ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48923

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C5 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
N7 A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
C8 A 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
O4' A 0, 0.000, 0.278, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.278 std_dev=0.277
C4' A 0, 0.000, 0.376, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.376 std_dev=0.376
C2' A 0, 0.000, 0.378, 0.756, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.378 std_dev=0.378
O2' A 0, 0.000, 0.528, 1.057, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.528 std_dev=0.528
C3' A 0, 0.000, 0.536, 1.073, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.536 std_dev=0.536
C2 B 0, 0.000, 0.679, 1.357, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.679 std_dev=0.679
N3 B 0, 0.000, 0.733, 1.466, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.733 std_dev=0.733
N1 B 0, 0.000, 0.736, 1.472, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.736 std_dev=0.736
C5' A 0, 0.000, 0.743, 1.486, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.743 std_dev=0.743
O3' A 0, 0.000, 0.760, 1.519, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.760 std_dev=0.760
C4 B 0, 0.000, 0.786, 1.571, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.786 std_dev=0.786
C6 B 0, 0.000, 0.809, 1.617, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.809 std_dev=0.809
C5 B 0, 0.000, 0.811, 1.622, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.811 std_dev=0.811
O2 B 0, 0.000, 0.825, 1.650, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.825 std_dev=0.825
C1' B 0, 0.000, 0.974, 1.948, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.974 std_dev=0.974
N4 B 0, 0.000, 1.052, 2.105, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.052 std_dev=1.052
O4' B 0, 0.000, 1.058, 2.116, 2.116 max_d=2.116 avg_d=1.058 std_dev=1.058
OP1 A 0, 0.000, 1.107, 2.215, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.107 std_dev=1.107
O5' A 0, 0.000, 1.127, 2.254, 2.254 max_d=2.254 avg_d=1.127 std_dev=1.127
C2' B 0, 0.000, 1.244, 2.488, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.244 std_dev=1.244
P A 0, 0.000, 1.298, 2.596, 2.596 max_d=2.596 avg_d=1.298 std_dev=1.298
O2' B 0, 0.000, 1.324, 2.648, 2.648 max_d=2.648 avg_d=1.324 std_dev=1.324
C4' B 0, 0.000, 1.385, 2.771, 2.771 max_d=2.771 avg_d=1.385 std_dev=1.385
C3' B 0, 0.000, 1.492, 2.984, 2.984 max_d=2.984 avg_d=1.492 std_dev=1.492
C5' B 0, 0.000, 1.514, 3.028, 3.028 max_d=3.028 avg_d=1.514 std_dev=1.514
OP2 A 0, 0.000, 1.609, 3.218, 3.218 max_d=3.218 avg_d=1.609 std_dev=1.609
O3' B 0, 0.000, 1.662, 3.325, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.662 std_dev=1.662
O5' B 0, 0.000, 1.956, 3.913, 3.913 max_d=3.913 avg_d=1.956 std_dev=1.956
P B 0, 0.000, 2.571, 5.143, 5.143 max_d=5.143 avg_d=2.571 std_dev=2.571
OP1 B 0, 0.000, 2.654, 5.308, 5.308 max_d=5.308 avg_d=2.654 std_dev=2.654
OP2 B 0, 0.000, 3.171, 6.342, 6.342 max_d=6.342 avg_d=3.171 std_dev=3.171

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.08
C2 0.01 0.00 0.10 0.12 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.14 0.01 0.06 0.12 0.25 0.21
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.06 0.11 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.06
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.14 0.06 0.12 0.05 0.13 0.04 0.02 0.00 0.00 0.04 0.12 0.09 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.05 0.14 0.14
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.03 0.06 0.09
C5' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.10 0.04 0.06 0.03 0.09 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.07 0.11 0.13
C8 0.01 0.00 0.08 0.14 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.02 0.25 0.05 0.10 0.02
N1 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.11 0.21 0.19
N3 0.01 0.00 0.11 0.12 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.14 0.01 0.06 0.10 0.23 0.19
N6 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.10 0.05 0.05 0.10
N7 0.00 0.00 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.14 0.02 0.22 0.03 0.09 0.00
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.05 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.07 0.09 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.14 0.06 0.01
O3' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.15 0.08 0.14 0.07 0.14 0.04 0.04 0.00 0.00 0.09 0.18 0.09 0.02
