ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48927

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 5, 10, 8, 20, 32, 24, 16, 6, 6, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.014, 0.038, 0.061, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.038 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.018, 0.045, 0.073, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.045 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.008, 0.038, 0.068, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.038 std_dev=0.030
C2 B 0, 0.507, 0.711, 0.914, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.711 std_dev=0.203
N3 B 0, 0.499, 0.724, 0.950, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.724 std_dev=0.226
O2 B 0, 0.507, 0.747, 0.987, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.747 std_dev=0.240
N1 B 0, 0.542, 0.795, 1.048, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.795 std_dev=0.253
C4 B 0, 0.609, 0.887, 1.165, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.887 std_dev=0.278
C1' B 0, 0.619, 0.905, 1.192, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.905 std_dev=0.286
C5 B 0, 0.666, 0.977, 1.288, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.977 std_dev=0.311
C6 B 0, 0.585, 0.898, 1.212, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.898 std_dev=0.313
O4 B 0, 0.710, 1.037, 1.365, 2.268 max_d=2.268 avg_d=1.037 std_dev=0.328
C2' B 0, 1.018, 1.346, 1.673, 2.301 max_d=2.301 avg_d=1.346 std_dev=0.328
O4' B 0, 0.615, 1.028, 1.441, 1.968 max_d=1.968 avg_d=1.028 std_dev=0.413
C3' B 0, 0.623, 1.136, 1.649, 2.268 max_d=2.268 avg_d=1.136 std_dev=0.513
C4' B 0, 0.690, 1.207, 1.725, 2.186 max_d=2.186 avg_d=1.207 std_dev=0.517
C5' B 0, 0.726, 1.258, 1.789, 2.616 max_d=2.616 avg_d=1.258 std_dev=0.531
O2' B 0, 1.415, 2.015, 2.616, 3.525 max_d=3.525 avg_d=2.015 std_dev=0.600
O5' B 0, 2.063, 2.679, 3.296, 4.208 max_d=4.208 avg_d=2.679 std_dev=0.616
O3' B 0, 1.385, 2.109, 2.832, 3.662 max_d=3.662 avg_d=2.109 std_dev=0.724
OP1 B 0, 3.951, 4.845, 5.739, 7.052 max_d=7.052 avg_d=4.845 std_dev=0.894
P B 0, 3.663, 4.574, 5.485, 6.498 max_d=6.498 avg_d=4.574 std_dev=0.911
O4' A 0, 0.286, 1.252, 2.217, 2.547 max_d=2.547 avg_d=1.252 std_dev=0.965
C2' A 0, 0.256, 1.298, 2.340, 2.690 max_d=2.690 avg_d=1.298 std_dev=1.042
C4' A 0, 0.446, 1.757, 3.068, 3.275 max_d=3.275 avg_d=1.757 std_dev=1.311
OP2 B 0, 4.416, 5.925, 7.433, 8.867 max_d=8.867 avg_d=5.925 std_dev=1.508
C3' A 0, 0.357, 1.903, 3.448, 3.671 max_d=3.671 avg_d=1.903 std_dev=1.546
O2' A 0, 0.490, 2.096, 3.702, 4.063 max_d=4.063 avg_d=2.096 std_dev=1.606
O3' A 0, 0.331, 2.298, 4.266, 4.517 max_d=4.517 avg_d=2.298 std_dev=1.968
O5' A 0, 2.959, 5.177, 7.395, 7.555 max_d=7.555 avg_d=5.177 std_dev=2.218
C5' A 0, 0.880, 3.344, 5.808, 6.244 max_d=6.244 avg_d=3.344 std_dev=2.464
OP1 A 0, 4.730, 7.625, 10.519, 12.120 max_d=12.120 avg_d=7.625 std_dev=2.895
P A 0, 3.768, 6.895, 10.022, 10.470 max_d=10.470 avg_d=6.895 std_dev=3.127
OP2 A 0, 4.187, 8.049, 11.910, 12.161 max_d=12.161 avg_d=8.049 std_dev=3.861

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.42 0.01 0.15 0.46 0.33 0.13
C2 0.03 0.00 0.10 0.31 0.01 0.50 0.01 1.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.25 0.32 0.50 1.20 1.40 2.35 1.80
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.22 0.06 0.07 0.08 0.10 0.06 0.06 0.03 0.01 0.06 0.02 0.33 0.62 0.75 0.31
