ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48911

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, -0.625, 0.891, 2.407, 3.517 max_d=3.517 avg_d=0.891 std_dev=1.516
N1 B 0, -0.591, 1.014, 2.620, 3.790 max_d=3.790 avg_d=1.014 std_dev=1.605
N6 B 0, -0.581, 1.147, 2.875, 4.126 max_d=4.126 avg_d=1.147 std_dev=1.728
N6 A 0, -0.727, 1.050, 2.828, 4.129 max_d=4.129 avg_d=1.050 std_dev=1.778
C6 A 0, -0.800, 1.124, 3.047, 4.455 max_d=4.455 avg_d=1.124 std_dev=1.923
C6 B 0, -0.772, 1.214, 3.201, 4.653 max_d=4.653 avg_d=1.214 std_dev=1.986
C2 A 0, -1.067, 1.485, 4.037, 5.905 max_d=5.905 avg_d=1.485 std_dev=2.552
C2 B 0, -0.896, 1.665, 4.226, 6.085 max_d=6.085 avg_d=1.665 std_dev=2.561
C5 A 0, -1.307, 1.809, 4.925, 7.206 max_d=7.206 avg_d=1.809 std_dev=3.116
C5 B 0, -1.266, 1.907, 5.080, 7.401 max_d=7.401 avg_d=1.907 std_dev=3.173
N3 B 0, -1.275, 2.259, 5.793, 8.363 max_d=8.363 avg_d=2.259 std_dev=3.534
N3 A 0, -1.494, 2.059, 5.612, 8.214 max_d=8.214 avg_d=2.059 std_dev=3.553
C4 A 0, -1.553, 2.144, 5.840, 8.545 max_d=8.545 avg_d=2.144 std_dev=3.696
C4 B 0, -1.446, 2.283, 6.013, 8.739 max_d=8.739 avg_d=2.283 std_dev=3.730
N7 A 0, -1.699, 2.378, 6.456, 9.441 max_d=9.441 avg_d=2.378 std_dev=4.078
N7 B 0, -1.584, 2.502, 6.587, 9.573 max_d=9.573 avg_d=2.502 std_dev=4.085
N9 A 0, -2.013, 2.792, 7.596, 11.114 max_d=11.114 avg_d=2.792 std_dev=4.805
N9 B 0, -1.920, 2.919, 7.758, 11.298 max_d=11.298 avg_d=2.919 std_dev=4.839
C8 A 0, -2.060, 2.872, 7.804, 11.414 max_d=11.414 avg_d=2.872 std_dev=4.932
C8 B 0, -2.002, 2.967, 7.936, 11.573 max_d=11.573 avg_d=2.967 std_dev=4.969
C1' A 0, -2.452, 3.383, 9.218, 13.489 max_d=13.489 avg_d=3.383 std_dev=5.835
C1' B 0, -2.248, 3.588, 9.424, 13.688 max_d=13.688 avg_d=3.588 std_dev=5.836
O4' A 0, -2.477, 3.944, 10.366, 15.056 max_d=15.056 avg_d=3.944 std_dev=6.422
C2' B 0, -2.384, 4.042, 10.468, 15.152 max_d=15.152 avg_d=4.042 std_dev=6.426
C2' A 0, -2.520, 3.987, 10.494, 15.247 max_d=15.247 avg_d=3.987 std_dev=6.507
O4' B 0, -2.620, 4.025, 10.671, 15.530 max_d=15.530 avg_d=4.025 std_dev=6.646
O2' A 0, -2.701, 4.152, 11.005, 16.015 max_d=16.015 avg_d=4.152 std_dev=6.853
O2' B 0, -2.093, 4.763, 11.620, 16.509 max_d=16.509 avg_d=4.763 std_dev=6.857
C3' A 0, -2.729, 4.621, 11.971, 17.326 max_d=17.326 avg_d=4.621 std_dev=7.350
C3' B 0, -2.905, 4.508, 11.921, 17.341 max_d=17.341 avg_d=4.508 std_dev=7.413
C4' A 0, -2.791, 4.685, 12.161, 17.609 max_d=17.609 avg_d=4.685 std_dev=7.476
C4' B 0, -3.106, 4.645, 12.397, 18.068 max_d=18.068 avg_d=4.645 std_dev=7.752
O3' A 0, -2.798, 5.012, 12.821, 18.495 max_d=18.495 avg_d=5.012 std_dev=7.810
O5' A 0, -2.901, 4.913, 12.727, 18.420 max_d=18.420 avg_d=4.913 std_dev=7.814
P A 0, -2.840, 5.205, 13.250, 19.086 max_d=19.086 avg_d=5.205 std_dev=8.045
C5' A 0, -2.809, 5.260, 13.328, 19.174 max_d=19.174 avg_d=5.260 std_dev=8.069
