ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48912

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 1.080, 2.575, 4.070, 3.628 max_d=3.628 avg_d=2.575 std_dev=1.495
N1 B 0, 1.107, 2.620, 4.133, 3.502 max_d=3.502 avg_d=2.620 std_dev=1.513
N6 B 0, 1.212, 2.867, 4.523, 3.842 max_d=3.842 avg_d=2.867 std_dev=1.655
N6 A 0, 1.300, 3.086, 4.872, 4.261 max_d=4.261 avg_d=3.086 std_dev=1.786
C6 B 0, 1.333, 3.153, 4.973, 4.206 max_d=4.206 avg_d=3.153 std_dev=1.820
C6 A 0, 1.376, 3.258, 5.139, 4.400 max_d=4.400 avg_d=3.258 std_dev=1.881
C2 A 0, 1.876, 4.454, 7.032, 6.188 max_d=6.188 avg_d=4.454 std_dev=2.578
C2 B 0, 1.915, 4.532, 7.149, 6.051 max_d=6.051 avg_d=4.532 std_dev=2.617
C5 B 0, 2.209, 5.226, 8.243, 6.970 max_d=6.970 avg_d=5.226 std_dev=3.017
C5 A 0, 2.249, 5.323, 8.397, 7.167 max_d=7.167 avg_d=5.323 std_dev=3.074
N3 A 0, 2.615, 6.196, 9.776, 8.472 max_d=8.472 avg_d=6.196 std_dev=3.581
N3 B 0, 2.636, 6.237, 9.839, 8.321 max_d=8.321 avg_d=6.237 std_dev=3.601
C4 B 0, 2.687, 6.357, 10.027, 8.479 max_d=8.479 avg_d=6.357 std_dev=3.670
C4 A 0, 2.706, 6.405, 10.104, 8.644 max_d=8.644 avg_d=6.405 std_dev=3.699
N7 B 0, 2.882, 6.818, 10.754, 9.099 max_d=9.099 avg_d=6.818 std_dev=3.936
N7 A 0, 2.940, 6.957, 10.974, 9.362 max_d=9.362 avg_d=6.957 std_dev=4.017
N9 B 0, 3.493, 8.264, 13.035, 11.024 max_d=11.024 avg_d=8.264 std_dev=4.771
N9 A 0, 3.518, 8.325, 13.133, 11.171 max_d=11.171 avg_d=8.325 std_dev=4.807
C8 B 0, 3.530, 8.351, 13.173, 11.145 max_d=11.145 avg_d=8.351 std_dev=4.822
C8 A 0, 3.590, 8.494, 13.398, 11.415 max_d=11.415 avg_d=8.494 std_dev=4.904
C1' B 0, 4.304, 10.184, 16.064, 13.596 max_d=13.596 avg_d=10.184 std_dev=5.880
C1' A 0, 4.318, 10.218, 16.117, 13.729 max_d=13.729 avg_d=10.218 std_dev=5.900
C2' A 0, 4.552, 10.772, 16.992, 14.462 max_d=14.462 avg_d=10.772 std_dev=6.220
C2' B 0, 4.802, 11.365, 17.927, 15.305 max_d=15.305 avg_d=11.365 std_dev=6.563
O4' B 0, 4.834, 11.440, 18.046, 15.462 max_d=15.462 avg_d=11.440 std_dev=6.606
O2' A 0, 4.974, 11.776, 18.578, 15.921 max_d=15.921 avg_d=11.776 std_dev=6.802
O4' A 0, 4.989, 11.806, 18.622, 15.827 max_d=15.827 avg_d=11.806 std_dev=6.816
C3' A 0, 5.158, 12.205, 19.251, 16.344 max_d=16.344 avg_d=12.205 std_dev=7.047
O2' B 0, 5.197, 12.310, 19.423, 16.878 max_d=16.878 avg_d=12.310 std_dev=7.113
C3' B 0, 5.463, 12.944, 20.424, 17.559 max_d=17.559 avg_d=12.944 std_dev=7.481
O5' B 0, 5.568, 13.186, 20.805, 17.886 max_d=17.886 avg_d=13.186 std_dev=7.619
C4' A 0, 5.606, 13.265, 20.923, 17.738 max_d=17.738 avg_d=13.265 std_dev=7.659
C4' B 0, 5.627, 13.315, 21.002, 17.788 max_d=17.788 avg_d=13.315 std_dev=7.687
O3' A 0, 5.795, 13.713, 21.630, 18.424 max_d=18.424 avg_d=13.713 std_dev=7.918
OP2 B 0, 5.833, 13.826, 21.819, 18.784 max_d=18.784 avg_d=13.826 std_dev=7.993
