ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48922

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 5, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.015, 0.024, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.024 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.012, 0.034, 0.055, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.034 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.028, 0.104, 0.180, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.104 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.086, 0.166, 0.247, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.166 std_dev=0.080
C4' A 0, 0.065, 0.166, 0.267, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.166 std_dev=0.101
N3 B 0, 0.050, 0.153, 0.257, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.153 std_dev=0.104
O2' A 0, 0.129, 0.234, 0.340, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.234 std_dev=0.105
C2 B 0, 0.041, 0.159, 0.278, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.159 std_dev=0.119
C3' A 0, 0.104, 0.225, 0.346, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.225 std_dev=0.121
C4 B 0, 0.102, 0.255, 0.408, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.255 std_dev=0.153
O2 B 0, 0.092, 0.247, 0.402, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.247 std_dev=0.155
N4 B 0, 0.181, 0.348, 0.514, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.348 std_dev=0.166
N1 B 0, 0.057, 0.234, 0.411, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.234 std_dev=0.177
O3' A 0, 0.115, 0.296, 0.476, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.296 std_dev=0.180
C5' A 0, 0.071, 0.271, 0.472, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.271 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.087, 0.291, 0.494, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.291 std_dev=0.204
O5' A 0, 0.101, 0.308, 0.514, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.308 std_dev=0.207
C2' B 0, 0.145, 0.352, 0.558, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.352 std_dev=0.207
OP1 A 0, 0.222, 0.444, 0.666, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.444 std_dev=0.222
O2' B 0, 0.223, 0.448, 0.674, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.448 std_dev=0.226
P A 0, 0.176, 0.407, 0.638, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.407 std_dev=0.231
O4' B 0, 0.092, 0.327, 0.561, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.327 std_dev=0.235
C3' B 0, 0.157, 0.392, 0.627, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.392 std_dev=0.235
C5 B 0, 0.124, 0.364, 0.605, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.364 std_dev=0.240
C6 B 0, 0.093, 0.346, 0.598, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.346 std_dev=0.253
C4' B 0, 0.108, 0.363, 0.618, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.363 std_dev=0.255
O3' B 0, 0.196, 0.461, 0.726, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.461 std_dev=0.265
O5' B 0, 0.103, 0.372, 0.641, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.372 std_dev=0.269
C5' B 0, 0.109, 0.380, 0.652, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.380 std_dev=0.272
OP2 A 0, 0.205, 0.500, 0.794, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.500 std_dev=0.294
P B 0, 0.091, 0.425, 0.760, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.425 std_dev=0.335
OP2 B 0, 0.083, 0.453, 0.824, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.453 std_dev=0.370
OP1 B 0, 0.098, 0.474, 0.850, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.474 std_dev=0.376

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.04
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05 0.09 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.04
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.08 0.05 0.04
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.10 0.03 0.05 0.05 0.09 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05 0.04
C8 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.05 0.10 0.05 0.06
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02 0.04 0.07 0.05 0.04
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.07 0.06 0.05
N7 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.06 0.10 0.06 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.09 0.04 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.11 0.04 0.05
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.09 0.07 0.10 0.05 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.03 0.04
O5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.06 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.02 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.04 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.04 0.07 0.06 0.09 0.10 0.07 0.08 0.09 0.11 0.09
C2 0.09 0.06 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11
C2' 0.07 0.04 0.09 0.10 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.04 0.08 0.05 0.10 0.12 0.07 0.09 0.10 0.12 0.09
C3' 0.05 0.04 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.10 0.04 0.09 0.09 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06
C4 0.07 0.04 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.04 0.07 0.06 0.10 0.09 0.07 0.08 0.09 0.12 0.09
C4' 0.05 0.05 0.07 0.07 0.08 0.05 0.09 0.05 0.07 0.05 0.06 0.11 0.05 0.09 0.08 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05
C5 0.07 0.04 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.04 0.07 0.06 0.10 0.08 0.07 0.07 0.08 0.12 0.09
C5' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.13 0.07 0.13 0.07 0.11 0.09 0.10 0.16 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06
C6 0.07 0.04 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.06 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.13 0.10
C8 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07 0.06 0.09 0.11 0.08
N1 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.13 0.11
N3 0.08 0.05 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.05 0.08 0.06 0.10 0.10 0.08 0.09 0.10 0.12 0.10
N6 0.06 0.04 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.10 0.06 0.11 0.09 0.06 0.07 0.08 0.13 0.10
N7 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.10 0.09 0.07 0.06 0.09 0.12 0.09
N9 0.07 0.05 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.04 0.07 0.06 0.10 0.09 0.07 0.07 0.09 0.11 0.09
O2' 0.09 0.05 0.11 0.12 0.06 0.10 0.08 0.10 0.08 0.07 0.05 0.08 0.06 0.11 0.14 0.09 0.11 0.12 0.14 0.11
O3' 0.05 0.04 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.11 0.04 0.09 0.10 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06
O4' 0.07 0.05 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.09 0.09 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07
O5' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.12 0.07 0.12 0.07 0.10 0.08 0.09 0.14 0.08 0.10 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06
OP1 0.07 0.09 0.07 0.07 0.13 0.07 0.13 0.07 0.11 0.09 0.10 0.15 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07
OP2 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09
P 0.07 0.08 0.07 0.06 0.11 0.07 0.12 0.06 0.10 0.08 0.09 0.13 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.04 0.05 0.11 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.08 0.12 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.08 0.12 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.10 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05 0.07 0.12 0.08
N4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.06 0.09 0.13 0.09
O2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.03 0.04 0.05 0.10 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.06 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.09 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.05
O5' 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.05 0.05 0.07 0.08 0.03 0.08 0.03 0.06 0.04 0.07 0.09 0.05 0.06 0.11 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.11 0.06 0.05 0.12 0.03 0.12 0.01 0.10 0.10 0.12 0.13 0.10 0.06 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.04 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07 0.05 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00