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.06
O5' 0.05 0.06 0.01 0.04 0.03 0.01 0.10 0.01 0.06 0.25 0.02 0.06 0.10 0.22 0.10 0.03 0.09 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.00 0.12 0.08 0.12 0.05 0.07 0.03 0.06 0.07 0.05 0.11 0.10 0.05 0.03 0.00 0.14 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.25 0.10 0.09 0.14 0.04 0.06 0.00 0.11 0.10 0.21 0.23 0.05 0.09 0.05 0.06 0.09 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.21 0.06 0.04 0.14 0.02 0.09 0.01 0.13 0.02 0.19 0.19 0.10 0.00 0.07 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.12 0.32 0.37 0.36 0.25 0.35 0.07 0.14 0.08 0.11 0.63 0.37 0.50 0.53 0.20 0.52 1.18 0.77 0.85
C2 0.18 0.20 0.16 0.17 0.29 0.08 0.36 0.10 0.18 0.06 0.04 0.55 0.45 0.30 0.30 0.10 0.77 1.42 1.11 1.12
C2' 0.33 0.20 0.40 0.43 0.32 0.28 0.32 0.08 0.10 0.14 0.04 0.60 0.46 0.60 0.61 0.23 0.54 1.27 0.85 0.91
C3' 0.45 0.26 0.53 0.59 0.30 0.44 0.27 0.22 0.02 0.22 0.02 0.61 0.53 0.73 0.79 0.37 0.40 1.14 0.67 0.76
C4 0.25 0.15 0.28 0.32 0.36 0.22 0.35 0.04 0.14 0.08 0.08 0.64 0.42 0.43 0.47 0.20 0.57 1.21 0.84 0.90
C4' 0.39 0.17 0.46 0.54 0.35 0.41 0.31 0.22 0.07 0.16 0.10 0.64 0.43 0.65 0.73 0.34 0.36 1.07 0.60 0.70
C5 0.28 0.14 0.30 0.36 0.38 0.28 0.34 0.11 0.12 0.09 0.13 0.67 0.41 0.44 0.50 0.24 0.50 1.10 0.72 0.79
C5' 0.47 0.19 0.55 0.66 0.35 0.55 0.28 0.35 0.02 0.21 0.11 0.65 0.45 0.72 0.87 0.45 0.21 0.92 0.40 0.55
C6 0.26 0.18 0.25 0.29 0.37 0.22 0.34 0.06 0.13 0.10 0.07 0.67 0.46 0.37 0.42 0.21 0.58 1.16 0.81 0.87
C8 0.32 0.10 0.38 0.45 0.40 0.36 0.33 0.19 0.10 0.10 0.19 0.68 0.35 0.53 0.62 0.29 0.36 0.98 0.54 0.65
N1 0.20 0.21 0.16 0.18 0.31 0.12 0.36 0.06 0.17 0.07 0.04 0.60 0.46 0.29 0.31 0.13 0.73 1.34 1.03 1.06
N3 0.21 0.17 0.21 0.23 0.32 0.13 0.36 0.06 0.17 0.06 0.02 0.58 0.43 0.36 0.37 0.13 0.70 1.36 1.03 1.05
N6 0.29 0.19 0.28 0.32 0.38 0.27 0.30 0.13 0.09 0.12 0.12 0.66 0.47 0.38 0.44 0.26 0.50 1.04 0.70 0.77
N7 0.33 0.10 0.37 0.45 0.40 0.37 0.32 0.21 0.09 0.11 0.20 0.68 0.36 0.52 0.61 0.31 0.35 0.94 0.51 0.62
N9 0.28 0.12 0.33 0.38 0.37 0.28 0.34 0.10 0.13 0.09 0.13 0.65 0.38 0.49 0.54 0.23 0.49 1.13 0.72 0.80
O2' 0.24 0.14 0.32 0.33 0.34 0.17 0.37 0.04 0.16 0.07 0.07 0.60 0.40 0.53 0.50 0.13 0.65 1.38 0.99 1.02
O3' 0.49 0.29 0.58 0.63 0.26 0.46 0.25 0.23 0.00 0.26 0.02 0.57 0.57 0.80 0.84 0.39 0.40 1.18 0.71 0.79
O4' 0.29 0.10 0.35 0.43 0.39 0.32 0.35 0.14 0.13 0.08 0.16 0.66 0.34 0.52 0.60 0.26 0.41 1.08 0.63 0.73
O5' 0.60 0.30 0.67 0.80 0.29 0.70 0.21 0.49 0.07 0.32 0.04 0.62 0.57 0.84 1.04 0.60 0.08 0.80 0.26 0.42
OP1 0.48 0.11 0.58 0.73 0.42 0.63 0.30 0.45 0.03 0.18 0.22 0.73 0.34 0.73 0.97 0.50 0.08 0.76 0.18 0.38
OP2 0.60 0.18 0.67 0.86 0.44 0.77 0.31 0.55 0.00 0.25 0.20 0.79 0.47 0.82 1.13 0.64 0.00 0.70 0.11 0.32
P 0.46 0.09 0.54 0.71 0.48 0.62 0.37 0.42 0.08 0.15 0.26 0.81 0.35 0.70 0.96 0.49 0.12 0.81 0.23 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.41 0.45 0.43 0.41
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.56 0.76 0.62 0.64
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.43 0.39 0.41 0.39
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.11 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.69 1.01 0.86 0.85
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.15 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.73 1.06 0.92 0.90
C5' 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.30 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.72 0.91 0.82 0.81
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.59 0.72 0.64 0.63
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.63 0.90 0.74 0.75
N4 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.71 1.07 0.93 0.90
O2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.46 0.64 0.50 0.53
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.00 0.06 0.02 0.40 0.44 0.37 0.40
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.00 0.03 0.10 0.06 0.09 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.26 0.26 0.34 0.26
O5' 0.41 0.56 0.43 0.05 0.69 0.00 0.73 0.01 0.72 0.59 0.63 0.71 0.46 0.40 0.10 0.26 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.45 0.76 0.39 0.02 1.01 0.03 1.06 0.16 0.91 0.72 0.90 1.07 0.64 0.44 0.06 0.26 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.43 0.62 0.41 0.11 0.86 0.15 0.92 0.30 0.82 0.64 0.74 0.93 0.50 0.37 0.09 0.34 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.41 0.64 0.39 0.03 0.85 0.01 0.90 0.00 0.81 0.63 0.75 0.90 0.53 0.40 0.10 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00