ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48908

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, -0.055, 1.357, 2.769, 3.301 max_d=3.301 avg_d=1.357 std_dev=1.412
N1 A 0, -0.446, 1.120, 2.686, 3.424 max_d=3.424 avg_d=1.120 std_dev=1.566
N6 B 0, 0.048, 1.618, 3.187, 3.727 max_d=3.727 avg_d=1.618 std_dev=1.569
C6 B 0, -0.103, 1.632, 3.368, 4.028 max_d=4.028 avg_d=1.632 std_dev=1.735
N6 A 0, -0.544, 1.387, 3.319, 4.151 max_d=4.151 avg_d=1.387 std_dev=1.931
C6 A 0, -0.592, 1.452, 3.495, 4.417 max_d=4.417 avg_d=1.452 std_dev=2.044
C2 B 0, -0.455, 2.165, 4.785, 5.856 max_d=5.856 avg_d=2.165 std_dev=2.620
C2 A 0, -0.783, 1.911, 4.604, 5.812 max_d=5.812 avg_d=1.911 std_dev=2.693
C5 B 0, -0.518, 2.531, 5.579, 6.817 max_d=6.817 avg_d=2.531 std_dev=3.048
C5 A 0, -0.965, 2.360, 5.686, 7.144 max_d=7.144 avg_d=2.360 std_dev=3.326
N3 B 0, -0.748, 2.921, 6.590, 8.103 max_d=8.103 avg_d=2.921 std_dev=3.669
C4 B 0, -0.741, 2.992, 6.725, 8.260 max_d=8.260 avg_d=2.992 std_dev=3.733
N3 A 0, -1.095, 2.703, 6.500, 8.171 max_d=8.171 avg_d=2.703 std_dev=3.798
C4 A 0, -1.148, 2.814, 6.775, 8.510 max_d=8.510 avg_d=2.814 std_dev=3.962
N7 B 0, -0.765, 3.310, 7.384, 9.047 max_d=9.047 avg_d=3.310 std_dev=4.074
N7 A 0, -1.260, 3.100, 7.459, 9.337 max_d=9.337 avg_d=3.100 std_dev=4.360
N9 B 0, -0.978, 3.909, 8.796, 10.810 max_d=10.810 avg_d=3.909 std_dev=4.887
C8 B 0, -1.008, 3.991, 8.989, 11.044 max_d=11.044 avg_d=3.991 std_dev=4.998
N9 A 0, -1.503, 3.673, 8.849, 11.085 max_d=11.085 avg_d=3.673 std_dev=5.176
C8 A 0, -1.527, 3.764, 9.056, 11.330 max_d=11.330 avg_d=3.764 std_dev=5.292
C1' B 0, -1.113, 4.827, 10.766, 13.214 max_d=13.214 avg_d=4.827 std_dev=5.940
O2' B 0, -0.578, 5.652, 11.881, 14.387 max_d=14.387 avg_d=5.652 std_dev=6.229
C1' A 0, -1.840, 4.481, 10.803, 13.518 max_d=13.518 avg_d=4.481 std_dev=6.322
C2' B 0, -1.059, 5.396, 11.852, 14.500 max_d=14.500 avg_d=5.396 std_dev=6.455
C2' A 0, -1.271, 5.329, 11.929, 14.668 max_d=14.668 avg_d=5.329 std_dev=6.600
O4' A 0, -1.366, 5.301, 11.968, 14.758 max_d=14.758 avg_d=5.301 std_dev=6.667
O4' B 0, -1.294, 5.479, 12.253, 15.061 max_d=15.061 avg_d=5.479 std_dev=6.773
OP2 A 0, 0.075, 6.852, 13.630, 15.204 max_d=15.204 avg_d=6.852 std_dev=6.777
C3' A 0, -0.989, 5.815, 12.618, 15.327 max_d=15.327 avg_d=5.815 std_dev=6.803
O5' A 0, -0.623, 6.451, 13.524, 16.089 max_d=16.089 avg_d=6.451 std_dev=7.073
P A 0, -0.271, 6.943, 14.158, 16.398 max_d=16.398 avg_d=6.943 std_dev=7.214
C5' A 0, -0.728, 6.502, 13.731, 16.382 max_d=16.382 avg_d=6.502 std_dev=7.229
C4' A 0, -1.244, 5.998, 13.241, 16.192 max_d=16.192 avg_d=5.998 std_dev=7.243
O2' A 0, -1.428, 6.113, 13.654, 16.763 max_d=16.763 avg_d=6.113 std_dev=7.541
O3' A 0, -0.844, 6.849, 14.542, 17.461 max_d=17.461 avg_d=6.849 std_dev=7.693
C3' B 0, -1.372, 6.379, 14.131, 17.322 max_d=17.322 avg_d=6.379 std_dev=7.752
