ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48909

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N6 B 0, 0.135, 1.777, 3.418, 3.836 max_d=3.836 avg_d=1.777 std_dev=1.641
N1 B 0, -0.027, 1.695, 3.416, 3.801 max_d=3.801 avg_d=1.695 std_dev=1.721
N6 A 0, -0.323, 1.583, 3.489, 3.982 max_d=3.982 avg_d=1.583 std_dev=1.906
N1 A 0, -0.336, 1.571, 3.479, 3.971 max_d=3.971 avg_d=1.571 std_dev=1.908
C6 B 0, -0.009, 1.941, 3.892, 4.327 max_d=4.327 avg_d=1.941 std_dev=1.950
C6 A 0, -0.397, 1.819, 4.034, 4.536 max_d=4.536 avg_d=1.819 std_dev=2.215
C2 B 0, -0.312, 2.676, 5.664, 6.346 max_d=6.346 avg_d=2.676 std_dev=2.988
C2 A 0, -0.551, 2.570, 5.692, 6.476 max_d=6.476 avg_d=2.570 std_dev=3.122
C5 B 0, -0.271, 3.013, 6.297, 7.036 max_d=7.036 avg_d=3.013 std_dev=3.284
C5 A 0, -0.637, 2.892, 6.421, 7.221 max_d=7.221 avg_d=2.892 std_dev=3.529
C4 B 0, -0.468, 3.607, 7.683, 8.607 max_d=8.607 avg_d=3.607 std_dev=4.076
N3 B 0, -0.506, 3.571, 7.648, 8.579 max_d=8.579 avg_d=3.571 std_dev=4.077
N3 A 0, -0.756, 3.488, 7.732, 8.756 max_d=8.756 avg_d=3.488 std_dev=4.244
N7 B 0, -0.408, 3.843, 8.093, 9.074 max_d=9.074 avg_d=3.843 std_dev=4.251
C4 A 0, -0.775, 3.520, 7.815, 8.810 max_d=8.810 avg_d=3.520 std_dev=4.295
N7 A 0, -0.800, 3.684, 8.169, 9.223 max_d=9.223 avg_d=3.684 std_dev=4.484
N9 B 0, -0.651, 4.601, 9.854, 11.064 max_d=11.064 avg_d=4.601 std_dev=5.253
C8 B 0, -0.616, 4.643, 9.902, 11.124 max_d=11.124 avg_d=4.643 std_dev=5.259
N9 A 0, -0.989, 4.491, 9.970, 11.212 max_d=11.212 avg_d=4.491 std_dev=5.479
C8 A 0, -0.984, 4.496, 9.976, 11.247 max_d=11.247 avg_d=4.496 std_dev=5.480
C1' B 0, -0.862, 5.615, 12.093, 13.553 max_d=13.553 avg_d=5.615 std_dev=6.478
C1' A 0, -1.205, 5.489, 12.182, 13.724 max_d=13.724 avg_d=5.489 std_dev=6.693
O4' B 0, -0.816, 6.140, 13.096, 14.773 max_d=14.773 avg_d=6.140 std_dev=6.956
C2' A 0, -0.699, 6.265, 13.229, 14.835 max_d=14.835 avg_d=6.265 std_dev=6.964
C2' B 0, -0.644, 6.633, 13.910, 15.653 max_d=15.653 avg_d=6.633 std_dev=7.277
O5' B 0, 0.305, 7.681, 15.057, 16.877 max_d=16.877 avg_d=7.681 std_dev=7.376
O4' A 0, -0.830, 6.577, 13.983, 15.647 max_d=15.647 avg_d=6.577 std_dev=7.406
O2' B 0, -0.512, 7.188, 14.888, 16.859 max_d=16.859 avg_d=7.188 std_dev=7.700
C3' A 0, -0.535, 7.183, 14.900, 16.657 max_d=16.657 avg_d=7.183 std_dev=7.718
P B 0, 0.941, 8.691, 16.442, 18.325 max_d=18.325 avg_d=8.691 std_dev=7.750
O2' A 0, -0.741, 7.013, 14.768, 16.585 max_d=16.585 avg_d=7.013 std_dev=7.755
OP2 B 0, 1.029, 8.881, 16.734, 18.877 max_d=18.877 avg_d=8.881 std_dev=7.852
C4' B 0, -0.557, 7.437, 15.431, 17.359 max_d=17.359 avg_d=7.437 std_dev=7.994
C3' B 0, -0.448, 7.621, 15.690, 17.494 max_d=17.494 avg_d=7.621 std_dev=8.069
C5' B 0, -0.164, 7.979, 16.123, 18.172 max_d=18.172 avg_d=7.979 std_dev=8.144
O5' A 0, -0.194, 8.013, 16.220, 18.115 max_d=18.115 avg_d=8.013 std_dev=8.207