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.28 0.01 0.44 0.03 0.42 0.55 0.33 0.29 0.49 0.58 0.31 0.02 0.01 0.01 0.30 0.80 0.52 0.32
C4 0.02 0.01 0.05 0.28 0.00 0.15 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.12 0.25 0.41 0.51 1.07 0.77
C4' 0.01 0.50 0.02 0.01 0.15 0.00 0.17 0.01 0.13 0.56 0.30 0.51 0.18 0.48 0.18 0.33 0.03 0.01 0.02 0.67 0.23 0.21
C5 0.01 0.01 0.05 0.44 0.01 0.17 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.39 0.18 0.09 0.29 0.47 0.69 0.52
C5' 0.06 1.00 0.22 0.03 0.32 0.01 0.27 0.00 0.26 0.92 0.65 0.97 0.29 0.81 0.25 0.11 0.24 0.03 0.01 0.44 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.42 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.40 0.25 0.20 0.36 0.75 1.15 0.90
C8 0.01 0.02 0.07 0.55 0.01 0.56 0.01 0.92 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.39 0.23 0.32 1.04 0.92 0.80 0.82
N1 0.03 0.01 0.08 0.33 0.01 0.30 0.01 0.65 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.32 0.30 0.37 0.84 1.21 1.93 1.50
N3 0.03 0.00 0.10 0.29 0.00 0.51 0.01 0.97 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.26 0.50 1.10 1.11 2.03 1.53
N6 0.02 0.02 0.06 0.49 0.02 0.18 0.02 0.29 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.46 0.29 0.12 0.30 0.70 0.89 0.73
N7 0.01 0.01 0.06 0.58 0.01 0.48 0.00 0.81 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.45 0.22 0.18 0.88 0.73 0.65 0.62
N9 0.01 0.01 0.03 0.31 0.01 0.18 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.26 0.16 0.02 0.31 0.39 0.36 0.24
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.28 0.33 0.39 0.11 0.40 0.39 0.32 0.22 0.46 0.45 0.26 0.00 0.07 0.27 0.33 1.11 0.48 0.44
O3' 0.42 0.32 0.06 0.01 0.12 0.03 0.18 0.24 0.25 0.23 0.30 0.26 0.29 0.22 0.16 0.07 0.00 0.28 0.28 1.10 0.35 0.44
O4' 0.01 0.50 0.02 0.01 0.25 0.01 0.09 0.03 0.20 0.32 0.37 0.50 0.12 0.18 0.02 0.27 0.28 0.00 0.17 0.48 0.18 0.25
O5' 0.15 1.20 0.33 0.30 0.41 0.02 0.29 0.01 0.36 1.04 0.84 1.10 0.30 0.88 0.31 0.33 0.28 0.17 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.46 1.40 0.62 0.80 0.51 0.67 0.47 0.44 0.75 0.92 1.21 1.11 0.70 0.73 0.39 1.11 1.10 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 2.35 0.75 0.52 1.07 0.23 0.69 0.38 1.15 0.80 1.93 2.03 0.89 0.65 0.36 0.48 0.35 0.18 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.13 1.80 0.31 0.32 0.77 0.21 0.52 0.02 0.90 0.82 1.50 1.53 0.73 0.62 0.24 0.44 0.44 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.21 0.19 0.18 0.15 0.17 0.21 0.14 0.13 0.15 0.16 0.28 0.31 0.24 0.21 0.35 0.58 1.21 0.42
C2 0.16 0.17 0.19 0.23 0.17 0.17 0.17 0.23 0.16 0.16 0.16 0.19 0.34 0.25 0.20 0.22 0.37 0.56 1.20 0.43
C2' 0.25 0.23 0.20 0.23 0.26 0.35 0.28 0.42 0.27 0.25 0.23 0.22 0.33 0.32 0.29 0.43 0.54 0.54 1.41 0.63
C3' 0.30 0.32 0.42 0.40 0.46 0.31 0.48 0.37 0.41 0.33 0.36 0.33 0.67 0.47 0.56 0.36 0.51 0.57 1.40 0.64
C4 0.13 0.13 0.22 0.20 0.16 0.13 0.15 0.18 0.13 0.13 0.14 0.16 0.27 0.30 0.21 0.19 0.32 0.53 1.13 0.38
C4' 0.35 0.40 0.32 0.36 0.73 0.40 0.74 0.55 0.62 0.46 0.54 0.26 0.27 0.28 0.86 0.48 0.78 0.62 1.83 0.96
C5 0.12 0.12 0.24 0.19 0.15 0.11 0.13 0.15 0.11 0.12 0.13 0.15 0.24 0.34 0.19 0.17 0.28 0.48 0.99 0.31
C5' 0.70 0.79 0.62 0.63 1.40 0.75 1.43 0.99 1.20 0.91 1.05 0.50 0.42 0.43 1.65 0.84 1.30 1.14 2.47 1.58
C6 0.12 0.12 0.24 0.19 0.15 0.11 0.13 0.14 0.11 0.12 0.13 0.15 0.24 0.33 0.19 0.16 0.27 0.46 0.95 0.29
C8 0.13 0.12 0.26 0.19 0.16 0.12 0.14 0.15 0.12 0.12 0.13 0.15 0.24 0.37 0.21 0.17 0.28 0.50 1.01 0.32
N1 0.14 0.14 0.20 0.21 0.15 0.13 0.14 0.18 0.13 0.13 0.13 0.18 0.30 0.27 0.19 0.19 0.32 0.49 1.06 0.35