O5' A 0, 5.870, 13.890, 21.910, 18.636 max_d=18.636 avg_d=13.890 std_dev=8.020
C5' B 0, 5.943, 14.063, 22.183, 18.880 max_d=18.880 avg_d=14.063 std_dev=8.120
C5' A 0, 6.025, 14.255, 22.486, 19.026 max_d=19.026 avg_d=14.255 std_dev=8.230
P B 0, 6.116, 14.495, 22.874, 19.702 max_d=19.702 avg_d=14.495 std_dev=8.379
O3' B 0, 6.137, 14.542, 22.947, 19.848 max_d=19.848 avg_d=14.542 std_dev=8.405
P A 0, 6.419, 15.188, 23.957, 20.420 max_d=20.420 avg_d=15.188 std_dev=8.769
OP1 A 0, 6.462, 15.291, 24.119, 20.473 max_d=20.473 avg_d=15.291 std_dev=8.828
OP2 A 0, 6.769, 16.015, 25.261, 21.401 max_d=21.401 avg_d=16.015 std_dev=9.246
OP1 B 0, 6.980, 16.528, 26.076, 22.360 max_d=22.360 avg_d=16.528 std_dev=9.548

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.07 0.50 0.05 0.22
C2 0.04 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.07 0.04 0.24 0.59 0.11 0.36
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.08 0.03 0.02 0.09 0.08 0.05 0.01 0.02 0.02 0.13 0.27 0.06 0.16
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.11 0.11 0.09 0.06 0.13 0.13 0.07 0.01 0.01 0.02 0.19 0.11 0.10 0.16
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.12 0.07 0.01 0.22 0.59 0.10 0.33
C4' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.08 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.36 0.07 0.07
C5 0.00 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.12 0.00 0.26 0.69 0.12 0.37
C5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.09 0.06 0.14 0.14 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.31 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.13 0.13 0.00 0.27 0.72 0.12 0.38
C8 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.10 0.12 0.01 0.22 0.68 0.11 0.34
N1 0.03 0.01 0.03 0.09 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.10 0.03 0.27 0.67 0.12 0.39
N3 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.05 0.03 0.21 0.54 0.10 0.33
N6 0.02 0.01 0.09 0.13 0.02 0.08 0.02 0.14 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.14 0.16 0.03 0.27 0.76 0.14 0.37
N7 0.01 0.00 0.08 0.13 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.11 0.15 0.01 0.27 0.74 0.14 0.38
N9 0.00 0.02 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.10 0.06 0.01 0.18 0.58 0.09 0.30
O2' 0.06 0.11 0.01 0.01 0.12 0.05 0.13 0.04 0.13 0.10 0.11 0.11 0.14 0.11 0.10 0.00 0.06 0.03 0.09 0.32 0.09 0.12
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.07 0.03 0.12 0.03 0.13 0.12 0.10 0.05 0.16 0.15 0.06 0.06 0.00 0.04 0.17 0.15 0.13 0.18
O4' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.59 0.04 0.21
O5' 0.07 0.24 0.13 0.19 0.22 0.02 0.26 0.01 0.27 0.22 0.27 0.21 0.27 0.27 0.18 0.09 0.17 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.50 0.59 0.27 0.11 0.59 0.36 0.69 0.31 0.72 0.68 0.67 0.54 0.76 0.74 0.58 0.32 0.15 0.59 0.02 0.00 0.03 0.00