OP1 A 0, -0.427, 7.486, 15.399, 18.107 max_d=18.107 avg_d=7.486 std_dev=7.913
C4' B 0, -1.515, 6.431, 14.376, 17.652 max_d=17.652 avg_d=6.431 std_dev=7.946
O3' B 0, -1.072, 7.115, 15.303, 18.660 max_d=18.660 avg_d=7.115 std_dev=8.188
O5' B 0, -0.973, 7.569, 16.111, 19.519 max_d=19.519 avg_d=7.569 std_dev=8.542
C5' B 0, -1.599, 7.141, 15.881, 19.511 max_d=19.511 avg_d=7.141 std_dev=8.740
OP2 B 0, -1.261, 8.069, 17.399, 21.064 max_d=21.064 avg_d=8.069 std_dev=9.330
P B 0, -1.296, 8.271, 17.837, 21.620 max_d=21.620 avg_d=8.271 std_dev=9.567
OP1 B 0, -1.504, 9.171, 19.846, 24.142 max_d=24.142 avg_d=9.171 std_dev=10.675

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.16 0.09 0.21 0.07
C2 0.02 0.00 0.12 0.80 0.01 0.88 0.01 1.43 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.29 0.76 0.54 0.96 1.20 1.17 1.38
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.11 0.10 0.13 0.09 0.10 0.04 0.00 0.01 0.01 0.27 0.49 0.21 0.23
C3' 0.01 0.80 0.00 0.00 0.32 0.00 0.12 0.01 0.27 0.49 0.57 0.80 0.17 0.36 0.10 0.01 0.00 0.01 0.36 0.76 0.13 0.34
C4 0.01 0.01 0.06 0.32 0.00 0.39 0.00 0.60 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.27 0.28 0.22 0.37 0.21 0.42
C4' 0.00 0.88 0.01 0.00 0.39 0.00 0.16 0.00 0.36 0.47 0.67 0.85 0.24 0.30 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.23 0.24 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.16 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.13 0.33 0.24 0.67 0.26
C5' 0.02 1.43 0.01 0.01 0.60 0.00 0.29 0.00 0.61 0.70 1.12 1.30 0.42 0.46 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.35 0.44 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.27 0.01 0.36 0.01 0.61 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.24 0.26 0.24 0.45 0.38 0.44
C8 0.01 0.01 0.11 0.49 0.01 0.47 0.01 0.70 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.46 0.29 1.17 0.91 1.62 1.09
N1 0.01 0.00 0.10 0.57 0.01 0.67 0.01 1.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.24 0.53 0.43 0.64 0.95 0.71 1.04
N3 0.02 0.00 0.13 0.80 0.01 0.85 0.01 1.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.71 0.53 0.86 0.99 0.98 1.17
N6 0.02 0.00 0.09 0.17 0.01 0.24 0.01 0.42 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.17 0.18 0.31 0.36 0.72 0.33
N7 0.01 0.01 0.10 0.36 0.00 0.30 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.38 0.14 1.00 0.78 1.62 0.95
N9 0.00 0.02 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.40 0.24 0.60 0.27
O2' 0.02 0.29 0.00 0.01 0.14 0.05 0.08 0.05 0.14 0.09 0.24 0.27 0.11 0.04 0.02 0.00 0.06 0.06 0.11 0.35 0.05 0.11
O3' 0.02 0.76 0.01 0.00 0.27 0.02 0.12 0.02 0.24 0.46 0.53 0.71 0.17 0.38 0.09 0.06 0.00 0.02 0.29 0.97 0.11 0.38
O4' 0.01 0.54 0.01 0.01 0.28 0.00 0.13 0.01 0.26 0.29 0.43 0.53 0.18 0.14 0.01 0.06 0.02 0.00 0.07 0.16 0.06 0.14
