ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48916

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
N7 A 0, 0.000, 0.052, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C8 A 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.000, 0.172, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C4 B 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C2' A 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
N1 B 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
N3 B 0, 0.000, 0.255, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C6 B 0, 0.000, 0.269, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.269 std_dev=0.269
C1' B 0, 0.000, 0.289, 0.577, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.289 std_dev=0.289
O2' A 0, 0.000, 0.300, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.300 std_dev=0.300
C3' A 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
N9 B 0, 0.000, 0.307, 0.614, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.307 std_dev=0.307
C2 B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C2' B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
O2' B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C5 B 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
OP2 B 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C5' A 0, 0.000, 0.364, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.364 std_dev=0.364
O3' A 0, 0.000, 0.392, 0.784, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.392 std_dev=0.392
O4' B 0, 0.000, 0.398, 0.795, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.398 std_dev=0.398
OP1 B 0, 0.000, 0.425, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.425 std_dev=0.425
P B 0, 0.000, 0.430, 0.859, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.430 std_dev=0.430
C3' B 0, 0.000, 0.440, 0.880, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.440 std_dev=0.440
N6 B 0, 0.000, 0.451, 0.902, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.451 std_dev=0.451
O5' B 0, 0.000, 0.466, 0.933, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.466 std_dev=0.466
C4' B 0, 0.000, 0.481, 0.962, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.481 std_dev=0.481
OP1 A 0, 0.000, 0.527, 1.054, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.527 std_dev=0.527
C5' B 0, 0.000, 0.533, 1.066, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.533 std_dev=0.533
P A 0, 0.000, 0.552, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.552 std_dev=0.552
C8 B 0, 0.000, 0.553, 1.107, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.553 std_dev=0.553
O3' B 0, 0.000, 0.565, 1.131, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.565 std_dev=0.565
N7 B 0, 0.000, 0.590, 1.181, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.590 std_dev=0.590
OP2 A 0, 0.000, 0.653, 1.307, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.653 std_dev=0.653
O5' A 0, 0.000, 0.814, 1.628, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.814 std_dev=0.814

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.09 0.31 0.03
C2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.03 0.00 0.25 0.15 0.16 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.15 0.21 0.23 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.06 0.11 0.01 0.05 0.09 0.11 0.04 0.00 0.00 0.01 0.20 0.27 0.17 0.12
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.27 0.15 0.18 0.07
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.06 0.07 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.12 0.31 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.37 0.20 0.08 0.14
C5' 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.00 0.16 0.33 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.39 0.22 0.03 0.17
C8 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.12 0.03 0.38 0.18 0.15 0.12
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.33 0.19 0.08 0.13
N3 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.04 0.00 0.20 0.13 0.21 0.03
N6 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.11 0.04 0.45 0.26 0.06 0.23
N7 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.12 0.03 0.44 0.22 0.04 0.19
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.25 0.14 0.23 0.04
O2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.08 0.10 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.19 0.25 0.02
O3' 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.04 0.07 0.12 0.02 0.04 0.11 0.12 0.05 0.04 0.00 0.01 0.10 0.28 0.17 0.10
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.36 0.09
O5' 0.10 0.25 0.15 0.20 0.27 0.01 0.37 0.00 0.39 0.38 0.33 0.20 0.45 0.44 0.25 0.05 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.15 0.21 0.27 0.15 0.12 0.20 0.16 0.22 0.18 0.19 0.13 0.26 0.22 0.14 0.19 0.28 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.16 0.23 0.17 0.18 0.31 0.08 0.33 0.03 0.15 0.08 0.21 0.06 0.04 0.23 0.25 0.17 0.36 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.05 0.12 0.07 0.03 0.14 0.00 0.17 0.12 0.13 0.03 0.23 0.19 0.04 0.02 0.10 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.18 0.06 0.02 0.06 0.12 0.02 0.12 0.02 0.05 0.10 0.16 0.12 0.09 0.03 0.10 0.05 0.16 0.04 0.12 0.06 0.04