OP2 0.05 0.11 0.06 0.10 0.10 0.07 0.12 0.09 0.12 0.11 0.12 0.10 0.14 0.14 0.09 0.09 0.13 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.22 0.36 0.16 0.16 0.33 0.07 0.37 0.01 0.38 0.34 0.39 0.33 0.37 0.38 0.30 0.12 0.18 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.19 0.07 0.27 0.10 0.10 0.05 0.13 0.06 0.06 0.14 0.17 0.06 0.08 0.07 0.41 0.22 0.18 0.50 0.65 0.83 0.76
C2 0.11 0.18 0.11 0.37 0.11 0.09 0.09 0.13 0.10 0.09 0.16 0.16 0.08 0.10 0.10 0.32 0.37 0.17 0.52 0.62 0.78 0.73
C2' 0.10 0.15 0.13 0.36 0.11 0.10 0.09 0.13 0.10 0.09 0.13 0.14 0.07 0.09 0.10 0.35 0.37 0.16 0.53 0.64 0.80 0.74
C3' 0.05 0.09 0.14 0.38 0.06 0.09 0.05 0.09 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.05 0.31 0.39 0.09 0.55 0.63 0.80 0.75
C4 0.11 0.18 0.07 0.27 0.10 0.09 0.06 0.13 0.06 0.07 0.13 0.16 0.07 0.08 0.08 0.40 0.22 0.17 0.50 0.60 0.78 0.73
C4' 0.07 0.10 0.09 0.29 0.06 0.07 0.05 0.11 0.04 0.06 0.07 0.10 0.06 0.07 0.05 0.38 0.25 0.13 0.52 0.64 0.82 0.76
C5 0.12 0.17 0.07 0.21 0.09 0.10 0.05 0.14 0.05 0.06 0.11 0.16 0.09 0.07 0.08 0.44 0.12 0.17 0.47 0.53 0.72 0.68
C5' 0.04 0.07 0.12 0.30 0.06 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.06 0.11 0.11 0.07 0.35 0.25 0.07 0.56 0.64 0.84 0.78
C6 0.12 0.17 0.06 0.22 0.10 0.10 0.05 0.15 0.04 0.05 0.11 0.15 0.09 0.06 0.08 0.42 0.15 0.18 0.46 0.49 0.68 0.65
C8 0.12 0.16 0.07 0.17 0.09 0.11 0.05 0.14 0.05 0.06 0.09 0.15 0.09 0.08 0.08 0.47 0.07 0.17 0.47 0.55 0.75 0.70
N1 0.12 0.18 0.10 0.31 0.11 0.09 0.08 0.14 0.09 0.08 0.16 0.16 0.07 0.08 0.10 0.35 0.29 0.18 0.49 0.55 0.72 0.68
N3 0.10 0.18 0.10 0.35 0.11 0.09 0.08 0.13 0.09 0.09 0.15 0.16 0.07 0.10 0.09 0.35 0.34 0.17 0.53 0.65 0.81 0.75
N6 0.14 0.16 0.07 0.14 0.10 0.14 0.05 0.18 0.05 0.05 0.08 0.16 0.12 0.04 0.09 0.46 0.04 0.20 0.41 0.40 0.60 0.58
N7 0.12 0.15 0.07 0.15 0.09 0.12 0.05 0.15 0.05 0.06 0.08 0.15 0.10 0.08 0.08 0.48 0.03 0.17 0.45 0.50 0.70 0.66
N9 0.11 0.18 0.07 0.24 0.09 0.10 0.06 0.13 0.05 0.07 0.12 0.16 0.08 0.09 0.08 0.43 0.17 0.17 0.49 0.60 0.79 0.73
O2' 0.21 0.25 0.21 0.41 0.22 0.18 0.20 0.22 0.21 0.20 0.24 0.24 0.19 0.20 0.21 0.37 0.42 0.25 0.53 0.68 0.82 0.75
O3' 0.05 0.12 0.19 0.44 0.07 0.11 0.05 0.09 0.05 0.04 0.10 0.10 0.04 0.05 0.05 0.26 0.48 0.07 0.56 0.63 0.78 0.74
O4' 0.11 0.18 0.07 0.23 0.09 0.10 0.05 0.14 0.05 0.07 0.12 0.17 0.08 0.09 0.07 0.44 0.15 0.18 0.50 0.64 0.83 0.76
O5' 0.24 0.25 0.26 0.36 0.24 0.27 0.23 0.26 0.24 0.22 0.25 0.25 0.25 0.22 0.24 0.45 0.32 0.26 0.59 0.64 0.84 0.80
OP1 0.85 0.84 0.82 0.80 0.80 0.84 0.74 0.82 0.73 0.73 0.78 0.84 0.67 0.70 0.80 0.98 0.80 0.88 0.78 0.79 0.87 0.87
