ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48928

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 0, 7, 5, 1, 4, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 5, 2, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.007, 0.029, 0.050, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.006, 0.033, 0.059, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.033 std_dev=0.027
O2 B 0, 0.372, 0.688, 1.003, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.688 std_dev=0.315
N3 B 0, 0.404, 0.738, 1.072, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.738 std_dev=0.334
C2 B 0, 0.418, 0.763, 1.108, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.763 std_dev=0.345
C4 B 0, 0.508, 0.945, 1.381, 1.893 max_d=1.893 avg_d=0.945 std_dev=0.437
O4 B 0, 0.502, 0.975, 1.448, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.975 std_dev=0.473
N1 B 0, 0.414, 0.962, 1.511, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.962 std_dev=0.548
C5 B 0, 0.550, 1.156, 1.762, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.156 std_dev=0.606
C1' B 0, 0.406, 1.065, 1.725, 2.360 max_d=2.360 avg_d=1.065 std_dev=0.659
C6 B 0, 0.464, 1.139, 1.815, 2.344 max_d=2.344 avg_d=1.139 std_dev=0.676
O4' B 0, 0.603, 1.376, 2.148, 2.664 max_d=2.664 avg_d=1.376 std_dev=0.772
C2' B 0, 0.718, 1.504, 2.290, 3.874 max_d=3.874 avg_d=1.504 std_dev=0.786
O4' A 0, -0.063, 0.841, 1.746, 2.442 max_d=2.442 avg_d=0.841 std_dev=0.904
C3' B 0, 0.748, 1.654, 2.560, 4.498 max_d=4.498 avg_d=1.654 std_dev=0.906
C4' B 0, 0.771, 1.679, 2.587, 3.967 max_d=3.967 avg_d=1.679 std_dev=0.908
C2' A 0, -0.079, 0.860, 1.799, 2.558 max_d=2.558 avg_d=0.860 std_dev=0.939
O3' B 0, 0.760, 1.725, 2.690, 4.159 max_d=4.159 avg_d=1.725 std_dev=0.965
O2' B 0, 0.810, 1.921, 3.032, 4.694 max_d=4.694 avg_d=1.921 std_dev=1.111
C4' A 0, 0.035, 1.217, 2.400, 3.349 max_d=3.349 avg_d=1.217 std_dev=1.183
O2' A 0, 0.159, 1.350, 2.541, 3.389 max_d=3.389 avg_d=1.350 std_dev=1.191
C3' A 0, 0.229, 1.563, 2.898, 3.914 max_d=3.914 avg_d=1.563 std_dev=1.335
C5' B 0, 1.187, 2.581, 3.976, 6.301 max_d=6.301 avg_d=2.581 std_dev=1.394
O3' A 0, 0.515, 2.317, 4.119, 5.537 max_d=5.537 avg_d=2.317 std_dev=1.802
O5' B 0, 1.278, 3.168, 5.058, 6.769 max_d=6.769 avg_d=3.168 std_dev=1.890
C5' A 0, 0.044, 2.200, 4.356, 5.975 max_d=5.975 avg_d=2.200 std_dev=2.156
O5' A 0, 0.080, 2.642, 5.205, 7.010 max_d=7.010 avg_d=2.642 std_dev=2.563
P B 0, 1.488, 4.225, 6.962, 8.855 max_d=8.855 avg_d=4.225 std_dev=2.737
OP2 B 0, 0.993, 3.879, 6.765, 9.752 max_d=9.752 avg_d=3.879 std_dev=2.886