OP1 A 0, -2.677, 5.454, 13.585, 19.438 max_d=19.438 avg_d=5.454 std_dev=8.131
OP2 A 0, -2.932, 5.282, 13.497, 19.463 max_d=19.463 avg_d=5.282 std_dev=8.214
O3' B 0, -2.868, 5.361, 13.590, 19.556 max_d=19.556 avg_d=5.361 std_dev=8.229
O5' B 0, -3.233, 4.996, 13.226, 19.242 max_d=19.242 avg_d=4.996 std_dev=8.229
P B 0, -3.308, 5.025, 13.359, 19.454 max_d=19.454 avg_d=5.025 std_dev=8.334
OP1 B 0, -3.199, 5.157, 13.513, 19.615 max_d=19.615 avg_d=5.157 std_dev=8.356
C5' B 0, -3.407, 5.113, 13.633, 19.866 max_d=19.866 avg_d=5.113 std_dev=8.520
OP2 B 0, -3.482, 5.373, 14.228, 20.702 max_d=20.702 avg_d=5.373 std_dev=8.855

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.33 0.01 0.15 0.86 0.28 0.22
C2 0.03 0.00 0.38 0.40 0.02 0.14 0.02 0.19 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.09 0.35 0.14 0.19 1.09 0.63 0.20
C2' 0.00 0.38 0.00 0.01 0.20 0.01 0.13 0.18 0.22 0.13 0.33 0.37 0.19 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.56 0.99 0.20 0.61
C3' 0.02 0.40 0.01 0.00 0.32 0.01 0.37 0.02 0.43 0.27 0.44 0.34 0.45 0.34 0.21 0.02 0.01 0.02 0.33 0.38 0.12 0.23
C4 0.01 0.02 0.20 0.32 0.00 0.11 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.14 0.20 0.08 0.23 1.09 0.60 0.23
C4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.16 0.15 0.16 0.12 0.17 0.15 0.09 0.26 0.03 0.01 0.03 0.29 0.25 0.04
C5 0.01 0.02 0.13 0.37 0.01 0.14 0.00 0.18 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.21 0.16 0.07 0.31 1.16 0.76 0.25
C5' 0.04 0.19 0.18 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.21 0.15 0.21 0.15 0.23 0.18 0.09 0.09 0.18 0.02 0.01 0.06 0.33 0.02
C6 0.03 0.02 0.22 0.43 0.02 0.16 0.02 0.21 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.17 0.24 0.11 0.30 1.17 0.80 0.24
C8 0.01 0.03 0.13 0.27 0.01 0.15 0.01 0.15 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.30 0.07 0.07 0.35 1.13 0.67 0.26
N1 0.03 0.01 0.33 0.44 0.02 0.16 0.02 0.21 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.10 0.31 0.13 0.25 1.14 0.74 0.22
N3 0.02 0.01 0.37 0.34 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.35 0.12 0.17 1.04 0.54 0.20
N6 0.04 0.03 0.19 0.45 0.03 0.17 0.03 0.23 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.20 0.26 0.11 0.34 1.18 0.89 0.25
N7 0.01 0.02 0.04 0.34 0.00 0.15 0.00 0.18 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.30 0.12 0.03 0.39 1.17 0.82 0.28
N9 0.00 0.03 0.02 0.21 0.01 0.09 0.01 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.19 0.12 0.02 0.23 1.04 0.51 0.23
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.14 0.26 0.21 0.09 0.17 0.30 0.10 0.09 0.20 0.30 0.19 0.00 0.03 0.19 0.35 0.80 0.23 0.47
O3' 0.33 0.35 0.02 0.01 0.20 0.03 0.16 0.18 0.24 0.07 0.31 0.35 0.26 0.12 0.12 0.03 0.00 0.23 0.16 0.10 0.23 0.06
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.08 0.01 0.07 0.02 0.11 0.07 0.13 0.12 0.11 0.03 0.02 0.19 0.23 0.00 0.12 0.60 0.37 0.03
