ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48914

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.009, 0.035, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.013, 0.044, 0.076, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.013, 0.045, 0.077, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.045 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.014, 0.050, 0.085, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.050 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.048, 0.169, 0.290, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.169 std_dev=0.121
O4' B 0, 0.047, 0.182, 0.317, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.182 std_dev=0.135
N3 B 0, 0.055, 0.191, 0.328, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.191 std_dev=0.136
C2' A 0, 0.069, 0.238, 0.407, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.238 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.061, 0.241, 0.421, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.241 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.049, 0.237, 0.425, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.237 std_dev=0.188
C1' B 0, 0.082, 0.296, 0.510, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.296 std_dev=0.214
C4 B 0, 0.031, 0.254, 0.476, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.254 std_dev=0.222
C3' A 0, 0.090, 0.327, 0.564, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.327 std_dev=0.237
O2' A 0, 0.098, 0.335, 0.573, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.335 std_dev=0.237
N9 B 0, 0.087, 0.333, 0.578, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.333 std_dev=0.245
C4' B 0, 0.121, 0.435, 0.748, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.435 std_dev=0.314
C5' A 0, 0.117, 0.434, 0.750, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.434 std_dev=0.316
P A 0, 0.114, 0.447, 0.780, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.447 std_dev=0.333
C5' B 0, 0.138, 0.479, 0.820, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.479 std_dev=0.341
N1 B 0, 0.099, 0.448, 0.796, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.448 std_dev=0.348
OP2 A 0, 0.025, 0.387, 0.750, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.387 std_dev=0.363
O3' A 0, 0.134, 0.498, 0.863, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.498 std_dev=0.364
O5' A 0, 0.149, 0.525, 0.901, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.525 std_dev=0.376
OP1 A 0, 0.133, 0.511, 0.889, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.511 std_dev=0.378
C3' B 0, 0.171, 0.609, 1.046, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.609 std_dev=0.438
C8 B 0, 0.140, 0.620, 1.100, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.620 std_dev=0.480
O5' B 0, 0.158, 0.639, 1.119, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.639 std_dev=0.480
C5 B 0, 0.056, 0.553, 1.051, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.553 std_dev=0.498
C2' B 0, 0.176, 0.676, 1.177, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.676 std_dev=0.501
C6 B 0, 0.062, 0.634, 1.207, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.634 std_dev=0.573
N7 B 0, 0.125, 0.781, 1.437, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.781 std_dev=0.656
P B 0, 0.183, 0.844, 1.504, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.844 std_dev=0.660
O3' B 0, 0.148, 0.867, 1.587, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.867 std_dev=0.720
N6 B 0, 0.089, 0.944, 1.800, 2.072 max_d=2.072 avg_d=0.944 std_dev=0.856
