ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48926

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 20, 36, 27, 26, 47, 42, 26, 24, 7, 7, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.032, 0.046, 0.060, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.046 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.018, 0.033, 0.047, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.033 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.017, 0.035, 0.053, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.053, 0.074, 0.094, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.074 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.019, 0.042, 0.065, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.042 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.021, 0.052, 0.083, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.052 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.027, 0.070, 0.113, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.070 std_dev=0.043
C2 B 0, 0.148, 0.361, 0.574, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.361 std_dev=0.213
N3 B 0, 0.189, 0.411, 0.633, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.411 std_dev=0.222
O2 B 0, 0.263, 0.502, 0.742, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.502 std_dev=0.240
N1 B 0, 0.221, 0.496, 0.770, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.496 std_dev=0.274
C6 B 0, 0.232, 0.515, 0.799, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.515 std_dev=0.284
C5 B 0, 0.315, 0.621, 0.926, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.621 std_dev=0.305
C4 B 0, 0.313, 0.642, 0.971, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.642 std_dev=0.329
C1' B 0, 0.408, 0.840, 1.272, 2.051 max_d=2.051 avg_d=0.840 std_dev=0.432
O4' B 0, 0.842, 1.339, 1.835, 2.766 max_d=2.766 avg_d=1.339 std_dev=0.497
O4 B 0, 0.417, 0.920, 1.422, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.920 std_dev=0.502
C2' B 0, 0.691, 1.257, 1.824, 2.956 max_d=2.956 avg_d=1.257 std_dev=0.566
C4' B 0, 1.143, 1.887, 2.631, 3.796 max_d=3.796 avg_d=1.887 std_dev=0.744
C3' B 0, 1.137, 1.897, 2.658, 3.998 max_d=3.998 avg_d=1.897 std_dev=0.761
O2' B 0, 0.658, 1.466, 2.273, 3.568 max_d=3.568 avg_d=1.466 std_dev=0.807
C5' B 0, 1.348, 2.242, 3.136, 4.880 max_d=4.880 avg_d=2.242 std_dev=0.894
O4' A 0, 0.517, 1.494, 2.471, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.494 std_dev=0.977
C2' A 0, 0.532, 1.525, 2.517, 2.812 max_d=2.812 avg_d=1.525 std_dev=0.993
O3' B 0, 1.569, 2.648, 3.728, 5.716 max_d=5.716 avg_d=2.648 std_dev=1.080
O2' A 0, 0.680, 1.925, 3.170, 4.050 max_d=4.050 avg_d=1.925 std_dev=1.245
C4' A 0, 0.803, 2.094, 3.386, 3.929 max_d=3.929 avg_d=2.094 std_dev=1.291
O5' B 0, 1.131, 2.541, 3.952, 6.780 max_d=6.780 avg_d=2.541 std_dev=1.411
C3' A 0, 0.872, 2.296, 3.720, 4.342 max_d=4.342 avg_d=2.296 std_dev=1.424
OP1 B 0, 1.476, 3.296, 5.116, 9.024 max_d=9.024 avg_d=3.296 std_dev=1.820
O3' A 0, 1.141, 2.989, 4.836, 6.121 max_d=6.121 avg_d=2.989 std_dev=1.848
P B 0, 1.089, 2.979, 4.870, 8.601 max_d=8.601 avg_d=2.979 std_dev=1.891
C5' A 0, 1.392, 3.792, 6.193, 6.863 max_d=6.863 avg_d=3.792 std_dev=2.400
OP2 B 0, 0.784, 3.428, 6.072, 10.455 max_d=10.455 avg_d=3.428 std_dev=2.644
O5' A 0, 1.495, 4.400, 7.306, 7.828 max_d=7.828 avg_d=4.400 std_dev=2.906
P A 0, 2.095, 6.096, 10.097, 10.764 max_d=10.764 avg_d=6.096 std_dev=4.001
OP1 A 0, 2.540, 6.972, 11.405, 12.650 max_d=12.650 avg_d=6.972 std_dev=4.432
OP2 A 0, 2.419, 6.991, 11.563, 12.541 max_d=12.541 avg_d=6.991 std_dev=4.572

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.18 0.52 0.34 0.22