O5' 0.15 0.19 0.56 0.33 0.23 0.03 0.31 0.01 0.30 0.35 0.25 0.17 0.34 0.39 0.23 0.35 0.16 0.12 0.00 0.03 0.01 0.02
OP1 0.86 1.09 0.99 0.38 1.09 0.29 1.16 0.06 1.17 1.13 1.14 1.04 1.18 1.17 1.04 0.80 0.10 0.60 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.63 0.20 0.12 0.60 0.25 0.76 0.33 0.80 0.67 0.74 0.54 0.89 0.82 0.51 0.23 0.23 0.37 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.20 0.61 0.23 0.23 0.04 0.25 0.02 0.24 0.26 0.22 0.20 0.25 0.28 0.23 0.47 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.15 0.21 0.31 0.11 0.13 0.28 0.12 0.27 0.34 0.06 0.12 0.49 0.43 0.17 0.25 0.43 0.08 0.25 0.62 0.90 0.29
C2 0.28 0.07 0.46 0.56 0.28 0.31 0.42 0.21 0.41 0.45 0.18 0.13 0.61 0.52 0.33 0.35 0.53 0.21 0.24 0.64 0.93 0.31
C2' 0.23 0.40 0.13 0.13 0.24 0.20 0.21 0.29 0.20 0.24 0.30 0.37 0.24 0.27 0.22 0.48 0.46 0.28 0.47 0.95 0.66 0.20
C3' 0.40 0.61 0.32 0.20 0.41 0.35 0.35 0.43 0.36 0.35 0.50 0.57 0.34 0.37 0.38 0.74 0.61 0.40 0.59 0.94 0.70 0.33
C4 0.05 0.16 0.21 0.29 0.07 0.08 0.22 0.09 0.23 0.26 0.05 0.12 0.45 0.34 0.12 0.25 0.41 0.07 0.25 0.77 0.79 0.15
C4' 0.14 0.27 0.13 0.20 0.17 0.16 0.28 0.21 0.27 0.34 0.19 0.24 0.45 0.42 0.20 0.45 0.51 0.17 0.38 0.61 0.88 0.33
C5 0.13 0.27 0.05 0.10 0.11 0.11 0.08 0.21 0.10 0.10 0.12 0.26 0.30 0.16 0.09 0.30 0.40 0.21 0.38 0.98 0.60 0.08
C5' 0.27 0.40 0.21 0.18 0.27 0.24 0.29 0.32 0.29 0.31 0.30 0.39 0.41 0.37 0.26 0.62 0.64 0.27 0.48 0.79 0.75 0.29
C6 0.10 0.22 0.10 0.14 0.09 0.08 0.06 0.20 0.08 0.07 0.10 0.20 0.24 0.12 0.08 0.26 0.36 0.19 0.39 1.04 0.55 0.12
C8 0.22 0.35 0.06 0.02 0.18 0.19 0.09 0.26 0.09 0.10 0.17 0.35 0.30 0.16 0.15 0.39 0.48 0.28 0.41 0.95 0.61 0.09
N1 0.14 0.01 0.33 0.40 0.15 0.15 0.25 0.07 0.27 0.26 0.10 0.03 0.45 0.31 0.17 0.29 0.42 0.06 0.23 0.87 0.73 0.09
N3 0.23 0.00 0.40 0.51 0.24 0.27 0.39 0.20 0.37 0.44 0.13 0.05 0.58 0.52 0.30 0.30 0.50 0.18 0.25 0.59 0.95 0.34
N6 0.29 0.38 0.10 0.09 0.30 0.27 0.22 0.39 0.17 0.23 0.28 0.38 0.02 0.19 0.29 0.34 0.42 0.38 0.59 1.25 0.34 0.35
N7 0.30 0.40 0.13 0.09 0.25 0.27 0.12 0.35 0.08 0.13 0.22 0.41 0.21 0.10 0.24 0.43 0.52 0.36 0.51 1.08 0.49 0.20
N9 0.06 0.22 0.12 0.20 0.06 0.06 0.19 0.12 0.20 0.23 0.07 0.20 0.42 0.31 0.08 0.28 0.42 0.12 0.28 0.78 0.77 0.14
O2' 0.29 0.07 0.49 0.62 0.27 0.36 0.42 0.32 0.38 0.51 0.16 0.10 0.56 0.57 0.35 0.41 0.64 0.25 0.32 0.50 1.10 0.43
O3' 0.38 0.34 0.39 0.46 0.39 0.44 0.51 0.50 0.46 0.62 0.34 0.32 0.60 0.67 0.45 0.65 0.64 0.43 0.61 0.51 1.21 0.66
O4' 0.18 0.04 0.27 0.36 0.22 0.22 0.41 0.21 0.41 0.46 0.17 0.03 0.63 0.55 0.28 0.23 0.46 0.17 0.30 0.45 1.01 0.44
O5' 0.44 0.54 0.45 0.38 0.37 0.40 0.25 0.36 0.25 0.24 0.36 0.54 0.35 0.24 0.34 0.53 0.36 0.41 0.33 0.94 0.66 0.25
OP1 0.80 0.76 0.88 0.91 0.90 0.83 1.08 0.79 1.15 1.06 0.97 0.72 1.37 1.18 0.91 0.55 0.70 0.79 0.73 0.24 1.63 1.00
OP2 1.32 1.35 1.29 1.23 1.19 1.30 0.96 1.30 0.88 0.98 1.09 1.40 0.59 0.83 1.18 1.55 1.47 1.31 1.32 1.85 0.39 1.01