N3 0.15 0.16 0.19 0.22 0.18 0.16 0.17 0.23 0.15 0.15 0.16 0.18 0.32 0.26 0.21 0.22 0.37 0.58 1.23 0.44
N6 0.14 0.14 0.28 0.20 0.17 0.13 0.15 0.15 0.14 0.14 0.16 0.15 0.23 0.39 0.20 0.17 0.23 0.41 0.79 0.23
N7 0.13 0.12 0.28 0.19 0.15 0.12 0.13 0.15 0.12 0.12 0.13 0.15 0.23 0.39 0.20 0.17 0.26 0.46 0.93 0.28
N9 0.13 0.13 0.23 0.19 0.17 0.13 0.15 0.18 0.13 0.12 0.14 0.16 0.25 0.32 0.22 0.19 0.32 0.54 1.12 0.38
O2' 0.63 0.52 0.47 0.59 0.34 0.76 0.37 0.78 0.46 0.53 0.41 0.59 0.33 0.69 0.30 0.82 0.80 0.60 1.60 0.85
O3' 0.34 0.35 0.49 0.45 0.49 0.35 0.52 0.40 0.45 0.38 0.40 0.31 0.72 0.45 0.56 0.40 0.51 0.64 1.24 0.58
O4' 0.36 0.40 0.40 0.40 0.56 0.37 0.56 0.48 0.50 0.42 0.47 0.34 0.27 0.31 0.63 0.41 0.70 0.51 1.70 0.83
O5' 0.84 0.95 0.89 0.87 1.61 0.86 1.64 1.11 1.39 1.07 1.23 0.63 0.56 0.48 1.87 0.90 1.47 1.25 2.70 1.75
OP1 1.54 1.57 1.65 1.60 2.21 1.60 2.31 1.88 2.09 1.75 1.81 1.24 1.43 1.23 2.42 1.59 2.27 2.08 3.61 2.59
OP2 2.16 2.28 2.24 2.16 3.25 2.22 3.34 2.60 2.99 2.50 2.67 1.77 1.84 1.66 3.60 2.25 3.09 2.96 4.53 3.51
P 1.68 1.78 1.78 1.70 2.50 1.71 2.58 2.01 2.31 1.94 2.07 1.38 1.51 1.29 2.76 1.73 2.44 2.24 3.78 2.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.28 0.02 0.01 0.19 0.33 0.44 0.19
C2 0.02 0.00 0.12 0.16 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.20 0.01 0.06 0.24 0.45 0.84 0.27
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.16 0.10 0.03 0.10 0.20 0.00 0.03 0.06 0.02 0.38 0.38 0.43 0.39
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.28 0.01 0.30 0.03 0.26 0.16 0.23 0.13 0.02 0.01 0.31 0.02 0.16 0.24 0.34 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.28 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.11 0.00 0.04 0.37 0.61 1.30 0.43
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.07 0.07 0.23 0.03 0.11 0.01 0.02 0.15 0.22 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.30 0.01 0.14 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.16 0.01 0.06 0.40 0.64 1.34 0.47
C5' 0.06 0.09 0.16 0.03 0.17 0.01 0.20 0.00 0.17 0.10 0.12 0.08 0.09 0.17 0.19 0.01 0.01 0.10 0.32 0.03
C6 0.01 0.01 0.10 0.26 0.01 0.13 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.12 0.01 0.07 0.36 0.56 1.06 0.38
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.12 0.01 0.02 0.26 0.45 0.78 0.27
N3 0.02 0.01 0.10 0.23 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.13 0.01 0.05 0.30 0.53 1.08 0.35
O2 0.04 0.01 0.20 0.13 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.35 0.02 0.10 0.20 0.39 0.68 0.22
O2' 0.03 0.22 0.00 0.02 0.27 0.23 0.26 0.09 0.22 0.17 0.26 0.25 0.00 0.07 0.29 0.15 0.30 0.29 0.47 0.34
O3' 0.28 0.20 0.03 0.01 0.11 0.03 0.16 0.17 0.12 0.12 0.13 0.35 0.07 0.00 0.13 0.20 0.24 0.49 0.45 0.33
O4 0.02 0.01 0.06 0.31 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.13 0.00 0.04 0.39 0.65 1.42 0.48
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.05 0.10 0.15 0.20 0.04 0.00 0.13 0.33 0.34 0.14
O5' 0.19 0.24 0.38 0.16 0.37 0.02 0.40 0.01 0.36 0.26 0.30 0.20 0.30 0.24 0.39 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.45 0.38 0.24 0.61 0.15 0.64 0.10 0.56 0.45 0.53 0.39 0.29 0.49 0.65 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 0.84 0.43 0.34 1.30 0.22 1.34 0.32 1.06 0.78 1.08 0.68 0.47 0.45 1.42 0.34 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.27 0.39 0.18 0.43 0.06 0.47 0.03 0.38 0.27 0.35 0.22 0.34 0.33 0.48 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00