C2 0.05 0.00 0.47 0.81 0.01 0.67 0.01 1.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.51 0.76 0.54 1.30 1.86 1.57 1.57
C2' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.25 0.02 0.12 0.12 0.21 0.26 0.36 0.48 0.16 0.16 0.04 0.00 0.03 0.03 0.26 0.48 0.37 0.29
C3' 0.02 0.81 0.01 0.00 0.40 0.01 0.30 0.04 0.40 0.52 0.62 0.79 0.36 0.43 0.20 0.02 0.01 0.02 0.25 0.33 0.38 0.23
C4 0.03 0.01 0.25 0.40 0.00 0.28 0.00 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.32 0.28 0.50 0.99 0.50 0.51
C4' 0.03 0.67 0.02 0.01 0.28 0.00 0.12 0.01 0.25 0.44 0.50 0.65 0.17 0.31 0.08 0.21 0.03 0.01 0.02 0.19 0.32 0.08
C5 0.01 0.01 0.12 0.30 0.00 0.12 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.23 0.13 0.43 0.87 0.69 0.35
C5' 0.06 1.07 0.12 0.04 0.42 0.01 0.27 0.00 0.43 0.75 0.81 0.98 0.34 0.60 0.21 0.16 0.13 0.03 0.01 0.33 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.21 0.40 0.01 0.25 0.01 0.43 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.35 0.25 0.53 1.11 0.63 0.53
C8 0.02 0.01 0.26 0.52 0.01 0.44 0.01 0.75 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.41 0.45 0.28 1.09 1.06 1.57 1.17
N1 0.04 0.01 0.36 0.62 0.01 0.50 0.01 0.81 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.58 0.43 0.97 1.59 1.11 1.17
N3 0.05 0.01 0.48 0.79 0.01 0.65 0.01 0.98 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.49 0.71 0.54 1.17 1.61 1.33 1.34
N6 0.02 0.02 0.16 0.36 0.01 0.17 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.26 0.31 0.18 0.48 1.00 0.79 0.42
N7 0.01 0.02 0.16 0.43 0.01 0.31 0.00 0.60 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.38 0.14 0.93 1.01 1.54 1.02
N9 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.08 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.13 0.02 0.39 0.66 0.59 0.35
O2' 0.02 0.51 0.00 0.02 0.24 0.21 0.21 0.16 0.26 0.41 0.40 0.49 0.26 0.35 0.15 0.00 0.08 0.16 0.22 0.39 0.32 0.24
O3' 0.17 0.76 0.03 0.01 0.32 0.03 0.23 0.13 0.35 0.45 0.58 0.71 0.31 0.38 0.13 0.08 0.00 0.11 0.28 0.60 0.51 0.35
O4' 0.01 0.54 0.03 0.02 0.28 0.01 0.13 0.03 0.25 0.28 0.43 0.54 0.18 0.14 0.02 0.16 0.11 0.00 0.13 0.54 0.43 0.27
O5' 0.18 1.30 0.26 0.25 0.50 0.02 0.43 0.01 0.53 1.09 0.97 1.17 0.48 0.93 0.39 0.22 0.28 0.13 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.52 1.86 0.48 0.33 0.99 0.19 0.87 0.33 1.11 1.06 1.59 1.61 1.00 1.01 0.66 0.39 0.60 0.54 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 1.57 0.37 0.38 0.50 0.32 0.69 0.39 0.63 1.57 1.11 1.33 0.79 1.54 0.59 0.32 0.51 0.43 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.22 1.57 0.29 0.23 0.51 0.08 0.35 0.02 0.53 1.17 1.17 1.34 0.42 1.02 0.35 0.24 0.35 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.12 0.36 0.38 0.22 0.15 0.21 0.16 0.15 0.12 0.16 0.15 0.30 0.38 0.30 0.18 0.55 0.84 1.17 0.78
C2 0.14 0.14 0.30 0.38 0.21 0.15 0.20 0.18 0.16 0.13 0.15 0.18 0.28 0.34 0.28 0.17 0.59 0.82 1.23 0.83
C2' 0.37 0.39 0.37 0.41 0.57 0.39 0.57 0.49 0.49 0.42 0.46 0.33 0.46 0.50 0.65 0.48 0.89 1.19 1.50 1.15
C3' 0.63 0.67 0.53 0.58 0.98 0.65 0.98 0.77 0.86 0.72 0.80 0.54 0.60 0.61 1.11 0.73 1.16 1.34 1.83 1.45
C4 0.13 0.12 0.35 0.35 0.21 0.14 0.19 0.17 0.14 0.12 0.15 0.15 0.29 0.35 0.29 0.19 0.53 0.78 1.10 0.74
C4' 0.48 0.54 0.50 0.58 0.87 0.51 0.88 0.59 0.74 0.59 0.69 0.38 0.42 0.54 1.02 0.54 0.85 0.99 1.50 1.09
C5 0.14 0.13 0.39 0.33 0.21 0.16 0.18 0.18 0.14 0.12 0.17 0.14 0.33 0.35 0.28 0.21 0.48 0.72 0.95 0.64
C5' 0.82 0.90 0.84 0.97 1.43 0.90 1.45 1.04 1.25 1.00 1.12 0.64 0.71 0.92 1.64 0.89 1.33 1.42 1.99 1.58
C6 0.14 0.13 0.39 0.32 0.21 0.15 0.18 0.18 0.14 0.13 0.18 0.15 0.33 0.33 0.27 0.21 0.47 0.69 0.92 0.62
C8 0.15 0.13 0.41 0.33 0.21 0.17 0.18 0.19 0.14 0.12 0.17 0.15 0.35 0.38 0.28 0.23 0.48 0.74 0.95 0.64