P 0.40 0.43 0.41 0.32 0.30 0.36 0.18 0.33 0.20 0.18 0.23 0.47 0.39 0.21 0.28 0.51 0.41 0.38 0.32 0.94 0.64 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.34 0.00 0.26 0.58 0.47 0.09
C2 0.04 0.00 0.17 0.13 0.00 0.04 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.19 0.37 0.03 0.29 0.90 0.52 0.07
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.08 0.24 0.11 0.08 0.15 0.16 0.10 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.50 0.59 0.56 0.35
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.21 0.25 0.17 0.10 0.23 0.27 0.15 0.02 0.01 0.02 0.24 0.33 0.58 0.10
C4 0.02 0.00 0.09 0.14 0.00 0.03 0.01 0.12 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.23 0.25 0.03 0.31 0.87 0.52 0.07
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.09 0.02 0.04 0.04 0.08 0.05 0.25 0.04 0.00 0.01 0.33 0.31 0.09
C5 0.01 0.02 0.08 0.22 0.01 0.05 0.00 0.15 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.30 0.14 0.05 0.37 1.00 0.51 0.13
C5' 0.11 0.09 0.24 0.01 0.12 0.01 0.15 0.00 0.16 0.16 0.13 0.08 0.21 0.18 0.11 0.05 0.19 0.02 0.00 0.19 0.10 0.00
C6 0.01 0.02 0.11 0.21 0.02 0.03 0.02 0.16 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.32 0.19 0.06 0.39 1.06 0.49 0.17
C8 0.02 0.02 0.08 0.25 0.02 0.09 0.02 0.16 0.04 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.27 0.06 0.04 0.38 0.91 0.52 0.11
N1 0.02 0.01 0.15 0.17 0.00 0.02 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.26 0.28 0.05 0.34 1.01 0.50 0.12
N3 0.04 0.01 0.16 0.10 0.00 0.04 0.03 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.15 0.40 0.02 0.26 0.81 0.52 0.04
N6 0.03 0.02 0.10 0.23 0.03 0.04 0.03 0.21 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.04 0.36 0.15 0.09 0.45 1.15 0.44 0.24
N7 0.02 0.04 0.07 0.27 0.02 0.08 0.02 0.18 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.02 0.32 0.10 0.05 0.41 1.04 0.50 0.17
N9 0.00 0.01 0.03 0.15 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.19 0.17 0.02 0.31 0.78 0.52 0.05
O2' 0.00 0.19 0.00 0.02 0.23 0.25 0.30 0.05 0.32 0.27 0.26 0.15 0.36 0.32 0.19 0.00 0.01 0.14 0.34 0.50 0.50 0.31
O3' 0.34 0.37 0.04 0.01 0.25 0.04 0.14 0.19 0.19 0.06 0.28 0.40 0.15 0.10 0.17 0.01 0.00 0.25 0.29 0.31 0.68 0.27
O4' 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.04 0.05 0.02 0.09 0.05 0.02 0.14 0.25 0.00 0.17 0.48 0.39 0.17
O5' 0.26 0.29 0.50 0.24 0.31 0.01 0.37 0.00 0.39 0.38 0.34 0.26 0.45 0.41 0.31 0.34 0.29 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.58 0.90 0.59 0.33 0.87 0.33 1.00 0.19 1.06 0.91 1.01 0.81 1.15 1.04 0.78 0.50 0.31 0.48 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.47 0.52 0.56 0.58 0.52 0.31 0.51 0.10 0.49 0.52 0.50 0.52 0.44 0.50 0.52 0.50 0.68 0.39 0.01 0.03 0.00 0.02
P 0.09 0.07 0.35 0.10 0.07 0.09 0.13 0.00 0.17 0.11 0.12 0.04 0.24 0.17 0.05 0.31 0.27 0.17 0.01 0.01 0.02 0.00