OP1 B 0, 2.271, 5.448, 8.625, 9.864 max_d=9.864 avg_d=5.448 std_dev=3.177
P A 0, 0.093, 3.662, 7.230, 9.822 max_d=9.822 avg_d=3.662 std_dev=3.568
OP1 A 0, 0.585, 4.276, 7.967, 10.406 max_d=10.406 avg_d=4.276 std_dev=3.691
OP2 A 0, -0.030, 4.017, 8.065, 11.359 max_d=11.359 avg_d=4.017 std_dev=4.047

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.22 0.62 0.38 0.34
C2 0.03 0.00 0.36 0.61 0.01 0.57 0.01 0.84 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.63 0.55 0.48 1.08 1.63 1.38 1.33
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.19 0.03 0.09 0.20 0.17 0.17 0.29 0.36 0.12 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.43 0.63 0.50 0.48
C3' 0.03 0.61 0.01 0.00 0.33 0.00 0.34 0.02 0.38 0.48 0.50 0.59 0.39 0.45 0.24 0.02 0.01 0.02 0.12 0.29 0.42 0.19
C4 0.02 0.01 0.19 0.33 0.00 0.24 0.00 0.30 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.38 0.24 0.26 0.42 1.12 0.61 0.58
C4' 0.03 0.57 0.03 0.00 0.24 0.00 0.12 0.01 0.21 0.39 0.42 0.56 0.14 0.29 0.09 0.29 0.02 0.01 0.02 0.18 0.37 0.06
C5 0.01 0.01 0.09 0.34 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.21 0.11 0.38 1.25 0.87 0.61
C5' 0.08 0.84 0.20 0.02 0.30 0.01 0.18 0.00 0.27 0.68 0.60 0.79 0.21 0.56 0.19 0.14 0.20 0.02 0.01 0.35 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.38 0.01 0.21 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.43 0.27 0.21 0.44 1.36 0.89 0.67
C8 0.01 0.01 0.17 0.48 0.01 0.39 0.01 0.68 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.37 0.27 0.97 1.37 1.44 1.15
N1 0.03 0.01 0.29 0.50 0.02 0.42 0.01 0.60 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.55 0.41 0.37 0.80 1.53 1.12 1.04
N3 0.03 0.01 0.36 0.59 0.00 0.56 0.01 0.79 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.59 0.52 0.49 0.99 1.42 1.16 1.15
N6 0.02 0.01 0.12 0.39 0.01 0.14 0.01 0.21 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.41 0.28 0.14 0.42 1.41 1.07 0.68
N7 0.01 0.01 0.10 0.45 0.01 0.29 0.00 0.56 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.31 0.35 0.15 0.83 1.47 1.48 1.09
N9 0.01 0.01 0.02 0.24 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.16 0.01 0.36 0.94 0.62 0.52
O2' 0.02 0.63 0.00 0.02 0.38 0.29 0.34 0.14 0.43 0.30 0.55 0.59 0.41 0.31 0.19 0.00 0.07 0.21 0.33 0.57 0.54 0.40
O3' 0.28 0.55 0.02 0.01 0.24 0.02 0.21 0.20 0.27 0.37 0.41 0.52 0.28 0.35 0.16 0.07 0.00 0.20 0.24 0.68 0.58 0.39
O4' 0.01 0.48 0.02 0.02 0.26 0.01 0.11 0.02 0.21 0.27 0.37 0.49 0.14 0.15 0.01 0.21 0.20 0.00 0.10 0.41 0.47 0.26