O2' B 0, 0.182, 1.065, 1.948, 2.162 max_d=2.162 avg_d=1.065 std_dev=0.883
OP1 B 0, -0.076, 1.587, 3.251, 3.884 max_d=3.884 avg_d=1.587 std_dev=1.663
OP2 B 0, -0.147, 1.519, 3.186, 3.839 max_d=3.839 avg_d=1.519 std_dev=1.666

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.01 0.07 0.10 0.24 0.13
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.07 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.08 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.07 0.10 0.22 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.10 0.17 0.28 0.17
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.02 0.08 0.09 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.10 0.19 0.30 0.18
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.10 0.14 0.22 0.15
N1 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.09 0.16 0.28 0.17
N3 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.08 0.02 0.05 0.06 0.20 0.10
N6 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.11 0.23 0.32 0.20
N7 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.12 0.20 0.29 0.19
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.17 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.05 0.01
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.08 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.11 0.11 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.07 0.04
O5' 0.02 0.07 0.05 0.07 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.05 0.11 0.12 0.06 0.03 0.08 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.01 0.10 0.06 0.08 0.10 0.07 0.17 0.09 0.19 0.14 0.16 0.06 0.23 0.20 0.07 0.07 0.11 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.24 0.07 0.08 0.22 0.01 0.28 0.02 0.30 0.22 0.28 0.20 0.32 0.29 0.17 0.05 0.11 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.13 0.04 0.05 0.12 0.01 0.17 0.01 0.18 0.15 0.17 0.10 0.20 0.19 0.10 0.01 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.15 0.14 0.12 0.12 0.28 0.20 0.34 0.26 0.19 0.07 0.53 0.35 0.14 0.11 0.34 0.18 0.37 1.41 0.47 0.39
C2 0.08 0.09 0.11 0.14 0.14 0.14 0.31 0.22 0.39 0.29 0.20 0.07 0.63 0.39 0.16 0.22 0.32 0.18 0.39 1.43 0.47 0.40
C2' 0.12 0.09 0.13 0.16 0.17 0.17 0.31 0.25 0.35 0.31 0.20 0.08 0.52 0.40 0.20 0.26 0.35 0.22 0.40 1.43 0.55 0.42
C3' 0.07 0.08 0.15 0.18 0.12 0.11 0.25 0.19 0.28 0.25 0.14 0.08 0.44 0.33 0.14 0.19 0.29 0.17 0.33 1.33 0.61 0.35
C4 0.05 0.07 0.14 0.15 0.12 0.11 0.26 0.18 0.33 0.24 0.18 0.07 0.52 0.33 0.13 0.15 0.32 0.17 0.33 1.33 0.51 0.35
C4' 0.03 0.06 0.19 0.17 0.09 0.08 0.24 0.17 0.29 0.22 0.15 0.08 0.47 0.31 0.10 0.05 0.31 0.15 0.33 1.36 0.51 0.36
C5 0.05 0.07 0.17 0.17 0.10 0.09 0.22 0.15 0.28 0.20 0.15 0.07 0.44 0.27 0.11 0.15 0.31 0.16 0.28 1.20 0.56 0.28
C5' 0.09 0.08 0.28 0.22 0.01 0.03 0.16 0.08 0.21 0.13 0.08 0.12 0.38 0.22 0.01 0.07 0.25 0.10 0.23 1.25 0.56 0.27
C6 0.06 0.09 0.15 0.17 0.10 0.09 0.22 0.15 0.28 0.20 0.15 0.08 0.44 0.27 0.12 0.19 0.30 0.16 0.28 1.17 0.57 0.27
C8 0.04 0.06 0.21 0.17 0.09 0.07 0.20 0.14 0.26 0.18 0.14 0.07 0.40 0.25 0.09 0.09 0.31 0.15 0.27 1.19 0.56 0.28
N1 0.08 0.10 0.11 0.15 0.13 0.13 0.29 0.20 0.36 0.26 0.19 0.08 0.58 0.35 0.15 0.23 0.31 0.18 0.34 1.31 0.52 0.34
N3 0.06 0.08 0.11 0.14 0.13 0.13 0.30 0.22 0.37 0.28 0.20 0.07 0.60 0.38 0.15 0.18 0.33 0.18 0.39 1.44 0.47 0.40
N6 0.06 0.09 0.19 0.19 0.07 0.07 0.16 0.11 0.20 0.14 0.09 0.09 0.30 0.19 0.09 0.20 0.28 0.14 0.20 1.00 0.63 0.19
N7 0.04 0.06 0.22 0.18 0.08 0.07 0.18 0.12 0.23 0.16 0.13 0.07 0.36 0.23 0.08 0.11 0.30 0.14 0.24 1.11 0.59 0.24
N9 0.05 0.06 0.17 0.15 0.11 0.10 0.25 0.18 0.31 0.23 0.17 0.07 0.48 0.31 0.12 0.12 0.33 0.17 0.33 1.32 0.51 0.34
