ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48917

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C4 A 0, 0.000, 0.047, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C2 A 0, 0.000, 0.051, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.051
N9 A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C8 A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C1' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
N3 A 0, 0.000, 0.068, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.068 std_dev=0.068
N6 A 0, 0.000, 0.079, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.079 std_dev=0.079
N9 B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
O4' A 0, 0.000, 0.184, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.184 std_dev=0.184
N1 B 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
O5' B 0, 0.000, 0.196, 0.391, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C4 B 0, 0.000, 0.226, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C5 B 0, 0.000, 0.275, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.275 std_dev=0.275
C2' A 0, 0.000, 0.279, 0.557, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.279 std_dev=0.279
C5' B 0, 0.000, 0.288, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.288 std_dev=0.288
C8 B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C6 B 0, 0.000, 0.324, 0.649, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.324 std_dev=0.324
C4' B 0, 0.000, 0.368, 0.735, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.368 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.000, 0.393, 0.786, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.393 std_dev=0.393
C1' B 0, 0.000, 0.397, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.397 std_dev=0.397
C2 B 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
C3' B 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
P B 0, 0.000, 0.405, 0.809, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.405 std_dev=0.405
OP1 A 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
O3' B 0, 0.000, 0.441, 0.882, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.441 std_dev=0.441
O5' A 0, 0.000, 0.445, 0.889, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.445 std_dev=0.445
C3' A 0, 0.000, 0.459, 0.918, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.459 std_dev=0.459
N3 B 0, 0.000, 0.472, 0.945, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.472 std_dev=0.472
O2' A 0, 0.000, 0.477, 0.953, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.477 std_dev=0.477
N7 B 0, 0.000, 0.480, 0.960, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.480
P A 0, 0.000, 0.483, 0.966, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.483 std_dev=0.483
C2' B 0, 0.000, 0.496, 0.993, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.496 std_dev=0.496
C4' A 0, 0.000, 0.510, 1.021, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.510 std_dev=0.510
OP1 B 0, 0.000, 0.523, 1.045, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.523 std_dev=0.523
OP2 B 0, 0.000, 0.612, 1.224, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.612 std_dev=0.612
N6 B 0, 0.000, 0.630, 1.261, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.630 std_dev=0.630
O3' A 0, 0.000, 0.692, 1.385, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.692 std_dev=0.692
O2' B 0, 0.000, 0.740, 1.481, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.740 std_dev=0.740
OP2 A 0, 0.000, 0.797, 1.594, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.797 std_dev=0.797
C5' A 0, 0.000, 0.891, 1.781, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.891 std_dev=0.891

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.11 0.25 0.15
C2 0.08 0.00 0.18 0.12 0.00 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.18 0.06 0.34 0.17 0.26 0.19
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.06 0.13 0.19 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.02 0.14 0.05
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.05 0.17 0.04 0.13 0.10 0.16 0.07 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.13 0.00
C4 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.03 0.01 0.32 0.15 0.22 0.16
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.19 0.02 0.13 0.12 0.19 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.09 0.18 0.01
C5 0.02 0.00 0.04 0.08 0.00 0.09 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.03 0.28 0.09 0.12 0.09
C5' 0.04 0.03 0.01 0.01 0.13 0.00 0.27 0.00 0.25 0.36 0.15 0.02 0.34 0.39 0.17 0.06 0.04 0.03 0.01 0.14 0.32 0.00
C6 0.03 0.00 0.08 0.05 0.00 0.06 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.01 0.02 0.28 0.08 0.10 0.08
C8 0.03 0.01 0.06 0.17 0.01 0.19 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.17 0.08 0.26 0.09 0.11 0.08
N1 0.06 0.00 0.13 0.04 0.00 0.02 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.09 0.01 0.31 0.12 0.17 0.13
N3 0.09 0.01 0.19 0.13 0.00 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.25 0.18 0.07 0.35 0.20 0.30 0.22
N6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.12 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.13 0.07 0.05 0.24 0.02 0.01 0.01
N7 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.16 0.07 0.24 0.06 0.05 0.04
N9 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.30 0.14 0.21 0.15
O2' 0.01 0.27 0.00 0.02 0.13 0.05 0.10 0.06 0.15 0.03 0.22 0.25 0.13 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01