C4' A 0, -0.755, 7.615, 15.985, 17.875 max_d=17.875 avg_d=7.615 std_dev=8.370
O3' A 0, -0.231, 8.203, 16.636, 18.561 max_d=18.561 avg_d=8.203 std_dev=8.433
OP1 B 0, 1.174, 9.825, 18.475, 20.270 max_d=20.270 avg_d=9.825 std_dev=8.650
P A 0, 0.332, 9.075, 17.818, 19.807 max_d=19.807 avg_d=9.075 std_dev=8.743
O3' B 0, -0.124, 8.655, 17.435, 19.689 max_d=19.689 avg_d=8.655 std_dev=8.780
OP1 A 0, 0.653, 9.444, 18.236, 20.190 max_d=20.190 avg_d=9.444 std_dev=8.792
C5' A 0, -0.329, 8.553, 17.434, 19.417 max_d=19.417 avg_d=8.553 std_dev=8.882
OP2 A 0, 0.482, 9.455, 18.428, 20.573 max_d=20.573 avg_d=9.455 std_dev=8.973

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.09 0.12 0.11 0.07
C2 0.05 0.00 0.22 0.19 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.26 0.29 0.02 0.15 0.34 0.33 0.21
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.12 0.16 0.23 0.06 0.09 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.08 0.14 0.06
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.05 0.20 0.12 0.19 0.06 0.17 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.13 0.06
C4 0.03 0.01 0.10 0.07 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.11 0.01 0.17 0.32 0.31 0.21
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04 0.14 0.03 0.09 0.06 0.13 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.09 0.09 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.24 0.44 0.44 0.31
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.15 0.21 0.09 0.04 0.19 0.23 0.10 0.03 0.04 0.02 0.01 0.16 0.15 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.05 0.01 0.04 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.08 0.03 0.24 0.48 0.48 0.33
C8 0.02 0.02 0.12 0.20 0.01 0.14 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.10 0.20 0.06 0.28 0.39 0.35 0.27
N1 0.04 0.01 0.16 0.12 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.20 0.01 0.19 0.42 0.43 0.28
N3 0.05 0.00 0.23 0.19 0.01 0.09 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.27 0.03 0.13 0.28 0.27 0.16
N6 0.03 0.02 0.06 0.06 0.02 0.06 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.06 0.04 0.29 0.56 0.57 0.40
N7 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.17 0.05 0.31 0.50 0.48 0.35
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.17 0.26 0.24 0.16
O2' 0.04 0.26 0.00 0.01 0.11 0.04 0.07 0.03 0.12 0.10 0.20 0.25 0.10 0.07 0.03 0.00 0.04 0.10 0.07 0.08 0.11 0.06
O3' 0.03 0.29 0.03 0.01 0.11 0.04 0.04 0.04 0.08 0.20 0.20 0.27 0.06 0.17 0.03 0.04 0.00 0.03 0.05 0.16 0.14 0.07
O4' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.10 0.03 0.00 0.07 0.07 0.13 0.10
