
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.09 0.07 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.14 0.23 0.12
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.12 0.13 0.08 0.03 0.14 0.15 0.07 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.14 0.14 0.09 0.07 0.15 0.05 0.17 0.04 0.17 0.16 0.16 0.14 0.19 0.18 0.14 0.07 0.09 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.17 0.18 0.10 0.17 0.13 0.14 0.04 0.15 0.14 0.15 0.19 0.15 0.14 0.18 0.20 0.07 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.10 0.08 0.04 0.10 0.05 0.11 0.01 0.12 0.11 0.10 0.10 0.14 0.13 0.10 0.08 0.03 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00