O5' 0.22 1.08 0.43 0.12 0.42 0.02 0.38 0.01 0.44 0.97 0.80 0.99 0.42 0.83 0.36 0.33 0.24 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.62 1.63 0.63 0.29 1.12 0.18 1.25 0.35 1.36 1.37 1.53 1.42 1.41 1.47 0.94 0.57 0.68 0.41 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 1.38 0.50 0.42 0.61 0.37 0.87 0.41 0.89 1.44 1.12 1.16 1.07 1.48 0.62 0.54 0.58 0.47 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 1.33 0.48 0.19 0.58 0.06 0.61 0.02 0.67 1.15 1.04 1.15 0.68 1.09 0.52 0.40 0.39 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.15 0.37 0.47 0.18 0.17 0.19 0.31 0.15 0.14 0.14 0.22 0.47 0.54 0.24 0.16 0.65 1.44 1.03 0.80
C2 0.17 0.18 0.30 0.41 0.20 0.18 0.19 0.28 0.16 0.15 0.15 0.26 0.39 0.40 0.28 0.17 0.61 1.32 0.99 0.75
C2' 0.31 0.34 0.32 0.42 0.45 0.32 0.46 0.45 0.41 0.36 0.38 0.32 0.56 0.51 0.51 0.39 0.82 1.66 1.28 1.06
C3' 0.59 0.60 0.56 0.65 0.77 0.60 0.77 0.73 0.71 0.64 0.66 0.53 0.80 0.73 0.84 0.64 0.99 1.75 1.48 1.23
C4 0.15 0.15 0.38 0.44 0.20 0.16 0.20 0.29 0.16 0.14 0.15 0.21 0.45 0.50 0.27 0.18 0.60 1.35 0.93 0.73
C4' 0.51 0.53 0.58 0.71 0.74 0.54 0.75 0.64 0.67 0.57 0.62 0.44 0.65 0.72 0.83 0.52 0.79 1.47 1.32 0.99
C5 0.15 0.15 0.45 0.45 0.23 0.15 0.21 0.28 0.17 0.14 0.18 0.20 0.50 0.54 0.30 0.20 0.57 1.28 0.81 0.65
C5' 0.76 0.79 0.82 0.95 1.19 0.82 1.22 0.94 1.07 0.88 0.95 0.58 0.81 0.90 1.35 0.79 1.06 1.54 1.68 1.28
C6 0.15 0.16 0.45 0.43 0.25 0.14 0.22 0.26 0.17 0.15 0.20 0.20 0.49 0.51 0.32 0.20 0.54 1.21 0.75 0.61
C8 0.15 0.15 0.47 0.48 0.22 0.16 0.21 0.30 0.17 0.15 0.17 0.19 0.53 0.60 0.29 0.21 0.60 1.34 0.86 0.69
N1 0.16 0.16 0.36 0.40 0.23 0.16 0.21 0.26 0.16 0.14 0.17 0.24 0.40 0.42 0.31 0.18 0.56 1.24 0.84 0.65
N3 0.16 0.17 0.32 0.43 0.18 0.18 0.19 0.29 0.15 0.15 0.15 0.25 0.42 0.44 0.26 0.17 0.63 1.37 1.03 0.78
N6 0.17 0.20 0.53 0.44 0.28 0.14 0.24 0.26 0.20 0.18 0.26 0.21 0.59 0.57 0.33 0.24 0.50 1.12 0.64 0.54
N7 0.15 0.16 0.51 0.49 0.24 0.16 0.22 0.29 0.18 0.16 0.20 0.19 0.56 0.62 0.30 0.22 0.57 1.27 0.79 0.64
N9 0.14 0.14 0.41 0.46 0.20 0.17 0.20 0.30 0.16 0.14 0.15 0.21 0.48 0.54 0.27 0.18 0.62 1.38 0.94 0.74
O2' 0.62 0.65 0.71 0.80 0.77 0.67 0.78 0.71 0.73 0.67 0.70 0.62 0.70 0.77 0.83 0.65 1.05 1.73 1.57 1.28
O3' 0.54 0.55 0.52 0.62 0.77 0.57 0.78 0.73 0.70 0.60 0.63 0.48 0.79 0.68 0.87 0.60 1.07 1.86 1.65 1.37
O4' 0.46 0.46 0.63 0.72 0.58 0.48 0.58 0.52 0.53 0.48 0.51 0.43 0.63 0.74 0.64 0.41 0.61 1.27 1.10 0.74
O5' 0.95 1.00 0.99 1.10 1.49 1.01 1.52 1.14 1.34 1.10 1.20 0.74 0.98 1.03 1.68 1.00 1.27 1.62 1.94 1.50
OP1 1.78 1.76 1.80 1.84 2.19 1.83 2.27 1.91 2.10 1.87 1.91 1.59 1.74 1.64 2.35 1.82 1.88 1.89 2.59 2.08