OP2 0.07 0.08 0.06 0.17 0.08 0.09 0.10 0.11 0.12 0.09 0.10 0.08 0.15 0.11 0.08 0.43 0.10 0.11 0.53 0.56 0.78 0.75
P 0.45 0.43 0.42 0.39 0.41 0.45 0.38 0.46 0.38 0.38 0.40 0.44 0.35 0.35 0.41 0.75 0.41 0.49 0.45 0.47 0.65 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.19 0.07 0.03 0.16
C2 0.04 0.00 0.14 0.17 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.15 0.16 0.27 0.20 0.32 0.35
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.09 0.03 0.07 0.22 0.10 0.08 0.13 0.13 0.10 0.06 0.03 0.00 0.12 0.02 0.16 0.17 0.08 0.04
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.22 0.01 0.33 0.07 0.33 0.36 0.25 0.13 0.38 0.40 0.23 0.03 0.01 0.02 0.27 0.10 0.17 0.16
C4 0.02 0.01 0.09 0.22 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.19 0.09 0.36 0.24 0.31 0.40
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.06 0.16 0.04 0.06 0.09 0.15 0.06 0.29 0.02 0.01 0.04 0.13 0.18 0.06
C5 0.01 0.00 0.07 0.33 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.32 0.06 0.49 0.41 0.50 0.57
C5' 0.13 0.14 0.22 0.07 0.11 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.12 0.14 0.09 0.10 0.10 0.07 0.06 0.03 0.03 0.06 0.30 0.05
C6 0.02 0.00 0.10 0.33 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.32 0.09 0.47 0.43 0.55 0.58
C8 0.01 0.01 0.08 0.36 0.00 0.16 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.37 0.07 0.61 0.41 0.42 0.59
N1 0.03 0.00 0.13 0.25 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.23 0.14 0.37 0.32 0.45 0.48
N3 0.03 0.00 0.13 0.13 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.13 0.16 0.24 0.13 0.23 0.29
N6 0.01 0.00 0.10 0.38 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.26 0.40 0.07 0.54 0.54 0.67 0.69
N7 0.01 0.01 0.06 0.40 0.01 0.15 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.42 0.03 0.62 0.52 0.60 0.70
N9 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.19 0.01 0.38 0.21 0.22 0.37
O2' 0.02 0.23 0.00 0.03 0.21 0.29 0.24 0.07 0.26 0.19 0.26 0.20 0.26 0.23 0.16 0.00 0.17 0.19 0.29 0.09 0.03 0.18
O3' 0.07 0.15 0.12 0.01 0.19 0.02 0.32 0.06 0.32 0.37 0.23 0.13 0.40 0.42 0.19 0.17 0.00 0.09 0.22 0.18 0.25 0.17
O4' 0.01 0.16 0.02 0.02 0.09 0.01 0.06 0.03 0.09 0.07 0.14 0.16 0.07 0.03 0.01 0.19 0.09 0.00 0.11 0.11 0.12 0.12
O5' 0.19 0.27 0.16 0.27 0.36 0.04 0.49 0.03 0.47 0.61 0.37 0.24 0.54 0.62 0.38 0.29 0.22 0.11 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.07 0.20 0.17 0.10 0.24 0.13 0.41 0.06 0.43 0.41 0.32 0.13 0.54 0.52 0.21 0.09 0.18 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.32 0.08 0.17 0.31 0.18 0.50 0.30 0.55 0.42 0.45 0.23 0.67 0.60 0.22 0.03 0.25 0.12 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.35 0.04 0.16 0.40 0.06 0.57 0.05 0.58 0.59 0.48 0.29 0.69 0.70 0.37 0.18 0.17 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00