O5' 0.09 0.15 0.07 0.05 0.17 0.02 0.24 0.01 0.24 0.28 0.19 0.13 0.29 0.31 0.17 0.07 0.05 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.34 0.08 0.09 0.32 0.09 0.44 0.16 0.48 0.39 0.42 0.28 0.56 0.50 0.26 0.08 0.16 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.33 0.14 0.13 0.31 0.09 0.44 0.15 0.48 0.35 0.43 0.27 0.57 0.48 0.24 0.11 0.14 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.21 0.06 0.06 0.21 0.03 0.31 0.02 0.33 0.27 0.28 0.16 0.40 0.35 0.16 0.06 0.07 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.22 0.19 0.20 0.04 0.27 0.15 0.50 0.10 0.24 0.12 0.16 0.24 0.30 0.10 0.15 0.18 0.36 0.63 0.90 0.61 0.79
C2 0.15 0.07 0.07 0.20 0.12 0.23 0.16 0.33 0.13 0.22 0.07 0.07 0.18 0.23 0.16 0.32 0.19 0.33 0.40 0.56 0.50 0.50
C2' 0.14 0.16 0.15 0.21 0.13 0.30 0.25 0.50 0.20 0.35 0.09 0.12 0.35 0.40 0.19 0.16 0.21 0.41 0.62 0.84 0.64 0.77
C3' 0.10 0.31 0.38 0.37 0.10 0.16 0.12 0.38 0.11 0.19 0.18 0.27 0.25 0.26 0.07 0.25 0.33 0.26 0.51 0.74 0.60 0.68
C4 0.02 0.20 0.25 0.26 0.03 0.21 0.08 0.40 0.06 0.15 0.13 0.16 0.17 0.19 0.05 0.15 0.22 0.31 0.50 0.72 0.51 0.63
C4' 0.13 0.36 0.39 0.34 0.12 0.14 0.05 0.40 0.04 0.13 0.22 0.31 0.19 0.21 0.05 0.32 0.30 0.22 0.55 0.85 0.59 0.74
C5 0.11 0.29 0.41 0.36 0.12 0.15 0.04 0.37 0.05 0.05 0.20 0.25 0.11 0.09 0.08 0.30 0.28 0.25 0.45 0.66 0.49 0.58
C5' 0.39 0.56 0.68 0.56 0.34 0.11 0.17 0.23 0.18 0.11 0.40 0.54 0.04 0.05 0.28 0.66 0.51 0.05 0.40 0.73 0.51 0.61
C6 0.10 0.24 0.40 0.37 0.12 0.14 0.06 0.31 0.07 0.04 0.18 0.21 0.06 0.04 0.09 0.24 0.29 0.23 0.37 0.53 0.47 0.48
C8 0.16 0.35 0.48 0.37 0.16 0.16 0.04 0.43 0.05 0.08 0.23 0.32 0.14 0.13 0.10 0.44 0.31 0.25 0.55 0.83 0.54 0.72
N1 0.06 0.09 0.19 0.28 0.05 0.18 0.07 0.29 0.06 0.10 0.07 0.07 0.10 0.11 0.06 0.18 0.22 0.28 0.35 0.48 0.50 0.44
N3 0.13 0.10 0.09 0.19 0.09 0.24 0.16 0.38 0.12 0.24 0.07 0.07 0.20 0.26 0.15 0.25 0.18 0.34 0.47 0.66 0.51 0.59
N6 0.23 0.35 0.59 0.49 0.25 0.11 0.18 0.27 0.18 0.17 0.29 0.33 0.07 0.13 0.22 0.46 0.37 0.17 0.31 0.45 0.46 0.41
N7 0.22 0.39 0.57 0.43 0.21 0.13 0.09 0.39 0.09 0.07 0.26 0.36 0.09 0.07 0.16 0.53 0.35 0.21 0.49 0.74 0.50 0.64
N9 0.04 0.26 0.31 0.27 0.06 0.21 0.07 0.44 0.05 0.15 0.16 0.21 0.18 0.20 0.03 0.22 0.23 0.30 0.56 0.82 0.55 0.71
O2' 0.30 0.10 0.11 0.15 0.27 0.43 0.39 0.63 0.32 0.52 0.13 0.12 0.46 0.57 0.36 0.35 0.20 0.54 0.75 0.97 0.73 0.91
O3' 0.08 0.25 0.31 0.34 0.10 0.21 0.21 0.42 0.18 0.29 0.13 0.21 0.34 0.36 0.13 0.16 0.32 0.32 0.55 0.76 0.65 0.72
O4' 0.07 0.29 0.30 0.25 0.08 0.21 0.06 0.47 0.04 0.15 0.18 0.25 0.17 0.21 0.03 0.26 0.21 0.28 0.62 0.94 0.60 0.80
O5' 0.58 0.72 0.91 0.76 0.53 0.26 0.35 0.09 0.34 0.31 0.54 0.71 0.14 0.21 0.48 0.92 0.69 0.17 0.25 0.58 0.45 0.46
OP1 0.97 1.06 1.31 1.12 0.87 0.64 0.67 0.45 0.65 0.65 0.85 1.07 0.45 0.54 0.84 1.38 1.05 0.56 0.53 0.67 0.77 0.64
OP2 1.05 1.08 1.43 1.18 0.94 0.71 0.75 0.42 0.69 0.76 0.87 1.12 0.48 0.65 0.93 1.56 1.13 0.63 0.24 0.44 0.30 0.20