O3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.17 0.09 0.18 0.07 0.16 0.06 0.02 0.00 0.01 0.18 0.18 0.03 0.15
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.26 0.12 0.31 0.18
O5' 0.24 0.34 0.11 0.05 0.32 0.00 0.28 0.01 0.28 0.26 0.31 0.35 0.24 0.24 0.30 0.01 0.18 0.26 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.11 0.17 0.02 0.05 0.15 0.09 0.09 0.14 0.08 0.09 0.12 0.20 0.02 0.06 0.14 0.05 0.18 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.25 0.26 0.14 0.13 0.22 0.18 0.12 0.32 0.10 0.11 0.17 0.30 0.01 0.05 0.21 0.09 0.03 0.31 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.19 0.05 0.00 0.16 0.01 0.09 0.00 0.08 0.08 0.13 0.22 0.01 0.04 0.15 0.01 0.15 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.08 0.11 0.09 0.06 0.05 0.00 0.15 0.09 0.04 0.07 0.02 0.05 0.08 0.30 0.30 0.22
C2 0.13 0.10 0.03 0.10 0.13 0.13 0.16 0.19 0.18 0.14 0.14 0.09 0.26 0.16 0.12 0.01 0.08 0.13 0.01 0.21 0.21 0.13
C2' 0.02 0.06 0.10 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.07 0.14 0.05 0.02 0.15 0.05 0.03 0.15 0.36 0.36 0.28
C3' 0.09 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.14 0.12 0.16 0.12 0.11 0.04 0.24 0.15 0.09 0.04 0.04 0.08 0.06 0.27 0.25 0.18
C4 0.10 0.05 0.03 0.09 0.08 0.10 0.11 0.16 0.13 0.10 0.09 0.05 0.19 0.12 0.08 0.02 0.07 0.10 0.04 0.25 0.26 0.17
C4' 0.14 0.10 0.07 0.11 0.12 0.12 0.15 0.16 0.16 0.13 0.14 0.10 0.22 0.15 0.12 0.02 0.09 0.12 0.02 0.26 0.24 0.16
C5 0.10 0.05 0.05 0.10 0.07 0.10 0.08 0.15 0.09 0.07 0.07 0.05 0.12 0.08 0.07 0.00 0.09 0.09 0.05 0.28 0.29 0.19
C5' 0.35 0.31 0.28 0.31 0.33 0.32 0.34 0.35 0.35 0.32 0.34 0.31 0.38 0.33 0.33 0.24 0.28 0.34 0.18 0.08 0.03 0.04
C6 0.11 0.08 0.06 0.12 0.09 0.11 0.08 0.16 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08 0.03 0.10 0.10 0.05 0.29 0.29 0.20
C8 0.08 0.02 0.04 0.09 0.06 0.09 0.08 0.14 0.08 0.07 0.05 0.03 0.12 0.08 0.06 0.02 0.07 0.08 0.06 0.28 0.29 0.20
N1 0.13 0.10 0.05 0.11 0.12 0.13 0.13 0.18 0.15 0.11 0.13 0.10 0.19 0.12 0.11 0.02 0.09 0.12 0.02 0.25 0.25 0.17
N3 0.12 0.08 0.03 0.10 0.12 0.12 0.16 0.19 0.18 0.14 0.13 0.08 0.25 0.17 0.12 0.02 0.08 0.12 0.01 0.21 0.21 0.13
N6 0.12 0.09 0.09 0.13 0.07 0.11 0.03 0.14 0.01 0.03 0.04 0.09 0.02 0.01 0.07 0.07 0.12 0.09 0.08 0.32 0.33 0.23
N7 0.09 0.03 0.05 0.11 0.05 0.09 0.06 0.13 0.06 0.05 0.04 0.03 0.08 0.06 0.06 0.01 0.09 0.08 0.07 0.30 0.31 0.21
N9 0.08 0.03 0.02 0.08 0.07 0.09 0.10 0.14 0.11 0.09 0.07 0.03 0.17 0.10 0.07 0.04 0.06 0.08 0.05 0.27 0.28 0.19
O2' 0.09 0.12 0.17 0.11 0.09 0.10 0.04 0.04 0.02 0.06 0.07 0.13 0.06 0.03 0.09 0.22 0.12 0.11 0.23 0.45 0.44 0.36
O3' 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.06 0.12 0.08 0.07 0.01 0.21 0.12 0.04 0.10 0.01 0.02 0.11 0.33 0.30 0.23
O4' 0.09 0.05 0.02 0.08 0.08 0.09 0.11 0.14 0.12 0.10 0.09 0.05 0.18 0.11 0.08 0.03 0.05 0.09 0.05 0.27 0.26 0.18
O5' 0.22 0.29 0.26 0.20 0.23 0.21 0.18 0.16 0.17 0.18 0.23 0.29 0.08 0.15 0.22 0.33 0.22 0.22 0.35 0.54 0.54 0.45
OP1 0.01 0.09 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.09 0.07 0.02 0.03 0.11 0.02 0.01 0.15 0.35 0.34 0.26
OP2 0.05 0.05 0.02 0.07 0.01 0.05 0.05 0.09 0.05 0.07 0.00 0.04 0.12 0.09 0.03 0.04 0.06 0.04 0.10 0.31 0.28 0.20
P 0.01 0.08 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.08 0.11 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.13 0.34 0.32 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.18 0.16
C2 0.05 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.08 0.26 0.25 0.18
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.16 0.07 0.08
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.14 0.07 0.04 0.09 0.13 0.09 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02
C4 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.11 0.27 0.27 0.21
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.05 0.03 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02
C5 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.02 0.15 0.34 0.36 0.27
C5' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.00 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02
C6 0.02 0.01 0.01 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.14 0.35 0.38 0.28
C8 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.16 0.06 0.16 0.33 0.34 0.27
N1 0.04 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.11 0.31 0.32 0.24
N3 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.23 0.21 0.16
N6 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.04 0.18 0.41 0.46 0.34
N7 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.16 0.05 0.17 0.37 0.41 0.31
N9 0.00 0.02 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.12 0.26 0.25 0.20
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.07 0.05 0.02
O3' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.09 0.16 0.06 0.01 0.12 0.16 0.07 0.07 0.00 0.02 0.04 0.04 0.13 0.10
O4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.12 0.18 0.16 0.16
O5' 0.12 0.08 0.07 0.03 0.11 0.02 0.15 0.01 0.14 0.16 0.11 0.07 0.18 0.17 0.12 0.01 0.04 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.21 0.26 0.16 0.08 0.27 0.05 0.34 0.02 0.35 0.33 0.31 0.23 0.41 0.37 0.26 0.07 0.04 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.25 0.07 0.00 0.27 0.00 0.36 0.00 0.38 0.34 0.32 0.21 0.46 0.41 0.25 0.05 0.13 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.16 0.18 0.08 0.02 0.21 0.02 0.27 0.02 0.28 0.27 0.24 0.16 0.34 0.31 0.20 0.02 0.10 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00