O5' 0.16 0.96 0.27 0.36 0.22 0.01 0.33 0.01 0.24 1.17 0.64 0.86 0.31 1.00 0.40 0.11 0.29 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 1.20 0.49 0.76 0.37 0.23 0.24 0.35 0.45 0.91 0.95 0.99 0.36 0.78 0.24 0.35 0.97 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 1.17 0.21 0.13 0.21 0.24 0.67 0.44 0.38 1.62 0.71 0.98 0.72 1.62 0.60 0.05 0.11 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 1.38 0.23 0.34 0.42 0.02 0.26 0.01 0.44 1.09 1.04 1.17 0.33 0.95 0.27 0.11 0.38 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.23 0.29 0.30 0.12 0.13 0.07 0.19 0.07 0.08 0.16 0.20 0.10 0.11 0.09 0.35 0.08 0.09 0.61 0.50 0.70 0.57
C2 0.07 0.17 0.13 0.17 0.08 0.09 0.06 0.24 0.08 0.08 0.16 0.12 0.07 0.09 0.07 0.43 0.18 0.09 0.66 0.53 0.70 0.61
C2' 0.18 0.19 0.26 0.37 0.19 0.23 0.22 0.28 0.22 0.23 0.20 0.18 0.26 0.25 0.19 0.23 0.15 0.16 0.62 0.59 0.85 0.65
C3' 0.64 0.51 0.75 0.79 0.64 0.65 0.71 0.59 0.70 0.75 0.58 0.53 0.78 0.79 0.67 0.52 0.44 0.61 0.60 0.79 1.18 0.82
C4 0.17 0.23 0.31 0.31 0.14 0.14 0.09 0.16 0.09 0.09 0.18 0.20 0.07 0.10 0.12 0.34 0.09 0.10 0.57 0.46 0.69 0.54
C4' 0.79 0.66 0.97 0.97 0.75 0.77 0.78 0.63 0.76 0.82 0.69 0.69 0.78 0.82 0.78 0.85 0.73 0.69 0.56 0.73 1.13 0.74
C5 0.27 0.29 0.46 0.41 0.22 0.22 0.16 0.15 0.14 0.16 0.22 0.28 0.09 0.14 0.21 0.43 0.15 0.16 0.50 0.41 0.69 0.49
C5' 1.32 1.03 1.57 1.58 1.26 1.31 1.36 1.21 1.29 1.46 1.10 1.11 1.38 1.48 1.35 1.40 1.32 1.21 1.06 1.32 1.73 1.30
C6 0.25 0.26 0.43 0.38 0.21 0.21 0.17 0.16 0.15 0.18 0.22 0.25 0.10 0.16 0.21 0.39 0.13 0.16 0.50 0.41 0.68 0.49
C8 0.32 0.35 0.54 0.47 0.25 0.27 0.16 0.17 0.14 0.16 0.25 0.34 0.10 0.13 0.24 0.53 0.21 0.20 0.48 0.41 0.70 0.49
N1 0.11 0.17 0.22 0.25 0.10 0.11 0.10 0.18 0.10 0.11 0.17 0.13 0.09 0.12 0.10 0.33 0.13 0.08 0.58 0.47 0.68 0.54
N3 0.08 0.17 0.16 0.20 0.07 0.09 0.06 0.23 0.07 0.08 0.15 0.12 0.07 0.10 0.06 0.40 0.14 0.08 0.66 0.53 0.70 0.60
N6 0.37 0.36 0.60 0.49 0.32 0.30 0.26 0.22 0.22 0.28 0.29 0.35 0.14 0.24 0.32 0.57 0.21 0.24 0.46 0.40 0.70 0.49
N7 0.37 0.38 0.61 0.52 0.30 0.31 0.20 0.20 0.17 0.21 0.27 0.38 0.11 0.16 0.29 0.61 0.24 0.23 0.46 0.39 0.70 0.48
N9 0.21 0.27 0.38 0.36 0.17 0.18 0.11 0.16 0.10 0.10 0.19 0.25 0.09 0.10 0.15 0.38 0.11 0.13 0.55 0.45 0.69 0.53
O2' 0.21 0.06 0.21 0.34 0.21 0.28 0.30 0.47 0.25 0.38 0.11 0.10 0.35 0.41 0.27 0.45 0.40 0.24 0.85 0.77 0.89 0.82
O3' 0.62 0.46 0.69 0.78 0.63 0.67 0.74 0.65 0.72 0.80 0.56 0.49 0.84 0.85 0.68 0.37 0.39 0.64 0.65 0.89 1.26 0.90
O4' 0.57 0.55 0.78 0.74 0.52 0.51 0.47 0.32 0.47 0.46 0.51 0.55 0.41 0.43 0.52 0.78 0.58 0.43 0.42 0.41 0.79 0.45
O5' 0.93 0.64 1.27 1.24 0.85 0.91 0.93 0.80 0.85 1.05 0.68 0.72 0.92 1.06 0.94 1.12 0.97 0.76 0.81 0.97 1.38 0.98
OP1 1.53 1.07 1.98 1.95 1.40 1.56 1.48 1.48 1.34 1.69 1.11 1.20 1.39 1.67 1.54 1.82 1.70 1.35 1.37 1.62 1.95 1.57