OP2 1.37 1.42 1.34 1.52 2.14 1.46 2.19 1.69 1.91 1.57 1.71 1.12 1.25 1.44 2.43 1.47 1.84 2.17 2.51 2.08
P 1.27 1.32 1.31 1.43 1.97 1.35 2.03 1.52 1.79 1.47 1.59 0.99 1.20 1.27 2.21 1.33 1.63 1.83 2.38 1.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.08 0.02 0.25 0.02 0.01 0.29 0.65 0.41 0.35
C2 0.04 0.00 0.19 0.25 0.02 0.09 0.02 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.23 0.02 0.14 0.42 0.95 0.65 0.49
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.07 0.03 0.19 0.19 0.23 0.03 0.13 0.35 0.01 0.03 0.08 0.03 0.52 0.97 0.63 0.69
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.34 0.01 0.33 0.03 0.28 0.21 0.30 0.25 0.02 0.01 0.36 0.03 0.35 0.36 0.47 0.32
C4 0.02 0.02 0.07 0.34 0.00 0.14 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.03 0.32 0.22 0.01 0.03 0.63 1.17 1.15 0.80
C4' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.17 0.08 0.11 0.15 0.29 0.03 0.15 0.01 0.04 0.22 0.20 0.06
C5 0.02 0.02 0.19 0.33 0.01 0.18 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.24 0.01 0.12 0.72 1.15 1.30 0.91
C5' 0.09 0.21 0.19 0.03 0.30 0.01 0.33 0.00 0.30 0.19 0.25 0.23 0.15 0.22 0.31 0.03 0.01 0.35 0.31 0.04
C6 0.02 0.01 0.23 0.28 0.01 0.17 0.01 0.30 0.00 0.01 0.02 0.02 0.37 0.19 0.01 0.16 0.66 1.01 1.08 0.79
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.02 0.19 0.13 0.01 0.02 0.45 0.88 0.69 0.53
N3 0.03 0.01 0.13 0.30 0.01 0.11 0.01 0.25 0.02 0.02 0.00 0.03 0.26 0.21 0.02 0.10 0.53 1.09 0.88 0.63
O2 0.08 0.01 0.35 0.25 0.03 0.15 0.02 0.23 0.02 0.02 0.03 0.00 0.35 0.35 0.04 0.25 0.36 0.87 0.48 0.38
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.32 0.29 0.40 0.15 0.37 0.19 0.26 0.35 0.00 0.06 0.35 0.18 0.40 0.98 0.53 0.61
O3' 0.25 0.23 0.03 0.01 0.22 0.03 0.24 0.22 0.19 0.13 0.21 0.35 0.06 0.00 0.25 0.18 0.33 0.37 0.44 0.24
O4 0.02 0.02 0.08 0.36 0.01 0.15 0.01 0.31 0.01 0.01 0.02 0.04 0.35 0.25 0.00 0.04 0.67 1.24 1.27 0.87
O4' 0.01 0.14 0.03 0.03 0.03 0.01 0.12 0.03 0.16 0.02 0.10 0.25 0.18 0.18 0.04 0.00 0.12 0.25 0.29 0.18
O5' 0.29 0.42 0.52 0.35 0.63 0.04 0.72 0.01 0.66 0.45 0.53 0.36 0.40 0.33 0.67 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.65 0.95 0.97 0.36 1.17 0.22 1.15 0.35 1.01 0.88 1.09 0.87 0.98 0.37 1.24 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 0.65 0.63 0.47 1.15 0.20 1.30 0.31 1.08 0.69 0.88 0.48 0.53 0.44 1.27 0.29 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.35 0.49 0.69 0.32 0.80 0.06 0.91 0.04 0.79 0.53 0.63 0.38 0.61 0.24 0.87 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00