C2 0.06 0.21 0.08 0.02 0.05 0.12 0.05 0.13 0.02 0.10 0.15 0.16 0.16 0.15 0.00 0.12 0.04 0.15 0.05 0.11 0.07 0.03
C2' 0.07 0.18 0.07 0.04 0.06 0.08 0.01 0.08 0.01 0.05 0.12 0.15 0.08 0.09 0.03 0.10 0.07 0.13 0.08 0.08 0.02 0.00
C3' 0.14 0.22 0.01 0.01 0.13 0.14 0.05 0.12 0.05 0.02 0.15 0.21 0.04 0.01 0.10 0.02 0.02 0.18 0.03 0.13 0.06 0.05
C4 0.08 0.19 0.06 0.01 0.06 0.12 0.03 0.13 0.02 0.05 0.10 0.16 0.14 0.10 0.03 0.11 0.05 0.16 0.03 0.14 0.08 0.05
C4' 0.12 0.19 0.02 0.01 0.10 0.14 0.02 0.13 0.02 0.00 0.11 0.19 0.08 0.05 0.08 0.05 0.03 0.19 0.02 0.14 0.07 0.05
C5 0.09 0.17 0.05 0.01 0.06 0.13 0.03 0.14 0.04 0.03 0.08 0.15 0.16 0.08 0.04 0.10 0.04 0.17 0.00 0.15 0.09 0.08
C5' 0.09 0.13 0.07 0.05 0.05 0.10 0.03 0.08 0.05 0.04 0.04 0.13 0.14 0.09 0.04 0.09 0.08 0.15 0.06 0.09 0.02 0.01
C6 0.08 0.19 0.06 0.01 0.05 0.13 0.04 0.14 0.06 0.05 0.09 0.16 0.19 0.10 0.03 0.11 0.04 0.17 0.01 0.15 0.09 0.07
C8 0.11 0.15 0.04 0.00 0.07 0.14 0.01 0.14 0.03 0.01 0.06 0.15 0.13 0.05 0.06 0.08 0.04 0.18 0.00 0.16 0.09 0.08
N1 0.06 0.21 0.07 0.01 0.05 0.12 0.06 0.13 0.04 0.09 0.13 0.16 0.20 0.14 0.01 0.12 0.03 0.15 0.03 0.13 0.08 0.05
N3 0.06 0.20 0.08 0.02 0.05 0.12 0.04 0.13 0.01 0.08 0.13 0.16 0.13 0.13 0.01 0.12 0.05 0.15 0.05 0.12 0.07 0.03
N6 0.09 0.17 0.05 0.01 0.05 0.13 0.04 0.14 0.08 0.03 0.04 0.15 0.21 0.09 0.04 0.10 0.03 0.17 0.02 0.16 0.10 0.09
N7 0.11 0.14 0.04 0.00 0.07 0.14 0.01 0.14 0.04 0.00 0.04 0.15 0.15 0.05 0.06 0.08 0.04 0.19 0.01 0.17 0.10 0.09
N9 0.09 0.17 0.05 0.01 0.07 0.13 0.02 0.13 0.02 0.04 0.09 0.16 0.13 0.08 0.04 0.10 0.04 0.17 0.02 0.14 0.08 0.06
O2' 0.01 0.14 0.12 0.09 0.01 0.03 0.07 0.02 0.04 0.13 0.08 0.11 0.13 0.16 0.04 0.15 0.12 0.06 0.14 0.01 0.04 0.07
O3' 0.15 0.24 0.01 0.02 0.14 0.14 0.08 0.12 0.09 0.04 0.18 0.22 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.19 0.03 0.13 0.06 0.05
O4' 0.11 0.18 0.03 0.01 0.08 0.15 0.01 0.15 0.01 0.03 0.10 0.17 0.11 0.07 0.06 0.07 0.03 0.19 0.01 0.14 0.08 0.06
O5' 0.60 0.61 0.48 0.50 0.55 0.61 0.45 0.59 0.42 0.46 0.51 0.63 0.30 0.40 0.54 0.46 0.47 0.65 0.46 0.57 0.52 0.52
OP1 0.42 0.38 0.29 0.30 0.37 0.42 0.30 0.41 0.26 0.32 0.30 0.41 0.17 0.27 0.37 0.26 0.26 0.47 0.31 0.43 0.37 0.38
OP2 0.28 0.22 0.17 0.19 0.20 0.29 0.09 0.27 0.03 0.14 0.09 0.27 0.10 0.06 0.21 0.17 0.17 0.33 0.15 0.24 0.19 0.19
P 0.40 0.37 0.28 0.30 0.34 0.41 0.25 0.40 0.20 0.27 0.27 0.41 0.09 0.21 0.34 0.26 0.27 0.45 0.28 0.39 0.34 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04
C2 0.01 0.00 0.20 0.14 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.21 0.10 0.03 0.18 0.06 0.08
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.12 0.00 0.08 0.02 0.12 0.05 0.17 0.19 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.07 0.11
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.06 0.07 0.11 0.13 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.12 0.13 0.08 0.13
C4 0.00 0.00 0.12 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.09 0.05 0.02 0.14 0.05 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.06 0.04 0.01 0.16 0.09 0.10
C5' 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.07 0.03 0.09 0.06 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.12 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.11 0.07 0.01 0.20 0.11 0.11
C8 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.08 0.06 0.08
N1 0.00 0.00 0.17 0.11 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.17 0.09 0.02 0.20 0.09 0.10
N3 0.01 0.00 0.19 0.13 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.18 0.08 0.03 0.14 0.03 0.06
N6 0.00 0.00 0.10 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.08 0.06 0.00 0.21 0.13 0.13
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.13 0.09 0.10
N9 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.06
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.17 0.03 0.13 0.04 0.19 0.01 0.26 0.28 0.18 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.09 0.10 0.07 0.11
O3' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.05 0.11 0.07 0.17 0.18 0.08 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.16 0.14 0.11 0.15
O4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.09 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04
O5' 0.00 0.03 0.07 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.09 0.16 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.18 0.11 0.13 0.14 0.04 0.16 0.05 0.20 0.08 0.20 0.14 0.21 0.13 0.09 0.10 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.06 0.07 0.08 0.05 0.03 0.09 0.04 0.11 0.06 0.09 0.03 0.13 0.09 0.03 0.07 0.11 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.11 0.13 0.07 0.01 0.10 0.00 0.11 0.08 0.10 0.06 0.13 0.10 0.06 0.11 0.15 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00