OP2 1.11 0.74 1.56 1.52 1.03 1.10 1.22 1.09 1.08 1.45 0.78 0.81 1.27 1.51 1.19 1.33 1.15 0.92 1.09 1.37 1.86 1.38
P 1.47 1.01 1.90 1.86 1.37 1.47 1.49 1.40 1.36 1.69 1.09 1.14 1.46 1.70 1.51 1.73 1.59 1.29 1.31 1.57 1.98 1.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.27 0.00 0.24 0.19 0.35 0.13
C2 0.03 0.00 0.35 0.22 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.31 0.31 0.18 0.35 0.20 0.26 0.18
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.18 0.02 0.08 0.21 0.15 0.20 0.26 0.36 0.10 0.13 0.03 0.01 0.04 0.02 0.60 0.66 0.90 0.71
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.19 0.01 0.23 0.03 0.25 0.25 0.23 0.20 0.27 0.27 0.16 0.03 0.01 0.03 0.31 0.51 0.59 0.44
C4 0.02 0.00 0.18 0.19 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.18 0.10 0.43 0.23 0.26 0.22
C4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.12 0.01 0.05 0.06 0.10 0.05 0.25 0.08 0.01 0.03 0.20 0.36 0.09
C5 0.02 0.00 0.08 0.23 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.09 0.05 0.56 0.32 0.42 0.36
C5' 0.07 0.11 0.21 0.03 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.21 0.13 0.10 0.19 0.22 0.12 0.11 0.21 0.02 0.01 0.16 0.29 0.02
C6 0.02 0.00 0.15 0.25 0.01 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.12 0.08 0.55 0.32 0.46 0.37
C8 0.02 0.01 0.20 0.25 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.38 0.17 0.10 0.64 0.34 0.38 0.41
N1 0.03 0.00 0.26 0.23 0.01 0.01 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.21 0.14 0.45 0.26 0.37 0.28
N3 0.03 0.00 0.36 0.20 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.33 0.33 0.18 0.31 0.18 0.22 0.12
N6 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.24 0.11 0.06 0.61 0.38 0.59 0.45
N7 0.02 0.00 0.13 0.27 0.01 0.10 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.37 0.17 0.05 0.68 0.39 0.53 0.47
N9 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.12 0.01 0.44 0.23 0.24 0.22
O2' 0.03 0.31 0.01 0.03 0.14 0.25 0.22 0.11 0.18 0.38 0.20 0.33 0.24 0.37 0.17 0.00 0.07 0.16 0.42 0.55 1.10 0.67
O3' 0.27 0.31 0.04 0.01 0.18 0.08 0.09 0.21 0.12 0.17 0.21 0.33 0.11 0.17 0.12 0.07 0.00 0.20 0.10 0.31 0.48 0.20
O4' 0.00 0.18 0.02 0.03 0.10 0.01 0.05 0.02 0.08 0.10 0.14 0.18 0.06 0.05 0.01 0.16 0.20 0.00 0.14 0.07 0.59 0.26
O5' 0.24 0.35 0.60 0.31 0.43 0.03 0.56 0.01 0.55 0.64 0.45 0.31 0.61 0.68 0.44 0.42 0.10 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.19 0.20 0.66 0.51 0.23 0.20 0.32 0.16 0.32 0.34 0.26 0.18 0.38 0.39 0.23 0.55 0.31 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.26 0.90 0.59 0.26 0.36 0.42 0.29 0.46 0.38 0.37 0.22 0.59 0.53 0.24 1.10 0.48 0.59 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.18 0.71 0.44 0.22 0.09 0.36 0.02 0.37 0.41 0.28 0.12 0.45 0.47 0.22 0.67 0.20 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00