N1 0.14 0.13 0.33 0.34 0.21 0.14 0.18 0.16 0.14 0.12 0.16 0.17 0.27 0.30 0.27 0.18 0.53 0.74 1.07 0.73
N3 0.14 0.13 0.31 0.38 0.21 0.15 0.20 0.17 0.16 0.13 0.15 0.17 0.29 0.36 0.29 0.17 0.59 0.84 1.24 0.83
N6 0.17 0.16 0.45 0.31 0.22 0.18 0.19 0.21 0.16 0.15 0.21 0.16 0.43 0.38 0.26 0.25 0.42 0.61 0.75 0.52
N7 0.16 0.14 0.43 0.33 0.21 0.18 0.18 0.21 0.14 0.13 0.18 0.15 0.38 0.39 0.28 0.25 0.46 0.69 0.87 0.59
N9 0.13 0.12 0.37 0.35 0.22 0.15 0.19 0.17 0.14 0.12 0.16 0.15 0.31 0.36 0.29 0.20 0.53 0.79 1.08 0.72
O2' 0.43 0.43 0.56 0.61 0.59 0.47 0.60 0.54 0.53 0.46 0.49 0.39 0.59 0.69 0.66 0.49 0.88 1.29 1.50 1.14
O3' 0.60 0.64 0.47 0.50 0.98 0.61 0.99 0.75 0.86 0.70 0.78 0.50 0.63 0.56 1.13 0.73 1.17 1.41 1.89 1.50
O4' 0.43 0.47 0.55 0.59 0.69 0.44 0.68 0.45 0.59 0.50 0.57 0.37 0.41 0.53 0.79 0.42 0.62 0.75 1.21 0.80
O5' 0.99 1.09 1.00 1.14 1.75 1.08 1.77 1.27 1.51 1.21 1.38 0.79 0.85 1.10 2.02 1.07 1.63 1.73 2.34 1.92
OP1 1.72 1.79 1.67 1.84 2.53 1.83 2.61 2.03 2.33 1.95 2.08 1.43 1.47 1.73 2.82 1.83 2.28 2.44 2.96 2.54
OP2 1.16 1.32 1.05 1.29 2.38 1.30 2.43 1.61 2.01 1.51 1.76 0.88 0.83 1.16 2.82 1.34 2.03 2.23 2.90 2.42
P 1.26 1.39 1.25 1.45 2.29 1.39 2.35 1.66 2.01 1.57 1.77 0.93 0.98 1.35 2.64 1.38 2.04 2.19 2.83 2.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.24 0.03 0.01 0.24 0.37 0.37 0.29
C2 0.02 0.00 0.17 0.21 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.18 0.02 0.11 0.42 0.59 0.81 0.56
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.02 0.13 0.17 0.16 0.04 0.14 0.29 0.01 0.03 0.09 0.02 0.49 0.61 0.63 0.53
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.33 0.01 0.34 0.03 0.29 0.20 0.28 0.18 0.02 0.01 0.37 0.03 0.41 0.36 0.54 0.35
C4 0.02 0.01 0.08 0.33 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.23 0.01 0.03 0.69 0.84 1.42 0.97
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.17 0.07 0.07 0.10 0.26 0.03 0.14 0.01 0.02 0.17 0.17 0.06
C5 0.02 0.01 0.13 0.34 0.01 0.18 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.27 0.01 0.09 0.77 0.86 1.52 1.06
C5' 0.07 0.10 0.17 0.03 0.18 0.01 0.23 0.00 0.20 0.10 0.12 0.14 0.11 0.20 0.19 0.02 0.01 0.24 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.29 0.01 0.17 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.20 0.01 0.12 0.68 0.71 1.20 0.87
N1 0.01 0.01 0.04 0.20 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.11 0.02 0.02 0.45 0.55 0.79 0.57
N3 0.02 0.01 0.14 0.28 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.17 0.01 0.08 0.55 0.72 1.11 0.76
O2 0.04 0.01 0.29 0.18 0.02 0.10 0.02 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.26 0.31 0.02 0.19 0.32 0.51 0.59 0.41
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.29 0.26 0.34 0.11 0.31 0.17 0.22 0.26 0.00 0.07 0.31 0.17 0.30 0.51 0.42 0.36
O3' 0.24 0.18 0.03 0.01 0.23 0.03 0.27 0.20 0.20 0.11 0.17 0.31 0.07 0.00 0.28 0.16 0.37 0.52 0.47 0.34
O4 0.03 0.02 0.09 0.37 0.01 0.14 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.31 0.28 0.00 0.04 0.74 0.92 1.59 1.07
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.03 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.08 0.19 0.17 0.16 0.04 0.00 0.11 0.19 0.22 0.17
O5' 0.24 0.42 0.49 0.41 0.69 0.02 0.77 0.01 0.68 0.45 0.55 0.32 0.30 0.37 0.74 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.59 0.61 0.36 0.84 0.17 0.86 0.24 0.71 0.55 0.72 0.51 0.51 0.52 0.92 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.81 0.63 0.54 1.42 0.17 1.52 0.26 1.20 0.79 1.11 0.59 0.42 0.47 1.59 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.56 0.53 0.35 0.97 0.06 1.06 0.02 0.87 0.57 0.76 0.41 0.36 0.34 1.07 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00