P 0.85 0.93 1.20 0.98 0.75 0.47 0.54 0.13 0.51 0.53 0.72 0.95 0.28 0.41 0.72 1.29 0.91 0.39 0.13 0.47 0.42 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01 0.21 0.19 0.29 0.23
C2 0.06 0.00 0.36 0.22 0.03 0.25 0.02 0.35 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.19 0.24 0.39 0.33 0.37 0.30 0.35
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.19 0.03 0.10 0.15 0.16 0.22 0.27 0.36 0.12 0.14 0.04 0.01 0.05 0.02 0.32 0.21 0.59 0.40
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.22 0.01 0.26 0.02 0.27 0.22 0.26 0.19 0.28 0.26 0.18 0.03 0.02 0.03 0.06 0.21 0.25 0.09
C4 0.03 0.03 0.19 0.22 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.12 0.18 0.21 0.24 0.28 0.26 0.28
C4' 0.02 0.25 0.03 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.22 0.18 0.24 0.07 0.17 0.06 0.30 0.04 0.01 0.03 0.09 0.17 0.06
C5 0.03 0.02 0.10 0.26 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.28 0.20 0.11 0.25 0.33 0.37 0.33
C5' 0.07 0.35 0.15 0.02 0.16 0.01 0.13 0.00 0.17 0.31 0.27 0.33 0.16 0.26 0.10 0.19 0.17 0.03 0.01 0.07 0.13 0.03
C6 0.05 0.02 0.16 0.27 0.02 0.09 0.01 0.17 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.24 0.22 0.20 0.25 0.35 0.41 0.34
C8 0.01 0.04 0.22 0.22 0.01 0.22 0.03 0.31 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.42 0.17 0.19 0.34 0.37 0.31 0.37
N1 0.06 0.01 0.27 0.26 0.03 0.18 0.02 0.27 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.15 0.23 0.31 0.28 0.35 0.35 0.33
N3 0.06 0.01 0.36 0.19 0.01 0.24 0.02 0.33 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.21 0.24 0.38 0.32 0.34 0.27 0.33
N6 0.06 0.03 0.12 0.28 0.03 0.07 0.03 0.16 0.01 0.06 0.03 0.03 0.00 0.06 0.05 0.33 0.24 0.16 0.27 0.42 0.49 0.39
N7 0.01 0.03 0.14 0.26 0.01 0.17 0.01 0.26 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.43 0.21 0.09 0.33 0.42 0.44 0.42
N9 0.01 0.04 0.04 0.18 0.01 0.06 0.02 0.10 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.19 0.14 0.02 0.21 0.24 0.22 0.25
O2' 0.03 0.19 0.01 0.03 0.12 0.30 0.28 0.19 0.24 0.42 0.15 0.21 0.33 0.43 0.19 0.00 0.06 0.20 0.19 0.08 0.57 0.26
O3' 0.22 0.24 0.05 0.02 0.18 0.04 0.20 0.17 0.22 0.17 0.23 0.24 0.24 0.21 0.14 0.06 0.00 0.14 0.29 0.57 0.16 0.32
O4' 0.01 0.39 0.02 0.03 0.21 0.01 0.11 0.03 0.20 0.19 0.31 0.38 0.16 0.09 0.02 0.20 0.14 0.00 0.15 0.17 0.20 0.13
O5' 0.21 0.33 0.32 0.06 0.24 0.03 0.25 0.01 0.25 0.34 0.28 0.32 0.27 0.33 0.21 0.19 0.29 0.15 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.19 0.37 0.21 0.21 0.28 0.09 0.33 0.07 0.35 0.37 0.35 0.34 0.42 0.42 0.24 0.08 0.57 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.30 0.59 0.25 0.26 0.17 0.37 0.13 0.41 0.31 0.35 0.27 0.49 0.44 0.22 0.57 0.16 0.20 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.35 0.40 0.09 0.28 0.06 0.33 0.03 0.34 0.37 0.33 0.33 0.39 0.42 0.25 0.26 0.32 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00