O2' 0.15 0.11 0.15 0.16 0.21 0.21 0.36 0.30 0.40 0.37 0.23 0.10 0.59 0.46 0.24 0.29 0.37 0.25 0.47 1.55 0.49 0.49
O3' 0.11 0.08 0.14 0.18 0.15 0.15 0.28 0.23 0.30 0.30 0.16 0.08 0.45 0.37 0.18 0.27 0.31 0.20 0.37 1.37 0.64 0.39
O4' 0.03 0.05 0.20 0.15 0.09 0.09 0.25 0.17 0.32 0.21 0.18 0.07 0.50 0.32 0.09 0.03 0.33 0.15 0.34 1.38 0.44 0.37
O5' 0.11 0.10 0.32 0.25 0.04 0.06 0.10 0.06 0.15 0.08 0.05 0.13 0.28 0.15 0.04 0.09 0.23 0.11 0.16 1.13 0.61 0.19
OP1 0.27 0.24 0.52 0.43 0.18 0.22 0.09 0.15 0.07 0.11 0.11 0.28 0.15 0.07 0.19 0.29 0.11 0.14 0.03 0.93 0.76 0.03
OP2 0.39 0.35 0.63 0.53 0.30 0.34 0.21 0.28 0.17 0.24 0.24 0.39 0.13 0.18 0.31 0.37 0.13 0.25 0.18 0.71 0.90 0.16
P 0.25 0.21 0.49 0.39 0.16 0.19 0.06 0.12 0.06 0.09 0.08 0.25 0.16 0.06 0.17 0.27 0.13 0.12 0.01 0.93 0.72 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.32 0.00 0.18 0.40 0.09 0.14
C2 0.02 0.00 0.18 0.12 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.36 0.17 0.17 0.83 0.50 0.13
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.21 0.10 0.12 0.15 0.17 0.08 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.27 0.31 0.16 0.29
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.20 0.01 0.32 0.01 0.31 0.37 0.22 0.07 0.38 0.40 0.22 0.01 0.00 0.02 0.19 0.36 0.17 0.18
C4 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.18 0.09 0.12 0.71 0.52 0.09
C4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.06 0.20 0.02 0.09 0.10 0.18 0.08 0.29 0.01 0.00 0.00 0.15 0.23 0.00
C5 0.01 0.00 0.05 0.32 0.00 0.09 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.30 0.07 0.05 0.07 0.77 0.78 0.06
C5' 0.07 0.10 0.21 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.14 0.05 0.11 0.08 0.14 0.02 0.06 0.23 0.01 0.01 0.32 0.42 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.31 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.06 0.08 0.07 0.85 0.83 0.06
C8 0.01 0.00 0.12 0.37 0.00 0.20 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.36 0.22 0.09 0.10 0.54 0.72 0.08
N1 0.02 0.00 0.15 0.22 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.20 0.14 0.12 0.88 0.69 0.09
N3 0.02 0.00 0.17 0.07 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.41 0.17 0.18 0.74 0.38 0.15
N6 0.02 0.00 0.08 0.38 0.01 0.10 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.33 0.14 0.06 0.07 0.86 1.00 0.08
N7 0.01 0.00 0.07 0.40 0.00 0.18 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.39 0.24 0.04 0.11 0.68 0.94 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.22 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.08 0.00 0.10 0.57 0.42 0.08
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.18 0.29 0.30 0.06 0.28 0.36 0.18 0.06 0.33 0.39 0.20 0.00 0.07 0.21 0.14 0.15 0.13 0.19
O3' 0.32 0.36 0.04 0.00 0.18 0.01 0.07 0.23 0.06 0.22 0.20 0.41 0.14 0.24 0.08 0.07 0.00 0.22 0.38 0.72 0.31 0.42
O4' 0.00 0.17 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.09 0.14 0.17 0.06 0.04 0.00 0.21 0.22 0.00 0.15 0.30 0.08 0.09
O5' 0.18 0.17 0.27 0.19 0.12 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.12 0.18 0.07 0.11 0.10 0.14 0.38 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.40 0.83 0.31 0.36 0.71 0.15 0.77 0.32 0.85 0.54 0.88 0.74 0.86 0.68 0.57 0.15 0.72 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.50 0.16 0.17 0.52 0.23 0.78 0.42 0.83 0.72 0.69 0.38 1.00 0.94 0.42 0.13 0.31 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.13 0.29 0.18 0.09 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.09 0.15 0.08 0.11 0.08 0.19 0.42 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00